Report for Sequence Feature Glyma17g11590
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm17
Start: 8698343
stop: 8707808
Source: JGI
Version: Wm82.a1.v1.1
High confidence: yes
A newer version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma17g11590
Database ID Annotation Type Annotation Description Annotation Source Match Score Evidence Code
AT1G15740 AT
Annotation by Michelle Graham. TAIR10: Leucine-rich repeat family protein | chr1:5411509-5414544 FORWARD LENGTH=585
SoyBase E_val: 0 ISS
GO:0005886 GO-cc
Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: plasma membrane
SoyBase N/A ISS
KOG1947
KOG
Leucine rich repeat proteins, some proteins contain F-box
JGI ISS
PTHR23125 Panther
F-BOX/LEUCINE RICH REPEAT PROTEIN
JGI ISS
PTHR23125:SF33 Panther
F-BOX/LRR PROTEIN-RELATED 2
JGI ISS
UniRef100_G7JGL8 UniRef
Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: F-box/LRR-repeat protein n=2 Tax=Medicago truncatula RepID=G7JGL8_MEDTR
SoyBase E_val: 0 ISS
UniRef100_I1MU16 UniRef
Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=1 Tax=Glycine max RepID=I1MU16_SOYBN
SoyBase E_val: 0 ISS
Expression Patterns of Glyma17g11590
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Paralogs of Glyma17g11590
Paralog Evidence Comments
Glyma13g23240 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.
Gene model name correspondences to Glyma17g11590 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma.17g107400 Wm82.a2.v1 IGC As supplied by JGI
References for Glyma17g11590
Transcripts of Glyma17g11590
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma17g11590.3 sequence type=transcript gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.4 sequence type=transcript gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.5 sequence type=transcript gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.6 sequence type=transcript gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
ATTTTTTAATTATTTGTTGGGTCTGCAAGTATAAGACTATTGTTAGAAAATAGGATTTGGAAGGGAGGAAGATCCAACAGAAGAGAGCGGAAGTGGCGGAAGTGGCGGACGTGGGACCCGCATGGTTGAGAATGACCCCACCCTATTCTTATCTCCGCTTTCACTGCCTCCTTCTTCTTCACTTCGTCACTCCACCTTTTCTTTTTTCATTTCTCGCTTTATCCTTAGTTTTTTTTCTTCAACGGATGAAGGAATCATCTTGATCGTACGGAACTTGTTCTATCTTTCCGTAATCGAACTTGGTGGCCACTGTATATAAATAAGTTCAACAACACAATCATTTTGTATATGATCAAATTAAGTGATGGGGGGCATCTGTTCTAGGAAGAGAGATGAGCATGAGCATGTTGTGGAAGATGAATTACACAGAGGAGTCTCGGGGAGGTATTGTAGGAGTGGCAGCACAAAATGGATGAGGGCCAGAAGTTTACGTGCTAAGCCCAATCATTGTGCCGGAGGGGGAACATGCCCCTCCCTCATGGATTTGTGCATAAACAAGATGCGTGAGGATTTTCATAAGTACAATTCATTTTCGATTCTTCCAAGAGACATAAGCCAGCAGATCTTCAATGAATTGGTTGATTCTCACTGCCTGACCCAACTGTCACTCGAGGCTTTTAGAGATTGTGCTCTTCAGGATATTGATTTAGGCGAATATGTGGGAGTGAGCGATGATTGGATGGATGTCATCTCTTCACAAGGGTTGTCTTTACTTTCAGTTGATGTTTCTGGTTCTCAGGTGACAGATAACGGACTGCGATTCCTAAAGGATTGCTCAAATCTTCAAGCATTGACTCTCAATTTTTGTGACCAATTTTCAGAATATGGGCTTAAGCACATTAGTGGTCTTTCAAACTTGACTTCCTTGAGCATCAGGAAGAGCAGCACTGTCAAACCTGATGGAATGCGTGCTTTCTCCAACTTATTTAATTTGGAGAAGTTGGACCTTGAGAGGTGTTCAGATATTCATGGTGGATTTGTTCATCTTAAAGGTTTGAAAAAGCTTGAGTATCTTAATATTGGATGCTGTAAATGTGTTATGGATTCAGACATGAAGTCTATCTCAGAGCTTATAAATTTGAAGGAGTTACAAATTTCCAACAGCAGTATTACTGATATTGGAATTACCTATTTAAGAGGTTTGAAGATGCTTACCACATTAAATGTTGAAGGATGCAATATTACTGCTGCATGTTTAGAGTTTATTCATGCCTTAGCTTCCCTGGCATGCTTAAATCTCAACAGATGTGGTCTCTCTGACGATGGATTTGAGAAAATTTCTGGACTTAAAAACTTGAAGAGGTTGAGCCTGGCTTTTAACAGGATCACAGACGCATGTTTAGTTCATCTGAAAGGCTTAACGAATTTGGAGTATTTGAATCTGGATTATTGCAGGATAGGTGATGACGGGCTTGCTAATTTGACAGGTCTCACTCTCTTGAAAAGTCTAGTGTTGTCTGACACTGACATTGGGAACAGCGGGCTGCGTCATATATCAGGTTTAAAAAAGCTGGAGGATTTAAATTTGTCATTCACCACAGTAACTGATCATGGCCTGAAAAGGCTGTCAGGATTGACACAACTTAAATCACTTAATCTGGATGCCCGACAGATTACCGATGCTGGACTTGCAAATCTTACTAGTCTGAGTGGATTGATAGCATTGGATCTCTTTGGAGCACGCATTTCAGACAATGGAACTACATTTTTACGATCGTTCAAGATCTTGCAATCCCTTGAAATATGTGGCGGAGGATTAACTGATGCCGGTGTAAAAAATATCAGAGAGATTGTCTCCCTGACACAGCTAAACCTGTCCCAGAATTGCAACTTAACGGATAAAACTTTGGAATTGATATCTGGAATGACAGCACTGAGGTCGCTAAATGTTTCAAATTCTCGTATAACCAATGAAGGACTACGGTATTTGAAGCCTTTGAAGAATTTACGCACTCTTACCTTGGAGTCTTGCAAGGTTACTGCTTCTGAAATTAAGAAGCTTCAGTCAACTGATCTTCCAAATTTGATAAGCTTTCGGCCAGAATAAATCAGGAGAATAAGAGAATTCTGTTATCTGCCTGTTGAACAATTCTCTGTACATATTTATGGCTACTGTTTGGATAAAAAAATGTACATAAAAATGGCATGCAAGAATGTAATTATGCTTTATTTTGCATGTTTGTATTTCCCCGTCTAAGAAAAATTGTACATAAATCTTTTTCTTTCTCCCTTTCTCCTCTGGGTAAATATGCCTGGTGGGGCTATCTATAGTATGTGCATAATGTAAGTGTAATAAAGATGTTTGGACCAGAGTGATGGTGCTCATTATTATGTTCGTATAGTAATGAATTGTATTTGACTGAGAATAGAGTTGTTCCCGTTGACTGGCTTTTTATTGTGCTGTTTGCTCATGAATAAG
Coding sequences of Glyma17g11590
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma17g11590.2 sequence type=CDS gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.3 sequence type=CDS gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.4 sequence type=CDS gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.6 sequence type=CDS gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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Predicted protein sequences of Glyma17g11590
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
>Glyma17g11590.2 sequence type=predicted peptide gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.3 sequence type=predicted peptide gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.4 sequence type=predicted peptide gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.5 sequence type=predicted peptide gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma17g11590.6 sequence type=predicted peptide gene model=Glyma17g11590 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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