Glyma01g39910 - SoyBase

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma01g39910

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm01
Start:	51730922
stop:	51747255
Source:	JGI
Version:	Wm82.a1.v1.1
High confidence:	yes

A newer version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma01g39910

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT2G23093	AT	Annotation by Michelle Graham. TAIR10: Major facilitator superfamily protein \| chr2:9832193-9834416 FORWARD LENGTH=449	SoyBase	E_val: 4.00E-175	ISS
GO:0008150	GO-bp	Annotation by Michelle Graham. GO Biological Process: biological process	SoyBase	N/A	ISS
GO:0003674	GO-mf	Annotation by Michelle Graham. GO Molecular Function: molecular function	SoyBase	N/A	ISS
KOG4332	KOG	Predicted sugar transporter	JGI		ISS
PTHR24003	Panther	MAJOR FACILITATOR SUPERFAMILY DOMAIN-CONTAINING PR	JGI		ISS
PTHR24003:SF253	Panther		JGI		ISS
PF05631	PFAM	Protein of unknown function (DUF791)	JGI		ISS
UniRef100_G7K3W5	UniRef	Annotation by Michelle Graham. Most informative UniRef hit: Major facilitator superfamily domain-containing protein n=1 Tax=Medicago truncatula RepID=G7K3W5_MEDTR	SoyBase	E_val: 0	ISS
UniRef100_I1J9C6	UniRef	Annotation by Michelle Graham. Best UniRef hit: Uncharacterized protein n=1 Tax=Glycine max RepID=I1J9C6_SOYBN	SoyBase	E_val: 0	ISS

Expression Patterns of Glyma01g39910

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology


Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene model name correspondences to Glyma01g39910 Gene Call Version Wm82.a1.v1.1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma.01g191800	Wm82.a2.v1	IGC	As supplied by JGI

References for Glyma01g39910

Schmutz et al. 2010
Genome sequence of the palaeopolyploid soybean
Nature 2010, 463:178-183

Transcripts of Glyma01g39910

Limit To All Plant Sequences

>Glyma01g39910.3   sequence type=transcript   gene model=Glyma01g39910   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma01g39910.4   sequence type=transcript   gene model=Glyma01g39910   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma01g39910.5   sequence type=transcript   gene model=Glyma01g39910   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma01g39910.7   sequence type=transcript   gene model=Glyma01g39910   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma01g39910.8   sequence type=transcript   gene model=Glyma01g39910   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Coding sequences of Glyma01g39910

Limit To All Plant Sequences

>Glyma01g39910.2   sequence type=CDS   gene model=Glyma01g39910   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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>Glyma01g39910.3   sequence type=CDS   gene model=Glyma01g39910   sequence assembly version=Glyma 1.0   annotation version=1.1   JGI Gene Call confidence=high
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Predicted protein sequences of Glyma01g39910

Limit To All Plant Sequences

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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain