SoyBase
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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research
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A newer version of this gene model can be found here:
| Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
|---|---|---|---|---|---|
| AT1G22100 | AT | Annotation by Michelle Graham. TAIR10: Inositol-pentakisphosphate 2-kinase family protein | chr1:7798023-7800030 REVERSE LENGTH=441 | SoyBase | E_val: 0 | ISS |
| GO:0005634 | GO-cc | Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: nucleus | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0005524 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: ATP binding | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0035299 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: inositol pentakisphosphate 2-kinase activity | SoyBase | N/A | ISS |
| KOG4749 | KOG | Inositol polyphosphate kinase | JGI | ISS | |
| PTHR14456 | Panther | INOSITOL POLYPHOSPHATE KINASE 1 | JGI | ISS | |
| PTHR14456:SF6 | Panther | gb def: Hypothetical protein MJB21.19 | JGI | ISS | |
| PF06090 | PFAM | Inositol-pentakisphosphate 2-kinase | JGI | ISS | |
| UniRef100_A7X641 | UniRef | Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Inositol pentakisphosphate 2-kinase n=1 Tax=Glycine max RepID=A7X641_SOYBN | SoyBase | E_val: 0 | ISS |
| UniRef100_I1K7Q2 | UniRef | Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=1 Tax=Glycine max RepID=I1K7Q2_SOYBN | SoyBase | E_val: 0 | ISS |
|
Glyma06g03310 not represented in the dataset |
Glyma06g03310 not represented in the dataset |
| Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
| Paralog | Evidence | Comments |
|---|---|---|
| Glyma04g03240 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3. |
| Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
|---|---|---|---|
| Glyma.06g030100 | Wm82.a2.v1 | IGC | As supplied by JGI |
| Schmutz et al. 2010 Genome sequence of the palaeopolyploid soybean Nature 2010, 463:178-183 |
>Glyma06g03310.11 sequence type=transcript gene model=Glyma06g03310 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high 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>Glyma06g03310.12 sequence type=transcript gene model=Glyma06g03310 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high 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>Glyma06g03310.2 sequence type=transcript gene model=Glyma06g03310 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high 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>Glyma06g03310.4 sequence type=transcript gene model=Glyma06g03310 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high 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| Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||
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