SoyBase
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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research
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A newer version of this gene model can be found here:
| Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
|---|---|---|---|---|---|
| AT1G04010 | AT | Annotation by Michelle Graham. TAIR10: phospholipid sterol acyl transferase 1 | chr1:1031703-1036128 REVERSE LENGTH=633 | SoyBase | E_val: 0 | ISS |
| GO:0006629 | GO-bp | Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: lipid metabolic process | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0010150 | GO-bp | Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: leaf senescence | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0016127 | GO-bp | Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: sterol catabolic process | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0034434 | GO-bp | Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: sterol esterification | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0043231 | GO-cc | Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: intracellular membrane-bounded organelle | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0004607 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0008374 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: O-acyltransferase activity | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0080095 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: phosphatidylethanolamine-sterol O-acyltransferase activity | SoyBase | N/A | ISS |
| GO:0080096 | GO-mf | Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: phosphatidate-sterol O-acyltransferase activity | SoyBase | N/A | ISS |
| KOG2369 | KOG | Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT)/Acyl-ceramide synthase | JGI | ISS | |
| PTHR11440 | Panther | LECITHIN-CHOLESTEROL ACYLTRANSFERASE-RELATED | JGI | ISS | |
| PTHR11440:SF7 | Panther | gb def: F21M11.5 protein | JGI | ISS | |
| PF02450 | PFAM | Lecithin:cholesterol acyltransferase | JGI | ISS | |
| UniRef100_Q8GZM5 | UniRef | Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Lecithine cholesterol acyltransferase-like protein n=1 Tax=Medicago truncatula RepID=Q8GZM5_MEDTR | SoyBase | E_val: 0 | ISS |
| UniRef100_UPI000233A626 | UniRef | Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: UPI000233A626 related cluster n=1 Tax=unknown RepID=UPI000233A626 | SoyBase | E_val: 0 | ISS |
|
Glyma03g32251 not represented in the dataset |
Glyma03g32251 not represented in the dataset |
| Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
| Paralog | Evidence | Comments |
|---|---|---|
| Glyma19g35000 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3. |
| Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
|---|---|---|---|
| Glyma.03g165500 | Wm82.a2.v1 | IGC | As supplied by JGI |
| Schmutz et al. 2010 Genome sequence of the palaeopolyploid soybean Nature 2010, 463:178-183 |
>Glyma03g32251.2 sequence type=transcript gene model=Glyma03g32251 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high ATTCGCAACACTTCCTAACTACCGATTGGTCAGAGTCACGTTTTTTTCATTCTTCCCTCCATCCCTCTCCTTCACAATGGCGAAAAAACCGTTACTCTGCTGGCTCCTCCTCCTCGCCGTGCTCGCCGAAGCCGGAGCTTCCGACGAAGACGGCGCCGAGCTCGACTACTCGAAGCTCTCCGGCATTATAATCCCTGGCTTCGCATCCACTCAGCTCCGAGCATGGTCCATTCTCGACTGTCCTTACTCTCCGCTCGATTTCAACCCTCTCGATTTGGTCTGGCTCGACACAACCAAACTTCTTTCTGCTGTCAATTGCTGGCTTAAGTGTATGGTGTTGGATCCTTACAATCAGACAGATCATCCTGATTGCAAGTCCCGTCCTGATAGTGGTCTTTCTGGTATTACAGAACTTGATCCGGGTTATATAACAGGACCTCTTTCATCGGTTTGGAAAGAATGGATTAAGTGGTGTATTGAATTTGGCATAGAAGCTAATGCAATAATTGCTGTTCCATATGATTGGAGATTGTCGCCCTCCAAGCTTGAAGAGCGGGACCTTTACTTTCATAAGCTAAAAATAACATTTGAAACTGCTTACAAACTTCGTGGTGGCCCCTCTTTAGTTTTTGCCCATTCATTGGGTAATCATGTTTTCCGTTATTTCTTGGAGTGGTTGAAGCTAGAGATTGCACCAAAACATTATATCCAGTGGTTGGATCAACATATTCGTGCCTATTTTGCTGTTGGAGCTCCCCTTCTTGGTGCAATGGAAACCATTGAAGCAACACTTTCTGGATTCACATTTGGTCTTCCTATATCCGAGGGAACAGCTCGGATGATGTTCAACTCCTTTGGTTCATCATTATGGATGATGCCTTTTTCCAAGTACTGTAGAACAGATAATAAATATTGGAAGCATTTTTCTGGGGGAAGTCACGTGGGTCCACAAACATATCACTGTGATGAGCAGGAGTTTAAGACAAACTTATCTGGGTGGCCAACAAAAATAATCAACATTGAAATTCCCTCAACTCGTGCATTTGATGCATATCCTTCATTCTCAGAAATACCCGAGGCCAACTTGTCCAGCATGGAGTGTGGACTACCTACTCAATTATCTTTCTCAGCTCGGGAAATATCAGATGGCACCTTTTTCAAAGCAATTGAAGATTATGACCCAGACAGCAAGAGGCTCTTGTACCTGTTAGAGAAATCATATCTTGGCGATCCTGTTCTTAATCCCCTTACACCTTGGGATCGGCCGCCAATAAAAAATGTATTCTGCATCTATGGGACTGATTCAAAAACAAAGGTTGGTTACTACTATGCTCCTAGCGGCAAGCCTTACCCTGATAATTGGATCATTACAGATGTCGTTTATGAGTTTGAAGGATCTCTAATCTCAAGGTCAGGGAATCAGGTTGAAGGGAACCCTGGAGCAATAAGTGGCGATGAGACGGTGCCATATCTCTCCCTTTCCTGGTGCAAAAACTGGCTTGGACCAAAAGTGAACATAACAAAAGCTCCACAGTCAGAGCATGATGGTTCAGATGTACAGATTAAATTGAATGTGAAACATCCCCATGAAGAAGATATTGTTCCAAACATGACAAGATCACCAAGGGTGAAGTACATAACCTATTATGAAGATTCTGAAAGTCTTCCTGGAAAGAGGACAGCAGTTTGGGAGCTTGATAAAGCAAATCACAGGAACATCGTTAGATCACCAGTGCTAATGAGGGAATTATGGCTTGAGATGTGGCATGATATCCATCCTGATGCAAATTCGAAGTTTGTAAAAAAAGCTAAGCGTGGTCCTTTAAGAGATGAGGACTGTTATTGGGATTATGGGAAAGCTCGCTGTGCATGGCCTGAGTACTGTGAATATAGGTATGTTTTTGGTGATGTTCACTTGGGACAAAGCTGCAGGTTGAGATATACAACAGCTGAATTGTTGTCACATTATTTGTAAATAATAAGTGTTTTCTACTGGATGACACGCTACATATGAATACCAGAATTACTCCTTCATACAACCATGACTTTTGGAGTTTGGCCATTCTTTAACTTTGTATACTTGCATGGGCACTGCATATGAATACCAGAATTACTCCTTCACTTCCCACTTAGCCATCCATGATAAATAATTGGCTAGAATTGTGGTGGATCTGTAGAGCTATATTGTTCAGTTGGTTGATAGTTTTCATGATCTAGAAACATACAGGCTATAGTGATATGCTAAATCCATTGTTAAAAAGTTGACACGGGAAGTGAGAATACAAATAGTGTAGATGACAGTAGTGAAGCTGAAAACTTTTGTTCTCTGATTTCGTAACAATTACATTCTTTCTCTACAATTTGTCCTACTACTTCTCTTTTACTCCACAAATATGTGCTTAAACTTAAAGCTCTGTCCGTTTAAGATGTATGATTCGAAAATTGATGATTATGTCCTAATTGTTCAGTTTGATGTACGCCCCTTACCAGGAAAGGCTAAACAATTTTGTAACGTTTTGATAAGCTCGTTTGTGAATAAGATTCTTTTTCCCTATCTGCTATCCTTTTG >Glyma03g32251.3 sequence type=transcript gene model=Glyma03g32251 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high ATTCGCAACACTTCCTAACTACCGATTGGTCAGAGTCACGTTTTTTTCATTCTTCCCTCCATCCCTCTCCTTCACAATGGCGAAAAAACCGTTACTCTGCTGGCTCCTCCTCCTCGCCGTGCTCGCCGAAGCCGGAGCTTCCGACGAAGACGGCGCCGAGCTCGACTACTCGAAGCTCTCCGGCATTATAATCCCTGGCTTCGCATCCACTCAGCTCCGAGCATGGTCCATTCTCGACTGTCCTTACTCTCCGCTCGATTTCAACCCTCTCGATTTGGTCTGGCTCGACACAACCAAACTTCTTTCTGCTGTCAATTGCTGGCTTAAGTGTATGGTGTTGGATCCTTACAATCAGACAGATCATCCTGATTGCAAGTCCCGTCCTGATAGTGGTCTTTCTGGTATTACAGAACTTGATCCGGGTTATATAACAGGACCTCTTTCATCGGTTTGGAAAGAATGGATTAAGTGGTGTATTGAATTTGGCATAGAAGCTAATGCAATAATTGCTGTTCCATATGATTGGAGATTGTCGCCCTCCAAGCTTGAAGAGCGGGACCTTTACTTTCATAAGCTAAAAATAACATTTGAAACTGCTTACAAACTTCGTGGTGGCCCCTCTTTAGTTTTTGCCCATTCATTGGGTAATCATGTTTTCCGTTATTTCTTGGAGTGGTTGAAGCTAGAGATTGCACCAAAACATTATATCCAGTGGTTGGATCAACATATTCGTGCCTATTTTGCTGTTGGAGCTCCCCTTCTTGGTGCAATGGAAACCATTGAAGCAACACTTTCTGGATTCACATTTGGTCTTCCTATATCCGAGGGAACAGCTCGGATGATGTTCAACTCCTTTGGTTCATCATTATGGATGATGCCTTTTTCCAAGTACTGTAGAACAGATAATAAATATTGGAAGCATTTTTCTGGGGGAAGTCACGTGGGTCCACAAACATATCACTGTGATGAGCAGGAGTTTAAGACAAACTTATCTGGGTGGCCAACAAAAATAATCAACATTGAAATTCCCTCAACTCGTGAAATACCCGAGGCCAACTTGTCCAGCATGGAGTGTGGACTACCTACTCAATTATCTTTCTCAGCTCGGGAAATATCAGATGGCACCTTTTTCAAAGCAATTGAAGATTATGACCCAGACAGCAAGAGGCTCTTGTACCTGTTAGAGAAATCATATCTTGGCGATCCTGTTCTTAATCCCCTTACACCTTGGGATCGGCCGCCAATAAAAAATGTATTCTGCATCTATGGGACTGATTCAAAAACAAAGGTTGGTTACTACTATGCTCCTAGCGGCAAGCCTTACCCTGATAATTGGATCATTACAGATGTCGTTTATGAGTTTGAAGGATCTCTAATCTCAAGGTCAGGGAATCAGGTTGAAGGGAACCCTGGAGCAATAAGTGGCGATGAGACGGTGCCATATCTCTCCCTTTCCTGGTGCAAAAACTGGCTTGGACCAAAAGTGAACATAACAAAAGCTCCACAGTCAGAGCATGATGGTTCAGATGTACAGATTAAATTGAATGTGAAACATCCCCATGAAGAAGATATTGTTCCAAACATGACAAGATCACCAAGGGTGAAGTACATAACCTATTATGAAGATTCTGAAAGTCTTCCTGGAAAGAGGACAGCAGTTTGGGAGCTTGATAAAGCAAATCACAGGAACATCGTTAGATCACCAGTGCTAATGAGGGAATTATGGCTTGAGATGTGGCATGATATCCATCCTGATGCAAATTCGAAGTTTGTAAAAAAAGCTAAGCGTGGTCCTTTAAGAGATGAGGACTGTTATTGGGATTATGGGAAAGCTCGCTGTGCATGGCCTGAGTACTGTGAATATAGGTATGTTTTTGGTGATGTTCACTTGGGACAAAGCTGCAGGTTGAGATATACAACAGCTGAATTGTTGTCACATTATTTGTAAATAATAAGTGTTTTCTACTGGATGACACGCTACATATGAATACCAGAATTACTCCTTCATACAACCATGACTTTTGGAGTTTGGCCATTCTTTAACTTTGTATACTTGCATGGGCACTGCATATGAATACCAGAATTACTCCTTCACTTCCCACTTAGCCATCCATGATAAATAATTGGCTAGAATTGTGGTGGATCTGTAGAGCTATATTGTTCAGTTGGTTGATAGTTTTCATGATCTAGAAACATACAGGCTATAGTGATATGCTAAATCCATTGTTAAAAAGTTGACACGGGAAGTGAGAATACAAATAGTGTAGATGACAGTAGTGAAGCTGAAAACTTTTGTTCTCTGATTTCGTAACAATTACATTCTTTCTCTACAATTTGTCCTACTACTTCTCTTTTACTCCACAAATATGTGCTTAAACTTAAAGCTCTGTCCGTTTAAGATGTATGATTCGAAAATTGATGATTATGTCCTAATTGTTCAGTTTGATGTACGCCCCTTACCAGGAAAGGCTAAACAATTTTGTAACGTTTTGATAAGCTCGTTTGTGAATAAGATTCTTTTTCCCTATCTGCTATCCTTTTG >Glyma03g32251.4 sequence type=transcript gene model=Glyma03g32251 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high ATTCGCAACACTTCCTAACTACCGATTGGTCAGAGTCACGTTTTTTTCATTCTTCCCTCCATCCCTCTCCTTCACAATGGCGAAAAAACCGTTACTCTGCTGGCTCCTCCTCCTCGCCGTGCTCGCCGAAGCCGGAGCTTCCGACGAAGACGGCGCCGAGCTCGACTACTCGAAGCTCTCCGGCATTATAATCCCTGGCTTCGCATCCACTCAGCTCCGAGCATGGTCCATTCTCGACTGTCCTTACTCTCCGCTCGATTTCAACCCTCTCGATTTGGTCTGGCTCGACACAACCAAACTTCTTTCTGCTGTCAATTGCTGGCTTAAGTGTATGGTGTTGGATCCTTACAATCAGACAGATCATCCTGATTGCAAGTCCCGTCCTGATAGTGGTCTTTCTGGTATTACAGAACTTGATCCGGGTTATATAACAGGACCTCTTTCATCGGTTTGGAAAGAATGGATTAAGTGGTGTATTGAATTTGGCATAGAAGCTAATGCAATAATTGCTGTTCCATATGATTGGAGATTGTCGCCCTCCAAGCTTGAAGAGCGGGACCTTTACTTTCATAAGCTAAAAATAACATTTGAAACTGCTTACAAACTTCGTGGTGGCCCCTCTTTAGTTTTTGCCCATTCATTGGGTAATCATGTTTTCCGTTATTTCTTGGAGTGGTTGAAGCTAGAGATTGCACCAAAACATTATATCCAGTGGTTGGATCAACATATTCGTGCCTATTTTGCTGTTGGAGCTCCCCTTCTTGGTGCAATGGAAACCATTGAAGCAACACTTTCTGGATTCACATTTGGTCTTCCTATATCCGAGGGAACAGCTCGGATGATGTTCAACTCCTTTGGTTCATCATTATGGATGATGCCTTTTTCCAAGTACTGTAGAACAGATAATAAATATTGGAAGCATTTTTCTGGGGGAAGTCACGTGGGTCCACAAACATATCACTGTGATGAGCAGGAGTTTAAGACAAACTTATCTGGGTGGCCAACAAAAATAATCAACATTGAAATTCCCTCAACTCGTGAAATACCCGAGGCCAACTTGTCCAGCATGGAGTGTGGACTACCTACTCAATTATCTTTCTCAGCTCGGGAAATATCAGATGGCACCTTTTTCAAAGCAATTGAAGATTATGACCCAGACAGCAAGAGGCTCTTGTACCTGTTAGAGAAATCATATCTTGGCGATCCTGTTCTTAATCCCCTTACACCTTGGGATCGGCCGCCAATAAAAAATGTATTCTGCATCTATGGGACTGATTCAAAAACAAAGGTTGGTTACTACTATGCTCCTAGCGGCAAGCCTTACCCTGATAATTGGATCATTACAGATGTCGTTTATGAGTTTGAAGGATCTCTAATCTCAAGGTCAGGGAATCAGGTTGAAGGGAACCCTGGAGCAATAAGTGGCGATGAGACGGTGCCATATCTCTCCCTTTCCTGGTGCAAAAACTGGCTTGGACCAAAAGTGAACATAACAAAAGCTCCACAGTCAGAGCATGATGGTTCAGATGTACAGATTAAATTGAATGTGAAACATCCCCATGAAGAAGATATTGTTCCAAACATGACAAGATCACCAAGGGTGAAGTACATAACCTATTATGAAGATTCTGAAAGTCTTCCTGGAAAGAGGACAGCAGTTTGGGAGCTTGATAAAGCAAATCACAGGAACATCGTTAGATCACCAGTGCTAATGAGGGAATTATGGCTTGAGATGTGGCATGATATCCATCCTGATGCAAATTCGAAGTTTGTAAAAAAAGCTAAGCGTGGTCCTTTAAGAGATGAGGACTGTTATTGGGATTATGGGAAAGCTCGCTGTGCATGGCCTGAGTACTGTGAATATAGGTATGTTTTTGGTGATGTTCACTTGGGACAAAGCTGCAGGTTGAGATATACAACAGCTGAATTGTTGTCACATTATTTGTAAATAATAAGTTTTTTCACCCCCGGTGCTGATATGATTACCTTCTGGCAGTGTTTTCTACTGGATGACACGCTACATATGAATACCAGAATTACTCCTTCATACAACCATGACTTTTGGAGTTTGGCCATTCTTTAACTTTGTATACTTGCATGGGCACTGCATATGAATACCAGAATTACTCCTTCACTTCCCACTTAGCCATCCATGATAAATAATTGGCTAGAATTGTGGTGGATCTGTAGAGCTATATTGTTCAGTTGGTTGATAGTTTTCATGATCTAGAAACATACAGGCTATAGTGATATGCTAAATCCATTGTTAAAAAGTTGACACGGGAAGTGAGAATACAAATAGTGTAGATGACAGTAGTGAAGCTGAAAACTTTTGTTCTCTGATTTCGTAACAATTACATTCTTTCTCTACAATTTGTCCTACTACTTCTCTTTTACTCCACAAATATGTGCTTAAACTTAAAGCTCTGTCCGTTTAAGATGTATGATTCGAAAATTGATGATTATGTCCTAATTGTTCAGTTTGATGTACGCCCCTTACCAGGAAAGGCTAAACAATTTTGTAACGTTTTGATAAGCTCGTTTGTGAATAAGATTCTTTTTCCCTATCTGCTATCCTTTTG >Glyma03g32251.5 sequence type=transcript gene model=Glyma03g32251 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high 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>Glyma03g32251.6 sequence type=transcript gene model=Glyma03g32251 sequence assembly version=Glyma 1.0 annotation version=1.1 JGI Gene Call confidence=high 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| Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||
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