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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma06g17451

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm06
Start:13802452
stop:13808691
Source:JGI
Version:Wm82.a1.v1.1
High confidence:yes



A newer version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G26890AT Annotation by Michelle Graham. TAIR10: unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G41110.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | chr3:9907456-9910463 REVERSE LENGTH=649 SoyBaseE_val: 1.00E-51ISS
GO:0008150GO-bp Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: biological process SoyBaseN/AISS
GO:0009507GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: chloroplast SoyBaseN/AISS
GO:0003674GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: molecular function SoyBaseN/AISS
PTHR13199Panther FAMILY NOT NAMED JGI ISS
PTHR13199:SF7Panther OS08G0536100 PROTEIN JGI ISS
PTHR13199:SF9Panther UNKNOWN PROTEIN JGI ISS
UniRef100_I1JXN8UniRef Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=1 Tax=Glycine max RepID=I1JXN8_SOYBN SoyBaseE_val: 0ISS
UniRef100_Q949N7UniRef Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: AT3G26890 protein n=1 Tax=Arabidopsis thaliana RepID=Q949N7_ARATH SoyBaseE_val: 5.00E-49ISS

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma06g17451 not represented in the dataset

Glyma06g17451 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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ParalogEvidenceComments
Glyma04g37640 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.06g166100 Wm82.a2.v1IGC As supplied by JGI

Schmutz et al. 2010
  Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
  Nature 2010, 463:178-183

>Glyma06g17451.2   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g17451   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
CTTGACTTCAATACCCGACTTGTTTGTGGTTTCCCTTTTGCTGCAAGTTGTGGCTTTCAAAAGTACAGCCAGAAAAATTCTGGCTAAGCCATGCATGCCCCACAAATTGAATCCATATCGTATAGTCGTCCACCAATGCTTACCCCCCCAAACCCGTGTTTTATGTGATACACGGTAGTTTTGAGCAACAACAACCACAAGGAATTTCTTGGACATATGAGGCCTTTTAACGTTGTGGGGTTTGCAAAAGTTTTTTCCTTTGATTGGTATTGTTGGTGAATTGTGGTAAAAAGATTGAATTTTGAGCTTTCGTATGGATTGAACGGAACCACATGTTGTGGTGCGTGTTTTCCCCATGACTCGGTGTTTTGGTACTTTAAGCTCTTTGTCTGAGTATGGATTAGAGAAAGATAGGAGGGTGTTGCATTTGGGTATTCCATGTTTTGCTTGTGTGGTTTTAAGGATGAATACAATGATGTGCATCACATTATTTTTTAATCTAGATTATGTAAATAACACTTGTGGACTAATGATTTTCCCCCCTTGCTATTGGATTGGTTGTTTGGGTTTATAGCCAAACGGGGAATTGTTAGGGGTTTCTTAGAGGGTGTGTTGAATTAAAATTCCTTCTTTAGTTTATGGTTCAACTTAGCAATTGAAGACTGAAAAAAAAAATTGTAAGAACTGTGATAATGTGAGGACTAATTGTTGAAGGTTACTGATTTTCTATGTAATTAGTATAGTTATGTGTTTACATTGTATTATCTGAAAGAAATTATCAATAATTTCTTCATTTCTGCAGGAGAGTACCACTAGTCTGATGATGCCGTAAAGTCCGATTATTAAGATTTTTACTTTTCATTGGAGGAATCAATTTATTTATGACTTCTGGGCTGTGTGTGGTTTTGAGATTACAATTGAAACATGAATTTATCGCTGAAAGATAGTAATTGAAGAAGTGATTCTTTTTGGGAAATTCGGAAGAACCCTGCCCGAAAAATAAAAATGGGGTTGCCACAGGTGGCTTCGGCTGCGCTCTGAGGAAGTGGCAGCGTCACTAGGCACATTCATGCAAACTGCACCTAGAATGGTCAGCATAGGCAACTATGAGGTGAACTTGTTAGCTAGAGAAGACATAGGTAATTGCATGCACATAGTTGTGCTTAAATCTGAAAAAAAAATATTCTAGAGCTTTCAAAAGAATCGCATATTTCAAGTATGTGTAGAGATAGTAAGTTGAAAATTAACCCCATGGAACAAATTAGCAAGTTGTCTGTCAATTCAGAGAAAACTAGGCAGACACCTGTTTCTAGGACTGTAGGTTTTCAAATTAGAACATCAACTGTGGCGTGTTAATGGTTTCGGAGGAAATGGATATTCATCAACCGTCTTTAATGTCATCAGTGATGCAACTGAAGCTTCTGAGTCACAAGTTAGAAAACAGTTATTGTCACCTTTGAATGGGATGCTGCTTGCGGATCATTTTAAAGGTGATCCACTAGACATTGGTGCTGGTATTTATCAAAGTCGTTCAAAGGCTGGTGATCATAATTCTAATGCTTTACATGAGTATAAGAAGGATCATATTGGAAACAACAATAAGATTCATTCAATGATCTGGACTACATCTTGTTTTCAGGAATTTACAAATTCATCCTGTAATGACAATACTATAAACCATATTGTATCTAGTCATCACCAACGTGCAGAGCCATGGTCTATTAAGCATTTTAAATCATCTCCAGTACGTAATGCTTCTGAAGAAACAACTAAAACAAGGTCCCAAACAGCTGCATTGTCTATACCACAAAAAAATGTGTCATCACCTACCTTCCCTTTGTCTCCTCTGGGTAAAAAATCTTCTAAAAATGAAAATTTGGGAGAATGCAGAAATATTGATGTTATCTTGGACAATGACAATTTTACTTTTAATAGTGTGGAACAGTCACTTGATAGAACTTGTCAAGGCATTTCATCAGCACAGGAGATACCAAGTACATCACAGCTCAATTTGAACAATATGCAGCAAAAGTCTGACCTGTTTACTCCTGACAACATGATTAATATGAAAGAGTATTGGACTCATTCTGGTAGCTTTCCTCCTTGGGATGCCAAGTTACGTGGAACTATGAGTAGACTGCCAATTAGAAGGTCCTTGGTTGGTTCATTTGAAGAATCTTTGTTATCTGGTCGCTTACTATCTGGGAAAGTTAGTCAGGTTGGAATTATTCTCATATACAGGCATCCTACATTATGCACTAGTTTCCTGATGACCTTTCTGTTATTTTACTCGTGTAATTGTCGTGGCTTCTATTTGCAGAAAATTGAAGGCTTTCTTGCATTCCTGAATGTAACTGGCGGCAATTTCTCACCTCAATCACAGAAAATACCATTTGCAGTAACCAGCGTGGATGGAGACAAGTATTTACTTTATTATTCATCAATTAATCTTTCAGGAAAGCTATTATCAGGCAAGTCTAGAGTTGCTAAATTTCAGAGAACCCTTAGCATGGATGAATCTCGATCTGAAAAGCCCCATATACGTGTACCTATGAAAGGACGTATTCAACTGGTTCTCACCAATCCAGAGAGGACACCTATCCATACCTTCTTTTGCAATTATGATTTGAGTGACATGCCAGCTGGTACCAAGACGATCTTGCGGCAAAAGGTCACTTTAACTGCGTCTAGATCAATGTCTATGACGGGTAACGAAAGCCAAGCAGATTCTGACATCAAAGCTGATGCCAAGTCGTCGTTGATCTCAGTCACACGCCACCGAGATAAAGATCTTCTCACCACAAAATGTGGAGAGTTTGATAGTCTGACATGTTCAAAGGCTGGCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTCATGTGCCCCTTTCCTAAGAGACGTTCAAGGTCTGTTCATAAGTGCAAATCTGGCCCTGTCTCTGCTGAAGTGAGAAATATTGTGGACGTTGAACATGAAAGAAGCTTCTACTTGTATGATGATATGAGGGTAGTGTTTCCTCAACGTCATTCAGATTCTGATGAGGGAAAGTTACATGTGGAATATCATTACCCTTCAAATCCAAAATATTTCGACATCAGCTGCTGAATGCCGCCGTCTCCCAGTGATTTTTGTATATATAGTTGTAAATGTTGTACGTATACAATTCATTTCCTTCAATTTTGCCATGTAACTAATAATTTGTAAAATTGGATTGTAGATGTTCATATTTGATTCATAGTACTTGCTTTGACCCTTAACGAGGGTGCTTATGCTCTCCTACTACTGTCCATCAAATTTTTTAATTTTTAAATAATTTTCAAATCCGTATGTTCTCATACGGATCATCAA

>Glyma06g17451.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g17451   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g17451.4   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g17451   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
CTTGACTTCAATACCCGACTTGTTTGTGGTTTCCCTTTTGCTGCAAGTTGTGGCTTTCAAAAGTACAGCCAGAAAAATTCTGGCTAAGCCATGCATGCCCCACAAATTGAATCCATATCGTATAGTCGTCCACCAATGCTTACCCCCCCAAACCCGTGTTTTATGTGATACACGGTAGTTTTGAGCAACAACAACCACAAGGAATTTCTTGGACATATGAGGCCTTTTAACGTTGTGGGGTTTGCAAAAGTTTTTTCCTTTGATTGGTATTGTTGGTGAATTGTGGTAAAAAGATTGAATTTTGAGCTTTCGTATGGATTGAACGGAACCACATGTTGTGGTGCGTGTTTTCCCCATGACTCGGTGTTTTGGTACTTTAAGCTCTTTGTCTGAGTATGGATTAGAGAAAGATAGGAGGGTGTTGCATTTGGGTATTCCATGTTTTGCTTGTGTGGTTTTAAGGATGAATACAATGATGTGCATCACATTATTTTTTAATCTAGATTATGTAAATAACACTTGTGGACTAATGATTTTCCCCCCTTGCTATTGGATTGGTTGTTTGGGTTTATAGCCAAACGGGGAATTGTTAGGGGTTTCTTAGAGGGTGTGTTGAATTAAAATTCCTTCTTTAGTTTATGGTTCAACTTAGCAATTGAAGACTGAAAAAAAAAATTGTAAGAACTGTGATAATGTGAGGACTAATTGTTGAAGGTTACTGATTTTCTATGTAATTAGTATAGTTATGTGTTTACATTGTATTATCTGAAAGAAATTATCAATAATTTCTTCATTTCTGCAGGAGAGTACCACTAGTCTGATGATGCCGTAAAGTCCGATTATTAAGATTTTTACTTTTCATTGGAGGAATCAATTTATTTATGACTTCTGGGCTGTGTGTGGTTTTGAGATTACAATTGAAACATGAATTTATCGCTGAAAGATAGTAATTGAAGAAGTGATTCTTTTTGGGAAATTCGGAAGAACCCTGCCCGAAAAATAAAAATGGGGTTGCCACAGGTGGCTTCGGCTGCGCTCTGAGGAAGTGGCAGCGTCACTAGGCACATTCATGCAAACTGCACCTAGAATGGTCAGCATAGGCAACTATGAGGTGAACTTGTTAGCTAGAGAAGACATAGGTAATTGCATGCACATAGTTGTGCTTAAATCTGAAAAAAAAATATTCTAGAGCTTTCAAAAGAATCGCATATTTCAAGTATGTGTAGAGATAGTAAGTTGAAAATTAACCCCATGGAACAAATTAGCAAGTTGTCTGTCAATTCAGAGAAAACTAGGCAGACACCTGTTTCTAGGACTGTAGGTTTTCAAATTAGAACATCAACTGTGGCGTGTTAATGGTTTCGGAGGAAATGGATATTCATCAACCGTCTTTAATGTCATCAGTGATGCAACTGAAGCTTCTGAGTCACAAGTTAGAAAACAGTTATTGTCACCTTTGAATGGGATGCTGCTTGCGGATCATTTTAAAGGTGATCCACTAGACATTGGTGCTGGTATTTATCAAAGTCGTTCAAAGGCTGGTGATCATAATTCTAATGCTTTACATGAGTATAAGAAGGATCATATTGGAAACAACAATAAGATTCATTCAATGATCTGGACTACATCTTGTTTTCAGGAATTTACAAATTCATCCTGTAATGACAATACTATAAACCATATTGTATCTAGTCATCACCAACGTGCAGAGCCATGGTCTATTAAGCATTTTAAATCATCTCCAGTACGTAATGCTTCTGAAGAAACAACTAAAACAAGGTCCCAAACAGCTGCATTGTCTATACCACAAAAAAATGTGTCATCACCTACCTTCCCTTTGTCTCCTCTGGGTAAAAAATCTTCTAAAAATGAAAATTTGGGAGAATGCAGAAATATTGATGTTATCTTGGACAATGACAATTTTACTTTTAATAGTGTGGAACAGTCACTTGATAGAACTTGTCAAGGCATTTCATCAGCACAGGAGATACCAAGTACATCACAGCTCAATTTGAACAATATGCAGCAAAAGTCTGACCTGTTTACTCCTGACAACATGATTAATATGAAAGAGTATTGGACTCATTCTGGTAGCTTTCCTCCTTGGGATGCCAAGTTACGTGGAACTATGAGTAGACTGCCAATTAGAAGGTCCTTGGTTGGTTCATTTGAAGAATCTTTGTTATCTGGTCGCTTACTATCTGGGAAAGTTAGTCAGGTTGGAATTATTCTCATATACAGGCATCCTACATTATGCACTAGTTTCCTGATGACCTTTCTGTTATTTTACTCGTGTAATTGTCGTGGCTTCTATTTGCAGAAAATTGAAGGCTTTCTTGCATTCCTGAATGTAACTGGCGGCAATTTCTCACCTCAATCACAGAAAATACCATTTGCAGTAACCAGCGTGGATGGAGACAAGTATTTACTTTATTATTCATCAATTAATCTTTCAGGAAAGCTATTATCAGGCAAGTCTAGAGTTGCTAAATTTCAGAGAACCCTTAGCATGGATGAATCTCGATCTGAAAAGCCCCATATACGTGTACCTATGAAAGGACGTATTCAACTGGTTCTCACCAATCCAGAGAGGACACCTATCCATACCTTCTTTTGCAATTATGATTTGAGTGACATGCCAGCTGGTACCAAGACGATCTTGCGGCAAAAGGTCACTTTAACTGCGTCTAGATCAATGTCTATGACGGGTAACGAAAGCCAAGCAGATTCTGACATCAAAGCTGATGCCAAGTCGTCGTTGATCTCAGTCACACGCCACCGAGATAAAGATCTTCTCACCACAAAATGTGGAGAGTTTGATAGTCTGACATGTTCAAAGGCTGGCATTTTGCTTTATGCTCTTCACCTTCGCTTCATGTGCCCCTTTCCTAAGAGACGTTCAAGGTCTGTTCATAAGTGCAAATCTGGCCCTGTCTCTGCTGAAGTGAGAAATATTGTGGACGTTGAACATGAAAGAAGCTTCTACTTGTATGATGATATGAGGGTAGTGTTTCCTCAACGTCATTCAGATTCTGATGAGGGAAAGGACTACGCAAAGCACTGATAGTGTGGTATCTTCAGTAATGAATGTTCATTTAAACAGTCTTGAGCTAAATGATGTTAATCTTCTTGAGGAACATTGCACTTTTATGTTAATATGATTTCAAATCTCGTTCTTGAAGCATCAGTTATGGAATAAAAAATTGTCACTTTCTGGTTCC

>Glyma06g17451.5   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g17451   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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