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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma18g10770

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm18
Start:9615715
stop:9621609
Source:JGI
Version:Wm82.a1.v1.1
High confidence:yes



A newer version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G08070AT Annotation by Michelle Graham. TAIR10: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | chr1:2514374-2516599 REVERSE LENGTH=741 SoyBaseE_val: 0ISS
GO:0031425GO-bp Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: chloroplast RNA processing SoyBaseN/AISS
GO:0009507GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: chloroplast SoyBaseN/AISS
GO:0003674GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: molecular function SoyBaseN/AISS
PTHR24015Panther FAMILY NOT NAMED JGI ISS
PF01535PFAM PPR repeat JGI ISS
UniRef100_D7KHY5UniRef Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Pentatricopeptide repeat-containing protein n=1 Tax=Arabidopsis lyrata subsp. lyrata RepID=D7KHY5_ARALL SoyBaseE_val: 0ISS
UniRef100_I1N0M7UniRef Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein (Fragment) n=2 Tax=Glycine max RepID=I1N0M7_SOYBN SoyBaseE_val: 0ISS

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.18g094700 Wm82.a2.v1IGC As supplied by JGI

Schmutz et al. 2010
  Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
  Nature 2010, 463:178-183

>Glyma18g10770.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma18g10770   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
CTTTGCAAACCAAGCTTATAATAGTTTCATAACATGCACAGATGCACTAATGCAGCAACCGTAGATATGTGACTTGAAGCATGAAGGTAAGCACGTTAGACTCATTGTTGCAATCTTGCAAATGTCCGAGACACTTCAAACAGCTTCTCTCTCAAACGATCCTCACAGGCCTCATCACCGACCCCTACGCCGCAAGCAGACTCATCAACTTCTCTTCCCACTCCACTACTCTCGTTCCCTTCCACTATTCCCTCCGCATCTTCAACCACCTCCGCAACCCCAACACCTTCACATGGAACACCATCATGCGCGCCCACTTGTACCTCCAAAACTCCCCCCACCAAGCCCTCTTGCATTACAAGCTCTTCCTTGCGAGCCACGCAAAGCCCGATAGCTACACTTACCCGATCCTCCTCCAATGCTGCGCTGCCCGCGTGTCCGAATTTGAGGGCCGGCAGCTGCACGCGCATGCTGTGAGTTCCGGCTTTGATGGGGATGTGTACGTCCGGAACACGCTGATGAATCTGTATGCTGTTTGTGGGAGCGTGGGGAGTGCGCGCAGGGTGTTTGAGGAAAGTCCTGTGTTGGATTTGGTCTCGTGGAACACGCTTTTGGCCGGGTATGTTCAGGCAGGGGAGGTGGAGGAGGCGGAGCGTGTGTTTGAGGGAATGCCGGAGAGGAACACCATTGCTTCGAATTCTATGATTGCGCTCTTTGGAAGGAAGGGGTGCGTGGAGAAGGCGAGGCGGATTTTTAATGGGGTGAGAGGGAGGGAGAGGGATATGGTTTCGTGGAGCGCGATGGTTTCGTGCTATGAGCAGAATGAGATGGGTGAGGAGGCATTGGTTTTGTTTGTGGAGATGAAGGGGAGTGGAGTGGCGGTGGATGAGGTGGTTGTGGTTAGTGCTTTGTCGGCGTGTTCGAGGGTTTTGAATGTTGAGATGGGGAGGTGGGTGCATGGGTTGGCGGTGAAAGTTGGGGTGGAGGATTATGTTAGTCTTAAGAATGCGTTGATACATTTGTACTCGAGTTGTGGGGAGATAGTGGATGCGAGAAGAATTTTCGATGATGGTGGTGAGCTCTTGGATCTGATATCTTGGAACTCGATGATTTCTGGGTACTTGAGGTGTGGTTCAATTCAGGATGCTGAGATGTTGTTTTATTCCATGCCGGAGAAGGATGTTGTGTCTTGGAGTGCTATGATATCGGGTTATGCTCAACATGAATGTTTCTCAGAGGCTTTGGCATTGTTCCAAGAAATGCAGCTTCATGGAGTTAGACCAGATGAGACTGCTTTAGTGAGTGCCATCTCGGCTTGCACCCATCTGGCTACTTTGGACTTGGGAAAATGGATTCATGCTTACATAAGTAGAAATAAGTTACAGGTTAATGTTATTCTGAGCACGACACTTATAGATATGTATATGAAATGTGGGTGTGTGGAAAATGCATTGGAGGTTTTCTATGCAATGGAGGAAAAGGGGGTTTCTACCTGGAATGCTGTCATTCTTGGGTTGGCAATGAATGGTTCGGTAGAGCAGTCACTTAACATGTTTGCAGATATGAAAAAAACTGGGACAGTTCCTAATGAGATAACATTTATGGGAGTTCTTGGGGCCTGTCGGCACATGGGCCTAGTGAATGATGGGCGTCACTACTTTAATTCCATGATCCACGAACACAAAATAGAGGCTAATATTAAGCATTATGGATGCATGGTTGATCTTTTAGGACGTGCAGGTTTGCTTAAAGAAGCAGAGGAACTGATTGATAGTATGCCTATGGCACCTGATGTTGCCACTTGGGGTGCTTTGCTTGGGGCTTGTAGAAAACACCGTGACAATGAAATGGGGGAGAGGCTGGGAAGGAAACTCATTCAGCTTCAGCCTGACCATGATGGTTTCCATGTATTGTTGTCAAATATATATGCTTCAAAAGGAAATTGGGGCAATGTTCTTGAAATTAGGGGAATTATGGCACAACATGGGGTGGTAAAGACACCTGGTTGTAGCATGATTGAAGCAAATGGGACAGTTCATGAATTCTTGGCCGGAGATAAGACACACCCACAAATAAATGATATTGAGCACATGTTAGATGTAGTGGCTGCAAAATTAAAGATTGAGGGCTACGTACCAACCACAAGTGAGGTTTCACTAGACATAGATGAAGAAGAGAAGGAAACAGCACTTTTCAGGCACAGTGAGAAACTTGCAGTGGCCTTTGGACTTATCACTATTTCTCCGCCAACTCCAATCAGAGTTACGAAGAACTTGCGCATATGTAATGATTGCCACACTGTTGTAAAGTTAATCTCCAAAGCATTTGATCGTGACATTGTGGTAAGGGATCGTCATCGCTTTCATCACTTTAAGCACGGAGCTTGTTCCTGCATGGATTTTTGGTAGCAAATTGTAAGTGCTATTAAAGTGAGTGACTATCCTATGCTTCAGGAAGCTGCACCCAATTTTCACAATATTCTGGGCTCGCATATCAAAGCATGAAGAATTGAAGATTTTTCACATTTGGTTTGTTTCCTTGCTGCAGAATCAAATGTCGTTCAATCTTAATGCTCTTGCTGGCAAAGAATGATCGGTAGAGTACCTTATACACTCCAAGATATATCATTCCAACTTTTCTGATGTTGATGATCTATCTTTTCCAGTCTTGAAGCTCCAAGGGTCTGAAGAGAAATGATATGTAATGAAATGTATTATAAGGGTTCTTGTTGTTGCAGATACATCTGTCAATGTTGATTGAGTTTGCATGAAGGGGTTGACCACTCTTCTTGGTGAAGCATGCAATAGTCCAAAGCATCTCTTATTCAGTCCTTTGAATCAATAGCCATTCTTGTGAAGAAGCTGGGGTTGTAGAGGGACTCATCTACTGTATTTGTTTTTGAAGCAAACCCTTTTCTTAGGTTTGGGATAATGCTGGCTGGTGATGTTACTGATTTTTTGCCATGCACACTAAAGTTGTTTGCTCAGGCATTCGGGTTAAACGGACTACCCATCCCACCAATCTATGTGCAAATATTTGAGATTCTTTTATCTTCTAATTTGTGCAAAAGAAACCCAAACAAATGTTCCTTCCCTTTAGCATCTACTCTAGACCTTCTTCAAAAGGTACCAAAGGAGCCAAAAGGATGCCCTTGGCATATTTGACAGCAGGCCAGTTTCTATGCACTGTTAGTATAAACTTTTATACGCTGTCAACCGATAAAAAAGGATGGTAGCAAGAAGAATCTGCAAGAATGAAGAGGATATGAGTTTGGTATCACCATTGGCCCTATTTTGCATTGTTTCCTCTGTTTTTCTCTACAGCTCACTAGTGTTTCTTAAACTTCACCTGCTCCACACAATGACTGTAATTATAAAAAATAATTATCTTTCATTGAATTTTTCATTGTTTTCCAAATAATTGAATCTCCCATTTTTGTTATGGTGACAACTTGACTGGATTTAATCCTGGGTTGTTTGGATTGTATGAATTTGGATTATCATAGAATGGAAATCAAACTCTCTAAGGATTTTTGGTTCATAGCCTGGACTAGTCCACAGTTTATTGAATGATTTTTCTTACTTGAGAAATGGGAATTGAGAGCTAATAGACGTGTTTTAGTTCTAATATGTAGTTATCTCCTTTTTATTTACTGAAGGATTCATTTCATTCCCATGGGTTATTTGGATTTCTTGAATTTGGATTATAGAATGGAAATGTGAAAGTGTAAGGACTTGGTTTATTTTCTGAAGCAATCAAAAGCTTAATTTTTTAATTTTTCTACTTGAGCTAAAAGAGTAAGTTCTTGTTGTGTTCTAATTAATTTTATCAAGCTACCTCCTTTTAAATGTATATTGATGATCGATTTTTTTTTCAATGGATTACCAAAAAACTGCTAACATTTTAGCTTAGTTTTGTGTTACACTCTTTCCGGAATCATCTTTTGCAACAAAGTTAGGCCTTATTTTTTGTTCATTGTTTTCCTAACTTTTCACGAAACTATAAAAATAAACTTACAATTTTTTATCTGTTACAGGGTTATATAGATTCAAATGCTGAAACGTGGTTGAGTTTTTATCGTTGATTGGAGGCATTTTTGAATATGAGAACATTTTAGTTTGCATTTCAGAGTTAACTTCACATTTTGGTGACCCTTCCTGTTATTATTAAGGATGAGGAAATCAATAAATTAAATAGTGCATCTCATATATGATAAACCCCCGTCGTTTGTTTCATGTCAGTAATTGATATGCTTATTTTCATTTATTTCCTTCTTTTACTTTTGTTTGGTCTATGTTTGTGCCTGTCTTGTTTCAGTTTCCAGGAATTGGTGTGGCTTTCATTTAGTGCCTACGGAATCTTTACCTTGCTGTATTCATCATCACCTGCAACTATCCAAGGTGAATTGTAACTGTGAACCAAGGGATGCTCCACAATCCTTTCCATTGCATCGGATCATTTGTTGCACAGTCCTTGCTACTAGAAACTGTTTCAACAGCAGTGTATAATGAAAGTCAACATTTGTCAGTGTGACTAAATTTAATGTCTGATGAAGGAATGAATAAAAAGAAACGTTGAATCATTACTCTTCAATTACCTTTTGGTGAAACTTCTGGCTCTTTAATCTTTAGTTGCAATTGCTGATGGTGCTTTGACCTCTGCAAGCTTGCTTCACCTCTAACCATAGGTATTGATTGTGCTTTCATGGCTGAGATCATGGCAGCTATTTCTGAAAATTGGGCTTGGGTTTGGCTTGAAACTGATTCTAGGCTTTTAATTCATGCTTATTTTGAGCCGGCTATTGCACCTTGGGATGTTTACAATTGCTGGTTGAATTGTGGAGTCTACGCATACTTTCAACTTTTGGATTTCTCACATTTATAGGGTGAGCAATGCTTGTGCTGATAAGCTTGCCTCTTTTGTTGGCAAAGTTTAGGTTATACTTGGTGGAATTCTCCACCCTCTTTCCTTTCTCAGGAGCTTCTTAGGTATAGAAATGGGCTCCCATCGTATAGACTCAGATAGTTTGGTTTCCTTGGGTATGGTTTGGTCCTCTCAAGTGTACTGATCTTTTTTTCATCAATGATATTCTGGGTGTGCTGTTTAGGTGCGGTTGGGGTTGTTGAGGTGTCAACATAGTTGGGATGCCAACTTCCTTAACTTGACCTTTGCGCACCGCCTCCTTTTTTGCTTGAAAAAAACCCTCTAGCTATAGATTTTGCATTGTTGCAGAAAGTTCTGTTCCTTGTTGACAAATGCAGCAATTTGACATTGGGAAATTTGTTGGTTCTGCTGCATGAACTCGAAGTAAAGCTCATATTTGGCAGAGTTGAGGCTATCTTTTTTTATTTGACTAAGATGCTAGAGGAATGTTGATGTTATAGCAAAGTGTATTGAAGCTGACGTTTGTTCTG

>Glyma18g10770.4   sequence type=transcript   gene model=Glyma18g10770   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
TTCATAACATGCACAGATGCACTAATGCAGCAACCGTAGATATGTGACTTGAAGCATGAAGGTAAGCACGTTAGACTCATTGTTGCAATCTTGCAAATGTCCGAGACACTTCAAACAGCTTCTCTCTCAAACGATCCTCACAGGCCTCATCACCGACCCCTACGCCGCAAGCAGACTCATCAACTTCTCTTCCCACTCCACTACTCTCGTTCCCTTCCACTATTCCCTCCGCATCTTCAACCACCTCCGCAACCCCAACACCTTCACATGGAACACCATCATGCGCGCCCACTTGTACCTCCAAAACTCCCCCCACCAAGCCCTCTTGCATTACAAGCTCTTCCTTGCGAGCCACGCAAAGCCCGATAGCTACACTTACCCGATCCTCCTCCAATGCTGCGCTGCCCGCGTGTCCGAATTTGAGGGCCGGCAGCTGCACGCGCATGCTGTGAGTTCCGGCTTTGATGGGGATGTGTACGTCCGGAACACGCTGATGAATCTGTATGCTGTTTGTGGGAGCGTGGGGAGTGCGCGCAGGGTGTTTGAGGAAAGTCCTGTGTTGGATTTGGTCTCGTGGAACACGCTTTTGGCCGGGTATGTTCAGGCAGGGGAGGTGGAGGAGGCGGAGCGTGTGTTTGAGGGAATGCCGGAGAGGAACACCATTGCTTCGAATTCTATGATTGCGCTCTTTGGAAGGAAGGGGTGCGTGGAGAAGGCGAGGCGGATTTTTAATGGGGTGAGAGGGAGGGAGAGGGATATGGTTTCGTGGAGCGCGATGGTTTCGTGCTATGAGCAGAATGAGATGGGTGAGGAGGCATTGGTTTTGTTTGTGGAGATGAAGGGGAGTGGAGTGGCGGTGGATGAGGTGGTTGTGGTTAGTGCTTTGTCGGCGTGTTCGAGGGTTTTGAATGTTGAGATGGGGAGGTGGGTGCATGGGTTGGCGGTGAAAGTTGGGGTGGAGGATTATGTTAGTCTTAAGAATGCGTTGATACATTTGTACTCGAGTTGTGGGGAGATAGTGGATGCGAGAAGAATTTTCGATGATGGTGGTGAGCTCTTGGATCTGATATCTTGGAACTCGATGATTTCTGGGTACTTGAGGTGTGGTTCAATTCAGGATGCTGAGATGTTGTTTTATTCCATGCCGGAGAAGGATGTTGTGTCTTGGAGTGCTATGATATCGGGTTATGCTCAACATGAATGTTTCTCAGAGGCTTTGGCATTGTTCCAAGAAATGCAGCTTCATGGAGTTAGACCAGATGAGACTGCTTTAGTGAGTGCCATCTCGGCTTGCACCCATCTGGCTACTTTGGACTTGGGAAAATGGATTCATGCTTACATAAGTAGAAATAAGTTACAGGTTAATGTTATTCTGAGCACGACACTTATAGATATGTATATGAAATGTGGGTGTGTGGAAAATGCATTGGAGGTTTTCTATGCAATGGAGGAAAAGGGGGTTTCTACCTGGAATGCTGTCATTCTTGGGTTGGCAATGAATGGTTCGGTAGAGCAGTCACTTAACATGTTTGCAGATATGAAAAAAACTGGGACAGTTCCTAATGAGATAACATTTATGGGAGTTCTTGGGGCCTGTCGGCACATGGGCCTAGTGAATGATGGGCGTCACTACTTTAATTCCATGATCCACGAACACAAAATAGAGGCTAATATTAAGCATTATGGATGCATGGTTGATCTTTTAGGACGTGCAGGTTTGCTTAAAGAAGCAGAGGAACTGATTGATAGTATGCCTATGGCACCTGATGTTGCCACTTGGGGTGCTTTGCTTGGGGCTTGTAGAAAACACCGTGACAATGAAATGGGGGAGAGGCTGGGAAGGAAACTCATTCAGCTTCAGCCTGACCATGATGGTTTCCATGTATTGTTGTCAAATATATATGCTTCAAAAGGAAATTGGGGCAATGTTCTTGAAATTAGGGGAATTATGGCACAACATGGGGTGGTAAAGACACCTGGTTGTAGCATGATTGAAGCAAATGGGACAGTTCATGAATTCTTGGCCGGAGATAAGACACACCCACAAATAAATGATATTGAGCACATGTTAGATGTAGTGGCTGCAAAATTAAAGATTGAGGGCTACGTACCAACCACAAGTGAGGTTTCACTAGACATAGATGAAGAAGAGAAGGAAACAGCACTTTTCAGGCACAGTGAGAAACTTGCAGTGGCCTTTGGACTTATCACTATTTCTCCGCCAACTCCAATCAGAGTTACGAAGAACTTGCGCATATGTAATGATTGCCACACTGTTGTAAAGTTAATCTCCAAAGCATTTGATCGTGACATTGTGGTAAGGGATCGTCATCGCTTTCATCACTTTAAGCACGGAGCTTGTTCCTGCATGGATTTTTGGTAGCAAATTGTAAGTGCTATTAAAGTGAGTGACTATCCTATGCTTCAGGAAGCTGCACCCAATTTTCACAATATTCTGGGCTCGCATATCAAAGCATGAAGAATTGAAGATTTTTCACATTTGGTTTGTTTCCTTGCTGCAGAATCAAATGTCGTTCAATCTTAATGCTCTTGCTGGCAAAGAATGATCGGTAGAGTACCTTATACACTCCAAGATATATCATTCCAACTTTTCTGATGTTGATGATCTATCTTTTCCAGTCTTGAAGCTCCAAGGGTCTGAAGAGAAATGATATGTAATGAAATGTATTATAAGGGTTCTTGTTGTTGCAGATACATCTGTCAATGTTGATTGAGTTTGCATGAAGGGGTTGACCACTCTTCTTGGTGAAGCATGCAATAGTCCAAAGCATCTCTTATTCAGTCCTTTGAATCAATAGCCATTCTTGTGAAGAAGCTGGGGTTGTAGAGGGACTCATCTACTGTATTTGTTTTTGAAGCAAACCCTTTTCTTAGGTTTGGGATAATGCTGGCTGGTGATGTTACTGATTTTTTGCCATGCACACTAAAGTTGTTTGCTCAGGCATTCGGGTTAAACGGACTACCCATCCCACCAATCTATGTGCAAATATTTGAGATTCTTTTATCTTCTAATTTGTGCAAAAGAAACCCAAACAAATGTTCCTTCCCTTTAGCATCTACTCTAGACCTTCTTCAAAAGGTACCAAAGGAGCCAAAAGGATGCCCTTGGCATATTTGACAGCAGGCCAGTTTCTATGCACTGTTAGTATAAACTTTTATACGCTGTCAACCGATAAAAAAGGATGGTAGCAAGAAGAATCTGCAAGAATGAAGAGGATATGAGTTTGTTTCCAGGAATTGGTGTGGCTTTCATTTAGTGCCTACGGAATCTTTACCTTGCTGTATTCATCATCACCTGCAACTATCCAAGGTGAATTGTAACTGTGAACCAAGGGATGCTCCACAATCCTTTCCATTGCATCGGATCATTTGTTGCACAGTCCTTGCTACTAGAAACTGTTTCAACAGCAGTGTATAATGAAAGTCAACATTTGTCAGTGTGACTAAATTTAATGTCTGATGAAGGAATGAATAAAAAGAAACGTTGAATCATTACTCTTCAATTACCTTTTGGTGAAACTTCTGGCTCTTTAATCTTTAGTTGCAATTGCTGATGGTGCTTTGACCTCTGCAAGCTTGCTTCACCTCTAACCATAGGTATTGATTGTGCTTTCATGGCTGAGATCATGGCAGCTATTTCTGAAAATTGGGCTTGGGTTTGGCTTGAAACTGATTCTAGGCTTTTAATTCATGCTTATTTTGAGCCGGCTATTGCACCTTGGGATGTTTACAATTGCTGGTTGAATTGTGGAGTCTACGCATACTTTCAACTTTTGGATTTCTCACATTTATAGGGTGAGCAATGCTTGTGCTGATAAGCTTGCCTCTTTTGTTGGCAAAGTTTAGGTTATACTTGGTGGAATTCTCCACCCTCTTTCCTTTCTCAGGAGCTTCTTAGGTATAGAAATGGGCTCCCATCGTATAGACTCAGATAGTTTGGTTTCCTTGGGTATGGTTTGGTCCTCTCAAGTGTACTGATCTTTTTTTCATCAATGATATTCTGGGTGTGCTGTTTAGGTGCGGTTGGGGTTGTTGAGGTGTCAACATAGTTGGGATGCCAACTTCCTTAACTTGACCTTTGCGCACCGCCTCCTTTTTTGCTTGAAAAAAACCCTCTAGCTATAGATTTTGCATTGTTGCAGAAAGTTCTGTTCCTTGTTGACAAATGCAGCAATTTGACATTGGGAAATTTGTTGGTTCTGCTGCATGAACTCGAAGTAAAGCTCATATTTGGCAGAGTTGAGGCTATCTTTTTTTATTTGACTAAGATGCTAGAGGAATGTTGATGTTATAGCAAAGTGTATTGAAGCTGACGTTTGTTCTG

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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