Report for Sequence Feature Glyma09g41880
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm09
Start: 46559734
stop: 46584494
Source: JGI
Version: Wm82.a1.v1.1
High confidence: yes
A newer version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma09g41880
Database ID Annotation Type Annotation Description Annotation Source Match Score Evidence Code
AT5G23110 AT
Annotation by Michelle Graham. TAIR10: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein | chr5:7758307-7775509 FORWARD LENGTH=4706
SoyBase E_val: 0 ISS
GO:0005737 GO-cc
Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: cytoplasm
SoyBase N/A ISS
GO:0009506 GO-cc
Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: plasmodesma
SoyBase N/A ISS
GO:0005524 GO-mf
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: ATP binding
SoyBase N/A ISS
GO:0008270 GO-mf
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: zinc ion binding
SoyBase N/A ISS
PTHR15600 Panther
FAMILY NOT NAMED
JGI ISS
PTHR15600:SF1 Panther
gb def: putative protein [arabidopsis thaliana]
JGI ISS
UniRef100_B9SMC2 UniRef
Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Protein binding protein, putative n=1 Tax=Ricinus communis RepID=B9SMC2_RICCO
SoyBase E_val: 0 ISS
UniRef100_I1L779 UniRef
Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=2 Tax=Glycine max RepID=I1L779_SOYBN
SoyBase E_val: 0 ISS
Expression Patterns of Glyma09g41880
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Paralogs of Glyma09g41880
Paralog Evidence Comments
Glyma20g00565 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.
Gene model name correspondences to Glyma09g41880 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma.09g282200 Wm82.a2.v1 IGC As supplied by JGI
References for Glyma09g41880
Transcripts of Glyma09g41880
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma09g41880.3 sequence type=transcript gene model=Glyma09g41880 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
TCATCAAGGGTAGACGTAGTCACGTAGCCACCTCACAAAGGTTGAAAACGTAAAGACACGCAAGCATCTCTCAAAGTCTCTTGAAAGAGAGACCCCAACTACTATAGAAAACAACCGCGAAATTCTTGTGTCTGAAGCCAACGAGATCAACAAAATCACTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGCACGACAAAACCGAATCAAAATCAAAACCTCCGATGCACAATCGATAGAACGAAACCCTCCGATAACAATGGCGTCGTCTCCGGAATCGATTTTTCTGGAAGACTTCGGGCAGACGGTTGATCTGACGCGGCGCATCCGCGAGGTTCTGCTGAACTACCCGGAGGGAACCACCGTCCTGAAAGAGCTCATACAGAACGCCGACGACGCCGGCGCCACCACCGTCTCGCTCTGCCTCGACCGCCGCTCTCACGCCGCCGGCTCACTTCTCTCCGATTCCCTCGCGCAGTGGCAGGGGCCCGCGCTGCTCGCCTTCAACGACGCCGTCTTCACCGAGGAGGATTTCGTCAGCATCTCCAAGATCGGCGGGAGCACCAAGCACGGTCAGGCCTCCAAGACCGGTCGCTTCGGTGTACCATTTGACAGATCTTCCCTCTTTTGTGAGTGGCAAATATGTTGTATTGTTTGACCCTCAGGGTGTTTATCTTCCAAGAGTTTCTGCAGCAAATCCTGGGAAGCGGATTGATTTCACTGGTTCATCTGCCCTCTCCTTCTACAGGGATCAGTTTTCCCCATATTGTGCTTTTGGTTGTGACATGCAAAGTCCTTTTTCTGGGACTTTGTTCCGTTTTCCTTTAAGGAATGCTTATCAGGCAGCCACAAGTAAGCTCTCAAGGCAAGCATATTCACCAGAAGATATTTCCTCCATGTTTGTTCAGCTCTACGAAGAAGGGGTTTTGACGCTTCTCTTTCTAAAGAGTGTGCTGTGTATTGAAATGTATTTGTGGGATGCTGGAGAACCTGAACCAAAGAAAATTCATTCATGTTCTGTCAGTTCAGTAACCGATGATACAGTTTGGCATCGACAGGCGCTGCTCAGATTGTCTAAGAGTTTAAATACCACTGCTGAAGTGGATGCATTTCCATTGGACTTCTTAATAGAGAGAATAAATGGAGATGAATCTGAAAGGCAAAAAGAGAGATTTTATGTGGTGCAAACCATGGCCTCAGCATCTAGTAGGATTGGTTCTTTTGCTTCTTCTGCATCAAAAGAATATGACATTCACTTGCTGCCGTGGGCATCAATTGCGGCATGCATTTCTGATAATTCTCAGAATAATAATATTCTTAGGACTGGTCAGGCATTCTGTTTTCTTCCATTACCTGTCAGAACTGGCCTTAGTGTACAAGTCAATGGATTCTTTGAGGTCTCATCAAATCGTCGTGGCATCTGGTATGGGGATGACATGGACAGAAGTGGAAAAGTTCGTTCTACCTGGAATAGGCTTCTTCTGGAAGATCTTGTAGCTCCAGCTTTTATGCATATGCTACTTGGTATAAAAGAATTGCTAGGGCCAACAAACATTTACTATTCTTTATGGCCTATTGGTTCTTTTGAAGAGCCATGGAATACTTTGGTTCAACAAATATACAAAAACATTGGTAATGCTCCAGTTATGTATTCAAATTTCAATGGAGGAAGATGGGTATCACCAAGTGAAGCCTTTCTTCATGATGAAAAATTCACCAAAAGTAAAGACCTCGGTTTGGCTCTGATGCAACTGGGAATGCCAGTTGTGCATTTGCCTAATTCATTGTTTGACATGCTTTTACAATATAGTTCCAGCAAGGTGGTTACTTCTGGTACAGTACGTCAATTTCTTAGGGAATGTGAAACGTTTAATTATTTGAGCAGACAATACAAGCTTCTATTGCTGGAATATTGCTTAGAGGACTTGGTTGATGATGACGTTGGTAAAGAGGCTTATGATCTACCTTTACTTCCTTTAGCAAATGGCAATTTTGCATCTTTTTCAGAAGCATCAAAAGGAGTCTCTTGTTTCATTTGTGATGAATTAGAATATAAGCTGATGCGGCCAGTTTCTGATAGAGTAATTGATCAGAACATTCCTCTCAATATATTGAGCAGACTCTCTGGTATTGCGATGTCCTCAAAGACCAATGTTATTCTTTGTAATATTCACCATTTTGCTCAGCTATTCCCTGCATTTTTCCCAGCTGACTGGAAATATAGAAGTAAAGTGTTCTGGGATCCTGAATCTTGTCAAAAGCCAACATCATCATGGTTTCTGTTATTCTGGCAATATCTTGGAAAGCAGACTGAAATATTATCACTATTTTGTGATTGGCCAATTTTTCCTTCCACATCTGGGCATCTGTTAAGACCTTCCAGACAATTGAAAATGATCAATGGAAGCAATCTCTCTGATACAGTACAGGATATCCTTGTAAAAGTTGGATGTAATATATTGAATCCAAAATATGTAGTTGAACATCCGGATATATCTAATTATGTTCGTGATGGCAGTGCAGGTGGTGTTTTGGAATCAATATTTAATGCAGTTTCAGGTCCTGATGTTATGCATGCTTCATTTGATAGTCTAGTAACTGAAGAACGGAATGAGCTCCGGAGATTTCTTCTTGACCCTAAATGGTATGTTGGACGCTCTATGGATGAATTTAGCATAAGGTTTTGCAAGAGATTACCTATATTTCGGGTCTATGGTAGAGACTCTGCTCAAGATTACCAATTCTCTGACTTAGAAAATCCTCGAAAGTACTTACCACCATTGGATGTGCCGGAGATTATTCTGGTGGGCATTGAGTTCATGGTGAAATCCTCAAATATAGAAGGGGATGTTTTGTCAAGATATTATGGAGTTGAGAGAATGGGAAAAGCACAGTTTTACCAGCAACATGTTTTTAATAGAGTTGGTGATTTGCAAGCTGATGTTCGTGATAGCATAATGTTATCAGTTCTACAAAATTTGCCACTTTTGTCTCTTGAAGACATATCTATCAGGGACTCGTTGAGAAATTTGAAATTCATCCCGACGCTCACTGGTGCTCTTAAGTGTCCTTCAGTTTTATATGATCCTAGTAATGAAGAACTATATGCATTACTAGAAGATTCAGATAGTTTTCCTGCTGGTGCTTTTCGAGAATCTGAAATACTTAATATTCTGCAAGGCCTGGGACTTAGAACTTCTGTCTCTCCCGACACTGTTTTAGAATGTGCTCGATGCATAGAGCGTTTGATGCGTGAGGATCAACAAAAGGCATATTTAAGAGGGAGAGTGCTTTTCTCTTACCTTGAAGCTAATGCATTGAAGTGGCTTCCTGACCAAGTTATGGATAATAAAGGAGCAGTTAACCGAATGATGTCACGAGCGACGACTGCTTTTAGGTCTTGCAACTCAAAATCTGATCTTGAAAAATTCTGGAATGACCTACGGCTGGTTTCCTGGTGCCCAGTTTTAGTCTCTACTCCTTTTCAGTCATTACCATGGCCAGTGGTGTCATCAATGGTTGCTCCTCCAAAACTTGTAAGGCCACCGAAGGATTTGTGGCTTGTCTCAGCTAGCATGCGGATACTGGATGGTGAATGCTCTTCTACAGCCTTATTGTATGGCCTGGGATGGATGTCTCCACCAGGAGGAGGTGTAATTGCTGCACAGTTACTGGAGCTTGGAAAAAACAATGAGATTGTGTCTGATCAAGTTCTTAGGCAGGAATTAGCCTTGGCAATGCCAAGGATATACTCAATACTGACTGGAATGATAGCTTCAGATGAGATTGAGATTGTAAAAGCTGTTCTTGAAGGATGTCGTTGGATTTGGGTGGGGGATGGATTTGCAACTTCTGATGAGGTTGTACTTGATGGCCCTCTTCATTTGGCTCCATACATCCGTGTTATCCCAGTTGACTTGGCAGTTTTCAAAAAAATGTTTCTAGAACTTGGTATCCGTGAATTCTTGCAACCTGCTGATTATGCTAATATTCTTTGTAGGATGGCAGTTAGAAAAGGATCATCCCCTCTTGACACACAGGAGATTAGGGCTGCCACGCTAATAGTGCATCATCTAGCTGAAGTTTACCATCATGAACATAAAGTCCAGCTCTATCTGCCAGATGTGTCAGGTAGATTATTTCTTGCTGGTGACTTGGTTTATAATGATGCCCCCTGGTTGCTGGGATCAGATGATCCTAAAGGCTCATTTGGCAATGCACCAACTGTGGCTTTGAATGCAAAAAGAACAGTTCAAAAATTTGTGCACGGAAACATTTCTAATGATGTAGCAGAAAAGCTGGGAGTCTGTTCTCTTCGCCGGATGTTGCTGGCTGAGAGTTCAGATTCAATGAATTTTAGCCTTTCTGGAGCTGCTGAGGCTTTTGGACAGCACGAGGCTTTGACTACAAGGCTTAAGCATATACTTGAAATGTATGCTGATGGACCTGGTTCTCTATTTGAGATGGTACAAAATGCAGAAGATGCAGGAGCTTCTGAAGTAATATTTCTCTTGGATAAATCTCACTATGGGACTTCTTCTATTCTTTCTCCTGAAATGGCTGATTGGCAAGGTCCTGCTCTGTACTGTTACAATGACTCAGTTTTTAGTCCCCAAGATCTTTATGCAATTTCTCGTATTGGTCAAGAAAGTAAACTTGAGAAGGCTTTTGCAATTGGAAGATTTGGATTAGGATTTAATTGCGTCTATCACTTTACAGACATCCCTATGTTTGTTTCTGGAGAAAATGTTGTAATGTTTGACCCTCATGCCAGTAATTTGCCTGGGATTTCTCCTTCACACCCTGGTTTACGAATTAAGTTTGTGGGACGACAGATTTTGGAGCAATTTCCTGACCAATTTTCTCCATTGCTACATTTTGGCTGTGATTTGCAACACCCTTTTCCCGGTACGCTATTCCGATTCCCTCTTAGAACTGCAGGTGTTGCCTCCCGGAGCCAAATTAAAAAGGAAGCCTATACACCTGAAGATGTCAGATCTCTCTTTGCTG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GGTAATCACGATAACAACCCTCCAAGTACAACGGCAGTTGTTCTTAAAGCTGACTGGGAATGCCTTAAAGATTGGGTAATACATCCATTTTATTCTCGTATTGTTGACCTTCCAGTATGGCAGCTGTACTCAGGAAATTTGGTCAAGGCTGAAGAAGGCATGTTTCTTTCACAGCCAGGGAGTGGGTTGATTGGTAATTTACTTCCAGCTACAGTTTGCAGCTTTGTAAAGGAGCATTATCCTGTATTTTCAGTACCGTGGGAATTGGTGACTGAAATCCAAGCTGTGGGTTTTTCAGTGCGAGAAATTAGACCTAAAATGGTTCGGGATCTCCTAAAAGTTCCTTCAAAACCAATTGCTCTGCGATCAGTTGACTTGTATATAGATGTTCTTGAATATTGCTTGTCTGATTTTCAGCAAGCAGAGTCATCCAGCTCAGCCAGAGATAGTGATCCTGCTAGTACCAATGTTTTTCAAGAAACTGTTAACAACGGAATCACTTCTTCTCAGCTGGGGTCTAATATCCACAGCTCCACTGGAATGGCCACTCGGGGATCAGCCAGTTCTGGAGATGCATTGGAAATGATGACAAGTTTGGGGAAGGCTTTATTTGATTTTGGTCGGGGTGTTGTTGAAGATATGGGTAGAGCAGGAACACCCGTGGCTTACAATGCGACAGGCATAGATCCAATTCGGGACCAGAAGTTCATATCAATTGCTGCAGAACTCAAAGGATTACCATTTCCAACTGCAACTAGCCATTTAAAAAAATTGGGCTTTGCTGAACTTTGGATTGGGAATAAAGAGCAACAGTCATTAATGGTTCCCTTGAGAGAAAAATTTATTCATCCTAAAATTTTAGACAGGCCTCTCTTAGGTGACATTTTTTCTAATTTTTCCCTTCAATCAATATTGAAATTGCGGAACTTTTCTCTTAATCTACTGGCCAATCATATGAAACTAATTTTCCATGAAGATTGGGTGAACCATGTAATGGGATCAAATATGGCTCCATGGCTTTCATGGGAGAAACTTCCTAGTTCAGGCAGTCAAGGAGGTCCTTCCCCTGAATGGATTAGAATATTCTGGAAAAGTTTTAGGGGCTCACAGGAAGAATTATCCCTTTTCTCTGATTGGCCCCTAATTCCTGCTTTTCTTGGTAGGCCAGTCTTGTGCTGTGTAAGAGAACGACATCTGGTATTCATTCCTCCTCCTCTTTTGGAACACCCAACATCGACAAGTGGGATTTCAGAGAGAGAATCTGCTGAAAGTTATGTGAGTGGGGTTAGGGTGTCAAGGGATAATACTTCTGAAGCTGAGTTGGCTGAGTCCTACATTTCCGCTTTTGCAAGATTCAAAACCAGTTATCCCTGGTTGTTGCCTATGTTAAACCAGTGTAACATACCCATATTTGATGAGGCATTTATAGACTGTGCTGCTTCAAACAGTTGTTTTTCTATGCCTGGTCAATCACTTGGCCATGTTATTGCATCCAAACTAGTGGGAGCTAAGCAAGCTGGGTATTTTATTGAACCTACTAATCTCTCAACTTCAAATTGTGATGCACTTTTTTCACTTTTTTCTGATGAATTCTTCTCCAATGACTTTTACTATGCACAAGAAGAAATTGAAGTTTTGCGTTCTCTCCCTATATATAAAACAGTTGTTGGTTCTTATACTAAGTTGCAAGGTCAAGATCAGTGTATGATTCCTTCAAATTCATTTTTAAAACCATATGATGAACATTGTCTTTCTTATGCCACTGATTCAAATGAAAGTTCATTTCTTCGAGCTCTTGGAGTGTTGGAGTTGCATGATCAACAGATCTTAGTACGCTTTGGCTTGCCTGGCTTTGAGGGGAAACCTCAGAATGAACAGGAGGAAATATTAATTTACATTTTTAAAAATTGGCATGATCTTCAATCAGATCAATCTGTGGTTGAAGCTTTGAAAGGGACCGCATTTGTTAGAAATTCTGATGAGTTTTCAACAGATATGTTGAAGCCCATGGATTTATTTGATCCTGTTGATGCTATATTAATTTCTATATTCTTTGGTGAGAGAAGAAAATTTCCTGGAGAAAGGTTCAGTACAGATGGGTGGCTTCGAATACTAAGGAAGCTTGGGCTTCGAACTGCTACTGAAGTAGATGTAATAATTGAATGTGCCAAAAGAGTTGAGTTTCTTGGAATTGAGTGCATGAAATCAGGAGATTTGGATGATTTTGAGGCAGACACAATCAACACTCGTTCTGAAGTTTCACCAGAAGTGTGGGCATTAGGAGGATCTGTAGTTGAGTTTGTTTTCTCCAACTTTGCTCTTTTCTTTAGCAACAACTTCTGTGATCTTCTTGGCAAGATTGCTTGTGTACCTGCTGAACTGGGGTTTCCTAGTGTTGATTGCAAGAGGGTGCTTGCTTCATATAATGAAGCTATTTTGTCTAAAGATTGGCCTCTAGCATGGAGTTGTGCTCCCATTCTATCCAAACAACACACTGTTCCTCCAGAGTATTCATGGGGACCTCTGCATCTACGGAGTCCTCCTCCTTTCTGTACAGTTTTGAAGCACTTGCAAGTAATTGGGAGAAATGGAGGGGAAGATACTCTTGCTCATTGGCCTATTGCTTCAGGAATGAACATCGAGGAATGTACCTGCGAGATTTTGAAATATTTAGACAAAGTTTGGGGTTCACTTTCTTCATCAGATGTGGCAGAGCTATGCAAAGTGGCCTTTCTGCCTGTTGCAAACGGAACGCGCCTTGTGGCTGCTGATGCTCTTTTTGCTCGTTTGATGATTAATTTGTCTCCATTTGCTTTTGAACTTCCTACTGTATATCTCCCATTTGTAAAGATTCTTAAAGATTTGGGACTTCAGGACATGCTGACACTTTCTGCTGCAAAGGGTCTTCTATTAAATCTTCAGAATGCTTGTGGATATCAGCGACTAAATCCCAATGAGCTCCGTGCAGTGATGGAAATTTTGAATTTCATTTGTGATCAGATTGTGGAGCAGAACACATTAGATGGGTCAAACTGGAAATCAGAAGCCATAGTTCCTGATAATGGCTGCAGACTTGTTCATTCAGCATCCTGTGTCTATGTTGATTCTTATGGTTCTCGATATGTCAAATGTATTGATACTTCCAGAATTAGATTTGTCCATGCAGATCTTCCAGAGAGAGTCTGTATTGTGCTCGGCATAAAAAAGTTGTCCGACGTTGTCATAGAGGAACTGGATGAGAATCACACACTACAGACTTTAGGTTCTCTGGGGTCTGTTTTACTAGTGACCATCAAACAGAAGTTATCAAGCAAGTCTCTTCAAACTGCTGTCTGGAGTGTTGTTAATAGCATGAGCAGCTACATTCCAGCATTCAATAGCTTTTCATTGGATACAATAGAATTCTTATTGAACTCTACTGCAGAAAAGCTGCAATTTGTCAAGTGTCTTAAAACAAAATTTCTGCTCTTGCCCAATTTAGTAGTTGTTACACGTGCAGGCAAAGATTTCATCATCCCAGAGTGGAAGAATGATTCGGCACATCAAACACTTTATTTTATGAACCAATCAAGATCCCGTATTCTAGTTGCTGAGCCACCAACTTATATTTCCCTTTTTGATCTCATTGCTATTATAGTCAGCCAGGTATTAGGCTCTCCTATCATATTGCCTATTGGGTCCTTATTTGGTTGTCCTGAAGGATCTGAGATTGCAGTTGTTAATGTTTTGAAACTTTGCTCTGATAAGAAAGAAGTTGAACCCGTTAATGGGAGCAGCAATATGGTTGGCAAGGAAATATTGCCACAAGATGCACGTCTTGTGCAGTTCCATCCATTGAGGCCCTTTTATTCTGGCGAAATAGTGGCTTGGCGGCCTCAACATGGTGAAAAACTGAAATACGGTAAGGTTTCTGAAGATGTAAGACCATCTGCAGGTCAAGCTCTGTACAGACTTAAAATTGAAGTTTCTCCGGGGGATACACAAAGTTTCCTTTCATCACATGTATTTTCATTTAAAAGTGTATCAGCAAGCAGTCCCCTAAAAGAATCATTGGTGCATGAAAGCCCTGTATTAGGCAGTAACAGGCCCCATGTTGATTTCCCAGAGAGCTCAGGAAGGGGAGAAAGCTACGCTAAGGTGCAGCCTGTGAGAGATCAGTCTGGCAAAGTTTCAGCTGCAGAACTGGTGCAGGCTGTCAATGAAATCCTCTCTGCTGCTGGGATCAAAATGGACGTGGAAAAGCAGGCTCTACTTCAAAGAACAGTAAATTTGCAAGAAAATCTGAAAGAGTCTCAGGCAGCTCTTGTGTTGGAGCAGGAAAGGGTTCAAAAGGCTACAAAAGAGGCTGATACAGCAAAAGCAGCATGGATTTGTCGGGTTTGTCTGAGTTCTGAAGTTGATATAACAATAGTTCCTTGTGGTCATGTATTGTGTCGTAGATGTTCTTCTGCAGTGTCAAGGTGTCCCTTTTGTCGGCTTCAGGTTACAAAAGCTATCAGAATTTTTCGTCCATAATATCTCCAATGCTTTTATGATCATTTTATTTGGACATTCTCAGTTCCATTCGCCAATATAGGCTAACTGAAGTTGGCAAATATTAATTGGCTACATTGAATTCTGACGTGAGTATCATGTTTTTGTAATTAAGCCCCAAAAATGGGTACTGTTGAAATTTTCATGTAAATAGGCCTCAATGGAAAAAAAAAGGTTTGGTAAATTAGCCTATATCTTTCAGTAGTTTCACATTT
Coding sequences of Glyma09g41880
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma09g41880.2 sequence type=CDS gene model=Glyma09g41880 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
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>Glyma09g41880.3 sequence type=predicted peptide gene model=Glyma09g41880 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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