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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma19g42660

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm19
Start:48573238
stop:48587043
Source:JGI
Version:Wm82.a1.v1.1
High confidence:yes



A newer version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT2G48060AT Annotation by Michelle Graham. TAIR10: unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: shoot, sperm cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF3595 (InterPro:IPR021999); Has 533 Blast hits to 341 proteins in 95 species: Archae - 2; Bacteria - 15; Metazoa - 318; Fungi - 0; Plants - 93; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 105 (source: NCBI BLink). | chr2:19651560-19662386 REVERSE LENGTH=2462 SoyBaseE_val: 0ISS
GO:0008150GO-bp Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: biological process SoyBaseN/AISS
GO:0009507GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: chloroplast SoyBaseN/AISS
GO:0003674GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: molecular function SoyBaseN/AISS
KOG1893 KOG Uncharacterized conserved protein JGI ISS
PTHR13167Panther UNCHARACTERIZED JGI ISS
PTHR13167:SF1Panther gb def: agcp4615 [anopheles gambiae str. pest] JGI ISS
PF12166PFAM Protein of unknown function (DUF3595) JGI ISS
UniRef100_G7KZQ3UniRef Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Protein FAM38B n=2 Tax=Medicago truncatula RepID=G7KZQ3_MEDTR SoyBaseE_val: 0ISS
UniRef100_UPI000233EA15UniRef Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: UPI000233EA15 related cluster n=1 Tax=unknown RepID=UPI000233EA15 SoyBaseE_val: 0ISS

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.19g238300 Wm82.a2.v1IGC As supplied by JGI

Schmutz et al. 2010
  Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
  Nature 2010, 463:178-183

>Glyma19g42660.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma19g42660   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
AATGGACGTACTGATATAAACACTTGAAACTTGCAAAACTCTTTTTGATATCTAAGATCAACTTGAGCCTGTTATCCAATGTTCTCTTGTGATCCCCCCCTCTCCCTTGTTGTGACCCATGACTCATGAACTTTACGAGTTGATTAATTTCATTAATTGGTACACCTTGCAGATTTCCTTGCTGGCTCTATCATTATGGAGTTTTCACTTCGCTAGTCTGTGCTCATTTGGATTGCTTGCTTATGTGGGATACATCTTGTATGCCTTCCCTTCCATGTTGCGGTTGCAGCATTTAAATGGCATGCTTCTTGTTTTTATTCTGTTTTGGGTATCTAGCACGTATATCTTCAATGTAGCATTCGCTTTCTCCAATAACAAATCATGGAAGGATATGGAGATATGGGAAACTATAGGCTTGTGGCATTACCCTATCCCAGGATACTATTTGCTTGCCCAATTTGGTCTTGGTTTTCTTGTTGCTATGTGTAATCTTGTGAACAGTTCAGTGTTATTGTGCATTACTGATCAAGAACAATTAACAGCTGATGAATCTGTTGTGGAAGAGGAAGAAGAGACATTATTAGTTGTGGCTACCATAGCATGGGGACTACGCAAGTGCTCACACACTGTAGTGCTGATATTGATATTTATAATTGCAATAAGATCTGGTATCGTTCATGCTGTTTATATGATTTTCTTTTTAATTTATCTTTTAAGCAATGCAATCAATTATAAATTACGCCAAGCTATTATCCTTCTATGTGAAGCACAGTTTTCCCTTCAGTTCATTCTTCAACTTGATTTGATCTCCAAAACTTTGGACCAGAAGGGTTCATATGCTTTTCAGATTCTCTCACAATTAGGCCTGCTTAATCATATCCATTCAGTGGATTTCTTCCAAATATCAGTTCTCGCTTGCTTCTGTGCAATTCACAATCATGGGCTGCAAACACTCCTTTCATTTTCAGCTATTGTACGGCAAACATCTTGCCCTCCAGTTGGCTTTAGCATCTTGAGAGCTTTCTTGATCAAACCAGTTCGTTTATCAGGTTATAGTCCAAGATCTAGTGAGAGCCAGGGAACTCATGAGAGGAAGACTATATCATATCTGGAGGTCATAAGACAGAATTTCCTTTCCATTTATCGGTTATGTGGCAAATACATTGCCTTCCTAACAATTCTCTTCAATGTATACCTTTGCACGCCCAACTATGCTTCATTTGGTTACTTATTCTTTCTTCTACTGTGGATTATTGGAAGACAACTTGTAGGGAAAACAAGAAAGCATCTTTGGTATCCTATGAAAGTGTATGCTATAGTGGTGTTTGTCTCCATTTACAGCATTGGCGCCTTTTCCAGCTCTGAGATTTGGTTTCCCAGGATCATTGATCTTCAAACTGCGCTTGGTTATAACCCAGCATCTTCAATGTTGCAAAACATTTGGGGATCTTTGGCTGTATTGGTAGTGATGCAGCTATATAGCTATGAAAGGAGGCAAAGCAAAAGATCTGGATCAAGTGACTATGATGCACCAGAAATAAGACCTCTTGCTTTTGCCAGATGTCTTTTGGTCCGGCATGCCGAGAAAATACTATATCTTGCCCTATTTTATGCATCCTTATCACCTATAAGTGCATTTGGTTTCCTGTATCTTCTCGGTTTAATTAATTGTTCAAGATTACCAAAGTTGTCTCAGATTCTTGCAAAAGTATTCCTAGTTTATTCAGGACTTCTTATAATGGCTGAATATCTTTTCCAGATGTGGGGAGATCAGGCTGAGATGTTCCCTGGTCAAAAGCACTTCCAGTTATCTTTATTTATGGGTTTACAGTTGTATAAACCTGGTTTTAAAGGTTTGGAGTCAGGTTTAAGGGGAAAGGTTGTAGTTATTGTGGCATGTATACTTCAATACAATGTTTTTCATTGGATGGAGAAAAGGCATGTTTATGGAAATGGAGGAAAATGGAATGAGCCTTGTCCTCTATTCAATCCAATAGAAGTTCCTAATGAAACTACTGCCTGTACCCCACAAAGCAAACAATTAGAAAATGCAACTTCAGCAACATTTAAAAGAGGTGGAAGAAATCATTCAATGCCAACTGTTAATTCTGCATTATCACAAGGGCCAGGTTCAGGGCCCGAAAGAGAGAGTGCCAAAGAAATTAGACATTTTCATTTCTGGGAGAGTTCCAAGGATAGCTTGAAGTGGAATAGAAAGCGGATTCTTTTCTTGAGAAAAGAGAGGATGGAGATGCAGAAGACTGTTTTAAAAGTATCTTTGAAGTTCTGGATGGAAAATATGTTCAATTTATTTGGTCTTGAAATCAACATGCTTGCTTTGCTTCTTGCTAGTTTTGCAGTATTGAATGCCATCTCTTTGCTCTATATAGCGTCACTTGCTGCTTGTGTTCTTCTTCATCGGCTAATTATTAAAAAACTATGGCCTATTTTTGTTATGCTATTTGCTTCCATCATTGTTATTGAATACTTGGCTATTTGGATGCGCCTCACTTTTACGAACCAACAAATTGAAGAACAAGTACCATGCCATGACTGCTGGAGAGTATCAAATATATATTTTAGCGACTGCAAAAAATGTTGGCTAGGAATTATTGTCGATGACCCTCGTATGCTTATTTGGTATTATGGGGTTTTCATGTTTTCATGTTTCAAATTCCGTGCTGACCAGTCTTCTTGTCTCACTGGACTAGAGGTGTATAAAAAAATACTCTCTCAATGGAACTCTGCTTCTGTACTAAATGATCTTTCATTTGAAACAAAAGGATACTGGACATTCATCGACCACCTGAGGCTTTATAGTTACTGTCACTTGCTAGATTTTGTTCTTTCATTGATTTTGATTACAGGAACTCTTGAATATGATATTCTGCATCTTGGCTATCTTGGTTTTGCTCTGGTTTTCTTCCGAATGAGGCTAAAAATACTAAAGCAGGGAAATAAAATATTTAGATTCTTAAGGATGTACAATTTTGTCCTTATTGTCATGTCTCTTGCATATCAATCTCCTTTTGTTGGAGACTTCAGTGATATCAAACATGGTTCAATAGAATCCATGAAAGAATTGGTTGGATTCCACAAGTATGATTATGGATTTCGAATTACATCTAGATCAGCATTTGTGGAAATCATAATATTTGTGTTAGTAGCACTACAGTCATACATGTTTTCATTTTCAGAGTTTGATTATGTTTCAAAATATCTCGAGAAAGAGCAGATTGGGGCGATACTTAGACAGCAGGAGAAGAAATCTGCTTGGAAGATAGCTCAGTTGCGGCATATACGTAAAGCTGAAGAGTTGAAGCATCTCCGAAGCTTGCAGGTAGAAAAGATGAAATCAGAGATGCTAAATCTTCAAAATCAGCTTCATAATATGAGCACTGAAGCAAATTGTAGTAATGCACACCTAGATTTGCATGAGGAAAATGGATCCAGGAAGCAAGATCGTGATATAACTACTGAGTCAATAGGCCCATTTGATGGGAACCAATTTCTACTGAGTGAAAAATCAAAAAGTCCATTGGTACCACAATACCGGAAGTATCCAAAGGATTCTTTGCATGAAATTGTGGAGTTAAAGGAAAGAACTAAAAATAATGATGTTTTGGATTTAGAAATAAGAAATCGTTATAAACTTCCAGCCAGGAAAAATGCTTTAGTTTCAGCTATACATTTCATAGGGAATGGAGTATATCAGGTGCAGTCGCTTGGAAATATGGCAGTTAATAATCTAATGAACTATCTGAAGATAGAACATGGAGAACTAGAGTCAACTGAAGATTCTTCAGAGGATGAGGAGTACTATGAGATTGAAATTGAGAATCAGAATATGGGTGCCGAACCTCTGGAACCTACAATTTCCACACACTCTATTCATGAGCATACTGTGCCTGATACTGCTTTCCTCCAAATTGGAATTATTTTACGTTACATGTGGTCCCGAATGAGGTCAAATAATGATGTTGTTTGCTATTGCTGCTTTATTCTAATATATCTATGGTACTTCAGTTTGCTTTCTGTGGTCTATCTAGCAGCACTCTTCTTATATGCTCTCTGTCAAAATACTGGTCCCAGTTACATATTTTGGGTTATTATGCTAATCTATACGGAGGTGTGCATTTTGCTTCAGTATTTGTATCAAATCATCATTCAACACACTGAGTTTGCATTCCATGACAGCTTACTTCAAAAATTAGGATTTCCTGCAAAGAAAATAACATCGTCTTTTGTGACAAGCAACTTACCATTCTTCCTGGTATATATATTCACTCTCTTGCAAATCTCCATAACTGTGAAGGATGGGGGTTGGATAGTTACTGCAGATCTCAGCCTTTATAAGAGAAGAAATCAGAGCTACACAGAGGATTTAAAGTGCTCCACCTACCAAGAGAGATTACAGAGATTATTTATACCACTGAAAAATATACTGAAACTGTTGATCAGAAGCCTCTGTAGGTACTGGAAATCATTGACATGGGAAGCAGAAACTCCCCCTTACTTTGTTCAGCTGTCTATGGAAGTTAACTCATGGCCAAAAGAGGGAATTCAGCCAAAGAAAATTGAATCAAGAATAAATAAGTTGCTGAAGATCTTGCATAAGAGAAGATGCAAAGAGGAGAACCATTTTAAGTTGCACTCAGCAAGTAGGGTTCGTGTACAGAGCATTGAAAAAGGTGAAGAAAAGGAAAACTTGTGTCTTGTTGTTTTTGAGGTGTTATATGCCTCCCCTCCAATTGAATTTGCTGCTGAAGAATGGTACAGTTCATTAACTCCAGCGGGAGATGTATCCAATGAGATTCAGAAAGCTCAACATGCTGGTATTTTTAAACAAATTGGGTTTCCATATCGCATACTTTCCGTCATTGGTGGTGGAAAAAAGGAAATTGATCTGTATGCCTACATCTTTGGAGCTGATTTGGCTGTTTTCTTCTTAATTTCCATTTTTTATGAATCGGTCATGAAAGCTAACAGTGAGTTTCTTG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>Glyma19g42660.4   sequence type=transcript   gene model=Glyma19g42660   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma19g42660.3   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma19g42660   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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