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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma15g39596

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm15
Start:46380611
stop:46396097
Source:JGI
Version:Wm82.a1.v1.1
High confidence:yes



A newer version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G27190AT Annotation by Michelle Graham. TAIR10: NB-ARC domain-containing disease resistance protein | chr4:13620977-13623934 REVERSE LENGTH=985 SoyBaseE_val: 7.00E-58ISS
GO:0006952GO-bp Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: defense response SoyBaseN/AISS
GO:0005739GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: mitochondrion SoyBaseN/AISS
GO:0000166GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: nucleotide binding SoyBaseN/AISS
GO:0017111GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: nucleoside-triphosphatase activity SoyBaseN/AISS
GO:0043531GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: ADP binding SoyBaseN/AISS
KOG4658 KOG Apoptotic ATPase JGI ISS
PTHR23155Panther LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN JGI ISS
PTHR23155:SF121Panther SUBFAMILY NOT NAMED JGI ISS
PF00931PFAM NB-ARC domain JGI ISS
UniRef100_G7IYN4UniRef Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Cc-nbs resistance protein n=1 Tax=Medicago truncatula RepID=G7IYN4_MEDTR SoyBaseE_val: 0ISS
UniRef100_UPI000233BE3CUniRef Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: UPI000233BE3C related cluster n=1 Tax=unknown RepID=UPI000233BE3C SoyBaseE_val: 0ISS

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma15g39596 not represented in the dataset

Glyma15g39596 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.15g247400 Wm82.a2.v1IGC As supplied by JGI

Schmutz et al. 2010
  Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
  Nature 2010, 463:178-183

>Glyma15g39596.10   sequence type=transcript   gene model=Glyma15g39596   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
CAAGGGAGTTAGTATATAGAGAGAGAAAAACTTGAGCAGCATTTCTCCATAGAGCAATACAAAGTGAAGCATGCTTTCTGAATAAGCATACTTGAGTCTAGAGAGATAGGAAGTGAGAGAGGAAGGTGTATGTTGCTACCTCTTTCACATTAGCTACCACCAACAAAGTTATCAGATAGTACTAGGGGCTGGCCATGGATGCGATAGCTCATGTCCCAGGTGTTTCTCAAATTGCTAATTATGTGATTACATTTATTAAGGATCAAATTGGGTACATATCCTCCTACGAGGAAAACCTTGAAAAGCTTATGACCCAGGTTCAAACTCTGGAGGATACTCAAGTTCTTGTGAAGAACCGGGTTGCTGAGGCTGAAAGGAACGGATACAAGATTGAAAATATTGTACAGAATTGGCTCAAGAATGCAAATGAGATTGTTGCTGAGGCAAAGAAAGTCATTGATGTTGAAGGAGCTACATGGTGTCTGGGACGATATTGTCCCTCTCGGTGGATAAGATGTCAGCTGAGCAAGCGTCTTGAAGAAACGACAAAAAAGATTACAGATCACATAGAGAAAGGAAAAATTGATACAATTTCTTACCGTGATGCGCCTGATGTCACAACTACACCATTTTCTAGAGGTTATGAAGCACTGGAGTCCAGAACATCAATGCTGAATGAGATTAAGGAAATTCTTAAGGATCCTAAAATGTACATGATTGGGGTGCATGGCATGGGTGGCGTGGGTAAAACCACTCTTGTGAATGAGTTAGCTTGGCAAGTAAAAAAAGATGGATTATTTGTTGCTGTAGCCATAGCCAATATAACCAATTCTCCAAATGTGAAAAAAATTCAAGGCCAAATTGCTGATGCATTGTGGGATCGGAAGCTTAAAAAAGAGACAGAAAGTGGAAGAGCAATAGAACTGCGTGAAAGGATAAAAAAGCAGGAGAAAGTTCTTATTATTCTTGATGACATTTGGAGTGAACTTGATTTGACGGAAGTGGGAATTCCTTTTGGTGATGAACACAATGGTTGCAAATTGGTGATAACTTCCAGAGAACGTGAAGTGCTGATAAAGATGGACACTCAAAAAGATTTTAATCTTACAGCTTTACTGGAGGAGGATAGTTGGAATTTGTTCCAGAAAATAGCAGGTAATGTTAATGAAGTTAGTATAAAACCAATTGCAGAAGAAGTGGCAAAATGTTGTGCTGGTTTGCCTCTTTTGATCACAGCCTTGGGAAAGGGTTTGAGAAAAAAGGAAGTCCATGCTTGGAGGGTTGCCCTGAAACAACTAAAGGAATTTAAGCATAAAGAGTTGGAGAATAATGTCTACCCTGCTTTGAAGTTAAGTTATGATTTTTTAGATACAGAGGAATTGAAGTCACTATTCTTATTTATTGGTTCATTTGGACTAAATGAGATGCTCACTGAAGATTTGTTTATATGCTGTTGGGGGTTGGGCTTTTATGGTGGCGTGGACAAATTGATGGAGGCAAGAGACACACATTACACATTAATAAATGAGCTTAGGGCCTCTTCATTATTGCTTGAAGGTAAACTTGATTGGGTTGGAATGCATGATGTTGTGCGTGACGTGGCTAAATCAATTGCATCTAAGTCTCCTCCGACCGACCCGACCTATCCCACCTATGCAGATCAGTTTGGCAAGTGCCATTATATTAGATTTCAGTCTTCCTTGACTGAAGTCCAAGCTGATAAATCTTTCTCTGGGATGATGAAAGAAGTGATGACTTTGATTTTACATAAAATGTCCTTCACCCCTTTCCTACCCCCTTCTCTCAATCTCTTGATAAACCTTCGCTCATTGAATCTGAGAAGATGTAAATTGGGAGACATAAGGATAGTGGCCGAACTCTCAAATTTAGAAATTCTTTCCTTGGCCGAGTCTAGTTTTGCAGACCTCCCAGTTGAAATAAAACATCTGACTCGTCTTCGTTTGCTAAATTTAACAGACTGCTATGATCTAAGAGTCATTCCTACAAATATTATATCAAGTTTGATGTGCTTAGAAGAATTGTACATGGGAGGTTGCAATAATATTGAATGGGAGGTTGAAGGAAGCAAAAGTGAAAGCAACAATGCTAACGTACGTGAGTTACAGGATTTGCATAATTTGACAACTTTGGAGATATCATTCATAGATACTTCGGTTTTGCCAATGGACTTCCAGTTCCCTGCAAATCTCGAAAGATACCACATATTGATTAGTGATCTGGGGGAATGGGAGTTGTCTTCAATATGGTATGGTAGAGCTCTCGGAAGAACACTTAAGCTCAAAGACTATTGGCGGACGAGCAGATCGTTGTTCACCACAGTTGAGGACTTGAGATTTGCTAAATTAAAGGGTATTAAGGATTTGTTGTATAATTTGGATGTGGGAGGTTTTTCTCAATTAAAGCATTTGTATATCCAAGACAATGATGAATTGTTGTACCTCATTAACACAAGAAGGTTGATGAATCACCATTCTGCATTCCTCAATTTGGAGACTTTGGTTCTTAAGTTGCTGTATAAGATGGAAGAAATATGTCATGGTCCAATGCAGACACAGTCTCTTGCAAAGCTAAAAGTTATTAAAGTTACATATTGCAATGGGTTGAAGAATCTATTTTTGTATTCTCTCACAGGAAACCTTTCTCAACTTCATGATATGGAAATTTCTCATTGTAGAGGTATGACAGAGATCATAGCTATGGAAAAACAAGAGGATTGGAAAGAACTTCAACAGATTGTTCTGCCTGAATTGCATTCTGTCACTTTAGAAGGTTTACCTGAGCTTCAGAGTTTCTATTGTTCTGTAACAGTCGATCAGGGTAATCCATCCGGTCAGAGCAATACTTTGGCACTGTTTAATCAACAGGTTCAATTTCCAAACTCGGAGACAGTGAAAATCAGCATCATGAATGATTGGGAATCAATATGGCCTAATCAAGAGCCTCCAAATTCCTTCCATCACAATCTGGATATTGACATTTATGACTGTAAAAGCATGGATTTTGTCATTCCCACCTCTGCTGCTAAAGAGTTTCATCAGCAGCACCAATTTCTTGAAATAAGATCGTGTGGCATAAAGAATATTGTTGAAAAAAGTGATATTATTTGTGATATGACGCATGTTTACCTTGAAAAAATAACTGTAGCAGAGTGTCCAGGCATGAAGACCATAATTCCATCCTTTGTGCTATTTCAGTGTTTAGATGAATTGATTGTGTCCAGTTGTCATGGACTGGTAAATATTATAAGGCCATCAACAACCACAAGTTTACCAAACCTCCGCATTTTAAGGATAAGTGAATGTGATGAGCTAGAGGAAATTTATGGAAGCAATAATGAGAGTGATGATACACCACTGGGCGAGATTGCTTTTAGGAAATTGGAGGAATTGACATTGGAATACTTACCGAGGCTCACAAGCTTTTGCCAGGGAAGTTATGGCTTCAGGTTTCCATCATTACAAAAGGTACATTTGAAAGATTGTCCAATGATGGAGACTTTTTGTCAGGGAAACTTAACCACACCAAGCCTCACAAAGGTGGAATATGAAGGGATACAATATGTTTGGCATTCTAGTAAACTGAGTGAAGATCATTGGTATGGCGACCTTAATACTACTGTTAGAACAGTTTTCACTAAAAAGGATCAATATAATCCAGATTTGGAGAAACTGGATATCAGAAACAACAAAAATTTGAAGTCCATATGGCCTAATCAAGTGACTCCAAATTCCTTTCCTAACCTGACGCAAATTGTCATTTATTCCTGTAAAAGCCAGTATGTCTTTCCCAACCATGTGGCCAAAGTGCTTCGGCAGCTCCAAGTTCTTAACATAAGCTGGAGTACCATAGAGAATATTGTTGAAGAAAGCGATAGTACTTGTGATATGACGGTTGTTTATCTTCAAGTACAATATTGTTTTGGTATGATGACCATAGTCCCATCCTCTGTCCTGTTTCATTCTTTAGATGAATTGCATGTGTTCTGTGGTGATGGACTAAAAAATATTATAATGCCATCAACAATCGCAAACTTACCAAATCTCCGCATTTTAAGTATAAAGTACTGTTATTGGCTAGAGGAAATTTATGGAAGCGATAATGAGAGTGATGCACCACTTGGCGAGATTGCTTTTATGAAATTGGAGGAATTGACATTGGAATACTTACCGAGGCTCACAAGCTTTTGCCAGGGAAGTTACAACTTCAAGTTTCCATCATTACAAAAGGTACATTTGAAAGACTGTCCCGTGATGGAGACTTTCTGTCATGGAAACTTAACCACAACCAACCACATTGAGGTGCGATGCCTACATGGATGGCGTTATGAAGAATCAGAAGATCAGTGGGATGGTGACCTTAATACTACCATTAGAACAATTTTCACTAAAAAGAAAAGTGAACAAGATTGAATTCATCATTAGTATCAGACCACGGCCGAATATGTCTATTATTAAGACATTGAGCTGCAGGTATTTAGGTACTCGGTTTGATTTGAATTTGACACATCCGATACTTGCCTTTTGGCCAGCGAGTCCTTGCCAATAAATCAACATTCTTTGGTCTCTTTCATGCTTGTCATCAACAACAACACTTAGATGTTTTCTAATTTCTTTTTTGTATTTAAATATTGAACTTTATGTAACGATCTGAGATGTGAAATTTATTTTTCTCGTCATGTTGTAACTGTGTATATGTAACATCCGTACAAAAATCACTTGATCAAATTACATCATTATAGAGTCATAACTTAAAAATGAGGTTGCTACTTAGTTGGGTTAAGCACGTGAAGTCAGGAAGTCCAAGTCATATTTGATTGTGTATCTACTTAGTTGGGTTAAGCACGTGAAATCTTGGTGAATTCCATCGCCACATTAATTTTCCTGAATGTGATTGTGTCCATTGTGTTTAACATTGGAGAGATAGAGCTTGTAAATGCAACTCCTTATGTGCTATTATTCAACTCGTCTGCGGCTGTGAAG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>Glyma15g39596.11   sequence type=transcript   gene model=Glyma15g39596   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
CTAATATTATATACTAATCTTTTGCCAAGTTTGACCTGAAACAGTAGAAAGGAGTTAAATGACAAGGGAGCTAGTATATACATAGAGAAAGACTTGAGCAGCATCTCGAGAGAGAGCAATACAAAGTGAAGCAGCATAAGCATACTTGAGTCTAGAGAGATAGGAAGTGAGAGAGGAAGGTGTATGTTGCTACCTCTTTCACATTAGCTACCACCAACAAAGTTATCAGATAGTACTAGGGGCTGGCCATGGATGCGATAGCTCATGTCCCAGGTTCAAACTCTGGAGGATACTCAAGTTCTTGTGAAGAACCGGGTTGCTGAGGCTGAAAGGAACGGATACAAGATTGAAAATATTGTACAGAATTGGCTCAAGAATGCAAATGAGATTGTTGCTGAGGCAAAGAAAGTCATTGATGTTGAAGGAGCTACATGGTGTCTGGGACGATATTGTCCCTCTCGGTGGATAAGATGTCAGCTGAGCAAGCGTCTTGAAGAAACGACAAAAAAGATTACAGATCACATAGAGAAAGGAAAAATTGATACAATTTCTTACCGTGATGCGCCTGATGTCACAACTACACCATTTTCTAGAGGTTATGAAGCACTGGAGTCCAGAACATCAATGCTGAATGAGATTAAGGAAATTCTTAAGGATCCTAAAATGTACATGATTGGGGTGCATGGCATGGGTGGCGTGGGTAAAACCACTCTTGTGAATGAGTTAGCTTGGCAAGTAAAAAAAGATGGATTATTTGTTGCTGTAGCCATAGCCAATATAACCAATTCTCCAAATGTGAAAAAAATTCAAGGCCAAATTGCTGATGCATTGTGGGATCGGAAGCTTAAAAAAGAGACAGAAAGTGGAAGAGCAATAGAACTGCGTGAAAGGATAAAAAAGCAGGAGAAAGTTCTTATTATTCTTGATGACATTTGGAGTGAACTTGATTTGACGGAAGTGGGAATTCCTTTTGGTGATGAACACAATGGTTGCAAATTGGTGATAACTTCCAGAGAACGTGAAGTGCTGATAAAGATGGACACTCAAAAAGATTTTAATCTTACAGCTTTACTGGAGGAGGATAGTTGGAATTTGTTCCAGAAAATAGCAGGTAATGTTAATGAAGTTAGTATAAAACCAATTGCAGAAGAAGTGGCAAAATGTTGTGCTGGTTTGCCTCTTTTGATCACAGCCTTGGGAAAGGGTTTGAGAAAAAAGGAAGTCCATGCTTGGAGGGTTGCCCTGAAACAACTAAAGGAATTTAAGCATAAAGAGTTGGAGAATAATGTCTACCCTGCTTTGAAGTTAAGTTATGATTTTTTAGATACAGAGGAATTGAAGTCACTATTCTTATTTATTGGTTCATTTGGACTAAATGAGATGCTCACTGAAGATTTGTTTATATGCTGTTGGGGGTTGGGCTTTTATGGTGGCGTGGACAAATTGATGGAGGCAAGAGACACACATTACACATTAATAAATGAGCTTAGGGCCTCTTCATTATTGCTTGAAGGTAAACTTGATTGGGTTGGAATGCATGATGTTGTGCGTGACGTGGCTAAATCAATTGCATCTAAGTCTCCTCCGACCGACCCGACCTATCCCACCTATGCAGATCAGTTTGGCAAGTGCCATTATATTAGATTTCAGTCTTCCTTGACTGAAGTCCAAGCTGATAAATCTTTCTCTGGGATGATGAAAGAAGTGATGACTTTGATTTTACATAAAATGTCCTTCACCCCTTTCCTACCCCCTTCTCTCAATCTCTTGATAAACCTTCGCTCATTGAATCTGAGAAGATGTAAATTGGGAGACATAAGGATAGTGGCCGAACTCTCAAATTTAGAAATTCTTTCCTTGGCCGAGTCTAGTTTTGCAGACCTCCCAGTTGAAATAAAACATCTGACTCGTCTTCGTTTGCTAAATTTAACAGACTGCTATGATCTAAGAGTCATTCCTACAAATATTATATCAAGTTTGATGTGCTTAGAAGAATTGTACATGGGAGGTTGCAATAATATTGAATGGGAGGTTGAAGGAAGCAAAAGTGAAAGCAACAATGCTAACGTACGTGAGTTACAGGATTTGCATAATTTGACAACTTTGGAGATATCATTCATAGATACTTCGGTTTTGCCAATGGACTTCCAGTTCCCTGCAAATCTCGAAAGATACCACATATTGATTAGTGATCTGGGGGAATGGGAGTTGTCTTCAATATGGTATGGTAGAGCTCTCGGAAGAACACTTAAGCTCAAAGACTATTGGCGGACGAGCAGATCGTTGTTCACCACAGTTGAGGACTTGAGATTTGCTAAATTAAAGGGTATTAAGGATTTGTTGTATAATTTGGATGTGGGAGGTTTTTCTCAATTAAAGCATTTGTATATCCAAGACAATGATGAATTGTTGTACCTCATTAACACAAGAAGGTTGATGAATCACCATTCTGCATTCCTCAATTTGGAGACTTTGGTTCTTAAGTTGCTGTATAAGATGGAAGAAATATGTCATGGTCCAATGCAGACACAGTCTCTTGCAAAGCTAAAAGTTATTAAAGTTACATATTGCAATGGGTTGAAGAATCTATTTTTGTATTCTCTCACAGGAAACCTTTCTCAACTTCATGATATGGAAATTTCTCATTGTAGAGGTATGACAGAGATCATAGCTATGGAAAAACAAGAGGATTGGAAAGAACTTCAACAGATTGTTCTGCCTGAATTGCATTCTGTCACTTTAGAAGGTTTACCTGAGCTTCAGAGTTTCTATTGTTCTGTAACAGTCGATCAGGGTAATCCATCCGGTCAGAGCAATACTTTGGCACTGTTTAATCAACAGGTTCAATTTCCAAACTCGGAGACAGTGAAAATCAGCATCATGAATGATTGGGAATCAATATGGCCTAATCAAGAGCCTCCAAATTCCTTCCATCACAATCTGGATATTGACATTTATGACTGTAAAAGCATGGATTTTGTCATTCCCACCTCTGCTGCTAAAGAGTTTCATCAGCAGCACCAATTTCTTGAAATAAGATCGTGTGGCATAAAGAATATTGTTGAAAAAAGTGATATTATTTGTGATATGACGCATGTTTACCTTGAAAAAATAACTGTAGCAGAGTGTCCAGGCATGAAGACCATAATTCCATCCTTTGTGCTATTTCAGTGTTTAGATGAATTGATTGTGTCCAGTTGTCATGGACTGGTAAATATTATAAGGCCATCAACAACCACAAGTTTACCAAACCTCCGCATTTTAAGGATAAGTGAATGTGATGAGCTAGAGGAAATTTATGGAAGCAATAATGAGAGTGATGATACACCACTGGGCGAGATTGCTTTTAGGAAATTGGAGGAATTGACATTGGAATACTTACCGAGGCTCACAAGCTTTTGCCAGGGAAGTTATGGCTTCAGGTTTCCATCATTACAAAAGGTACATTTGAAAGATTGTCCAATGATGGAGACTTTTTGTCAGGGAAACTTAACCACACCAAGCCTCACAAAGGTGGAATATGAAGGGATACAATATGTTTGGCATTCTAGTAAACTGAGTGAAGATCATTGGTATGGCGACCTTAATACTACTGTTAGAACAGTTTTCACTAAAAAGGATCAATATAATCCAGATTTGGAGAAACTGGATATCAGAAACAACAAAAATTTGAAGTCCATATGGCCTAATCAAGTGACTCCAAATTCCTTTCCTAACCTGACGCAAATTGTCATTTATTCCTGTAAAAGCCAGTATGTCTTTCCCAACCATGTGGCCAAAGTGCTTCGGCAGCTCCAAGTTCTTAACATAAGCTGGAGTACCATAGAGAATATTGTTGAAGAAAGCGATAGTACTTGTGATATGACGGTTGTTTATCTTCAAGTACAATATTGTTTTGGTATGATGACCATAGTCCCATCCTCTGTCCTGTTTCATTCTTTAGATGAATTGCATGTGTTCTGTGGTGATGGACTAAAAAATATTATAATGCCATCAACAATCGCAAACTTACCAAATCTCCGCATTTTAAGTATAAAGTACTGTTATTGGCTAGAGGAAATTTATGGAAGCGATAATGAGAGTGATGCACCACTTGGCGAGATTGCTTTTATGAAATTGGAGGAATTGACATTGGAATACTTACCGAGGCTCACAAGCTTTTGCCAGGGAAGTTACAACTTCAAGTTTCCATCATTACAAAAGGTACATTTGAAAGACTGTCCCGTGATGGAGACTTTCTGTCATGGAAACTTAACCACAACCAACCACATTGAGGTGCGATGCCTACATGGATGGCGTTATGAAGAATCAGAAGATCAGTGGGATGGTGACCTTAATACTACCATTAGAACAATTTTCACTAAAAAGAAAAGTGAACAAGATTGAATTCATCATTAGTATCAGACCACGGCCGAATATGTCTATTATTAAGACATTGAGCTGCAGGTATTTAGGTACTCGGTTTGATTTGAATTTGACACATCCGATACTTGCCTTTTGGCCAGCGAGTCCTTGCCAATAAATCAACATTCTTTGGTCTCTTTCATGCTTGTCATCAACAACAACACTTAGATGTTTTCTAATTTCTTTTTTGTATTTAAATATTGAACTTTATGTAACGATCTGAGATGTGAAATTTATTTTTCTCGTCATGTTGTAACTGTGTATATGTAACATCCGTACAAAAATCACTTGATCAAATTACATCATTATAGAGTCATAACTTAAAAATGAGGTTGCTACTTAGTTGGGTTAAGCACGTGAAGTCAGGAAGTCCAAGTCATATTTGATTGTGTATCTACTTAGTTGGGTTAAGCACGTGAAATCTTGGTGAATTCCATCGCCACATTAATTTTCCTGAATGTGATTGTGTCCATTGTGTTTAACATTGGAGAGATAGAGCTTGTAAATGCAACTCCTTATGTGCTATTATTCAACTCGTCTGCGGCTGTGAAGAAGATTGTTGGTGGCTTAGAAAGATAGAATCTAAGAGAGAAAAA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>Glyma15g39596.12   sequence type=transcript   gene model=Glyma15g39596   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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