SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma02g09941

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm02
Start:7835977
stop:7843813
Source:JGI
Version:Wm82.a1.v1.1
High confidence:yes



A newer version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G71140AT Annotation by Michelle Graham. TAIR10: MATE efflux family protein | chr1:26824762-26826748 FORWARD LENGTH=485 SoyBaseE_val: 5.00E-173ISS
GO:0006855GO-bp Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: drug transmembrane transport SoyBaseN/AISS
GO:0055085GO-bp Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: transmembrane transport SoyBaseN/AISS
GO:0005774GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: vacuolar membrane SoyBaseN/AISS
GO:0005886GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: plasma membrane SoyBaseN/AISS
GO:0016020GO-cc Annotation by Michelle Graham. GO Cellular Compartment: membrane SoyBaseN/AISS
GO:0005215GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: transporter activity SoyBaseN/AISS
GO:0015238GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: drug transmembrane transporter activity SoyBaseN/AISS
GO:0015297GO-mf Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: antiporter activity SoyBaseN/AISS
KOG1347 KOG Uncharacterized membrane protein, predicted efflux pump JGI ISS
PTHR11206Panther MULTIDRUG RESISTANCE PUMP JGI ISS
PTHR11206:SF11Panther MULTI ANTIMICROBIAL EXTRUSION (MATE) FAMILY TRANSPORTER-RELATED JGI ISS
PF01554PFAM MatE JGI ISS
UniRef100_G7KV90UniRef Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Protein TRANSPARENT TESTA n=1 Tax=Medicago truncatula RepID=G7KV90_MEDTR SoyBaseE_val: 0ISS
UniRef100_UPI0002337439UniRef Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: UPI0002337439 related cluster n=1 Tax=unknown RepID=UPI0002337439 SoyBaseE_val: 0ISS

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma02g09941 not represented in the dataset

Glyma02g09941 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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ParalogEvidenceComments
Glyma18g53030 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.3.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma.02g090100 Wm82.a2.v1IGC As supplied by JGI

Schmutz et al. 2010
  Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
  Nature 2010, 463:178-183

>Glyma02g09941.2   sequence type=transcript   gene model=Glyma02g09941   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
AGATTGATCCCGTCTATGATTTAGTTTTTAATAATATATATGTAGGTATAGTTGCGTGGGTGACTGAAAAAGATAACGCAAAGTTGTGTTTAGTTGTGATGATACAAAAGAGGACAAAGGTAGAGGCAGAGCCAAAGAAGGATAAGATCGACATATAGAAGAAAAGGGTGCAGTGATGGAAGAAAGTTCGACAGGAAAGTGGGGATGGATGAAAATGAGGGAAGAGCTGAAGAAGGTGGGTACTATAGCAGCTCCAATGGCGGTTTCAAGTGTGTTACAATACCTTTTGCCAGTGGTGTCCTTAGTAATGGTTGGCCATCTTAACCAGCTCTCTCTTTCAAGTGTTGCTATTGCAACCTCTCTCACCAATGTTTCTGGGTTTAGTGTTTTGTCAGGGATGGCTGGTGGATTGGAAACTTTATGTGGCCAAGCTTTCGGGGCAGGGCAATATGAAAAATTTGGACTATATACTTACACTGCCATAATATCCCTTTCTTTGGTTTGTTTCCCGATCACAATTCTATGGATTTTCAATGACAAAATATTAACTCTATTAGGCCAAGACCCAACAATATCCCTTGAAGTTCGTAAATATGCCATTTGGCTAATACCTGCTCTATTTGGTTCCGCAATTCTCAAACCTCTAACACGATTTTTCCAGACCCAGAGTTTGATTTCTCCCATGATTCTAACCTCCGCTATAGCTTTGTGCTTCCACGTAGTAACATGTTGGACCCTTGTTTTTAAACTGGGGTTGGGACATGTTGGTGCCGCAATCTCCTTCAGCCTTTGCGTTTGGTTTAATGTGATAATGCTTTTGTCCTTTGTGAGGTATTCCTCTGCTTGTGAGAAAACACGCATCTCTTTCTCCAAGAATGCTTTGGTTGGTGTTGGAGAGTTCTTTCGCTTTGCTGTCCCAGCAGCAGTCATGGTTTGTCTTAAGTGGTGGGCCTGCGAGATACTTGTTTTGTTAGCTGGACTTTTTCCAAACCCAAAGTTGGAGACATCAGTCCTATCTATATGCTTAACAATCTCTACGTTGCATTTCACCATACCTTATGGGTTTGGGGCTGCTGCTAGCACTAGAGTTTCGAATGAATTAGGAGCTGGGAATCCACAAGCAGTTCATGTGGCTGTTTCTGCAACGATGTTCCTTGCAGTCACAGAGGGTTTCATTGTAAGTGCAACACTATTCGGCTGCAGACATATCTTGGGTTATGCCTATAGTGATGACCGTATGGTTGTTCATTATGTGGCTGTTATGATCCCTCTGCTCTGTCTCTCTATTTTTACTGACAGCTTACAAGGAGTTCTTTCAGGGGTTGCTAGAGGAAGTGGGTGGCAACATCTAGGAGCCTATGTCAATCTGGGAGCGTTTTATCTGGTAGGAATTCCTGTGGGTATCCTACTTGGCTTTGTTGCACATTTCAGAGCAAAGGGCCTCTGGATTGGAATTGTCACTGGCTCCATTGTCCAATCGATTCTCCTTTCCCTTATTACTGCTCTTACCAACTGGAAAAAACAGGCAATTATGGCAAGGGAAAGAGTATTTGATGCTAAACCACCAGACGTAAATGGATCATATCACATGACGAGTGCTTAAAGCTAGTTTGGTCAGCTGTGTCTCACATAGACATAGATATATAATTTTGATTTTCCGTAGGAAATAAGTCACCAAACTATGGTTTCGCAAAGAAATGTTACGAGACACCTACGTCAACATCTAGAGAGCCAAAGAAATAAATGAAAGCAAAGAAATAAGTAACAGATAATATAAATGTTACAAGAAAAATAATGGAGTGTTTGTAATAATGGAGTGTCCATGCATGACTGTTTTATTATATTATTCTAATTTGGTCAAAATGCTGGATCAACTCCAATTAGAGATTATTAAAACTATGGGCGCAAGTTCACATTGGTTAATTATATGTCTGCTATATGATACCCAGTAGGAATGGCGACCGATCTTATCCATAGTAAGCTATTTTAACTCGTGAAACATGATTGGACTCATCCAAATAAATTATGGAAGATGGTGGCATTTCTAAATCCAACTCATCAGAGGTATTGAACCTAACCAAAGCATATGTTGAAGGGCTAGGAGAAGGTGGTTTTGGATAAGTTTTTAAGGGGTGGATCAATGAGAATTCATTGACTGCTACCAAACTTGGCACTAGCATTGTTATTGCTATTAAAAGACTCAATCAAGATGGTATCCAGGGTCATAGGGAGTGATCCGTAAGTTTAATCTAATCCTCTAGCTTTGTTCACACTTCATACTAATTAAGAAATAAATGTTACATGTGTTACACCATAGTAAGCACAATGCATGGTTAATGAGTACACTGCTAGCTAAAATATTCACAAACTATGCTAGTCAATTTAGACTCTGCTTACCATCTGTGTCGGAG

