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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research




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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma13g16630): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma13g16630

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm13
Start:20546293
stop:20559014
Source:JGI
Version:Wm82.a1.v1.1
High confidence:yes



A newer version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT2G19390AT Annotation by Michelle Graham. TAIR10: unknown protein; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT4G29790.1); Has 203 Blast hits to 188 proteins in 60 species: Archae - 0; Bacteria - 11; Metazoa - 24; Fungi - 34; Plants - 93; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink). | chr2:8390136-8396477 REVERSE LENGTH=1211 SoyBaseE_val: 0ISS
GO:0008150GO-bp Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: biological process SoyBaseN/AISS
GO:0005634GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: nucleus SoyBaseN/AISS
GO:0003674GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: molecular function SoyBaseN/AISS
UniRef100_O64572UniRef Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Expressed protein n=1 Tax=Arabidopsis thaliana RepID=O64572_ARATH SoyBaseE_val: 0ISS
UniRef100_UPI000233C5E7UniRef Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: UPI000233C5E7 related cluster n=1 Tax=unknown RepID=UPI000233C5E7 SoyBaseE_val: 0ISS

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma13g16630 not represented in the dataset

Glyma13g16630 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

To see more experiments click HERE

ParalogEvidenceComments
Glyma17g06040 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.13g106700 Wm82.a2.v1IGC As supplied by JGI

Schmutz et al. 2010
  Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
  Nature 2010, 463:178-183

>Glyma13g16630.11   sequence type=transcript   gene model=Glyma13g16630   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
GTCCAATTGCTGGCGATCATGATCAAAACACCGGACTCCATGGCTTCGCCTTGTACGAATTTGGAGCTCCAACTCAGAGTCGGGCAACTCAACTCTTCCTAATTCCAACTTTCCCTTCGATTCTCTCCATCGCCAATTGCACTCTCTCATCGTTGCGATATTCAAGGTCTTCAAATTTGAATTTCGCTCTATTTTTTTCCATCTCTCCTGATTCAACTTCTAGGGTTTTGTTTTTCTGCAGTTTGTAATGCTCTTGCTGCTTCACGAAGGTGCTTTGTTCAATTGTTCTCTTGTAATTTAGATTTGCCCTTTATGTGCCATAGTGCTGCATCCTTGTCATGCACCAGTCTCTGCTCTGTATTTTTGACTCAAAGGATGTGTGGGAACTAGGGCAATGGCAACATCTAGCAAGTTTGATCCATCTTCTAGTAGCCCGGACAAACCATTGTACCCTGGGCAACGTGGATCCCACATAGCTGCTTCATTAGATAGATCAGGTAGCTTTCGCGAAAGCATGGAAAATCCAATTCTGTCTTCTCTTCCGAACATGTTAAGAAGCAGTTCTCTAGCAACAAATGGAGATGTGGAAAGCTTCTTCAATTATGTGCGTTTTGATCCAAAGTTGTTAACACTAGAGCATAAGTCTAATCGTCAAATGGATTTTAAGCGACATGTTAATGCTGCTCTTGGAATTTCACCTGATGAATCTCCATCTAGTTCTTCAAAAGGCAAGCTACTGCCATCGCCTGTACCAGAAGACATGAAACGGGTAAAGGATGCTTTGGGTGCAAACATTGTGAAGGCAAGGGAACGTGTGAAAATGTTTAGTGAGGCTTTATCTGTATTCCATGAAGTTTTCCCAGCTATAACTTCAAAGAAAAGATCTCGAGCTGAAGGTTTTTCTAATGACCGTTCTAATGTCATGTTAAGTGATCGTCCAGTCTTGGGGCCAAGCATAGGCAAGGTTGGAGTTCAAGGTCATCCTGTCACAGGTGGTTTTGAACTTGAGCAGCAAAAGTCTGATGAACGTACCAAAAATGTTGTTCCAAACAAGCGCACTCGAACTTCTATGGTTGATGTAAGGATGGATGTGCGGACTAATTCTCTCGTCAGGCCATCAGGGACAGTTGACAGAGATAAGGAAAAGCTACGGATTGCCAACAATGGTGTCGTTCAGAGTGAAGAACGAACCTTACCTATTGGAGGTGATGGTTGGGAAAAGTCAAAAATGAAGAAGAAGCGTTCCTGTATCAAACTAGATGTTTCTCCAAGTACAACATTGACTAAACCTGTTAACACCTTCCAAGAAACTAAACAGGGAATGCAACAAAGACTTGCTACCGATTCGCGATCAAAATTGACTAATGATTCTCATTCTTTCAGGGCAACTGCACGTGATGAATTTAATTCAGCTAGCCCTACCTCAAGTGCCAAAATAAACACTGCTATTCGGGCTCCACGATCAGGTTCTGGAGTTGCCCCCAAGTTGTCACCAGTTGTCCATAGAGCAGGTGTTTCTAATGATTGGGAACTGTCTCACTCTACCACAAAGCCCCCTGCTGCTGGTGGTACTAACAATCGTAAACGTGTAGCATCAGCACGGTCATCTTCCCCACCTGTTGTCCCCTGGCAGAGACCACAAAAGAGCTCTCGCACTGCTAGAAGAACAAATTTCATGCCTATTGTTCCAAATAGTGATGAAGCTTCAGCTTTGGATACTGCATCTGATGTGGCTGGTAATGATCTTGGGTTAGGATTTGCCAGACGCTTGGCTGGCAGTTCTCCTCAGCAAATTAAACAAAAAGGTGATCCTTCATCTTCAGCTGCCTTGTCTGAAAGTGAAGAGTCAGGGGTAGCTGATGTTAAACCAAAAGAAAAGGGTAGGAAAGCGGAAGAGATAGATCAGAAATCTGGACAAAATGTTCAAAAGGTGTCTAATATGGTATTGCCAACAAGAAAGAATAAGCTTGTTTCTGGGGAAGAACATGGAGATGGTGTTCGGAGGCAAGGGAGGACAGGACGCAGTCTTGCTGCCACAAGGTCAATGATTCCAATGACATCTGAGAAGCTTGGGAATATAGGAACTGCAAAACAGCTTAGAAGTGCAAGACTAGGATCCGATAAGAATGAAAGCAAGGCAGGTCGTCCACCATCCAGGAAACTTTCTGATCGCAAGGCCTATGCACGTCAAAAGCCTGCTATTAATGCAGCTGCAGATTTTTTTGTTGGGTCGGAAGATGGACATGAAGAGCTGCTAGCTGCTGTAAAGGGTGTTATCAACTCTGCTCATGCATTCTCCAGCCCCTTCTGGAGGCAGATGGAGCCTTTCTTCAGTTTGATAACTGAGGAGGATATTACTTACTGGAAGCAAAAGGTAAATCTTGAATCAAGCACTCTGACACCAACTCCCGTTCCTTCAAATATAGATGGCTGTGAAACCATTGTTAATGGATATGGGTTGATGGGCTGTGAAAGAGATGCTGGATTTGATGCTCAATGGAATGCTGGAATTGTTGCAGAACAGTCACAACTATCTAAGGGAGATCATAATGTGATTCCTCTCTGTCAAAGGCTTATAGCTGCTTTAATCTCAGAGGAGGAGTGTAGTGGTGGAAGTGAACACTTCAAGTTTGATGCATATGATAATGAATTTGAGCCTGATCGGGAACCAGAATTGAATGGTTTGGATCACCACTCAGGAACAGATTTTCAGTTTGCTTGTCATTCTGCTTATAATGGTTTCAGGATTTTGGACAAGCCAGAACAGGATGAAACTGAAAGGGATATAGTTGGTATTCCTCCAACTGGGTTGAATTCAAGCTTTGATAAATCCGTAAATGGTTTTCTTCATGATAAAGCAATGTCTAGCTTCACCTGTTCAGAGTTACAATATGATAGCTTGGATATAAATGATAAGCTTCTCTTGGAGCTTAAAAGTATTGGAATTTCCCCAGCACCAGTGCCTGATATGTTGCAAACAGATGATGAAGGAATATCAGAGGATATTATTAGGTTGGAGGAGCTTTACCTAGGACAGATTTCCAAGAAGAAAAACTTGCTATATGGATTGTTCGAATCTGCCTCAGTGGATAAAGAACTTCAAGAAAAGGATTTTGAGCAACGTGCTCTAGATAAACTTGTTGTGATGGCTTATGAGAAATACATGGCTTGTTGGGGTCCTAGTCCCTCTGGTGGGAAAAATACAAGCAACAAAATGGCCAAGCAAGCTGCATTGGGATTTGTCAAACGGACATTGGGGCGATGCCATCAATTTGAAGATACTGGCAAGAGCTGCTTCAGTGATCCTTTATTCAAGGATATGTTCCTTGCTGAATCCTCAAAACCTTATGCCTCTTCCCTTTCTGTGGAAGCAAGAACAGCTTCCATGGGTTCACAGCAGAGCCCATCACAGTTTAGTCAGAATATGGATAATCATGATCTCAATTCATCAGATGTGCTTCCTGGTTTAAATTACTCATCTGAGCAAACAAGTGGGAAGGAAGATCTCTGGTCAAACAGAGTGAAGAAGAGGGAATTGTCCCTTGACGATGTTGGCGGTACTCCAGGTATTTCTAGTGCTCCAGGCATCGGAAGTTCTGTAACAAGCAGTGCAAAAGGAAAGAGAAGTGAGAGAGACAGAGACGGAAAGGGGCACAGCAGGGAGGTACTATCCAGAAATGGAACTACTAAAGTTGGTAGGCCAGCATCATCCAGTGCTAAGGGAGATAGAAAATCTAAAACAAAGCCTAAGCAGAAAGCAACTCAGAATTCTGTTTCTGTGAATGGCCTCCTTGGGAAGCTAACAGAGCAACCAAAACCAGCATTGCCTTCTGTTCCAAAGTCTAATGAAATGCCTACAAATAGCAATGCAAAGGAAAAGGATGAGTTTGGCTTGGGTGGATTGGATGACCACGAGCCTATTGACTTGTCCAACCTGCAGCTACCTGGAATGGATGTACTTGGTGTTGGTGATGACCAAGGTCAGGATCTTGGTTCGTGGTTGAATATTGATGATGATGGATTACAAGATCATGATGACTTTATGGGCGGCCTTGAAATCCCAATGGATGATCTATCGGACTTGAATATGATGGTTTGAAGCTGCTTTTTTTGTATAGTCCTGTTCAGTATACCAATAACAAAGCAAACAAAGTACGTTGAAGAAATGACTAGTTACATAGGATGGTCTTATGGCTAATCCCGTCCACAATTAGGTTATATAGATTCTTTGGTAGACTATTCCCTCCAAGTTGTTTTTGAGTGACCTTTCCAGCTGTTTCGGATTTTGCTCGTGTTAAAGTTCATGACTTCCACTGTAAAGATCTTTTTGTTCAAGGTACAAGTTAGCATTCCTGGTAATTATATCTTAGCAAACACTTCCTGGTTGTAGCTCTTACAAATCAGAGAACAAGACCTCTTGTACATACATTTAATATTTCTAATAAAATCAGCTTTTCATTTGCCGAAATTACACCTAGCTGGTCACTCTGTTGGTCTCCCTTCTCTCCCCCTGCTCCTTGGGTTTTCTTTTCCTGGCACTTTGTGTTTTGCAGATACGTAACTCAATGTGATATAGTGCAAGTGGTTTGCTTCAGTGGCTTCATCCAGATAATCCAGTTGCTGTGCTACTTTAGGTATATGAAGCAGATTCTGGGTATTTCATCGCTCAGTCTCTCTCTCTCTCTGTCCAATTAAGGTTGAAAATGAATCTGGATTACACATGTTGCCTGATATTGTAATAACCCATGCATAAAAGGTCTTGCAAAAGAGCTGAGAGTTGTTAATATTCATTCTAGTTGATTTTGACTTCTCAGATGCCGTCATTGGATGAATTACAACCTTTGATGATTGAAGGGAGACCTTTTTGAGTAATTTCAAGTATTCTTGACAGGATTAACCTTTGTAAGAAATTAATGTGTCAGGGAATTTTCTTCCCTGATGAAATTGAGCTGCAGTTCCCTTTATGCAGGGAGGTAAGTTTTGAATCCTTTCTGGCCTTCCTAACTTCAAACTTTCTATTTAAATTTTCATGTGTATATAGTGGAAGACTATTCGATGATATTGTAGTAAAATTACATTGGGACATCAAACACGCATAAAATTCATGCGGCTCACATGGATTATCTTCCTCCTTAAGCCAGAGACTTTCCTCTATGTAATTACATATTATAGGTTGCTGTGACCAGGGTTTTCCTTTATATTGGGACTTGATGTGAACAAGTCAACAATTTAGTTTAGTTTTTAATTTTTACATGGCTGTCTGCTTCAAAATTAAGAATAATGCAACAAAAAATAATTGATCGATAATGGGATTCAATATAGTTTTGTTGTGAGAGTTGAAGTTCGATTCTCGTTCAGAAACCTTTAAAAGAAAACC

>Glyma13g16630.12   sequence type=transcript   gene model=Glyma13g16630   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma13g16630.9   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma13g16630   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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