SoyBase
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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research
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A newer version of this gene model can be found here:
| Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
|---|---|---|---|---|---|
| AT4G27190 | AT | Annotation by Michelle Graham. TAIR10: NB-ARC domain-containing disease resistance protein | chr4:13620977-13623934 REVERSE LENGTH=985 | SoyBase | E_val: 1.00E-52 | ISS |
| GO:0006952 | GO-bp | Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: defense response | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0005739 | GO-cc | Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: mitochondrion | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0000166 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: nucleotide binding | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0017111 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: nucleoside-triphosphatase activity | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0043531 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: ADP binding | SoyBase | N/A | ISS |
| KOG4658 | KOG | Apoptotic ATPase | JGI | ISS | |
| PTHR23155 | Panther | LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN | JGI | ISS | |
| PTHR23155:SF121 | Panther | SUBFAMILY NOT NAMED | JGI | ISS | |
| PF00931 | PFAM | NB-ARC domain | JGI | ISS | |
| UniRef100_C0JJH4 | UniRef | Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Rpp4 candidate 1 n=1 Tax=Glycine max RepID=C0JJH4_SOYBN | SoyBase | E_val: 0 | ISS |
| UniRef100_I1KI44 | UniRef | Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=3 Tax=Glycine max RepID=I1KI44_SOYBN | SoyBase | E_val: 0 | ISS |
|
Glyma07g07150 not represented in the dataset |
Glyma07g07150 not represented in the dataset |
| Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
| Paralog | Evidence | Comments |
|---|---|---|
| Glyma16g03515 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3. |
| Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
|---|---|---|---|
| Glyma.07g065600 | Wm82.a2.v1 | IGC | As supplied by JGI |
| Schmutz et al. 2010 Genome sequence of the palaeopolyploid soybean Nature 2010, 463:178-183 |
>Glyma07g07150.2 sequence type=transcript gene model=Glyma07g07150 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high GAAACTTTGATGAACTAGAAGTGTGTTAATTTCCTTACTTTAGGAACGATGATGACCACAAAAAGACACGGTTTTCCAATTGTTTATTTCCTTACTTAATAATGCAATGAGGACAATTGAGACAGGCTGGCAGGGATGGATCATTCATTTATAAGCTTAAACTGAAAGAATCTTTAATTTACACCCGTGAAAGAAAAAGCCAGGACCACTTCTACTCTCCATTATATCAACCTACTTCCCCACTTATTTCGTTTACGTCCTTAGCTGGGGCATCAATTTGTTTATTTAATCCCTGTACTTTTTATAAAAATGTTATTTGTGGCCCATCATGAATATATAGATAATCACCACAATTAATAATGCAATGAAGATAAGATGACAATTGAGATAAGAGGGAATGAACCTTAAGATATTTTTACATTCCAAACACTCAAACAGGGAGGATCATTTCTGATCGAGTATGTTTTCTGGTTTCTTTCGTCATGCTCTCAGTATTCTCTTGCTCTTTAACTTGATCTTGGTCTTCTTCGGACTAGTATTTATTGCTTAGGATTTGGAATAGTGACAAGTAAAGACAAATCACAACTCACGGTCATCCAATTCCAAGAATAGAGTTTATTGCTTAGGATTTGGAATAGTGACAAGTAAAGACAAATCACAACTCACGGTCATCCAATTCCAAGAATAGAGAGATGTAGTTATAGTATCAAGCTGACAGAATGGAGTCTGTGTTGTCCCCGATAGTGGAACGAACCTTTAATTTTGCGGTGGACCCCATTATTCGGCAGTTGGCCTACATCCTCCGTTGCAGGCAAAATGTTGATGAACTCTTGACTAGTTTTGAGAGTCTTGAACTTGAAAAAGAGTCCATAGATCGTCGATGTGACCAAGCTCAGAATAATTTACAAAACATTGAAGCCAAAGTCAAAGAATGGTCAAGGAAAGTAGATGAGTTCAAGACTGAACTAGAGAAGTTTAGGAACGATGAAGGCCACACAAAGACAGGGTTGTCCAATGTTTTATTTTTATTTCCTTACTTTTGGAATAGGCATAGACTTGGCAGACAAGCTAAGAAGATGGCAGAGATTGTCAAGAATCTAATAGATGAGTCGGCCAAGTTCAATGATGTTTCCTACACAGACAACTTAACATTTAATGATTTCACTTTGTCTAATCCGGGCTACATGGGATTTGCTTCTAGACATTCTACAGTGGAAAAAATAATTGCAAAACTTGAAGATTCCTCTGTAAGAATGATTGGGCTGCATGGGAGTGGTGGCATGGGTAAGACCACTTTAATCAAAGCAATTGCTAAGAAAGCTATGGAGAAGAAGCTGTTTAATGTGGTGGCTGTATCAGAAATCACAGCCAATCCCAATCCACAAAAAATCCAGGAAGACATTGCTTACCGGTTAGGATTGAGATTGGAAGGGGAGGGTGAGAATGCTAGAGCTCATCGTCTGATGACGAGGTTAAAGCAAGAGAAGGAGAACACCCTTATAATCTTGGATGACCTTTGGGACAGATTAGACTTGAATAAGTTAGGGATTCCACTTGATGGTGATGTTGATGATAATGATTTAAACACGAAGACAAGCAATGCTAAACAGGGTCCCAAAGAGGTGACTAAAGAAAAATCTCTTGGTGATTATAAGGGCTGCAAAATTTTGCTAACTTCAAGGGATAAAAACGTATTAACTGATAAAATGGAAGTTAAGTCAACTTTCTGTGTAGAGGAATTAGATGACGATGATGCTCTGAGGTTGTTTCGGAAGGAGGCTAGAATACAGGGTGAAATGTCCAAGTGGAAACAAGAAATTGTTAAGAAGTACTGTGCAGGGTTACCTATGGCAATAGTTACAGTTGGAAGGGCATTAAGAGACAAGAGCGACTCAGAGTGGGAAAAACTTAAAAACCAAGACCTGGTGGGAATTCAGAATTCTATGGAGATTTCTGTAAAAATGAGTTATGACCGTCTAGAAAATGAGGAGCTCAAGTCCATTTTCTTTCTTTGTGCTCAAATGGGTCATCAATCCCTAATTATGGACTTGGTGAAGTATTGCTTTGGTTTGGGAATACTTGAAGGGGTCTACTCGCTTGGGGAAGCTCGGGGCAGAATATCTACATCAATCCAAAAGCTGAAAAACTCAGGTTTAGTATTGGATGGAAGTTCTAGTATTCATTTCAATATGCACGATCTGGTTCGAGATGCTGCTTTATCTATAGCACAGAACGAGCAAAATGTATTTACTTTGAGAAATGGGAAACTTAATGATTGGCCTGAACTCAAGAGGTGCACTTCTGTTTCTATATGCAATAGTGATATTATTGATGAGCTTCCTAATGTTATGAACTGCCCTCAACTTAAATTTTTCCAAATTGACAATGATGATCCATCTTTAAAAATACCTGAGAGTTTTTTTAAGAGAATGAAAAAACTCAGAGTGTTAATATTGACTGGCTTTCATCTATCAAGCTTACCATCTTCAATTAAGTGCCTATCAGACCTCAGATTGCTTTGTTTGGAGCGATGCACTTTAGATCACAACTTATCCATCATAGGGAAGCTGAAAAAATTAAGAATTCTCAGCTTTTCTGGATCTCAAATTGAAAATTTGCCAGCTGAGTTGAAGGACTTGGATAAACTACAATTACTAGACATCAGCAATTGTTCAGTAGTCAAGAGGATTCCACCTAATCTTATATCAAGGTTAACTTCGTTGGAAGAGCTGTATGTAAGAAAGTGTTTCAAGGAAGTGTCAGAGGAAGGAGAGAGAAACCAAAGTCAAATTTCATTTATTTCTGAACTAAAGCATTTGCATCAATTGCAAGTGGTGGACTTAAGCATTCCATGTGCTCAAGTTTTTCCCAAGGAATTGTTCTTTGACAACTTAAGTGATTACAAGATTGAGATTGGGAACTTCAAAACGCTTTCAGCTGGAGATTTCAGAATGCCTAATAAGTATGAAAAGTTCAAATCTTTGGCATTGGAGCTGAAGGATGACACTGACAATATTCACTCTCAGAAAGGAATAAAGTTGTTGTTTAAAAGAGTTGAAAATTTGTTGTTGGGAGAGCTGAATGGTGTTCAAGATGTTATTAATGAGTTGAATTTGGATGGATTTCCACATCTGAAACACTTATCCATCATAAACAACCCTAGCATCAAATATATCATCAACTCAAAGGATTTGTTTTATCCTCAGGATGTTTTTCCCAAGTTGGAATCTCTATGTCTTTACGAACTAAGAAAGATAGAGATGATATACTTTAGTTCAGGTACAGAGATGATATGCTTTAGTCCATTTACAGATTGCTCATTCACCAAATTAAAAACCATCAAGGTCGAGAAGTGTGACCAATTGAAGAATCTTTTCTCCTTTTGCATGGTTAAATTGCTTGCAAGTCTTGAAACAATTGGTGTTTCCAATTGTGGTTCTTTAGAGGAGATCATTAAAATACCTGACAATTCTGATAAGATTGAGTTTCTTAAGTTATTGTCTTTGTCACTTGAATCATTATCATCATTCACTAGTTTTTATACCACAGTAGAGGGGTCTTCTACAAACAGGGATCAGATACAAATTACTGTTATAGAGAATGAGCATAGTGAGATGGCTCCTCCTCTTTTTGGTGAACTGGTTGAAATACCAAACTTAGAGAACTTGAATTTAATCTCAATGAACAAGATCCAGAAGATATGGAGCGACCAGCCCCCGTCAAACTTCTGCTTTCAAAACTTAATAAAATTAGTTGTGGATGATTGTGATAATTTGAGATATTTGTGTTCAATGTCCGTGGCCAGCAGTTTGAGGAAACTGAAAGGCCTCTTTGTAAGCAAGTGTAAAATGATGGAGAAGATTTTTAGCACAGAAGGAAATAGTGCAGGCAAGGTCTGCGTCTTTCCTAAGTTGGAGGAAATCCACCTCGACTACATGGATAAGTTAACAGACATATGGCAAGCTGAAGTGAGTGCTGATTCCTTTTCTAGTCTCACTTCTGTGTACATTAAGAGTTGCGATAAACTAGACAAAATTTTTCCGAGTCACATGGAAGGATGGTTTGCGAGTTTGAACAGCTTGAAGGTTTATTCTTGTGAGTCAGTGAAAGTGATTTTTGAAATCAAAGATTCTCAGCAAGCAGATGCATCTGGTGGGATAGACACAAATTTGCAGGTTTTTGATGTAAGGGGACTCCTAAAGTTGGAGCAGGTGTGGAGCAGGGATCCAGGAGGAATTCTTAACTTCAGAAAACTGCAGAGCATAGAGATGTATGATTGTAAAAGTCTGAGGAATGTATTTCCAGCTTCTGTGGCCAAAGATGTTCCAAAGCTTGAATACATGTCGGTCAGATGGTGTGATGGAATTGTGGAAATTGTTGCCTGTGAAGATGGATCCGAAACAAACACTGAACAATTAGTGTTTCCTGAACTAACCGACATGTGCTTATATGACCTATCAAGCATCCAGCATTTCTACAGGGGGAGACATCCTATAGAGTGTCCAAAATTGAAGAAGTTGGAAGTAAGGGAATGTAACAAGAAGCTAAAAACATTCGGAACCGGAGAAAGGAGCAATGAAGAAGATGAAGCAGTTATGTCAGCTGAAAAGATATTCCCCAATTTGGAGTTTTTGGATATTGACTTTGACGAAGCACAGAAGTGGTTATTGAGCAACACTGTGAAGCATCGAATGCACCGTTTAAAAGAGCTTAGGTTAAGCCAAGTTAATGATGGTGAACGTCTCTGTCAGATTCTGTACAGAATGCCAAATCTAGAAAAGTTACAGTTGTGGGAAGCTGAACATTTGCTTAAAGAGTCGTCGGAGTCACGTTTGGGAACCGTATTACAGCTGAAGGAATTGGTTTTGTGGGAGTCAGAGATAATGGATATAGGATTTGAACGAGAACCAGTTCTACAGAGACTAGAGGTTTTGAGCTTATATGAGTGCCACAGATTGAGGAATTTGGCTCCTCCCTCGGTATCATTGGCTTACTTGACA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| Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||
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