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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma09g41880

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm09
Start:46559734
stop:46584494
Source:JGI
Version:Wm82.a1.v1.1
High confidence:yes



A newer version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT5G23110AT Annotation by Michelle Graham. TAIR10: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein | chr5:7758307-7775509 FORWARD LENGTH=4706 SoyBaseE_val: 0ISS
GO:0005737GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: cytoplasm SoyBaseN/AISS
GO:0009506GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: plasmodesma SoyBaseN/AISS
GO:0005524GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: ATP binding SoyBaseN/AISS
GO:0008270GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: zinc ion binding SoyBaseN/AISS
PTHR15600Panther FAMILY NOT NAMED JGI ISS
PTHR15600:SF1Panther gb def: putative protein [arabidopsis thaliana] JGI ISS
UniRef100_B9SMC2UniRef Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Protein binding protein, putative n=1 Tax=Ricinus communis RepID=B9SMC2_RICCO SoyBaseE_val: 0ISS
UniRef100_I1L779UniRef Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=2 Tax=Glycine max RepID=I1L779_SOYBN SoyBaseE_val: 0ISS

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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ParalogEvidenceComments
Glyma20g00565 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.09g282200 Wm82.a2.v1IGC As supplied by JGI

Schmutz et al. 2010
  Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
  Nature 2010, 463:178-183

>Glyma09g41880.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma09g41880   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
TCATCAAGGGTAGACGTAGTCACGTAGCCACCTCACAAAGGTTGAAAACGTAAAGACACGCAAGCATCTCTCAAAGTCTCTTGAAAGAGAGACCCCAACTACTATAGAAAACAACCGCGAAATTCTTGTGTCTGAAGCCAACGAGATCAACAAAATCACTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGCACGACAAAACCGAATCAAAATCAAAACCTCCGATGCACAATCGATAGAACGAAACCCTCCGATAACAATGGCGTCGTCTCCGGAATCGATTTTTCTGGAAGACTTCGGGCAGACGGTTGATCTGACGCGGCGCATCCGCGAGGTTCTGCTGAACTACCCGGAGGGAACCACCGTCCTGAAAGAGCTCATACAGAACGCCGACGACGCCGGCGCCACCACCGTCTCGCTCTGCCTCGACCGCCGCTCTCACGCCGCCGGCTCACTTCTCTCCGATTCCCTCGCGCAGTGGCAGGGGCCCGCGCTGCTCGCCTTCAACGACGCCGTCTTCACCGAGGAGGATTTCGTCAGCATCTCCAAGATCGGCGGGAGCACCAAGCACGGTCAGGCCTCCAAGACCGGTCGCTTCGGTGTACCATTTGACAGATCTTCCCTCTTTTGTGAGTGGCAAATATGTTGTATTGTTTGACCCTCAGGGTGTTTATCTTCCAAGAGTTTCTGCAGCAAATCCTGGGAAGCGGATTGATTTCACTGGTTCATCTGCCCTCTCCTTCTACAGGGATCAGTTTTCCCCATATTGTGCTTTTGGTTGTGACATGCAAAGTCCTTTTTCTGGGACTTTGTTCCGTTTTCCTTTAAGGAATGCTTATCAGGCAGCCACAAGTAAGCTCTCAAGGCAAGCATATTCACCAGAAGATATTTCCTCCATGTTTGTTCAGCTCTACGAAGAAGGGGTTTTGACGCTTCTCTTTCTAAAGAGTGTGCTGTGTATTGAAATGTATTTGTGGGATGCTGGAGAACCTGAACCAAAGAAAATTCATTCATGTTCTGTCAGTTCAGTAACCGATGATACAGTTTGGCATCGACAGGCGCTGCTCAGATTGTCTAAGAGTTTAAATACCACTGCTGAAGTGGATGCATTTCCATTGGACTTCTTAATAGAGAGAATAAATGGAGATGAATCTGAAAGGCAAAAAGAGAGATTTTATGTGGTGCAAACCATGGCCTCAGCATCTAGTAGGATTGGTTCTTTTGCTTCTTCTGCATCAAAAGAATATGACATTCACTTGCTGCCGTGGGCATCAATTGCGGCATGCATTTCTGATAATTCTCAGAATAATAATATTCTTAGGACTGGTCAGGCATTCTGTTTTCTTCCATTACCTGTCAGAACTGGCCTTAGTGTACAAGTCAATGGATTCTTTGAGGTCTCATCAAATCGTCGTGGCATCTGGTATGGGGATGACATGGACAGAAGTGGAAAAGTTCGTTCTACCTGGAATAGGCTTCTTCTGGAAGATCTTGTAGCTCCAGCTTTTATGCATATGCTACTTGGTATAAAAGAATTGCTAGGGCCAACAAACATTTACTATTCTTTATGGCCTATTGGTTCTTTTGAAGAGCCATGGAATACTTTGGTTCAACAAATATACAAAAACATTGGTAATGCTCCAGTTATGTATTCAAATTTCAATGGAGGAAGATGGGTATCACCAAGTGAAGCCTTTCTTCATGATGAAAAATTCACCAAAAGTAAAGACCTCGGTTTGGCTCTGATGCAACTGGGAATGCCAGTTGTGCATTTGCCTAATTCATTGTTTGACATGCTTTTACAATATAGTTCCAGCAAGGTGGTTACTTCTGGTACAGTACGTCAATTTCTTAGGGAATGTGAAACGTTTAATTATTTGAGCAGACAATACAAGCTTCTATTGCTGGAATATTGCTTAGAGGACTTGGTTGATGATGACGTTGGTAAAGAGGCTTATGATCTACCTTTACTTCCTTTAGCAAATGGCAATTTTGCATCTTTTTCAGAAGCATCAAAAGGAGTCTCTTGTTTCATTTGTGATGAATTAGAATATAAGCTGATGCGGCCAGTTTCTGATAGAGTAATTGATCAGAACATTCCTCTCAATATATTGAGCAGACTCTCTGGTATTGCGATGTCCTCAAAGACCAATGTTATTCTTTGTAATATTCACCATTTTGCTCAGCTATTCCCTGCATTTTTCCCAGCTGACTGGAAATATAGAAGTAAAGTGTTCTGGGATCCTGAATCTTGTCAAAAGCCAACATCATCATGGTTTCTGTTATTCTGGCAATATCTTGGAAAGCAGACTGAAATATTATCACTATTTTGTGATTGGCCAATTTTTCCTTCCACATCTGGGCATCTGTTAAGACCTTCCAGACAATTGAAAATGATCAATGGAAGCAATCTCTCTGATACAGTACAGGATATCCTTGTAAAAGTTGGATGTAATATATTGAATCCAAAATATGTAGTTGAACATCCGGATATATCTAATTATGTTCGTGATGGCAGTGCAGGTGGTGTTTTGGAATCAATATTTAATGCAGTTTCAGGTCCTGATGTTATGCATGCTTCATTTGATAGTCTAGTAACTGAAGAACGGAATGAGCTCCGGAGATTTCTTCTTGACCCTAAATGGTATGTTGGACGCTCTATGGATGAATTTAGCATAAGGTTTTGCAAGAGATTACCTATATTTCGGGTCTATGGTAGAGACTCTGCTCAAGATTACCAATTCTCTGACTTAGAAAATCCTCGAAAGTACTTACCACCATTGGATGTGCCGGAGATTATTCTGGTGGGCATTGAGTTCATGGTGAAATCCTCAAATATAGAAGGGGATGTTTTGTCAAGATATTATGGAGTTGAGAGAATGGGAAAAGCACAGTTTTACCAGCAACATGTTTTTAATAGAGTTGGTGATTTGCAAGCTGATGTTCGTGATAGCATAATGTTATCAGTTCTACAAAATTTGCCACTTTTGTCTCTTGAAGACATATCTATCAGGGACTCGTTGAGAAATTTGAAATTCATCCCGACGCTCACTGGTGCTCTTAAGTGTCCTTCAGTTTTATATGATCCTAGTAATGAAGAACTATATGCATTACTAGAAGATTCAGATAGTTTTCCTGCTGGTGCTTTTCGAGAATCTGAAATACTTAATATTCTGCAAGGCCTGGGACTTAGAACTTCTGTCTCTCCCGACACTGTTTTAGAATGTGCTCGATGCATAGAGCGTTTGATGCGTGAGGATCAACAAAAGGCATATTTAAGAGGGAGAGTGCTTTTCTCTTACCTTGAAGCTAATGCATTGAAGTGGCTTCCTGACCAAGTTATGGATAATAAAGGAGCAGTTAACCGAATGATGTCACGAGCGACGACTGCTTTTAGGTCTTGCAACTCAAAATCTGATCTTGAAAAATTCTGGAATGACCTACGGCTGGTTTCCTGGTGCCCAGTTTTAGTCTCTACTCCTTTTCAGTCATTACCATGGCCAGTGGTGTCATCAATGGTTGCTCCTCCAAAACTTGTAAGGCCACCGAAGGATTTGTGGCTTGTCTCAGCTAGCATGCGGATACTGGATGGTGAATGCTCTTCTACAGCCTTATTGTATGGCCTGGGATGGATGTCTCCACCAGGAGGAGGTGTAATTGCTGCACAGTTACTGGAGCTTGGAAAAAACAATGAGATTGTGTCTGATCAAGTTCTTAGGCAGGAATTAGCCTTGGCAATGCCAAGGATATACTCAATACTGACTGGAATGATAGCTTCAGATGAGATTGAGATTGTAAAAGCTGTTCTTGAAGGATGTCGTTGGATTTGGGTGGGGGATGGATTTGCAACTTCTGATGAGGTTGTACTTGATGGCCCTCTTCATTTGGCTCCATACATCCGTGTTATCCCAGTTGACTTGGCAGTTTTCAAAAAAATGTTTCTAGAACTTGGTATCCGTGAATTCTTGCAACCTGCTGATTATGCTAATATTCTTTGTAGGATGGCAGTTAGAAAAGGATCATCCCCTCTTGACACACAGGAGATTAGGGCTGCCACGCTAATAGTGCATCATCTAGCTGAAGTTTACCATCATGAACATAAAGTCCAGCTCTATCTGCCAGATGTGTCAGGTAGATTATTTCTTGCTGGTGACTTGGTTTATAATGATGCCCCCTGGTTGCTGGGATCAGATGATCCTAAAGGCTCATTTGGCAATGCACCAACTGTGGCTTTGAATGCAAAAAGAACAGTTCAAAAATTTGTGCACGGAAACATTTCTAATGATGTAGCAGAAAAGCTGGGAGTCTGTTCTCTTCGCCGGATGTTGCTGGCTGAGAGTTCAGATTCAATGAATTTTAGCCTTTCTGGAGCTGCTGAGGCTTTTGGACAGCACGAGGCTTTGACTACAAGGCTTAAGCATATACTTGAAATGTATGCTGATGGACCTGGTTCTCTATTTGAGATGGTACAAAATGCAGAAGATGCAGGAGCTTCTGAAGTAATATTTCTCTTGGATAAATCTCACTATGGGACTTCTTCTATTCTTTCTCCTGAAATGGCTGATTGGCAAGGTCCTGCTCTGTACTGTTACAATGACTCAGTTTTTAGTCCCCAAGATCTTTATGCAATTTCTCGTATTGGTCAAGAAAGTAAACTTGAGAAGGCTTTTGCAATTGGAAGATTTGGATTAGGATTTAATTGCGTCTATCACTTTACAGACATCCCTATGTTTGTTTCTGGAGAAAATGTTGTAATGTTTGACCCTCATGCCAGTAATTTGCCTGGGATTTCTCCTTCACACCCTGGTTTACGAATTAAGTTTGTGGGACGACAGATTTTGGAGCAATTTCCTGACCAATTTTCTCCATTGCTACATTTTGGCTGTGATTTGCAACACCCTTTTCCCGGTACGCTATTCCGATTCCCTCTTAGAACTGCAGGTGTTGCCTCCCGGAGCCAAATTAAAAAGGAAGCCTATACACCTGAAGATGTCAGATCTCTCTTTGCTGCTTTTTCTGAGGTTGTTTCTGAAACATTACTTTTCCTGCGTAATGTGAAATCTATCTCTATTTTTGTGAAGGAAGGAACAGGGCATGAAATGCACCTACTGCACCGTGTGCGTAGAACCTGTATTGGTGAGCCTGAATTTGGATCCACTGAAGCCCAGGATGTGTTCAATTTTTTCAAAGAAAGTAGACATGTCGGAATGAATAGAGTTCAGTTTCTGAAGAAACTAAGCCTATCCATTGGCAGAGATTTGCCTTATAAATGCCAGAAGATGCTAATTACAGAGCAAAGCACATCTAGCTGTAATTCACACTATTGGATAACCACAGAATGTTTAGGTGATGGGAATGCTCAAAAGAGAACATCTGAAACAGCCAATAGTAACTATTACAATTTTGTTCCTTGGGCATGTGTTGCTGCATATTTGAATTCTGTCAAGCTTGATGGGGACCTGGTTGAAAGTTCAGAGTTGGAGGATGATTGCATGGTTTCTCCTGATCTGTTTAAAAGTGTTAGTTTGCCTACACATCCACTGGAAAATTTTGATGGTCGTGCATTCTGCTTTTTACCTTTACCAATCAGTACTGGTCTTCCTGCTCATATAAATGCGTACTTCGAATTATCATCAAATCGCAGGGATATCTGGTTTGGTTCTGATATGGCTGGAGGTGGAAGAAAACGCTCAGACTGGAATATTTATCTCCTTGAAACTGTTGTTGCCCCTGCATATGGTCATTTGCTTGAGAAGATAGCATCAGAGATTGGCCCTTGCAATTTGTTCTTCTCATTATGGCCAAAATCATTAGGGTCAGAACCTTGGGCATCAGCAGTACGGAAACTCTATCAATTTGTTGCTGAATTTAATTTCCGTGTATTATATACGGAAGCTAGAGGAGGTCAGTGGATTTCAACCAAACATGCTATATTTCCCGATTTTACTTTTCCCAAGGCAGCTGAGCTTATAAAAGCATTGTCCGGGGCTTCTCTACCAGTCATTACACTTCCACAGTCACTTTTAGAAAGGTTTATGGAAATCTGTCCATCATTGCATTTTCTGACACCTAAGCTGTTAAGGACTTTGTTAATCAGGAGGAAGCGTGAATTCAAGGACAGAGATGCAATGATTCTGACTCTTGAATATTGCTTACATGACTTGCAAGAATCCATGCAGTTTGATACCCTATGTGGCTTGCCTTTGTTACCAGTGGCAGATGGTTCCTTTACATCTGTTGATATGAAGGGAGTTGGAGAAAGAGTTTACATTGCACGAGGTGATGAATATGGTCTTCTGAAAGATTCCATTCCTCATCAACTTGTTGATTGTGCTATTCCAGAAGAAGTTCATAGAAAACTATGTTACATTGCTCAAACAGATGGTACGAACATTTCTTTCTTGTCATGCCAGTTGCTTGAGAAACTTCTTGTGAAATTACTTCCTGTAGAGTGGCAACATGCTCGACAAGTAAGTTGGACTCCTGGTATTCATGGCCAACCAAGTGTAGAATGGTTGCAACTACTGTGGAACTATCTGAAATCATATTGTGATGATCTTTTGATCTTTTCTAAGTGGCCTATATTGCCTGTTGGTGATGACTGCCTGATGCAGTTAACACAAAATTTGAATGTGATAAGGAATGATGGATGGAGTGAGAAGATGTCTTCTTTGTTATTGAAGGTTGGATGCTTATTCTTGAGACATGACCTGTTATTAGATCACCCTAAATTGGAATACTTTGTGCAGTCGGCAACAGCAAGAGGTGCATTAAATGTGTTTCTGGCTATTGCTGGGAAACCACAGAAGATTGAGGGGATCTTAACAGACGTATCTGAAGGGGAGCTTCATGAACTCAGAAGTTTTATTCTCCAGTCAAAATGGTTCTCTGAAGAGCAAATTGATGACAAACATATTGAAATCATCAAACAGCTTCCAATATTTGAGTCGTACAAAAGCAGAAAACTAGTAAGTTTGAGTAATCCTATTAAATGGCTTGGTCCTACTGGTGTTTGTGAAGATCTTTTAAATGATAAATTCATAAGAACTGAATCGGAAATGGAGCGGGTCATTATGAAAAGGTATTTAGGGATGAAAGAACCAACCAAAGTGGAATTCTACAGAGATCACATTTTCAATCACATTTCAGAGTTCCTTCCGAAGCAAAAAGTTGTTTCAGCCATTCTGCATGACGTACAGCATTTAATTAAAGAGGATCTCTCTCTCAAGTCTTCATTCTCCTCTGCACCATTTGTTCTGGCAGGCAATGGATCTTGGCAACAACCATCTAGGCTTTATGATCCTCGGGTTCCTCACCTCAAAAAGATGCTGCATGGGAATGTTTTCTTTCCTTCTGACAAATTCTTAGATCCTGAAATTTTGGATTCTTTAGTTTGCCTTGGACTTAGGACAACTCTGGGATTTACTGGTTTGCTTGATTGTGCTAGATCAGTCAGCCTCTTGCATGATTCTGGGGACACTGTTGCCTCCAAGCATGGTGGACAGTTACTGGATCTTTTAGATGCACTAGCATTTAAGCTCTCAAATAAAGGAGAAAGTAATAATGATGATCAACAGGGTGGTGTGGCTGTGGGAAGTAGCAGCATAATGGATGATGCTTTTGTATATGATGGCTTTCCTAAAGATGAGACCTCCCTAACTGATATTGATTCATTTTTAAGCAGCTCAACTTGTGATATGGTAGAAGAAGAATTTTGGTCTGAATTGAAGTTAATCTCTTGGTGTCCAGTAATTTCTGATCCACCTGTTAGGGGACTTCCATGGTTAAAATCCAATAACCAAGTAGTAGCATCCCCCACTAGTGTGAGGCCTAAATCACAGATGTGGATGGTATCTTCTTCAATGTTCATTTTAGACGGTGAATGTGACACAACGTATCTACAAACTAAAGTTGGGTGGATGGATTGCCCAAATGTTGATGTTTTAACAAGACAGTTATTTGAGCTATCTAAGTCCTATCAACAGCATAAGATACATTCACTGCTGGATCCTGGTTTTGATGCTCAGTTGCAAAAGGAAATACCTTGCCTTTATTCAAAATTGCAAGAATACATTAATACTGATGATTTCAATAAACTGAAAACAGGGTTGGATGGTGTTTCATGGGTTTGGATTGGTGATGATTTTGTATCACCAAATGCACTTGCATTTGATTCACCTGTAAAATTTACGCCTTATTTGTATGTTGTTCCATCTGAACTGTCAGAGTATAAAGATTTGTTGATAAAGTTAGGTGTTAGATTGAGTTTTGGTATTTCAGACTATCTTCATGTATTACAAAGGTTGCAGAATGATGTGCATGGGATTCCTCTGTCTACTGATCAGTTAAATTTTGTCCATCGTGTCCTTGAAGCCATAGCAGAATGTTGCCTGGAGAAGCCACTCTTTGAGCCTTTTGATAATCCCTTGTTGATTCCTAATGATTTTGGAGTTCTGATGCAAGCAGGTGATCTTGTATATAATGATGCGCCTTGGTTGGAAAACAGCTCTCTTATTGGGAGACATTTTGTGCATCCAATTATAAGCAATGATTTGGCAGACAAGCTGGGAGTTCAGTCAGTTCGATGCCTCTCTTTAGTCGGTGATGATTTGACCAAAGATCTGCCATGCATGGACTACAATAAAGTAAATGAACTTTTGGCCCAGTATGGAGACAGTGAGTTTTTACTGTTTGACCTTCTTGAGTTGGCAGATTGCTGCAAAGCCAAGAGATTACACCTGATTTATGATAAGAGGGAACATCCTCGCCAATCCTTGCTGCAGCACAATTTAGGTGATTTCCAAGGGCCTGCCCTTGTAGCAATCTTCGAAGGTGCCTGCTTGAGTCGAGAGGAATTTAGTAATTTCCAGCTCCGTCCTCCATGGCGATTACGCGGCAACACAATTAACTATGGTTTGGGATTGGTTTGCTGCTATTCCATATGTGACCTTCTTTCAGTCATTTCTGGTGGCTACTTTTATATGTTTGATCCTCGTGGTTTGGTACTTGGTGTGCCTTCGACTAATGCCCCATCAGCAAAGATGTTTTCTTTGATAGGTACTGATCTGACACAACGATTTTGTGATCAATTTAGTCCAATGCTCATTGATCGGAATGACTTATGGTCATTAACTGATTCTACCATTATTCGCATGCCTCTGTCATCTGATTGCTTGAAGGTTGAACCTGGCCTTGGATCAAACAGAATAAAGCATATTACTGACATATTTATGGAGCATGGATCTAGAGCACTCCTGTTTTTGAAGTCGGTTTTACAGGTATCCATATCAACATGGGAAGAAGGACATTCTCACCCAAGCCAGAATTTTTCAATAAGCATTGATCCATCATCTTCTATTTTGAGGAATCCATTCTCTGAAAAGAAATGGAGAAAGTTTCAATTATCAAGAATATTTAGCAGCTCCAATGCTGTGATAAAGATGCATGTAATTGATGTGAATTTATATTCAGAAGGAACTACAGTCATTGATAGATGGCTTGTTGTACTCTGCCTGGGTTCTGGACAAACAAGAAATATGGCTCTTGATAGGCGGTATCTTGCGTACAACTTGACTCCTGTTGCCGGAATAGCAGCACTTATATCCAGCAATGGTCATCATGCCAATGTTTACTCAAGGAGCTCAATTATGGCCCCTCTTCCTTTGTCTGGTTGTATAAACATGCCTATTACTATCTTAGGTTGTTTCCTTGTGTGTCACAATAGAGGTCGTTATCTCTTTAAATACCAAGACAGAGGGGCTTCAGCCGAAGGACACTTTGATGCTGGAAATCAATTAATTGAATCTTGGAACAGAGAGGTGATGTCTTGCGTATGTGATTCCTATGTTGAAATGGTTTTGGAGATTCAAAAGCTAAGAAGAGATATTCCAAGTTCTATAATTGATTCTAGTGCCTGTTCTGCAATCAGCCTCTCTTTGAAGGCCTATGGAGATAAAATCTACTCCTTCTGGCCACGTTCTTGTGAGAGGCATGTTCTGAGTGACCAACTT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>Glyma09g41880.2   sequence type=CDS   gene model=Glyma09g41880   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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