>Glyma02g09941.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma02g09941   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
CTTAAACTGAAATAGAAATTGCAAGTTGTACGTTCAAAATATCTACATTAATATTTTGTTGAAATGTGTATAGATTGTCGTTACTAGTTTGTATGTTTATTTGCTTGTTATTTATTAAGGTATAGTTGCGTGGGTGACTGAAAAAGATAACGCAAAGTTGTGTTTAGTTGTGATGATACAAAAGAGGACAAAGGTAGAGGCAGAGCCAAAGAAGGATAAGATCGACATATAGAAGAAAAGGGTGCAGTGATGGAAGAAAGTTCGACAGGAAAGTGGGGATGGATGAAAATGAGGGAAGAGCTGAAGAAGGTGGGTACTATAGCAGCTCCAATGGCGGTTTCAAGTGTGTTACAATACCTTTTGCCAGTGGTGTCCTTAGTAATGGTTGGCCATCTTAACCAGCTCTCTCTTTCAAGTGTTGCTATTGCAACCTCTCTCACCAATGTTTCTGGGTTTAGTGTTTTGTCAGGGATGGCTGGTGGATTGGAAACTTTATGTGGCCAAGCTTTCGGGGCAGGGCAATATGAAAAATTTGGACTATATACTTACACTGCCATAATATCCCTTTCTTTGGTTTGTTTCCCGATCACAATTCTATGGATTTTCAATGACAAAATATTAACTCTATTAGGCCAAGACCCAACAATATCCCTTGAAGTTCGTAAATATGCCATTTGGCTAATACCTGCTCTATTTGGTTCCGCAATTCTCAAACCTCTAACACGATTTTTCCAGACCCAGAGTTTGATTTCTCCCATGATTCTAACCTCCGCTATAGCTTTGTGCTTCCACGTAGTAACATGTTGGACCCTTGTTTTTAAACTGGGGTTGGGACATGTTGGTGCCGCAATCTCCTTCAGCCTTTGCGTTTGGTTTAATGTGATAATGCTTTTGTCCTTTGTGAGGTATTCCTCTGCTTGTGAGAAAACACGCATCTCTTTCTCCAAGAATGCTTTGGTTGGTGTTGGAGAGTTCTTTCGCTTTGCTGTCCCAGCAGCAGTCATGGTTTGTCTTAAGTGGTGGGCCTGCGAGATACTTGTTTTGTTAGCTGGACTTTTTCCAAACCCAAAGTTGGAGACATCAGTCCTATCTATATGCTTAACAATCTCTACGTTGCATTTCACCATACCTTATGGGTTTGGGGCTGCTGCTAGCACTAGAGTTTCGAATGAATTAGGAGCTGGGAATCCACAAGCAGTTCATGTGGCTGTTTCTGCAACGATGTTCCTTGCAGTCACAGAGGGTTTCATTGTAAGTGCAACACTATTCGGCTGCAGACATATCTTGGGTTATGCCTATAGTGATGACCGTATGGTTGTTCATTATGTGGCTGTTATGATCCCTCTGCTCTGTCTCTCTATTTTTACTGACAGCTTACAAGGAGTTCTTTCAGGGGTTGCTAGAGGAAGTGGGTGGCAACATCTAGGAGCCTATGTCAATCTGGGAGCGTTTTATCTGGTAGGAATTCCTGTGGGTATCCTACTTGGCTTTGTTGCACATTTCAGAGCAAAGGGCCTCTGGATTGGAATTGTCACTGGCTCCATTGTCCAATCGATTCTCCTTTCCCTTATTACTGCTCTTACCAACTGGAAAAAACAGGCAATTATGGCAAGGGAAAGAGTATTTGATGCTAAACCACCAGACGTAAATGGATCATATCACATGACGAGTGCTTAAAGCTAGTTTGGTCAGCTGTGTCTCACATAGACATAGATATATAATTTTGATTTTCCGTAGGAAATAAGTCACCAAACTATGGTTTCGCAAAGAAATGTTACGAGACACCTACGTCAACATCTAGAGAGCCAAAGAAATAAATGAAAGCAAAGAAATAAGTAACAGATAATATAAATGTTACAAGAAAAATAATGGAGTGTTTGTAATAATGGAGTGTCCATGCATGACTGTTTTATTATATTATTCTAATTTGGTCAAAATGCTGGATCAACTCCAATTAGAGATTATTAAAACTATGGGCGCAAGTTCACATTGGTTAATTATATGTCTGCTATATGATACCCAGTAGGAATGGCGACCGATCTTATCCATAGTAAGCTATTTTAACTCGTGAAACATGATTGGACTCATCCAAATAAATTATGGAAGATGGTGGCATTTCTAAATCCAACTCATCAGAGGTATTGAACCTAACCAAAGCATATGTTGAAGGGCTAGGAGAAGGTGGTTTTGGATAAGTTTTTAAGGGGTGGATCAATGAGAATTCATTGACTGCTACCAAACTTGGCACTAGCATTGTTATTGCTATTAAAAGACTCAATCAAGATGGTATCCAGGGTCATAGGGAGTGATCCGTAAGTTTAATCTAATCCTCTAGCTTTGTTCACACTTCATACTAATTAAGAAATAAATGTTACATGTGTTACACCATAGTAAGCACAATGCATGGTTAATGAGTACACTGCTAGCTAAAATATTCACAAACTATGCTAGTCAATTTAGACTCTGCTTACCATCTGTGTCGGAG

