Glyma.U020100 - SoyBase

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.U020100

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	scaffold_21
Start:	3320477
stop:	3331184
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Proteins Associated with Glyma.U020100

Locus	Gene Symbol	Protein Name
	SIZ1B	E3 SUMO-protein ligase SIZ1b

Gene model name correspondences to Glyma.U020100 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma11g15880	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.U020100

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.U020100.1 sequence-type=primary primary transcript locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.U020100

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.U020100.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.U020100.1.p locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.U020100.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.U020100.2.p locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGATTTGGTACCGAGCGTCAAGGAAAAGTTGAACTATTTTCGTATAAAAGAGCTCAAAGATGTGCTCACTCAGTTACACCTTTCAAAGCAGGGAAAGAAGCAGGATCTTGTTGATCGCATATTATCCGTTCTCTCAGATGAACAAGTTTCAAAAATGTGGGCTAAGAAGAATGCTGGTGGAAAAGAACAGGTGGCAAAATTAGTGGATGATACATATAGGAAAATGCAGATATCAGGGGCCACTGATCTAGCTTCTAAGGGACAGGGTGCATCAGATAGCAGTAGTGTAAAGGTTAAAAGTGAATTTGATGATGCTTTTCAACGAGATGTAAAGATTCGCTGTCTATGTGGAAGTAGATTGGAAACAGAGGATTTGGTCAAGTGTGATGATCCAAGATGCCATGTGTGGCAACACATCAGTTGTGTTATTATTCCCGAGAAACCTACCGAAGGCATCCCACCAGTTCCTGATAAATTTTATTGTGAACTCTGTCGTCTCACTCGTGCAGACCCATTTTGGGTTTCAGTGGCACACCCTTTGCATCCTGTGAAGTTGACCACAACCAGTAATCCAACTGATGGAAACAACCCAGTGCAGAGTGTGGAGAGAACATTTCAACTGACTAGAGCTGACATGGACTTAGTATCAAAACCAGAATTTGATGTTGAGGCTTGGTGTATGCTCCTGAACGACAAGGTTCCATTCAGGATGCAATGGCCACAGTATACAGACCTGCAGGTCAATGGTGTTCCTGTTCGTGCAACTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTAATGGTCGGGATGACGGTCCAATTATCACGCCATATACAAAAGACGGAATTAATAAGATTTCCTTAACAGGATGCGATGCTCGCATTTTTTGTTTAGGGGTTCGTATTGTTAAAAGGCGCAGCATGCAGCAGATCCTAAACTCAATCCCAAAGGAGTCTGATGGAGAGAAATTTGAAGAAGCTCTTGCACGTGTCTGCCGTTGTGTTGGGGGAGGAAATGCAGCTGATGATGCTGATAGTGACAGTGATTTGGAAGTGGTTTCAGATACTTTCACTATCAACCTTCGATGTCCTATGAGTGGTTCAAGAATGAAGATTGCTGGAAGATTTAAACCCTGTATTCACATGGGTTGCTTTGATCTTGAAGTTTTTGTGGAAATGAATCAGCGATCAAGAAAGTGGCAATGTCCTATATGTCTCAAAAACTATGCTTTGGAGAATATCATCATTGACCCTTATTTCAATCGCATCACTTCTATGATGATGAACTGTGGCGAAGAAATTGCAGAGATTGAGGTGAAGCCTGATGGTTCTTGGCGTGTTAAGGTAAAGAGTGAAAGTGAACGCCTGGAATTAGGAAATCTAGCACAGTGGCGCCTTCCTGATGGAACCCTTTGTGTTTCAACTGATGGAGATGTTAAGAGAGTGGATACATTGAAGCAGGTTAAACAGGAAGGTGTTTCAGACAGTCCTGCTGGTTTAAAACTTGGCATAAAGAAGAATTGCAATGGAGTTTGGGAAGTCAGTAAACCTGAGGGCACAAACACCTCTTCTGGTAATAATTTGAAAAGGGTTTTTGGAAATCCCGAACAGGTTGTTATTCCAATGAGCAGCAGTGCCACTGGAAGTGGTCGGGATGGTGACGATCCTAGTGTAAATCAGGGTGGTGGTGGGCATATTGACTATTCCACTACAAATGGGATTGAGATGGATTCTTTGTGTCTCAATAATGTTGATTTAGCATATGAATATACTGCACCCAACACTTCTGCCCAGGTGGGTGGTGCAGAAGTTATTGTTCTTAGTGATTCTGAAGAAGACAATGATCTGTTGGCATCTCCTGCAATTGCATATAAGAACAACAGAAATGATGCTACAGATGGTTACTCTGTACCACCACCTGTAATTGTTGATTCATATACTGAAGATCATAATCTTGGTGGAAATTCATGCTTGGGACTCTTTCCTAATGATGATGATTTTGGGATGTCTTCCCTATGGCCATTGCCTTCTGGAAGTCAAGCTGGTCCTGGCTTCCAGTTATTTGGTTCTGATGCAGATGTGTCTGACGCATTGGTCCATCTGCAGCATGATCCTATGAATTGCTCCTCGTCACTAAATGGTTATGCATTGGCCCCAGATACTGCTTTGGGATCTGGCGGTATCTTGCAAGAGTCCTCTGCTGGTCGCTCAGTTGCTGATTTGAATGGTGGTTTGGTGGACAATCCATTGGCATTTGGTGGAGATGATCCCTCATTTCAGATTTTTCTCCCCACAAGACCAGCAGATTCATCCATGCACAATGAATTGAGAGATCAAGCAAATGTGGCTAATGGTGTCTGCACTGAGGAGGATTGGATATCCCTTAGACTTGGAGGTGGTGCTGGTGGTAACAATGGTGATGCTCCCACTCAAAATGGGTTGAATTCTAGACATCAAATCCCAACCAGAGAAGGCGCCAAGAATACTTTGGATGATACTGCTTCTTTACTCCTTGGGATGAATGATGTTAGATCTGACAGGGCAAGAAGGCAAAGATCAGATAGCCCTTTCTCCTTTCCTCGGCAAAAGCGTTCAGTAAGGCCCCGCTTGTACCTTTCTATTGATTCAGATTCAGAGTAA

>Glyma.U020100.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.U020100.3.p locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGATTTGGTACCGAGCGTCAAGGAAAAGTTGAACTATTTTCGTATAAAAGAGCTCAAAGATGTGCTCACTCAGTTACACCTTTCAAAGCAGGGAAAGAAGCAGGATCTTGTTGATCGCATATTATCCGTTCTCTCAGATGAACAAGTTTCAAAAATGTGGGCTAAGAAGAATGCTGGTGGAAAAGAACAGGTGGCAAAATTAGTGGATGATACATATAGGAAAATGCAGATATCAGGGGCCACTGATCTAGCTTCTAAGGGACAGGGTGCATCAGATAGCAGTAGTGTAAAGGTTAAAAGTGAATTTGATGATGCTTTTCAACGAGATGTAAAGATTCGCTGTCTATGTGGAAGTAGATTGGAAACAGAGGATTTGGTCAAGTGTGATGATCCAAGATGCCATGTGTGGCAACACATCAGTTGTGTTATTATTCCCGAGAAACCTACCGAAGGCATCCCACCAGTTCCTGATAAATTTTATTGTGAACTCTGTCGTCTCACTCGTGCAGACCCATTTTGGGTTTCAGTGGCACACCCTTTGCATCCTGTGAAGTTGACCACAACCAGTAATCCAACTGATGGAAACAACCCAGTGCAGAGTGTGGAGAGAACATTTCAACTGACTAGAGCTGACATGGACTTAGTATCAAAACCAGAATTTGATGTTGAGGCTTGGTGTATGCTCCTGAACGACAAGGTTCCATTCAGGATGCAATGGCCACAGTATACAGACCTGCAGGTCAATGGTGTTCCTGTTCGTGCAACTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTAATGGTCGGGATGACGGTCCAATTATCACGCCATATACAAAAGACGGAATTAATAAGATTTCCTTAACAGGATGCGATGCTCGCATTTTTTGTTTAGGGGTTCGTATTGTTAAAAGGCGCAGCATGCAGCAGATCCTAAACTCAATCCCAAAGGAGTCTGATGGAGAGAAATTTGAAGAAGCTCTTGCACGTGTCTGCCGTTGTGTTGGGGGAGGAAATGCAGCTGATGATGCTGATAGTGACAGTGATTTGGAAGTGGTTTCAGATACTTTCACTATCAACCTTCGATGTCCTATGAGTGGTTCAAGAATGAAGATTGCTGGAAGATTTAAACCCTGTATTCACATGGGTTGCTTTGATCTTGAAGTTTTTGTGGAAATGAATCAGCGATCAAGAAAGTGGCAATGTCCTATATGTCTCAAAAACTATGCTTTGGAGAATATCATCATTGACCCTTATTTCAATCGCATCACTTCTATGATGATGAACTGTGGCGAAGAAATTGCAGAGATTGAGGTGAAGCCTGATGGTTCTTGGCGTGTTAAGGTAAAGAGTGAAAGTGAACGCCTGGAATTAGGAAATCTAGCACAGTGGCGCCTTCCTGATGGAACCCTTTGTGTTTCAACTGATGGAGATGTTAAGAGAGTGGATACATTGAAGCAGGTTAAACAGGAAGGTGTTTCAGACAGTCCTGCTGGTTTAAAACTTGGCATAAAGAAGAATTGCAATGGAGTTTGGGAAGTCAGTAAACCTGAGGGCACAAACACCTCTTCTGGTAATAATTTGAAAAGGGTTTTTGGAAATCCCGAACAGGTTGTTATTCCAATGAGCAGCAGTGCCACTGGAAGTGGTCGGGATGGTGACGATCCTAGTGTAAATCAGGGTGGTGGTGGGCATATTGACTATTCCACTACAAATGGGATTGAGATGGATTCTTTGTGTCTCAATAATGTTGATTTAGCATATGAATATACTGCACCCAACACTTCTGCCCAGGTGGGTGGTGCAGAAGTTATTGTTCTTAGTGATTCTGAAGAAGACAATGATCTGTTGGCATCTCCTGCAATTGCATATAAGAACAACAGAAATGATGCTACAGATGGTTACTCTGTACCACCACCTGTAATTGTTGATTCATATACTGAAGATCATAATCTTGGTGGAAATTCATGCTTGGGACTCTTTCCTAATGATGATGATTTTGGGATGTCTTCCCTATGGCCATTGCCTTCTGGAAGTCAAGCTGGTCCTGGCTTCCAGTTATTTGGTTCTGATGCAGATGTGTCTGACGCATTGGTCCATCTGCAGCATGATCCTATGAATTGCTCCTCGTCACTAAATGGTTATGCATTGGCCCCAGATACTGCTTTGGGATCTGGCGGTATCTTGCAAGAGTCCTCTGCTGGTCGCTCAGTTGCTGATTTGAATGGTGGTTTGGTGGACAATCCATTGGCATTTGGTGGAGATGATCCCTCATTTCAGATTTTTCTCCCCACAAGACCAGCAGATTCATCCATGCACAATGAATTGAGAGATCAAGCAAATGTGGCTAATGGTGTCTGCACTGAGGAGGATTGGATATCCCTTAGACTTGGAGGTGGTGCTGGTGGTAACAATGGTGATGCTCCCACTCAAAATGGGTTGAATTCTAGACATCAAATCCCAACCAGAGAAGGCGCCAAGAATACTTTGGATGATACTGTACATCCCTAA

>Glyma.U020100.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.U020100.4.p locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.U020100

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.U020100.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.U020100.1 locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.U020100.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.U020100.2 locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
MDLVPSVKEKLNYFRIKELKDVLTQLHLSKQGKKQDLVDRILSVLSDEQVSKMWAKKNAGGKEQVAKLVDDTYRKMQISGATDLASKGQGASDSSSVKVKSEFDDAFQRDVKIRCLCGSRLETEDLVKCDDPRCHVWQHISCVIIPEKPTEGIPPVPDKFYCELCRLTRADPFWVSVAHPLHPVKLTTTSNPTDGNNPVQSVERTFQLTRADMDLVSKPEFDVEAWCMLLNDKVPFRMQWPQYTDLQVNGVPVRATNRPGSQLLGANGRDDGPIITPYTKDGINKISLTGCDARIFCLGVRIVKRRSMQQILNSIPKESDGEKFEEALARVCRCVGGGNAADDADSDSDLEVVSDTFTINLRCPMSGSRMKIAGRFKPCIHMGCFDLEVFVEMNQRSRKWQCPICLKNYALENIIIDPYFNRITSMMMNCGEEIAEIEVKPDGSWRVKVKSESERLELGNLAQWRLPDGTLCVSTDGDVKRVDTLKQVKQEGVSDSPAGLKLGIKKNCNGVWEVSKPEGTNTSSGNNLKRVFGNPEQVVIPMSSSATGSGRDGDDPSVNQGGGGHIDYSTTNGIEMDSLCLNNVDLAYEYTAPNTSAQVGGAEVIVLSDSEEDNDLLASPAIAYKNNRNDATDGYSVPPPVIVDSYTEDHNLGGNSCLGLFPNDDDFGMSSLWPLPSGSQAGPGFQLFGSDADVSDALVHLQHDPMNCSSSLNGYALAPDTALGSGGILQESSAGRSVADLNGGLVDNPLAFGGDDPSFQIFLPTRPADSSMHNELRDQANVANGVCTEEDWISLRLGGGAGGNNGDAPTQNGLNSRHQIPTREGAKNTLDDTASLLLGMNDVRSDRARRQRSDSPFSFPRQKRSVRPRLYLSIDSDSE*

>Glyma.U020100.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.U020100.3 locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.U020100.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.U020100.4 locus=Glyma.U020100 ID=Glyma.U020100.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
MDLVPSVKEKLNYFRIKELKDVLTQLHLSKQGKKQDLVDRILSVLSDEQVSKMWAKKNAGGKEQVAKLVDDTYRKMQISGATDLASKGQGASDSSSVKVKSEFDDAFQRDVKIRCLCGSRLETEDLVKCDDPRCHVWQHISCVIIPEKPTEGIPPVPDKFYCELCRLTRADPFWVSVAHPLHPVKLTTTSNPTDGNNPVQSVERTFQLTRADMDLVSKPEFDVEAWCMLLNDKVPFRMQWPQYTDLQVNGVPVRATNRPGSQLLGANGRDDGPIITPYTKDGINKISLTGCDARIFCLGVRIVKRRSMQQILNSIPKESDGEKFEEALARVCRCVGGGNAADDADSDSDLEVVSDTFTINLRCPMSGSRMKIAGRFKPCIHMGCFDLEVFVEMNQRSRKWQCPICLKNYALENIIIDPYFNRITSMMMNCGEEIAEIEVKPDGSWRVKVKSESERLELGNLAQWRLPDGTLCVSTDGDVKRVDTLKQVKQEGVSDSPAGLKLGIKKNCNGVWEVSKPEGTNTSSGNNLKRVFGNPEQVVIPMSSSATGSGRDGDDPSVNQGGGGHIDYSTTNGIEMDSLCLNNVDLAYEYTAPNTSAQVGGAEVIVLSDSEEDNDLLASPAIAYKNNRNDATDGYSVPPPVIVDSYTEDHNLGGNSCLGLFPNDDDFGMSSLWPLPSGSQAGPGFQLFGSDADVSDALVHLQHDPMNCSSSLNGYALAPDTALGSGGILQESSAGRSVADLNGGLVDNPLAFGGDDPSFQIFLPTRPADSSMHNELRDQANVANGVCTEEDWISLRLGGGAGGNNGDAPTQNGLNSRHQIPTREGAKNTLDDTVHP*

Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

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