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/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
665 
Warning :  Undefined variable $sstart in 
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
665 
Warning :  Undefined variable $send in 
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
665 
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/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
1018 
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/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
1018 
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/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
1019 
Warning :  get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in 
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
1020 
Warning :  get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma06g09310): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in 
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
1020 
Warning :  Trying to access array offset on false in 
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
1021 
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/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
1025 
Deprecated :  preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in 
/var/www/html/include/SeqFeatClass.php  on line 
1031 
	
	
	
Report for Sequence Feature Glyma06g09310 
      
      
    
      Feature Type: gene_model 
     
    
      Chromosome: Gm06   
    
      Start: 6849646 
     
    
      stop: 6856012 
     
    
      Source: JGI 
     
    
      Version: Wm82.a1.v1.1 
     
    
      High confidence: yes 
     
 
A newer version of this gene model can be found here: 
Annotations for Glyma06g09310
      
    Database ID Annotation Type Annotation Description Annotation Source Match Score Evidence Code 
      AT4G32850 AT 
Annotation by Michelle Graham. TAIR10: nuclear poly(a) polymerase | chr4:15850134-15854351 FORWARD LENGTH=745 
SoyBase E_val: 0 ISS   
    
      GO:0000911 GO-bp 
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: cytokinesis by cell plate formation 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0000956 GO-bp 
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: nuclear-transcribed mRNA catabolic process 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0006351 GO-bp 
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: transcription, DNA-dependent 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0006623 GO-bp 
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: protein targeting to vacuole 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0016192 GO-bp 
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: vesicle-mediated transport 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0031123 GO-bp 
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: RNA 3'-end processing 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0043631 GO-bp 
Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: RNA polyadenylation 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0005634 GO-cc 
Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: nucleus 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0003723 GO-mf 
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: RNA binding 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0004652 GO-mf 
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: polynucleotide adenylyltransferase activity 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0005515 GO-mf 
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: protein binding 
SoyBase N/A ISS   
    
      GO:0016779 GO-mf 
Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: nucleotidyltransferase activity 
SoyBase N/A ISS   
    
      KOG2245 
KOG 
Poly(A) polymerase and related nucleotidyltransferases 
JGI  ISS   
    
      PTHR10682 Panther 
POLY(A) POLYMERASE 
JGI  ISS   
    
      PTHR10682:SF5 Panther 
POLY(A) POLYMERASE-RELATED 
JGI  ISS   
    
      PF01909 PFAM 
Nucleotidyltransferase domain 
JGI  ISS   
    
      PF04926 PFAM 
Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain 
JGI  ISS   
    
      PF04928 PFAM 
Poly(A) polymerase central domain 
JGI  ISS   
    
      UniRef100_B9RS15 UniRef 
Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Poly(A) polymerase beta, putative n=1 Tax=Ricinus communis RepID=B9RS15_RICCO 
SoyBase E_val: 0 ISS   
    
      UniRef100_I1K9H3 UniRef 
Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=1 Tax=Glycine max RepID=I1K9H3_SOYBN 
SoyBase E_val: 0 ISS   
Expression Patterns of Glyma06g09310 
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.  Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821  ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology 
 
To see more experiments click HERE  Paralogs of Glyma06g09310
      
    Paralog Evidence Comments 
      Glyma04g09170  IGC  Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3. 
     
Gene model name correspondences to Glyma06g09310 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1
      
    Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments 
      Glyma.06g088500  Wm82.a2.v1 IGC  As supplied by JGI 
     
References for Glyma06g09310
     
Transcripts of Glyma06g09310
 Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences 
		>Glyma06g09310.10   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g09310   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
TTAATTAAAAAAAGTTGTTTCAAAAAAGAAGTACAGGTGGGGCGTTCCGAGTGGACACAGCAGCGTAATAAAAATCACTTTTTAAAGTTACATTCGCGATTAGTGATTACCCCCAAACGCTCCCTTAACCCACCCAAACCCCAAATCTGAAAACCGTCCTATTCGTCGTTCGAATTAGGGGCATCTCTGAACTGGAACAACCAGATGCCAGCGATTTGAGCGATGCACAGTCAAGAAGAAGCTGCGTAGTGCGTTTGCGTTTCGTTCTTCCAAATGGCGGTTTCCGACAGTCCCAGCGGCGGCTCCACGCCACCTCATCAGGAACAACAAGCCAACAGCAAGTACGGTTTCACCAAGCCCCTCTCTCTCGCGGGTCCCACCGACGCTGATCTCCAGCGTAACAACGATTTGGACAAGTTCTTGCTCGATTCGGGTCTCTACGAGAGCAATGAAGAATCCGCTGCGAGGAAAGAGGTTCTTCACCGCCTTGATCAGATTGTGAAAAGCTGGGTGAAGCAGTTGACGCGCCAACGTGGCTACACAGATCAGATGGTAGAGGATGCAAATGCTGTCATTTTTACTTTTGGCTCTTACCGACTAGGGGTTCATGGACCTGGAGTTGACATAGACACTTTGTGCATTGGTCCTTCTTATGTAAACCGAGAGGAAGATTTCTTCATCATTTTGCATAACATCCTGGCCGAAATGGAAGAAGTTTCTGAACTTCAACCAGTTCCTGATGCACATGTTCCAGTAATGAAATTCAAATTCCAGGGAATATCTATAGATTTGCTGTATGCAAGTATATCACTTTTGGTTGTGCCAGAAGACCTAGATATCTCGCATGGTTCAGTGCTGTATGATGTTGATGAACCAACTGTTCGAAGTCTTAATGGCTGCCGTGTGGCAGATCAAATTCTTAAACTTGTTCCAAATGTTGAGCACTTCCGAACTACACTGAGATGTTTAAAGTTTTGGGCAAAAAGGCGTGGTGTTTATTCAAATGTTACTGGATTCCTTGGTGGTGTAAATTGGGCTATTTTAGTTGCTCGAATTTGCCAGCTCTACCCCAATGCAATCCCTAGTATGTTGGTTTCTCGATTCTTCAGGGTCTATACACAGTGGCGGTGGCCAAACCCTGTAATGCTATGCTCTATAGAAGAGAATGAACTGGGATTCCCTATATGGGATCCTCGTAGAAACCCCCGGGACAGATTTCACACTATGCCAATAATTACTCCTGCATACCCTTGCATGAATTCAAGCTACAACGTTTCGGCAAGTACTCTTCGTGTTATGGTGGACCAATTCTGCTATGGCAATAAGATTTGTGATGAAATTGAGCTTAATAAAGCCCAGTGGAGCGCACTTTTTCAGCCTTATATTTTTTTTGAGGCATACAAAAACTATTTACAAGTGGACATAATTGCATCAGACACGGATGATTTACTAGCATGGAGGGGATGGGTAGAATCTCGGTTGAGAATGCTTACCCTGAAGATAGAGCGAGATACAAATGGGATGCTGCAGTGCCATCCTTACCCACATGAGTATGTAGACACATCCAAGCCATGTGCACATTCTGCATTTTTCATGGGCTTGCAAAGGAAAGAGGGAGTAAGAGGTCAAGAGGGGCAGCAATTTGATATACGTGGAACAGTTGATGAATTCAGACAAGAAATAAATATGTACATGTACTGGAAGCCAGGGATGGATATTTTTGTTTCTCATGTTCGTCGAAAGCAACTCCCTGCATTTGTTTTTCCTGATGGTTACAAACGCACTCGAATGCCAAGGCATATAAGCCATCAAGCTGAAATAACAGGTGATGATGCCACAAACTGCTACTCTGGGCCTGGATTGTCTGAAAGATGCATCAAGAGGAAAAATTACTCTGAAATGGTGGATAAGAAGCCAGACAAACCAGATAAGCGGGCATCTATAAGCCCACAAAGGTTAGAATGTGTTTCTCCTGAAAGTTGTACTGGTAAATCAGGTGGTACAGCTCAAATGAGTATTGAGTGTATTAAAGGGGTTAGGTTAGCTGGTTCAACAACCAAGGATGCTAACAGCAATTGTAAAATTAAGTCATCTGATGCACTCCCTGGAAGTGGACTAAGAACTGAGGTAGCTGACATGCAGATTAGTGAAGCAGGCTTTGTTAACACTACACATGATATGTTGAAATCAAGGAGTGTTGAAGTTCCAAATGAGGTAAGCTGCTGAACCAGTGGAGGAACCTTTGGAAGTTGTTTGGTTCATGTGAAGTTCCTTAATTAGAAGTTGGTGATACATTTCAGAATGAAGTTGTCAATGGGGACAAAGCTCAGGATCTGGCTTTAGATTGCTTGGAAAGTGCAGAAACTGAATCTACTAACAGCCTGTCAAACTATGAAGAGGGTGATATTGATATGGATCAGCGACTAGACAAAGCATGTAATTTCATCACAAGGGCTGAATGTTCAGATTATGTACCAAATGCCAGCTCCCAGAACCTCAATTGCGAGGTGAGTTATTTCATTTGAGGACTTTTTTGGATTAGGAACTGTTGTGGATGGCAGTGAAAAAACTGGAAGTCTGGGAGATAGTGAGTCAGGGATCTTTGCAGGGTGATGTTTGTGTGGCTGATCCAGATCAGTTCTGAAGAGTGGGTGTTTTCTTGGAAATAGAGTATTTCAAAATATCGGGGCTCAGGAATATAAGGTTTTGAATTTTCTAATCTCATTGTTTTCTCGGTAATAAAGACTATCTGATCTTATAATAATATACTTTTTACCTCATCTTTCTTTGCTTTATGCCTTTATGGCCGTTACCAAAATTTTATATTTCATGGGTTTTCAGAATAAAGAGTCTAATCTTGTTTTTCTGATTTGATTTTTTTTTTCTTTTCTTCTGTTATAGCTTTGCTTGCATATCATAGACAATTCAGCCTAATCTTGTTGGGTCTTCTTACTATAAAGAACTGTTTTTATCTTGTATATTTTCCTGTTTCTTTCAAGATAATTTGACTATCAATTTCCATGGTAATTGAATATCTTGGTTAGTTTTCTGACTAGTGAATATGTGGTCGCAGGTCCTGCACCACTATACGTGCTATGTTTCCAGTAACTGTGCTTAAGAACCTAACTTGTTTTGTCCAGATGTCAGTCTCGGAAGTGTTGTATAAATTGAAGATGGGGCTAGGAGGATGAGTTTGGAGTAAATCACATGATATTTGGGAGGTGAATGGCTGAAATTGCTGCTCACGCTGCTACCTTGTGCTATGTTGTGGCTGTTGCTGTGCTGAGATCCTGTGAATGGGACTAAGGTTATAATTGAACAGTGAGGAGCTGATACAAATGATGGCAGTGAAAGAGATTGGGGTTTGTGGTATGGAGTTGCGATGGATGGTCGTATGTGTACAATAGATGAACAACATGATGTGGGAAACATGGGCTCATATCATCTTCAGAGCTATGAATTGTCTCATAAACCTTAACATATTTACTTACCTGGATTTAAAAGGAGTGGGAACTTTGTTGTTTGCTTGTGATGTGGATGTGATCGATACGTTGTGTTAATGTAAGAAACAGCTATTTCGGCTAGGTTATTTAGCTGAGAAAACGGTAAAACAAAAATATTTTGGCGGCAGAATAGGGTAGCCTTCCTTGTCTATCCTTGCTTTGGAAGTTACGGTGGGGAGGATTATTCTGTCTAGGGTTTCGTTGGCCTTGTGAAAATGGTTTATTTCATTAGTGTTCTCACATGGTTTTCTTTTATTTTTGCGTACTTAATTTGTTTGGTGTTTATTACCCTTCAGAGTATGGGTGATGAAGCAGGGAATTATACTGAACTATGCTGATCACTTGGACAATCGTATTGGTTAAATAAAGCCCTAATGTGTAAAAGTTATTAAATTGAGTTAATCATATCCATGATTTCTCCAATGAAAATTCTACAACATTATTTCTAATTC
>Glyma06g09310.11   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g09310   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
TTAATTAAAAAAAGTTGTTTCAAAAAAGAAGTACAGGTGGGGCGTTCCGAGTGGACACAGCAGCGTAATAAAAATCACTTTTTAAAGTTACATTCGCGATTAGTGATTACCCCCAAACGCTCCCTTAACCCACCCAAACCCCAAATCTGAAAACCGTCCTATTCGTCGTTCGAATTAGGGGCATCTCTGAACTGGAACAACCAGATGCCAGCGATTTGAGCGATGCACAGTCAAGAAGAAGCTGCGTAGTGCGTTTGCGTTTCGTTCTTCCAAATGGCGGTTTCCGACAGTCCCAGCGGCGGCTCCACGCCACCTCATCAGGAACAACAAGCCAACAGCAAGTACGGTTTCACCAAGCCCCTCTCTCTCGCGGGTCCCACCGACGCTGATCTCCAGCGTAACAACGATTTGGACAAGTTCTTGCTCGATTCGGGTCTCTACGAGAGCAATGAAGAATCCGCTGCGAGGAAAGAGGTTCTTCACCGCCTTGATCAGATTGTGAAAAGCTGGGTGAAGCAGTTGACGCGCCAACGTGGCTACACAGATCAGATGGTAGAGGATGCAAATGCTGTCATTTTTACTTTTGGCTCTTACCGACTAGGGGTTCATGGACCTGGAGTTGACATAGACACTTTGTGCATTGGTCCTTCTTATGTAAACCGAGAGGAAGATTTCTTCATCATTTTGCATAACATCCTGGCCGAAATGGAAGAAGTTTCTGAACTTCAACCAGTTCCTGATGCACATGTTCCAGTAATGAAATTCAAATTCCAGGGAATATCTATAGATTTGCTGTATGCAAGTATATCACTTTTGGTTGTGCCAGAAGACCTAGATATCTCGCATGGTTCAGTGCTGTATGATGTTGATGAACCAACTGTTCGAAGTCTTAATGGCTGCCGTGTGGCAGATCAAATTCTTAAACTTGTTCCAAATGTTGAGCACTTCCGAACTACACTGAGATGTTTAAAGTTTTGGGCAAAAAGGCGTGGTGTTTATTCAAATGTTACTGGATTCCTTGGTGGTGTAAATTGGGCTATTTTAGTTGCTCGAATTTGCCAGCTCTACCCCAATGCAATCCCTAGTATGTTGGTTTCTCGATTCTTCAGGGTCTATACACAGTGGCGGTGGCCAAACCCTGTAATGCTATGCTCTATAGAAGAGAATGAACTGGGATTCCCTATATGGGATCCTCGTAGAAACCCCCGGGACAGATTTCACACTATGCCAATAATTACTCCTGCATACCCTTGCATGAATTCAAGCTACAACGTTTCGGCAAGTACTCTTCGTGTTATGGTGGACCAATTCTGCTATGGCAATAAGATTTGTGATGAAATTGAGCTTAATAAAGCCCAGTGGAGCGCACTTTTTCAGCCTTATATTTTTTTTGAGGCATACAAAAACTATTTACAAGTGGACATAATTGCATCAGACACGGATGATTTACTAGCATGGAGGGGATGGGTAGAATCTCGGTTGAGAATGCTTACCCTGAAGATAGAGCGAGATACAAATGGGATGCTGCAGTGCCATCCTTACCCACATGAGTATGTAGACACATCCAAGCCATGTGCACATTCTGCATTTTTCATGGGCTTGCAAAGGAAAGAGGGAGTAAGAGGTCAAGAGGGGCAGCAATTTGATATACGTGGAACAGTTGATGAATTCAGACAAGAAATAAATATGTACATGTACTGGAAGCCAGGGATGGATATTTTTGTTTCTCATGTTCGTCGAAAGCAACTCCCTGCATTTGTTTTTCCTGATGGTTACAAACGCACTCGAATGCCAAGGCATATAAGCCATCAAGCTGAAATAACAGGTGATGATGCCACAAACTGCTACTCTGGGCCTGGATTGTCTGAAAGATGCATCAAGAGGAAAAATTACTCTGAAATGGTGGATAAGAAGCCAGACAAACCAGATAAGCGGGCATCTATAAGCCCACAAAGGTTAGAATGTGTTTCTCCTGAAAGTTGTACTGGTAAATCAGGTGGTACAGCTCAAATGAGTATTGAGTGTATTAAAGGGGTTAGGTTAGCTGGTTCAACAACCAAGGATGCTAACAGCAATTGTAAAATTAAGTCATCTGATGCACTCCCTGGAAGTGGACTAAGAACTGAGGTAGCTGACATGCAGATTAGTGAAGCAGGCTTTGTTAACACTACACATGATATGTTGAAATCAAGGAGTGTTGAAGTTCCAAATGAGGTAAGCTGCTGAACCAGTGGAGGAACCTTTGGAAGTTGTTTGGTTCATGTGAAGTTCCTTAATTAGAAGTTGGTGATACATTTCAGAATGAAGTTGTCAATGGGGACAAAGCTCAGGATCTGGCTTTAGATTGCTTGGAAAGTGCAGAAACTGAATCTACTAACAGCCTGTCAAACTATGAAGAGGGTGATATTGATATGGATCAGCGACTAGACAAAGCATGTAATTTCATCACAAGGGCTGAATGTTCAGATTATGTACCAAATGCCAGCTCCCAGAACCTCAATTGCGAGGTGAGTTATTTCATTTGAGGACTTTTTTGGATTAGGAACTGTTGTGGATGGCAGTGAAAAAACTGGAAGTCTGGGAGATAGTGAGTCAGGGATCTTTGCAGGGTGATGTTTGTGTGGCTGATCCAGATCAGTTCTGAAGAGTGGGTGTTTTCTTGGAAATAGAGTATTTCAAAATATCGGGGCTCAGGAATATAAGGTTTTGAATTTTCTAATCTCATTGTTTTCTCGGTAATAAAGACTATCTGATCTTATAATAATATACTTTTTACCTCATCTTTCTTTGCTTTATGCCTTTATGGCCGTTACCAAAATTTTATATTTCATGGGTTTTCAGAATAAAGAGTCTAATCTTGTTTTTCTGATTTGATTTTTTTTTTCTTTTCTTCTGTTATAGCTTTGCTTGCATATCATAGACAATTCAGCCTAATCTTGTTGGGTCTTCTTACTATAAAGAACTGTTTTTATCTTGTATATTTTCCTGTTTCTTTCAAGATAATTTGACTATCAATTTCCATGGTAATTGAATATCTTGGTTAGTTTTCTGACTAGTGAATATGTGGTCGCAGGTCCTGCACCACTATACGTGCTATGTTTCCAGTAACTGTGCTTAAGAACCTAACTTGTTTTGTGTATAAAGACGCTCAGAGACCAGACCTTCCTTTTTTTCATTTTATTAGTTTTTTGTTTAATACTTTTTTCTTCCTAATTGTTATTATTCTTTCTATTTTCTATATTGTGTATAGCCAGATGTCAGTCTCGGAAGTGTTGTATAAATTGAAGATGGGGCTAGGAGGATGAGTTTGGAGTAAATCACATGATATTTGGGAGGTGAATGGCTGAAATTGCTGCTCACGCTGCTACCTTGTGCTATGTTGTGGCTGTTGCTGTGCTGAGATCCTGTGAATGGGACTAAGGTTATAATTGAACAGTGAGGAGCTGATACAAATGATGGCAGTGAAAGAGATTGGGGTTTGTGGTATGGAGTTGCGATGGATGGTCGTATGTGTACAATAGATGAACAACATGATGTGGGAAACATGGGCTCATATCATCTTCAGAGCTATGAATTGTCTCATAAACCTTAACATATTTACTTACCTGGATTTAAAAGGAGTGGGAACTTTGTTGTTTGCTTGTGATGTGGATGTGATCGATACGTTGTGTTAATGTAAGAAACAGCTATTTCGGCTAGGTTATTTAGCTGAGAAAACGGTAAAACAAAAATATTTTGGCGGCAGAATAGGGTAGCCTTCCTTGTCTATCCTTGCTTTGGAAGTTACGGTGGGGAGGATTATTCTGTCTAGGGTTTCGTTGGCCTTGTGAAAATGGTTTATTTCATTAGTGTTCTCACATGGTTTTCTTTTATTTTTGCGTACTTAATTTGTTTGGTGTTTATTACCCTTCAGAGTATGGGTGATGAAGCAGGGAATTATACTGAACTATGCTGATCACTTGGACAATCGTATTGGTTAAATAAAGCCCTAATGTGTAAAAGTTATTAAATTGAGTTAATCATATCCATGATTTCTCCAATGAAAATTCTACAACATTATTTCTAATTC
>Glyma06g09310.12   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g09310   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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 Predicted protein sequences of Glyma06g09310
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>Glyma06g09310.9   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g09310   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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