>Glyma02g09941.4   sequence type=transcript   gene model=Glyma02g09941   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
GATTGATCCCGTCTATGATTTAGTTTTTAATAATATATATGTAGGTTTGTATAAAATATTTTGATACATTGATTATACAAGTTGTTAGGTATACATTATATAAATATGGCGTACAAATATATTTTGATTTGCTATTGGATGATTATGTTCTAAATTTTGACATATACACTGCTTTAAGTTATAGAATGTTTACAAAATTACGGTCTAAAAATCATTTAACATTTGTTCTGCAACTTAAACTGAAATAGAAATTGCAAGTTGTACGTTCAAAATATCTACATTAATATTTTGTTGAAATGTGTATAGATTGTCGTTACTAGTTTGTATGTTTATTTGCTTGTTATTTATTAAGGTATAGTTGCGTGGGTGACTGAAAAAGATAACGCAAAGTTGTGTTTAGTTGTGATGATACAAAAGAGGACAAAGGTAGAGGCAGAGCCAAAGAAGGATAAGATCGACATATAGAAGAAAAGGTAATAATATATAACACTTGAAAGTGAGTGATATAAAAGAGTAAAAATTGATCGTACAAAAATGATAAAAGGGTGCAGTGATGGAAGAAAGTTCGACAGGAAAGTGGGGATGGATGAAAATGAGGGAAGAGCTGAAGAAGGTGGGTACTATAGCAGCTCCAATGGCGGTTTCAAGTGTGTTACAATACCTTTTGCCAGTGGTGTCCTTAGTAATGGTTGGCCATCTTAACCAGCTCTCTCTTTCAAGTGTTGCTATTGCAACCTCTCTCACCAATGTTTCTGGGTTTAGTGTTTTGTCAGGGATGGCTGGTGGATTGGAAACTTTATGTGGCCAAGCTTTCGGGGCAGGGCAATATGAAAAATTTGGACTATATACTTACACTGCCATAATATCCCTTTCTTTGGTTTGTTTCCCGATCACAATTCTATGGATTTTCAATGACAAAATATTAACTCTATTAGGCCAAGACCCAACAATATCCCTTGAAGTTCGTAAATATGCCATTTGGCTAATACCTGCTCTATTTGGTTCCGCAATTCTCAAACCTCTAACACGATTTTTCCAGACCCAGAGTTTGATTTCTCCCATGATTCTAACCTCCGCTATAGCTTTGTGCTTCCACGTAGTAACATGTTGGACCCTTGTTTTTAAACTGGGGTTGGGACATGTTGGTGCCGCAATCTCCTTCAGCCTTTGCGTTTGGTTTAATGTGATAATGCTTTTGTCCTTTGTGAGGTATTCCTCTGCTTGTGAGAAAACACGCATCTCTTTCTCCAAGAATGCTTTGGTTGGTGTTGGAGAGTTCTTTCGCTTTGCTGTCCCAGCAGCAGTCATGGTTTGTCTTAAGTGGTGGGCCTGCGAGATACTTGTTTTGTTAGCTGGACTTTTTCCAAACCCAAAGTTGGAGACATCAGTCCTATCTATATGCTTAACAATCTCTACGTTGCATTTCACCATACCTTATGGGTTTGGGGCTGCTGCTAGCACTAGAGTTTCGAATGAATTAGGAGCTGGGAATCCACAAGCAGTTCATGTGGCTGTTTCTGCAACGATGTTCCTTGCAGTCACAGAGGGTTTCATTGTAAGTGCAACACTATTCGGCTGCAGACATATCTTGGGTTATGCCTATAGTGATGACCGTATGGTTGTTCATTATGTGGCTGTTATGATCCCTCTGCTCTGTCTCTCTATTTTTACTGACAGCTTACAAGGAGTTCTTTCAGGGGTTGCTAGAGGAAGTGGGTGGCAACATCTAGGAGCCTATGTCAATCTGGGAGCGTTTTATCTGGTAGGAATTCCTGTGGGTATCCTACTTGGCTTTGTTGCACATTTCAGAGCAAAGGGCCTCTGGATTGGAATTGTCACTGGCTCCATTGTCCAATCGATTCTCCTTTCCCTTATTACTGCTCTTACCAACTGGAAAAAACAGGCAATTATGGCAAGGGAAAGAGTATTTGATGCTAAACCACCAGACGTAAATGGATCATATCACATGACGAGTGCTTAAAGCTAGTTTGGTCAGCTGTGTCTCACATAGACATAGATATATAATTTTGATTTTCCGTAGGAAATAAGTCACCAAACTATGGTTTCGCAAAGAAATGTTACGAGACACCTACGTCAACATCTAGAGAGCCAAAGAAATAAATGAAAGCAAAGAAATAAGTAACAGATAATATAAATGTTACAAGAAAAATAATGGAGTGTTTGTAATAATGGAGTGTCCATGCATGACTGTTTTATTATATTATTCTAATTTGGTCAAAATGCTGGATCAACTCCAATTAGAGATTATTAAAACTATGGGCGCAAGTTCACATTGGTTAATTATATGTCTGCTATATGATACCCAGTAGGAATGGCGACCGATCTTATCCATAGTAAGCTATTTTAACTCGTGAAACATGATTGGACTCATCCAAATAAATTATGGAAGATGGTGGCATTTCTAAATCCAACTCATCAGAGGTATTGAACCTAACCAAAGCATATGTTGAAGGGCTAGGAGAAGGTGGTTTTGGATAAGTTTTTAAGGGGTGGATCAATGAGAATTCATTGACTGCTACCAAACTTGGCACTAGCATTGTTATTGCTATTAAAAGACTCAATCAAGATGGTATCCAGGGTCATAGGGAGTGATCCGTAAGTTTAATCTAATCCTCTAGCTTTGTTCACACTTCATACTAATTAAGAAATAAATGTTACATGTGTTACACCATAGTAAGCACAATGCATGGTTAATGAGTACACTGCTAGCTAAAATATTCACAAACTATGCTAGTCAATTTAGACTCTGCTTACCATCTGTGTCGGAG

>Glyma02g09941.1   sequence type=CDS   gene model=Glyma02g09941   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma02g09941.4   sequence type=CDS   gene model=Glyma02g09941   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
ATGGAAGAAAGTTCGACAGGAAAGTGGGGATGGATGAAAATGAGGGAAGAGCTGAAGAAGGTGGGTACTATAGCAGCTCCAATGGCGGTTTCAAGTGTGTTACAATACCTTTTGCCAGTGGTGTCCTTAGTAATGGTTGGCCATCTTAACCAGCTCTCTCTTTCAAGTGTTGCTATTGCAACCTCTCTCACCAATGTTTCTGGGTTTAGTGTTTTGTCAGGGATGGCTGGTGGATTGGAAACTTTATGTGGCCAAGCTTTCGGGGCAGGGCAATATGAAAAATTTGGACTATATACTTACACTGCCATAATATCCCTTTCTTTGGTTTGTTTCCCGATCACAATTCTATGGATTTTCAATGACAAAATATTAACTCTATTAGGCCAAGACCCAACAATATCCCTTGAAGTTCGTAAATATGCCATTTGGCTAATACCTGCTCTATTTGGTTCCGCAATTCTCAAACCTCTAACACGATTTTTCCAGACCCAGAGTTTGATTTCTCCCATGATTCTAACCTCCGCTATAGCTTTGTGCTTCCACGTAGTAACATGTTGGACCCTTGTTTTTAAACTGGGGTTGGGACATGTTGGTGCCGCAATCTCCTTCAGCCTTTGCGTTTGGTTTAATGTGATAATGCTTTTGTCCTTTGTGAGGTATTCCTCTGCTTGTGAGAAAACACGCATCTCTTTCTCCAAGAATGCTTTGGTTGGTGTTGGAGAGTTCTTTCGCTTTGCTGTCCCAGCAGCAGTCATGGTTTGTCTTAAGTGGTGGGCCTGCGAGATACTTGTTTTGTTAGCTGGACTTTTTCCAAACCCAAAGTTGGAGACATCAGTCCTATCTATATGCTTAACAATCTCTACGTTGCATTTCACCATACCTTATGGGTTTGGGGCTGCTGCTAGCACTAGAGTTTCGAATGAATTAGGAGCTGGGAATCCACAAGCAGTTCATGTGGCTGTTTCTGCAACGATGTTCCTTGCAGTCACAGAGGGTTTCATTGTAAGTGCAACACTATTCGGCTGCAGACATATCTTGGGTTATGCCTATAGTGATGACCGTATGGTTGTTCATTATGTGGCTGTTATGATCCCTCTGCTCTGTCTCTCTATTTTTACTGACAGCTTACAAGGAGTTCTTTCAGGGGTTGCTAGAGGAAGTGGGTGGCAACATCTAGGAGCCTATGTCAATCTGGGAGCGTTTTATCTGGTAGGAATTCCTGTGGGTATCCTACTTGGCTTTGTTGCACATTTCAGAGCAAAGGGCCTCTGGATTGGAATTGTCACTGGCTCCATTGTCCAATCGATTCTCCTTTCCCTTATTACTGCTCTTACCAACTGGAAAAAACAGGCAATTATGGCAAGGGAAAGAGTATTTGATGCTAAACCACCAGACGTAAATGGATCATATCACATGACGAGTGCTTAA

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>Glyma02g09941.3   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma02g09941   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma02g09941.4   sequence type=predicted peptide   gene model=Glyma02g09941   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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