Glyma.20g197700

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.20g197700

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm20
Start:	43509098
stop:	43515350
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.20g197700

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT1G04650.1	AT		JGI	N/A	IEA
GO:0005488	GO-mf	binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.20g197700

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology


Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.20g197700

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.10g192800	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.20g197700 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma20g33960	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.20g197700

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.20g197700.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g197700.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g197700.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.20g197700

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.20g197700.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g197700.1.p locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGCGGAAGGTAGCTCCAGCGCCGATATCCAGAGAATACTCGCAGCCATTAAATCCTCTGAGATTGTGGAGGATCGCGTTCAGTTGTTTAGCGATCTAGGACGCATAGAATTGAAGAACGTTTCCGAGTCCGACTATGCTTCCGTCATTAACTGCCTCGTAAACTTCACATGTTTGGATGTGACCCAGTGCATGCTCAATAGAAGCATTATACACGTAGCTTTGAGCTATATGGATTTTAACCCATCCAGTTGCTTACCACAATTTCTCACTCTTGGAGTTAAGGCCAGTGTCTGGTGTGGCAAGCATTTAAAGATGAGTCTTTTGTCGACTGAAGACTCTGAGGAAGATGAACATAGCTCTGTATTTTACCAGCTTCTTATGGAGATCCTAAGGTTTTCTGCATCAACTTTTTCAACTTTGTTGAAATTCACTGATTTTGGTGACAAGGAATTGATGGACACTGTTGAAATCTTTATTTTAGAAGCATTAAATCTGACCAAAGATTCTATATCAGATGCTAAGAAAATTCAATCATTTGGGTCAGAAATATTGAAGGTTGCACACATGGTCATTGATGCTGTGGTAAAATTATGCAAGACGCGTTCTGAATTAATAAACCAGGAGGGAGGTGATGAAAAATGGTTGAGGCTTGACAAGCCTGCTACTTTTGACCATGTTATCCACATAACGAAATGTGCAATAGAAAAGCTGTCTCAGATTGGTGTCCTTGCTGCAAATGATGGTGGCAACTCTGTCAATATTCTTAATGTCTCCTGGAAAGGTGTTGTTTCTTTGCTTCAAGGTGGTGGTGGACATTTTACAGAAGTTAACATAGCAAATATAGTGTTAACTTTGCTTGCATTGATAACGGAGCCTCTGAAATGTGCTGCCCAGGCTTGGTCTTCCTCACTGAATGAAGCCATTTCTGTGACTGAAGCTAAAAGGATCTTTGTGCCAGTGAAATTTTACCTAATTAATGCTGTAAAAATATGCTCACTGTATCCTCATCAGGCCTATACAGTGTACAAGGAAATTACGCTGTGTGTTCTCAAGATCAAATGTTTTTGGATTTTTGTAAGTAACGAAAACCTTCTGAAATGTGCATCTGTGATAATTACTGAATTACTGGAGGAAACAACATTGAATTTGCTATTGTCTTTGCTAAATTCTCATAAACTGAAACTGGAACAGAGGCTTCAGGTGCTAGAATGGTTGTTCATTAATAAAGGGGATTGTCATTCTGGCCTTGATTGTCCAACCTTAAGTGATTGTAACCTTGCATGGGTTAATGAAATCTTTTGCAATAGTTATGAAAGTATGAGCAGATCAAAAATACTAATACTTGGTCGAGTTGTATTGTTTATTAACTTCCTCAGACATTCGCTTGAGCTTGATGGAGATGTGAGAATAGCAATAACTCAGAAGCTTTATTGGTTTTTGGATGTTTTAGTTGAGGAAGATGTCTATTCTCATATACTTGTTTTGCAATTTCCTTTATTGTATGGCTCTGGAAAAACAGTGGAACTCTTGTGGCAGCCTATGTTTACTTTCCTCTTGCAAGCATTCAAAACCTTCATGATCGTGATCTCTTCAAGTACAGCTTGGGAGGAGTTGGAGTCTTTCTTATTAGAGAATTTCTTTCATCCTCACTTTTTATGCTGGGAGATTGTGATGGAATGCTGGTGCTTTATGCTGCGATATGCTGAAACACAAATGGCAAACAGCATTCTTGGAAAACTATGTTCATTACTTAAGCTGTCGGCATCCTCATACTCAGTTTTCCTGCCTTATTCTTCCTTCAGAAAGTTGGCAAGATCAATATGCATGCTTTTAACCGATGGTGCACAATCAATGGTTAACGTGGTGTACATGTCTCTTGTTGGTGATGGGAAATCCCATTTGTCATCAGTTTTTTGTTTGGCTTTGTTCATGGAAGGTTTTCCTTTTGATTTACTGACAGATGAATTGAGAAAGACTTCTATTCAAAGAATTATATCTGACTATTTTGACTTCATAGACAACTTTGATGAAGCACCATTGATGGCATGCTCCTCTGGTTTGTTTGGTGTTCCAGTTTTTATTCTTTCTGTTTCTTTGCAATCACTCCAGGATGGACTATCTGATATTGATGAAAGGGCCTTGAAGTTTTTGGTTGCAATTTCTTCTAATTACAAAAGTACTGTAGACAAAGTAATCAAGGACCGTTTTCTTCAGCTTTTCAGTGAAACTCTAGGGATCATCTCCTATTTGAAAAAACTGTATACCTCAAATGCTATTGAACAAGTCATCATGGAGATTCAAAATATCTTTTTGTCTGAGCCTCCAGCCCTTTTGGACAAATGCAAACCACATTTGGCCCAATTCCTTGCAGGACTTGTTCACATGGAAATTTCCGAAAGTGATGATGATGCTAAGAGCTGTGCTGTGTGGGAATTATATCACTTGCTCTTGAAAGAGCGGCACTGGGCACTCAGTCACTTGGCAATAACTGCATTTGGATATTTTGCTTCTCATACTAGGTGCAATAAGCTATGGAGATTTGTTCCAGAAGATGCAGCACTTTCATATGATACAGTTTCAGGAGTGGAGTCAGATCAGCAAAGATTTATGGTTGAGTTTGGAAAATTTCTTAAAAAGGAAATAGCTCTTCTTACACTTGAACCAAGCCCTGAACAGCTTGATCTTCTAGGGAGAGAAGGTTTTGTGTTGAAACAGATGGTCCAAAAGATTTCAGCCACTGCTGAAGAGAGAGAGAAATGTGAGATCATGGATGTTGATCACAAGAACCAATCAAATAAAAAGAGGAAACTTCCTGATGGAATTAGCAGAGGAGTGGAATTGCTGAAAAATGGTTTAAAAATTATTGGTGACGGTTTTTCCCAGTGGCAGCTTAATGATTTTGATACCACTGAACTGCATGTAAAATATTTGACTCAGTTTTCTCAACTTGAAGACGTAATTACTAACTTTGAGGAATTGACCGGCAGCGGTGAGTGA

>Glyma.20g197700.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g197700.2.p locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g197700.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g197700.3.p locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.20g197700

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.20g197700.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g197700.2 locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g197700.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g197700.3 locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g197700.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g197700.4 locus=Glyma.20g197700 ID=Glyma.20g197700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain