Glyma06g14890 - SoyBase

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma06g14890

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm06
Start:	11679231
stop:	11684438
Source:	JGI
Version:	Wm82.a1.v1.1
High confidence:	yes

A newer version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma06g14890

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT2G40540	AT	Annotation by Michelle Graham. TAIR10: potassium transporter 2 \| chr2:16931445-16934516 FORWARD LENGTH=794	SoyBase	E_val: 0	ISS
GO:0000394	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation	SoyBase	N/A	ISS
GO:0006813	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: potassium ion transport	SoyBase	N/A	ISS
GO:0009086	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: methionine biosynthetic process	SoyBase	N/A	ISS
GO:0010075	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: regulation of meristem growth	SoyBase	N/A	ISS
GO:0071805	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: potassium ion transmembrane transport	SoyBase	N/A	ISS
GO:0005739	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: mitochondrion	SoyBase	N/A	ISS
GO:0005886	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: plasma membrane	SoyBase	N/A	ISS
GO:0016020	GO-cc	Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: membrane	SoyBase	N/A	ISS
GO:0015079	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: potassium ion transmembrane transporter activity	SoyBase	N/A	ISS
PF02705	PFAM	K+ potassium transporter	JGI		ISS
UniRef100_B9S4D1	UniRef	Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Potassium transporter, putative n=1 Tax=Ricinus communis RepID=B9S4D1_RICCO	SoyBase	E_val: 0	ISS
UniRef100_I1KB89	UniRef	Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=1 Tax=Glycine max RepID=I1KB89_SOYBN	SoyBase	E_val: 0	ISS

Expression Patterns of Glyma06g14890

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology


Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Paralogs of Glyma06g14890

Paralog	Evidence	Comments
Glyma04g39960	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.

Gene model name correspondences to Glyma06g14890 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma.06g143800	Wm82.a2.v1	IGC	As supplied by JGI

References for Glyma06g14890

Schmutz et al. 2010
Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
Nature 2010, 463:178-183

Transcripts of Glyma06g14890

Limit To All Plant Sequences

>Glyma06g14890.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.4   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.5   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.6   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.7   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Coding sequences of Glyma06g14890

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma06g14890.6   sequence type=CDS   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.7   sequence type=CDS   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Predicted protein sequences of Glyma06g14890

Limit To All Plant Sequences

>Glyma06g14890.2   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.3   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.4   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.5   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.6   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g14890.7   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g14890   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain