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A previous version of this gene model can be found here:
| Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
|---|---|---|---|---|---|
| AT4G25540.1 | AT | homolog of DNA mismatch repair protein MSH3 | JGI | N/A | IEA |
| GO:0006281 | GO-bp | DNA repair | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0006298 | GO-bp | mismatch repair | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0006298 | GO-bp | mismatch repair | JGI | N/A | IEA |
| GO:0006974 | GO-bp | cellular response to DNA damage stimulus | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0043570 | GO-bp | maintenance of DNA repeat elements | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0032300 | GO-cc | mismatch repair complex | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0000166 | GO-mf | nucleotide binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0000404 | GO-mf | heteroduplex DNA loop binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0003677 | GO-mf | DNA binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0003684 | GO-mf | damaged DNA binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0005524 | GO-mf | ATP binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0005524 | GO-mf | ATP binding | JGI | N/A | IEA |
| GO:0008094 | GO-mf | DNA-dependent ATPase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0030983 | GO-mf | mismatched DNA binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0030983 | GO-mf | mismatched DNA binding | JGI | N/A | IEA |
| KOG0218 | KOG | Mismatch repair MSH3 | JGI | N/A | IEA |
| KOG0219 | KOG | Mismatch repair ATPase MSH2 (MutS family) | JGI | N/A | IEA |
| KOG0221 | KOG | Mismatch repair ATPase MSH5 (MutS family) | JGI | N/A | IEA |
| PTHR11361 | Panther | DNA MISMATCH REPAIR MUTS RELATED PROTEINS | JGI | N/A | IEA |
| PTHR11361:SF24 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
| PF00488 | PFAM | MutS domain V | JGI | N/A | IEA |
| PF01624 | PFAM | MutS domain I | JGI | N/A | IEA |
| PF05188 | PFAM | MutS domain II | JGI | N/A | IEA |
| PF05190 | PFAM | MutS family domain IV | JGI | N/A | IEA |
| PF05192 | PFAM | MutS domain III | JGI | N/A | IEA |
|
Glyma.20g157600 not represented in the dataset |
Glyma.20g157600 not represented in the dataset |
| Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
| Paralog | Evidence | Comments |
|---|---|---|
| Glyma.10g236800 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
| Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
|---|---|---|---|
| Glyma20g29680 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.20g157600.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.20g157600.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 AGAAATCGTTGGGCGACGAAAGAGACAAGAAGATCGCGCGGAATTCCCAGGTGCGGTACTCAATGGGAAAGCAAAAGCAACAAGTGATTTCCCGCTTCTTCGCTCCCAAACCCAAATCCcctcctcctcctcctcctcctcctcctAAAATCTCCGCCACCGTCACTTTCTCCCCCGCCAAACGCCGCCTTACTTCCAACTTCACCACCTCTCGCAAACACCCCAAACTCTCCCCCCACACCCAAAACCCCGTTCCCCCTTCACTCCACCAACGCTTCCTCCAGAAGCTTCTCGAACCTTCCACCCCTCAACAACACCCCGCTTCCTCTTCCAAACCCCCAACCTACACTCCCCTCGAACAGCAAGTCCTTGACCTCAAAGCCAAACACCCCGACGTCCTCCTCATGGTGGAGGTCGGTTACAAGTACCGTTTCTTCGGCCAAGACGCCGAACACGCCTCCAGAGTCTTGGGCATTTACGCACACATGGACCACAACTTCTTAACCGCTAGCATACCAACTTTTCGGCTAAATGTCCACGTCAGGAGGCTCGTCACTGCCGGCTACAAGGTCGGCGTTGTCAAGCAGACCGAGACCGCCGCCATCAAGGCTCACGGCTCCAACCGCTCCGCCCCCTTCGAGCGCGGCCTGTCCGCGCTCTACACCAAGGCCACGCTCGAGGCCGCGCCGGACTTGGGGGGAGCGGAGGATGGGTGCGGCGGAGAGAGCAATTACTTGCTCTGTGTTGTGGAGAAGAGTGTTTTGGATGAGAAGGGTGGTGTTGATGCGAGGATTGGGATTGTTGCTGTGGAGATTTCGACCGGGGATGTTGTTTTTGGGGAATTTTGTGATGGTTTTCTGAGGAGTGCGCTTGAGGCTGTTGTTCTGAACTTGTCTCCGGCTGAGTTGCTTCTCGGTGACCCTCTTTCGAAGCAAACGGAGAAGTTATTGCTGGATTTTGCTGGACCTGCCTCAAATGTTCGTGTGGAGCGTTTTTCACGAGATTGCTTCATTGATGGGGGTGCTCTTGCTGAAGTTATGACCTTGTACGAGAACATGCACATAGACAGTCCATCAGATTCAATACAAAGCAATGATTTGACTGAGAACAGAAGTCAGAAGTTAATAATCAAGGAGGTGATGAACATGCCAGATTTGGCTGTCCAAGCTTTGGCCTTAACTATTCGTCATTTAAAGGAATTTGGTTTTGAAAGAATTCTGTGTTCGGGAGCTTCTATTAGGCCTTTCTCAAGCAATACGGAAATGACCCTCTCAGCCAATGCACTTCAACAACTGGAGGTTTTAAAAAATAACAGTGATGGATCTGAAATCGGTTCTTTGCTGCAAATTATGAATCGTACTCTTACTATATTTGGCTCCAGGCTTCTTAGGCATTGGGTATCTCACCCATTGTGTGATCAAACCTTAATTTCTGCTCGTCTTCATGCTGTATCTGAAATTGCACAGTCCATGGGATCTTGTAATAGTGTGAAGAATCTTGTACGTGTTGAGGAAGATCCTGACGTAGCAATTGTGCAACCTGAGTTAGCATACACACTTTCACTGGTTTTGACAACTCTTGGCCGAGCACCTGATATACAACGTGGAATTACTAGAATTTTCCATTGCACTGCTACCCCATCTGAGTTTGTTGCAGTAATTCAAGCTATTTTGTCTGCTGGAAAACAGCTTCAACAACTTAACATAGGAGAGGGGAATAATAACACATTGCGCCCTAATCTGTTAAAAAAGTTAATTTTGACTGCTTCCTCTGACAGTGTTATTGGAAATGCTGCAAAAATGTTGTCATCTTTAAACATAGACTCTGCTGATCTAGGAGATCTAACAAAATTGATTATTGCATCTGAGGGACAATTCCCAGAGGTCATTAGAGCTCGGGAGGCTTTCAAGCTGGCAGTGGAACAACTAGATTCAATGATTGACTTCTATCGCAAACAGCTTGGAATGAAAAATTTGGAATTCATTAGTATTTCTGGAACAACCCATTTGATTGAGTTATCAACTGATGTAAAGGTTCCTTCAAACTGGGTCAAGGTAAATAGCACAAAGAAAACAATTCGGTATCACCCTCCTGAAGTATTGACAACATTAGACAAGTTATCATTAGCAAAAGAGGAGCTCACTGTTGCCTGCCGAGCTGCCTGGAATAACTTTCTTACGGACTTCAGTAAACACTATGCTGAGTTCCAAGCTGCTGTTCAAGCACTAGCTGCTTTAGATTGTCTGCATTCACTTGCCATTCTTTCAAGAAATAAGGGTTATGTTTGCCCAGTGTTTGTAGATGATCATGAGCCTGTTCAGATACAGATTTCTTCTGGTAGACATCCGGTTTTGGAGACTACCTTACAAGACAATTTTGTCCCAAATGATACAAACATGCATGCAGATGGAGAGTACTGTCAGATTGTTACTGGACCCAATATGGGGGGAAAAAGTTGTTATATTCGCCAGGTGGCTCTGATTGTTATAATGGCTCAGCATCATCAGCAAAATTGCATGTCCTGGATAGGATCTACACCCGGATGGGTGCATCTGACAGTATTCAGCTAGGGAGAAGCACCTTCCTAGAAGAACTAAGTGAGACTTCGCATATACTCAATAGTTGCACAGAACATTCACTGGTTATCATTGATGAGCTTGGGAGAGGTACAAGTACACATGATGGTATGGCCATTGCTCATGCGACATTGCATTATCTTCTGAAGCAAAAAAGAAGCATGGTCCTCTTTGTCACTCACTATCCCAAGATTGCCAGCCTGGCAACTGAATTTCCTGGCTCTGTGGCAGCATATCACGTGTCACATCTGATCTCACATGATGCAAGTAAAAATTCCAACTTGGATCATGATGTCACTTACCTATACAAGCTAGTACCTGGTGTTTCAGAGAGGAGTTTTGGATTTAAGGTTGCCCAGCTTGCACAGTAGAGCTAGTTCATTCATTCCAGACTAACATTAGGGCTTGGAATTGGAAATTTGGGGATTGCCTTAGCATCTGAGCTTGACAGCTGAGTTCTCTATTGATTATATTGTTGAAATTTCTTATATTGAATTTCACTTAAGACAGTTGTAAACATCATGCTTTTCAGTTACCATCTCATTGCATCAGTCGAGCTATTGTCATGGCTTCTAAATTAGAAGCACTAGTAAACAGTAGAATACATGGTAGATCAACAAAGGAGCTATTATTGGACACGCTGGTGATTGGTCAAGAAAAAGAACAGCTTATGGCTCAATCACTTGATCGTCCACATAAAGAGTTTGATATGGCTTACAAAGATTTCTATTTAAACTTAAAAGCTGCAACAGAAGATGATGACTGGGCAAAAAGCTTTCATCTATTGGAACATGCCAGAAGCATTGCAAAGAAATTAATTGGCAGATCAATGCAGTATGTGTAAGTGAGGATTACATGCAGAAGCAGGGTTCGGGTCTTCTCCAGCGTTGTAGGATGTAGATAAATATTTTGCTTAAAAATTTTGCTGATTAGTTTAAGTTAAACCTTCCAATTTTTTGCTTTACCTGCTTCCTGCCTCGTTTATATTTTTTTAATTTCGGTTACGCTTGGGAATAGATTTTAATTTCCGCCATGTATGTTGATGTCCTAATTTGAGCCAACGGATGTAAAATCAATGTTGACACCATAAATTCTATGTTACATCCTTTGAAATGTTTATTTCAGCCGTTAACT >Glyma.20g157600.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.20g157600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.20g157600.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.2 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MTLYENMHIDSPSDSIQSNDLTENRSQKLIIKEVMNMPDLAVQALALTIRHLKEFGFERILCSGASIRPFSSNTEMTLSANALQQLEVLKNNSDGSEIGSLLQIMNRTLTIFGSRLLRHWVSHPLCDQTLISARLHAVSEIAQSMGSCNSVKNLVRVEEDPDVAIVQPELAYTLSLVLTTLGRAPDIQRGITRIFHCTATPSEFVAVIQAILSAGKQLQQLNIGEGNNNTLRPNLLKKLILTASSDSVIGNAAKMLSSLNIDSADLGDLTKLIIASEGQFPEVIRAREAFKLAVEQLDSMIDFYRKQLGMKNLEFISISGTTHLIELSTDVKVPSNWVKVNSTKKTIRYHPPEVLTTLDKLSLAKEELTVACRAAWNNFLTDFSKHYAEFQAAVQALAALDCLHSLAILSRNKGYVCPVFVDDHEPVQIQISSGRHPVLETTLQDNFVPNDTNMHADGEYCQIVTGPNMGGKSCYIRQVALIVIMAQVGSFVPASSAKLHVLDRIYTRMGASDSIQLGRSTFLEELSETSHILNSCTEHSLVIIDELGRGTSTHDGMAIAHATLHYLLKQKRSMVLFVTHYPKIASLATEFPGSVAAYHVSHLISHDASKNSNLDHDVTYLYKLVPGVSERSFGFKVAQLAQLPSHCISRAIVMASKLEALVNSRIHGRSTKELLLDTLVIGQEKEQLMAQSLDRPHKEFDMAYKDFYLNLKAATEDDDWAKSFHLLEHARSIAKKLIGRSMQYV* >Glyma.20g157600.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.3 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>Glyma.20g157600.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.4 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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| Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||