Glyma08g14485 - SoyBase

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma08g14485): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma08g14485

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm08
Start:	10508549
stop:	10526616
Source:	JGI
Version:	Wm82.a1.v1.1
High confidence:	yes

A newer version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma08g14485

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT4G39850	AT	Annotation by Michelle Graham. TAIR10: peroxisomal ABC transporter 1 \| chr4:18489220-18496762 FORWARD LENGTH=1337	SoyBase	E_val: 0	ISS
GO:0006635	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: fatty acid beta-oxidation	SoyBase	N/A	ISS
GO:0006810	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: transport	SoyBase	N/A	ISS
GO:0007031	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: peroxisome organization	SoyBase	N/A	ISS
GO:0009407	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: toxin catabolic process	SoyBase	N/A	ISS
GO:0010030	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: positive regulation of seed germination	SoyBase	N/A	ISS
GO:0015916	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: fatty-acyl-CoA transport	SoyBase	N/A	ISS
GO:0043161	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process	SoyBase	N/A	ISS
GO:0051788	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: response to misfolded protein	SoyBase	N/A	ISS
GO:0055085	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: transmembrane transport	SoyBase	N/A	ISS
GO:0080129	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: proteasome core complex assembly	SoyBase	N/A	ISS
GO:0005777	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: peroxisome	SoyBase	N/A	ISS
GO:0005886	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: plasma membrane	SoyBase	N/A	ISS
GO:0016020	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: membrane	SoyBase	N/A	ISS
GO:0016021	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: integral to membrane	SoyBase	N/A	ISS
GO:0046861	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: glyoxysomal membrane	SoyBase	N/A	ISS
GO:0000166	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: nucleotide binding	SoyBase	N/A	ISS
GO:0005524	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: ATP binding	SoyBase	N/A	ISS
GO:0016887	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: ATPase activity	SoyBase	N/A	ISS
GO:0017111	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: nucleoside-triphosphatase activity	SoyBase	N/A	ISS
GO:0042626	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances	SoyBase	N/A	ISS
KOG0060	KOG	Long-chain acyl-CoA transporter, ABC superfamily (involved in peroxisome organization and biogenesis)	JGI		ISS
PTHR11384	Panther	ATP-BINDING CASSETTE TRANSPORTER-RELATED	JGI		ISS
PTHR11384:SF4	Panther	gb def: abc transporter abcd.3 [dictyostelium discoideum]	JGI		ISS
PF00005	PFAM	ABC transporter	JGI		ISS
PF06472	PFAM	ABC transporter transmembrane region 2	JGI		ISS
UniRef100_G7J3T2	UniRef	Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: ABC transporter D family member n=2 Tax=Medicago truncatula RepID=G7J3T2_MEDTR	SoyBase	E_val: 0	ISS
UniRef100_UPI000233872F	UniRef	Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: UPI000233872F related cluster n=1 Tax=unknown RepID=UPI000233872F	SoyBase	E_val: 0	ISS

Expression Patterns of Glyma08g14485

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma08g14485 not represented in the dataset	Glyma08g14485 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Paralogs of Glyma08g14485

Paralog	Evidence	Comments
Glyma05g31270	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.

Gene model name correspondences to Glyma08g14485 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma.08g136400	Wm82.a2.v1	IGC	As supplied by JGI

References for Glyma08g14485

Schmutz et al. 2010
Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
Nature 2010, 463:178-183

Transcripts of Glyma08g14485

Limit To All Plant Sequences

>Glyma08g14485.10   sequence type=transcript   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g14485.2   sequence type=transcript   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Coding sequences of Glyma08g14485

Limit To All Plant Sequences

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Predicted protein sequences of Glyma08g14485

Limit To All Plant Sequences

>Glyma08g14485.1   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g14485.10   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g14485.2   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g14485.3   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g14485.4   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g14485.5   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g14485.6   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma08g14485.7   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma08g14485   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain