SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma06g03790

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm06
Start:2669101
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Source:JGI
Version:Wm82.a1.v1.1
High confidence:yes



A newer version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma06g03790
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G18230AT Annotation by Michelle Graham. TAIR10: FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oligosaccharide biosynthesis protein Alg14 like (InterPro:IPR013969); Has 640 Blast hits to 640 proteins in 277 species: Archae - 4; Bacteria - 281; Metazoa - 94; Fungi - 127; Plants - 57; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 77 (source: NCBI BLink). | chr4:10080521-10081710 REVERSE LENGTH SoyBaseE_val: 2.00E-98ISS
GO:0008150GO-bp Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: biological process SoyBaseN/AISS
GO:0005739GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: mitochondrion SoyBaseN/AISS
GO:0003674GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: molecular function SoyBaseN/AISS
KOG3339 KOG Predicted glycosyltransferase JGI ISS
PTHR12154Panther GLYCOSYL TRANSFERASE-RELATED JGI ISS
PF08660PFAM Oligosaccharide biosynthesis protein Alg14 like JGI ISS
UniRef100_G5DXJ6UniRef Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase (Fragment) n=1 Tax=Silene latifolia RepID=G5DXJ6_SILLA SoyBaseE_val: 1.00E-98ISS
UniRef100_I1K7U8UniRef Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=1 Tax=Glycine max RepID=I1K7U8_SOYBN SoyBaseE_val: 8.00E-169ISS

Expression Patterns of Glyma06g03790
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene model name correspondences to Glyma06g03790 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.06g034800 Wm82.a2.v1IGC As supplied by JGI

References for Glyma06g03790
Schmutz et al. 2010
  Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
  Nature 2010, 463:178-183

Transcripts of Glyma06g03790
>Glyma06g03790.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g03790   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g03790.6   sequence type=transcript   gene model=Glyma06g03790   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Coding sequences of Glyma06g03790
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>Glyma06g03790.7   sequence type=CDS   gene model=Glyma06g03790   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g03790.8   sequence type=CDS   gene model=Glyma06g03790   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g03790.9   sequence type=CDS   gene model=Glyma06g03790   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
ATGGACAAAAGCAATGGCTGCCGCTTCTCTAGTGTGACTTCAATTGCTGTCTTCTCAAGTGCCATTTTTGTTGTAACTTTGATTTTGGTTCGTCTCCTTTATGTCATGTATTGTAGCAGCAGATCCTTGAGCAAAAGGGTTTTAAAACCTGCCAGTACCCTTATTATTTTAGGATCAGGTGGTCATACTGCTGAGATGCTTAATCTATTGGCAGTGTTGCAGAAAGATAGGTTCAAGCCAAGATTCTACATTGCTGCTGCTACTGATAATATGAGTCTTCAAAAAGCTCAGTTGTTGGAGAATTCCTTGGCTGCTGAGAATGCAGCAAGGGTAACTGATACTGCACAGTTCATGAAGATATATCGGAGTAGGGAAGTTGGTCAATCATATATAACCTCAATTTGGACTACTTTAATTGCAATGGTGCATGCACTGTGGCTAATGATTAAAATTAGACCTGAAGTGATACTTTGTAATGGACCTGGAACTTGCATTCCCCTATGTTCAATTGCATTCATATTTAAGATACTGGGAATTAGATGGTCATCAATTTTCTATGTTGAGAGTATTGCAAGAGTCAGAAGGCTCTCCTTGAGTGGCCTGCTCCTATACAAGTTGCGGATGGTTGATCAACTATTTGTTCAGTGGCCACAGTTGCAACGACAATATCCCCGTGCTACCTATGTTGGTCGACTCATGTAA
Predicted protein sequences of Glyma06g03790
>Glyma06g03790.10   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g03790   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma06g03790.3   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma06g03790   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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