Glyma.u020100 - SoyBase

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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Report for Sequence Feature Glyma.u020100

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	scaffold_21
Start:	3320477
stop:	3331184
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Proteins Associated with Glyma.u020100

Locus	Gene Symbol	Protein Name
	SIZ1B	E3 SUMO-protein ligase SIZ1b

Expression Patterns of Glyma.u020100

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.u020100 not represented in the dataset	Glyma.u020100 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

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Gene families from PhyloGenes.

Gene model name correspondences to Glyma.u020100 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma11g15880	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.u020100

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.U020100.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.U020100.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.U020100.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TCTTCCAAATTCACATTGATTGTTATCTTGGTCAATATTTTTTTTTCTCAATTTTCAGTAAGGAAGTAATAGAATAGAATATTGACATTGACAAAGGTATGGTCGTAGACGTGAGCGCATGGAAACCCAACCCGGACGTGTTGCCGTAGAAAAACCGGATTGGATAGTCGGCGATAGGTCCGAATTTTGTAAGTGGAGAGAGAGAGATTTGTTCTGGCATTGTTTTGAGTCTCCTCGATCGGTCAAAAGAACACGCAAAGCAAACCCAACCCAGCCACCCCCAACACAACACAAACCGTGTGCTAACAATAGTATAGTGGGTGTGAACCCCCAAACCCTAATCCTTCGTTTCTATGCATGCGCTAGCTTCGTCGTCGTCGTCATCGATTTTCCGGTTTGTGATTCTCGTGATTCTTCTCGGGCCGAATTATTGGGTTTGACGGCATGGATTTGGTACCGAGCGTCAAGGAAAAGTTGAACTATTTTCGTATAAAAGAGCTCAAAGATGTGCTCACTCAGTTACACCTTTCAAAGCAGGGAAAGAAGCAGGATCTTGTTGATCGCATATTATCCGTTCTCTCAGATGAACAAGTTTCAAAAATGTGGGCTAAGAAGAATGCTGGTGGAAAAGAACAGGTGGCAAAATTAGTGGATGATACATATAGGAAAATGCAGATATCAGGGGCCACTGATCTAGCTTCTAAGGGACAGGGTGCATCAGATAGCAGTAGTGTAAAGGTTAAAAGTGAATTTGATGATGCTTTTCAACGAGATGTAAAGATTCGCTGTCTATGTGGAAGTAGATTGGAAACAGAGGATTTGGTCAAGTGTGATGATCCAAGATGCCATGTGTGGCAACACATCAGTTGTGTTATTATTCCCGAGAAACCTACCGAAGGCATCCCACCAGTTCCTGATAAATTTTATTGTGAACTCTGTCGTCTCACTCGTGCAGACCCATTTTGGGTTTCAGTGGCACACCCTTTGCATCCTGTGAAGTTGACCACAACCAGTAATCCAACTGATGGAAACAACCCAGTGCAGAGTGTGGAGAGAACATTTCAACTGACTAGAGCTGACATGGACTTAGTATCAAAACCAGAATTTGATGTTGAGGCTTGGTGTATGCTCCTGAACGACAAGGTTCCATTCAGGATGCAATGGCCACAGTATACAGACCTGCAGGTCAATGGTGTTCCTGTTCGTGCAACTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTAATGGTCGGGATGACGGTCCAATTATCACGCCATATACAAAAGACGGAATTAATAAGATTTCCTTAACAGGATGCGATGCTCGCATTTTTTGTTTAGGGGTTCGTATTGTTAAAAGGCGCAGCATGCAGCAGATCCTAAACTCAATCCCAAAGGAGTCTGATGGAGAGAAATTTGAAGAAGCTCTTGCACGTGTCTGCCGTTGTGTTGGGGGAGGAAATGCAGCTGATGATGCTGATAGTGACAGTGATTTGGAAGTGGTTTCAGATACTTTCACTATCAACCTTCGATGTCCTATGAGTGGTTCAAGAATGAAGATTGCTGGAAGATTTAAACCCTGTATTCACATGGGTTGCTTTGATCTTGAAGTTTTTGTGGAAATGAATCAGCGATCAAGAAAGTGGCAATGTCCTATATGTCTCAAAAACTATGCTTTGGAGAATATCATCATTGACCCTTATTTCAATCGCATCACTTCTATGATGATGAACTGTGGCGAAGAAATTGCAGAGATTGAGGTGAAGCCTGATGGTTCTTGGCGTGTTAAGGTAAAGAGTGAAAGTGAACGCCTGGAATTAGGAAATCTAGCACAGTGGCGCCTTCCTGATGGAACCCTTTGTGTTTCAACTGATGGAGATGTTAAGAGAGTGGATACATTGAAGCAGGTTAAACAGGAAGGTGTTTCAGACAGTCCTGCTGGTTTAAAACTTGGCATAAAGAAGAATTGCAATGGAGTTTGGGAAGTCAGTAAACCTGAGGGCACAAACACCTCTTCTGGTAATAATTTGAAAAGGGTTTTTGGAAATCCCGAACAGGTTGTTATTCCAATGAGCAGCAGTGCCACTGGAAGTGGTCGGGATGGTGACGATCCTAGTGTAAATCAGGGTGGTGGTGGGCATATTGACTATTCCACTACAAATGGGATTGAGATGGATTCTTTGTGTCTCAATAATGTTGATTTAGCATATGAATATACTGCACCCAACACTTCTGCCCAGGTGGGTGGTGCAGAAGTTATTGTTCTTAGTGATTCTGAAGAAGACAATGATCTGTTGGCATCTCCTGCAATTGCATATAAGAACAACAGAAATGATGCTACAGATGGTTACTCTGTACCACCACCTGTAATTGTTGATTCATATACTGAAGATCATAATCTTGGTGGAAATTCATGCTTGGGACTCTTTCCTAATGATGATGATTTTGGGATGTCTTCCCTATGGCCATTGCCTTCTGGAAGTCAAGCTGGTCCTGGCTTCCAGTTATTTGGTTCTGATGCAGATGTGTCTGACGCATTGGTCCATCTGCAGCATGATCCTATGAATTGCTCCTCGTCACTAAATGGTTATGCATTGGCCCCAGATACTGCTTTGGGATCTGGCGGTATCTTGCAAGAGTCCTCTGCTGGTCGCTCAGTTGCTGATTTGAATGGTGGTTTGGTGGACAATCCATTGGCATTTGGTGGAGATGATCCCTCATTTCAGATTTTTCTCCCCACAAGACCAGCAGATTCATCCATGCACAATGAATTGAGAGATCAAGCAAATGTGGCTAATGGTGTCTGCACTGAGGAGGATTGGATATCCCTTAGACTTGGAGGTGGTGCTGGTGGTAACAATGGTGATGCTCCCACTCAAAATGGGTTGAATTCTAGACATCAAATCCCAACCAGAGAAGGCGCCAAGAATACTTTGGATGATACTGTACATCCCTAAGCTTCATATCATGTTTATTTGAGAGGGACTATGAAAGAGGATTGGAAGCTGGGTATTCAGTTTCTTTGCATCGAGCACTGCTATTCCTTCTGTTAAATGGTTAGAAACCTTCAAATGTTTAGTTGTGGATTTGTTAAGATACACTATATGGCTGTGTTAATCTGCTGATGCGTCATATCCTTGTGTCAGAAAAAGAATTTTTAGAACTCTATTCCTAAAATCACCCAAATGCCCATAATTTGTTTACTTGCATAGAAATTAGAAAGTATAAATGGTTTTTTTATTACTTGAAAATTTGGAGGATGTTAAGTTGAGGAGGTTGGTGTTCTCTACATCTATATGCATTTTGCACCTTCTTCCATTCTCCTCACCTTCCTCATTGTGTTTGGCCCCCTATCAGATAATTGCATTTTGACCTGAGTCAATGATCATTAATGCTGTTTTGAAGAAAAAAAAATCCATTAATTTTCTTGATTAGTTATTCCTCTTTATGCAGCTTCTTTACTCCTTGGGATGAATGATGTTAGATCTGACAGGGCAAGAAGGCAAAGATCAGATAGCCCTTTCTCCTTTCCTCGGCAAAAGCGTTCAGTAAGGCCCCGCTTGTACCTTTCTATTGATTCAGATTCAGAGTAAAGGTCAGACCTTGTGTCTCAAGAACTTTAGGTACTCTTAACATCAGATTTCGTATTTAGAAATTGAAGAAAGTTGAGAGGCATTTTTGGTCCTCATGAAATGGCAGTTAATACATAATGATAATGTGGTCTGAGGCATCTCTGGTGGAACAGAGCTACAAATTACCCTGTGCCAAAATGCTTTCACCTACCCCATTGGCAAAGATGTTGGCCCTAATGATTCTTTGCTCTTGATATCTAAATTGTCCTTGTGACAGATGTTTGCTGGGGGTATAGTGCTGGTTTGTTGTATAGTTAATCATTCAAATCTGTAGTTCAAACTTTCAAATTTGGTGGTATATTATTTCTGCATTTTTGTCTCTGCTGAGAGCAATAACCTGTAAATGTTTTAGCCACATATCAGATCCAACAGTGAAATCAAAGATATTGTTTCTGGCCATTTTTCTAGAATACTATGTTGTCTCAAGTATCATGCCTCATGATCGGCCAAGATAGACGCCCATTTCATAACACCTGGACGTTGATATTTATTTAACATGTTTAGGCACCTATGATGCCTCCCCGTAAGGATCTATCTATATTTCTTGCCTGGCTAAGTAT

Coding sequences of Glyma.u020100

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.U020100.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.U020100.1.p locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.U020100.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.U020100.2.p locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.u020100

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.U020100.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.U020100.2 locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.U020100.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.U020100.3 locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.U020100.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.U020100.4 locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain