Reference Report for Shoemaker et al. 2008
| Title: | Microsatellite discovery from BAC end sequences and genetic mapping to anchor the soybean physical and genetic maps |
| Authors: | No authors listed |
| Source: | Genome 2008 51:294-302 |
| Abstract: | W h o l e - g e n o m e s e q u e n c i n g o f t h e s o y b e a n ( G l y c i n e m a x ( L . ) M e r r . W i l l i a m s 8 2 ) h a s m a d e i t i m p o r t a n t t o i n t e g r a t e i t s p h y s i c a l a n d g e n e t i c m a p s . T o f a c i l i t a t e t h i s i n t e g r a t i o n o f m a p s , w e s c r e e n e d 3 2 9 0 m i c r o s a t e l l i t e s ( S S R s ) i d e n t i f i e d f r o m B A C e n d s e q u e n c e s o f c l o n e s c o m p r i s i n g t h e W i l l i a m s 8 2 p h y s i c a l m a p . S S R s w e r e s c r e e n e d a g a i n s t 3 m a p p i n g p o p u l a t i o n s . W e f o u n d t h e A A T a n d A C T m o t i f s p r o d u c e d t h e g r e a t e s t f r e q u e n c y o f l e n g t h p o l y m o r p h i s m s , r a n g i n g f r o m 1 7 . 2 % t o 3 2 . 3 % a n d f r o m 1 1 . 8 % t o 3 3 . 3 % , r e s p e c t i v e l y . O t h e r u s e f u l m o t i f s i n c l u d e t h e d i n u c l e o t i d e r e p e a t s A G , A T , a n d A G , w i t h f r e q u e n c y o f l e n g t h p o l y m o r p h i s m s r a n g i n g f r o m 1 1 . 2 % t o 1 8 . 4 % ( A T ) , 1 2 . 4 % t o 2 0 . 6 % ( A G ) , a n d 1 1 . 3 % t o 1 6 . 4 % ( G T ) . R e p e a t l e n g t h s l e s s t h a n 1 6 b p w e r e g e n e r a l l y l e s s u s e f u l t h a n r e p e a t l e n g t h s o f 4 0 6 0 b p . T w o h u n d r e d a n d s i x t y - f i v e S S R s w e r e g e n e t i c a l l y m a p p e d i n a t l e a s t o n e p o p u l a t i o n . O f t h e 2 6 5 m a p p e d S S R s , 6 0 c a m e f r o m B A C s i n g l e t o n s n o t y e t p l a c e d i n t o c o n t i g s o f t h e p h y s i c a l m a p . O n e h u n d r e d a n d t e n o r i g i n a t e d i n B A C s l o c a t e d i n c o n t i g s f o r w h i c h n o g e n e t i c m a p l o c a t i o n w a s p r e v i o u s l y k n o w n . N i n e t y - f i v e S S R s c a m e f r o m B A C s w i t h i n c o n t i g s f o r w h i c h o n e o r m o r e o t h e r B A C s h a d a l r e a d y b e e n m a p p e d . F o r t h e s e f i n g e r p r i n t e d c o n t i g s ( F P C ) a h i g h p e r c e n t a g e o f t h e m a p p e d m a r k e r s s h o w e d i n c o n s i s t e n t m a p l o c a t i o n s . A s t r a t e g y i s i n t r o d u c e d b y w h i c h p h y s i c a l a n d g e n e t i c m a p i n c o n s i s t e n c i e s c a n b e r e s o l v e d u s i n g t h e p r e l i m i n a r y 4 ? a s s e m b l y o f t h e w h o l e g e n o m e s e q u e n c e o f s o y b e a n . |
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