Warning : Undefined variable $sxsome in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
665
Warning : Undefined variable $sstart in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
665
Warning : Undefined variable $send in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
665
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/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
1018
Warning : get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean/Absolute/Glyma06g09310): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
1018
Warning : Trying to access array offset on false in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
1019
Warning : get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
1020
Warning : get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma06g09310): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
1020
Warning : Trying to access array offset on false in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
1021
Deprecated : preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
1025
Deprecated : preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line
1031
Report for Sequence Feature Glyma06g09310
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm06
Start: 6849646
stop: 6856012
Source: JGI
Version: Wm82.a1.v1.1
High confidence: yes
A newer version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma06g09310
Database ID Annotation Type Annotation Description Annotation Source Match Score Evidence Code
AT4G32850 AT
Annotation by Michelle Graham. TAIR10: nuclear poly(a) polymerase | chr4:15850134-15854351 FORWARD LENGTH=745
SoyBase E_val: 0 ISS
GO:0000911 GO-bp
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: cytokinesis by cell plate formation
SoyBase N/A ISS
GO:0000956 GO-bp
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: nuclear-transcribed mRNA catabolic process
SoyBase N/A ISS
GO:0006351 GO-bp
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: transcription, DNA-dependent
SoyBase N/A ISS
GO:0006623 GO-bp
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: protein targeting to vacuole
SoyBase N/A ISS
GO:0016192 GO-bp
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: vesicle-mediated transport
SoyBase N/A ISS
GO:0031123 GO-bp
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: RNA 3'-end processing
SoyBase N/A ISS
GO:0043631 GO-bp
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: RNA polyadenylation
SoyBase N/A ISS
GO:0005634 GO-cc
Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: nucleus
SoyBase N/A ISS
GO:0003723 GO-mf
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: RNA binding
SoyBase N/A ISS
GO:0004652 GO-mf
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: polynucleotide adenylyltransferase activity
SoyBase N/A ISS
GO:0005515 GO-mf
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: protein binding
SoyBase N/A ISS
GO:0016779 GO-mf
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: nucleotidyltransferase activity
SoyBase N/A ISS
KOG2245
KOG
Poly(A) polymerase and related nucleotidyltransferases
JGI ISS
PTHR10682 Panther
POLY(A) POLYMERASE
JGI ISS
PTHR10682:SF5 Panther
POLY(A) POLYMERASE-RELATED
JGI ISS
PF01909 PFAM
Nucleotidyltransferase domain
JGI ISS
PF04926 PFAM
Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain
JGI ISS
PF04928 PFAM
Poly(A) polymerase central domain
JGI ISS
UniRef100_B9RS15 UniRef
Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Poly(A) polymerase beta, putative n=1 Tax=Ricinus communis RepID=B9RS15_RICCO
SoyBase E_val: 0 ISS
UniRef100_I1K9H3 UniRef
Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=1 Tax=Glycine max RepID=I1K9H3_SOYBN
SoyBase E_val: 0 ISS
Expression Patterns of Glyma06g09310
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Paralogs of Glyma06g09310
Paralog Evidence Comments
Glyma04g09170 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.
Gene model name correspondences to Glyma06g09310 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma.06g088500 Wm82.a2.v1 IGC As supplied by JGI
References for Glyma06g09310
Transcripts of Glyma06g09310
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma06g09310.10 sequence type=transcript gene model=Glyma06g09310 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
TTAATTAAAAAAAGTTGTTTCAAAAAAGAAGTACAGGTGGGGCGTTCCGAGTGGACACAGCAGCGTAATAAAAATCACTTTTTAAAGTTACATTCGCGATTAGTGATTACCCCCAAACGCTCCCTTAACCCACCCAAACCCCAAATCTGAAAACCGTCCTATTCGTCGTTCGAATTAGGGGCATCTCTGAACTGGAACAACCAGATGCCAGCGATTTGAGCGATGCACAGTCAAGAAGAAGCTGCGTAGTGCGTTTGCGTTTCGTTCTTCCAAATGGCGGTTTCCGACAGTCCCAGCGGCGGCTCCACGCCACCTCATCAGGAACAACAAGCCAACAGCAAGTACGGTTTCACCAAGCCCCTCTCTCTCGCGGGTCCCACCGACGCTGATCTCCAGCGTAACAACGATTTGGACAAGTTCTTGCTCGATTCGGGTCTCTACGAGAGCAATGAAGAATCCGCTGCGAGGAAAGAGGTTCTTCACCGCCTTGATCAGATTGTGAAAAGCTGGGTGAAGCAGTTGACGCGCCAACGTGGCTACACAGATCAGATGGTAGAGGATGCAAATGCTGTCATTTTTACTTTTGGCTCTTACCGACTAGGGGTTCATGGACCTGGAGTTGACATAGACACTTTGTGCATTGGTCCTTCTTATGTAAACCGAGAGGAAGATTTCTTCATCATTTTGCATAACATCCTGGCCGAAATGGAAGAAGTTTCTGAACTTCAACCAGTTCCTGATGCACATGTTCCAGTAATGAAATTCAAATTCCAGGGAATATCTATAGATTTGCTGTATGCAAGTATATCACTTTTGGTTGTGCCAGAAGACCTAGATATCTCGCATGGTTCAGTGCTGTATGATGTTGATGAACCAACTGTTCGAAGTCTTAATGGCTGCCGTGTGGCAGATCAAATTCTTAAACTTGTTCCAAATGTTGAGCACTTCCGAACTACACTGAGATGTTTAAAGTTTTGGGCAAAAAGGCGTGGTGTTTATTCAAATGTTACTGGATTCCTTGGTGGTGTAAATTGGGCTATTTTAGTTGCTCGAATTTGCCAGCTCTACCCCAATGCAATCCCTAGTATGTTGGTTTCTCGATTCTTCAGGGTCTATACACAGTGGCGGTGGCCAAACCCTGTAATGCTATGCTCTATAGAAGAGAATGAACTGGGATTCCCTATATGGGATCCTCGTAGAAACCCCCGGGACAGATTTCACACTATGCCAATAATTACTCCTGCATACCCTTGCATGAATTCAAGCTACAACGTTTCGGCAAGTACTCTTCGTGTTATGGTGGACCAATTCTGCTATGGCAATAAGATTTGTGATGAAATTGAGCTTAATAAAGCCCAGTGGAGCGCACTTTTTCAGCCTTATATTTTTTTTGAGGCATACAAAAACTATTTACAAGTGGACATAATTGCATCAGACACGGATGATTTACTAGCATGGAGGGGATGGGTAGAATCTCGGTTGAGAATGCTTACCCTGAAGATAGAGCGAGATACAAATGGGATGCTGCAGTGCCATCCTTACCCACATGAGTATGTAGACACATCCAAGCCATGTGCACATTCTGCATTTTTCATGGGCTTGCAAAGGAAAGAGGGAGTAAGAGGTCAAGAGGGGCAGCAATTTGATATACGTGGAACAGTTGATGAATTCAGACAAGAAATAAATATGTACATGTACTGGAAGCCAGGGATGGATATTTTTGTTTCTCATGTTCGTCGAAAGCAACTCCCTGCATTTGTTTTTCCTGATGGTTACAAACGCACTCGAATGCCAAGGCATATAAGCCATCAAGCTGAAATAACAGGTGATGATGCCACAAACTGCTACTCTGGGCCTGGATTGTCTGAAAGATGCATCAAGAGGAAAAATTACTCTGAAATGGTGGATAAGAAGCCAGACAAACCAGATAAGCGGGCATCTATAAGCCCACAAAGGTTAGAATGTGTTTCTCCTGAAAGTTGTACTGGTAAATCAGGTGGTACAGCTCAAATGAGTATTGAGTGTATTAAAGGGGTTAGGTTAGCTGGTTCAACAACCAAGGATGCTAACAGCAATTGTAAAATTAAGTCATCTGATGCACTCCCTGGAAGTGGACTAAGAACTGAGGTAGCTGACATGCAGATTAGTGAAGCAGGCTTTGTTAACACTACACATGATATGTTGAAATCAAGGAGTGTTGAAGTTCCAAATGAGGTAAGCTGCTGAACCAGTGGAGGAACCTTTGGAAGTTGTTTGGTTCATGTGAAGTTCCTTAATTAGAAGTTGGTGATACATTTCAGAATGAAGTTGTCAATGGGGACAAAGCTCAGGATCTGGCTTTAGATTGCTTGGAAAGTGCAGAAACTGAATCTACTAACAGCCTGTCAAACTATGAAGAGGGTGATATTGATATGGATCAGCGACTAGACAAAGCATGTAATTTCATCACAAGGGCTGAATGTTCAGATTATGTACCAAATGCCAGCTCCCAGAACCTCAATTGCGAGGTGAGTTATTTCATTTGAGGACTTTTTTGGATTAGGAACTGTTGTGGATGGCAGTGAAAAAACTGGAAGTCTGGGAGATAGTGAGTCAGGGATCTTTGCAGGGTGATGTTTGTGTGGCTGATCCAGATCAGTTCTGAAGAGTGGGTGTTTTCTTGGAAATAGAGTATTTCAAAATATCGGGGCTCAGGAATATAAGGTTTTGAATTTTCTAATCTCATTGTTTTCTCGGTAATAAAGACTATCTGATCTTATAATAATATACTTTTTACCTCATCTTTCTTTGCTTTATGCCTTTATGGCCGTTACCAAAATTTTATATTTCATGGGTTTTCAGAATAAAGAGTCTAATCTTGTTTTTCTGATTTGATTTTTTTTTTCTTTTCTTCTGTTATAGCTTTGCTTGCATATCATAGACAATTCAGCCTAATCTTGTTGGGTCTTCTTACTATAAAGAACTGTTTTTATCTTGTATATTTTCCTGTTTCTTTCAAGATAATTTGACTATCAATTTCCATGGTAATTGAATATCTTGGTTAGTTTTCTGACTAGTGAATATGTGGTCGCAGGTCCTGCACCACTATACGTGCTATGTTTCCAGTAACTGTGCTTAAGAACCTAACTTGTTTTGTCCAGATGTCAGTCTCGGAAGTGTTGTATAAATTGAAGATGGGGCTAGGAGGATGAGTTTGGAGTAAATCACATGATATTTGGGAGGTGAATGGCTGAAATTGCTGCTCACGCTGCTACCTTGTGCTATGTTGTGGCTGTTGCTGTGCTGAGATCCTGTGAATGGGACTAAGGTTATAATTGAACAGTGAGGAGCTGATACAAATGATGGCAGTGAAAGAGATTGGGGTTTGTGGTATGGAGTTGCGATGGATGGTCGTATGTGTACAATAGATGAACAACATGATGTGGGAAACATGGGCTCATATCATCTTCAGAGCTATGAATTGTCTCATAAACCTTAACATATTTACTTACCTGGATTTAAAAGGAGTGGGAACTTTGTTGTTTGCTTGTGATGTGGATGTGATCGATACGTTGTGTTAATGTAAGAAACAGCTATTTCGGCTAGGTTATTTAGCTGAGAAAACGGTAAAACAAAAATATTTTGGCGGCAGAATAGGGTAGCCTTCCTTGTCTATCCTTGCTTTGGAAGTTACGGTGGGGAGGATTATTCTGTCTAGGGTTTCGTTGGCCTTGTGAAAATGGTTTATTTCATTAGTGTTCTCACATGGTTTTCTTTTATTTTTGCGTACTTAATTTGTTTGGTGTTTATTACCCTTCAGAGTATGGGTGATGAAGCAGGGAATTATACTGAACTATGCTGATCACTTGGACAATCGTATTGGTTAAATAAAGCCCTAATGTGTAAAAGTTATTAAATTGAGTTAATCATATCCATGATTTCTCCAATGAAAATTCTACAACATTATTTCTAATTC
>Glyma06g09310.11 sequence type=transcript gene model=Glyma06g09310 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
TTAATTAAAAAAAGTTGTTTCAAAAAAGAAGTACAGGTGGGGCGTTCCGAGTGGACACAGCAGCGTAATAAAAATCACTTTTTAAAGTTACATTCGCGATTAGTGATTACCCCCAAACGCTCCCTTAACCCACCCAAACCCCAAATCTGAAAACCGTCCTATTCGTCGTTCGAATTAGGGGCATCTCTGAACTGGAACAACCAGATGCCAGCGATTTGAGCGATGCACAGTCAAGAAGAAGCTGCGTAGTGCGTTTGCGTTTCGTTCTTCCAAATGGCGGTTTCCGACAGTCCCAGCGGCGGCTCCACGCCACCTCATCAGGAACAACAAGCCAACAGCAAGTACGGTTTCACCAAGCCCCTCTCTCTCGCGGGTCCCACCGACGCTGATCTCCAGCGTAACAACGATTTGGACAAGTTCTTGCTCGATTCGGGTCTCTACGAGAGCAATGAAGAATCCGCTGCGAGGAAAGAGGTTCTTCACCGCCTTGATCAGATTGTGAAAAGCTGGGTGAAGCAGTTGACGCGCCAACGTGGCTACACAGATCAGATGGTAGAGGATGCAAATGCTGTCATTTTTACTTTTGGCTCTTACCGACTAGGGGTTCATGGACCTGGAGTTGACATAGACACTTTGTGCATTGGTCCTTCTTATGTAAACCGAGAGGAAGATTTCTTCATCATTTTGCATAACATCCTGGCCGAAATGGAAGAAGTTTCTGAACTTCAACCAGTTCCTGATGCACATGTTCCAGTAATGAAATTCAAATTCCAGGGAATATCTATAGATTTGCTGTATGCAAGTATATCACTTTTGGTTGTGCCAGAAGACCTAGATATCTCGCATGGTTCAGTGCTGTATGATGTTGATGAACCAACTGTTCGAAGTCTTAATGGCTGCCGTGTGGCAGATCAAATTCTTAAACTTGTTCCAAATGTTGAGCACTTCCGAACTACACTGAGATGTTTAAAGTTTTGGGCAAAAAGGCGTGGTGTTTATTCAAATGTTACTGGATTCCTTGGTGGTGTAAATTGGGCTATTTTAGTTGCTCGAATTTGCCAGCTCTACCCCAATGCAATCCCTAGTATGTTGGTTTCTCGATTCTTCAGGGTCTATACACAGTGGCGGTGGCCAAACCCTGTAATGCTATGCTCTATAGAAGAGAATGAACTGGGATTCCCTATATGGGATCCTCGTAGAAACCCCCGGGACAGATTTCACACTATGCCAATAATTACTCCTGCATACCCTTGCATGAATTCAAGCTACAACGTTTCGGCAAGTACTCTTCGTGTTATGGTGGACCAATTCTGCTATGGCAATAAGATTTGTGATGAAATTGAGCTTAATAAAGCCCAGTGGAGCGCACTTTTTCAGCCTTATATTTTTTTTGAGGCATACAAAAACTATTTACAAGTGGACATAATTGCATCAGACACGGATGATTTACTAGCATGGAGGGGATGGGTAGAATCTCGGTTGAGAATGCTTACCCTGAAGATAGAGCGAGATACAAATGGGATGCTGCAGTGCCATCCTTACCCACATGAGTATGTAGACACATCCAAGCCATGTGCACATTCTGCATTTTTCATGGGCTTGCAAAGGAAAGAGGGAGTAAGAGGTCAAGAGGGGCAGCAATTTGATATACGTGGAACAGTTGATGAATTCAGACAAGAAATAAATATGTACATGTACTGGAAGCCAGGGATGGATATTTTTGTTTCTCATGTTCGTCGAAAGCAACTCCCTGCATTTGTTTTTCCTGATGGTTACAAACGCACTCGAATGCCAAGGCATATAAGCCATCAAGCTGAAATAACAGGTGATGATGCCACAAACTGCTACTCTGGGCCTGGATTGTCTGAAAGATGCATCAAGAGGAAAAATTACTCTGAAATGGTGGATAAGAAGCCAGACAAACCAGATAAGCGGGCATCTATAAGCCCACAAAGGTTAGAATGTGTTTCTCCTGAAAGTTGTACTGGTAAATCAGGTGGTACAGCTCAAATGAGTATTGAGTGTATTAAAGGGGTTAGGTTAGCTGGTTCAACAACCAAGGATGCTAACAGCAATTGTAAAATTAAGTCATCTGATGCACTCCCTGGAAGTGGACTAAGAACTGAGGTAGCTGACATGCAGATTAGTGAAGCAGGCTTTGTTAACACTACACATGATATGTTGAAATCAAGGAGTGTTGAAGTTCCAAATGAGGTAAGCTGCTGAACCAGTGGAGGAACCTTTGGAAGTTGTTTGGTTCATGTGAAGTTCCTTAATTAGAAGTTGGTGATACATTTCAGAATGAAGTTGTCAATGGGGACAAAGCTCAGGATCTGGCTTTAGATTGCTTGGAAAGTGCAGAAACTGAATCTACTAACAGCCTGTCAAACTATGAAGAGGGTGATATTGATATGGATCAGCGACTAGACAAAGCATGTAATTTCATCACAAGGGCTGAATGTTCAGATTATGTACCAAATGCCAGCTCCCAGAACCTCAATTGCGAGGTGAGTTATTTCATTTGAGGACTTTTTTGGATTAGGAACTGTTGTGGATGGCAGTGAAAAAACTGGAAGTCTGGGAGATAGTGAGTCAGGGATCTTTGCAGGGTGATGTTTGTGTGGCTGATCCAGATCAGTTCTGAAGAGTGGGTGTTTTCTTGGAAATAGAGTATTTCAAAATATCGGGGCTCAGGAATATAAGGTTTTGAATTTTCTAATCTCATTGTTTTCTCGGTAATAAAGACTATCTGATCTTATAATAATATACTTTTTACCTCATCTTTCTTTGCTTTATGCCTTTATGGCCGTTACCAAAATTTTATATTTCATGGGTTTTCAGAATAAAGAGTCTAATCTTGTTTTTCTGATTTGATTTTTTTTTTCTTTTCTTCTGTTATAGCTTTGCTTGCATATCATAGACAATTCAGCCTAATCTTGTTGGGTCTTCTTACTATAAAGAACTGTTTTTATCTTGTATATTTTCCTGTTTCTTTCAAGATAATTTGACTATCAATTTCCATGGTAATTGAATATCTTGGTTAGTTTTCTGACTAGTGAATATGTGGTCGCAGGTCCTGCACCACTATACGTGCTATGTTTCCAGTAACTGTGCTTAAGAACCTAACTTGTTTTGTGTATAAAGACGCTCAGAGACCAGACCTTCCTTTTTTTCATTTTATTAGTTTTTTGTTTAATACTTTTTTCTTCCTAATTGTTATTATTCTTTCTATTTTCTATATTGTGTATAGCCAGATGTCAGTCTCGGAAGTGTTGTATAAATTGAAGATGGGGCTAGGAGGATGAGTTTGGAGTAAATCACATGATATTTGGGAGGTGAATGGCTGAAATTGCTGCTCACGCTGCTACCTTGTGCTATGTTGTGGCTGTTGCTGTGCTGAGATCCTGTGAATGGGACTAAGGTTATAATTGAACAGTGAGGAGCTGATACAAATGATGGCAGTGAAAGAGATTGGGGTTTGTGGTATGGAGTTGCGATGGATGGTCGTATGTGTACAATAGATGAACAACATGATGTGGGAAACATGGGCTCATATCATCTTCAGAGCTATGAATTGTCTCATAAACCTTAACATATTTACTTACCTGGATTTAAAAGGAGTGGGAACTTTGTTGTTTGCTTGTGATGTGGATGTGATCGATACGTTGTGTTAATGTAAGAAACAGCTATTTCGGCTAGGTTATTTAGCTGAGAAAACGGTAAAACAAAAATATTTTGGCGGCAGAATAGGGTAGCCTTCCTTGTCTATCCTTGCTTTGGAAGTTACGGTGGGGAGGATTATTCTGTCTAGGGTTTCGTTGGCCTTGTGAAAATGGTTTATTTCATTAGTGTTCTCACATGGTTTTCTTTTATTTTTGCGTACTTAATTTGTTTGGTGTTTATTACCCTTCAGAGTATGGGTGATGAAGCAGGGAATTATACTGAACTATGCTGATCACTTGGACAATCGTATTGGTTAAATAAAGCCCTAATGTGTAAAAGTTATTAAATTGAGTTAATCATATCCATGATTTCTCCAATGAAAATTCTACAACATTATTTCTAATTC
>Glyma06g09310.12 sequence type=transcript gene model=Glyma06g09310 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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Predicted protein sequences of Glyma06g09310
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
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>Glyma06g09310.9 sequence type=predicted peptide gene model=Glyma06g09310 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high
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