Glyma08g44921 - SoyBase

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: Undefined variable $sstart in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 665

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Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1019

Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma08g44921): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma08g44921

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm08
Start:	44384483
stop:	44395795
Source:	JGI
Version:	Wm82.a1.v1.1
High confidence:	yes

A newer version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma08g44921

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT1G55730	AT	Annotation by Michelle Graham. TAIR10: cation exchanger 5 \| chr1:20831387-20833941 REVERSE LENGTH=441	SoyBase	E_val: 0	ISS
GO:0006812	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: cation transport	SoyBase	N/A	ISS
GO:0055085	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: transmembrane transport	SoyBase	N/A	ISS
GO:0016021	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: integral to membrane	SoyBase	N/A	ISS
GO:0008324	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: cation transmembrane transporter activity	SoyBase	N/A	ISS
GO:0015368	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: calcium:cation antiporter activity	SoyBase	N/A	ISS
GO:0015491	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: cation transport	SoyBase	N/A	ISS
KOG1397	KOG	Ca2+/H+ antiporter VCX1 and related proteins	JGI		ISS
PF01699	PFAM	Sodium/calcium exchanger protein	JGI		ISS
UniRef100_H9BFC9	UniRef	Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: CAX2 transporter n=1 Tax=Sedum alfredii RepID=H9BFC9_9MAGN	SoyBase	E_val: 0	ISS
UniRef100_UPI00023390D0	UniRef	Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: UPI00023390D0 related cluster n=1 Tax=unknown RepID=UPI00023390D0	SoyBase	E_val: 0	ISS

Expression Patterns of Glyma08g44921

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma08g44921 not represented in the dataset	Glyma08g44921 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene model name correspondences to Glyma08g44921 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma.08g336900	Wm82.a2.v1	IGC	As supplied by JGI

References for Glyma08g44921

Schmutz et al. 2010
Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
Nature 2010, 463:178-183

Transcripts of Glyma08g44921

Limit To All Plant Sequences

>Glyma08g44921.2   sequence type=transcript   gene model=Glyma08g44921   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g44921.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma08g44921   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g44921.4   sequence type=transcript   gene model=Glyma08g44921   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g44921.5   sequence type=transcript   gene model=Glyma08g44921   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g44921.6   sequence type=transcript   gene model=Glyma08g44921   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g44921.7   sequence type=transcript   gene model=Glyma08g44921   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Coding sequences of Glyma08g44921

Limit To All Plant Sequences

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Predicted protein sequences of Glyma08g44921

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma08g44921.4   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g44921   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g44921.5   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g44921   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain