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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research




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Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1019

Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.20g157600): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1025

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.20g157600

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm20
Start:39643531
stop:39652172
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G25540.1AT homolog of DNA mismatch repair protein MSH3 JGI N/AIEA
GO:0006281GO-bp DNA repair EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006298GO-bp mismatch repair EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006298GO-bp mismatch repair JGI N/AIEA
GO:0006974GO-bp cellular response to DNA damage stimulus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0043570GO-bp maintenance of DNA repeat elements EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0032300GO-cc mismatch repair complex EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000166GO-mf nucleotide binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000404GO-mf heteroduplex DNA loop binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003677GO-mf DNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003684GO-mf damaged DNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding JGI N/AIEA
GO:0008094GO-mf DNA-dependent ATPase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0030983GO-mf mismatched DNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0030983GO-mf mismatched DNA binding JGI N/AIEA
KOG0218 KOG Mismatch repair MSH3 JGI N/AIEA
KOG0219 KOG Mismatch repair ATPase MSH2 (MutS family) JGI N/AIEA
KOG0221 KOG Mismatch repair ATPase MSH5 (MutS family) JGI N/AIEA
PTHR11361Panther DNA MISMATCH REPAIR MUTS RELATED PROTEINS JGI N/AIEA
PTHR11361:SF24Panther JGI N/AIEA
PF00488PFAM MutS domain V JGI N/AIEA
PF01624PFAM MutS domain I JGI N/AIEA
PF05188PFAM MutS domain II JGI N/AIEA
PF05190PFAM MutS family domain IV JGI N/AIEA
PF05192PFAM MutS domain III JGI N/AIEA

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.20g157600 not represented in the dataset

Glyma.20g157600 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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View a gene family containing related genes from other legumes at LIS

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.


View gene and ortholog information at GlycineMine

Gene information in GlycineMine developed by LIS.



View a gene family containing related genes from other plant species at PhyloGenes

Gene families from PhyloGenes.


ParalogEvidenceComments
Glyma.10g236800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma20g29680 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


>Glyma.20g157600.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AGAAATCGTTGGGCGACGAAAGAGACAAGAAGATCGCGCGGAATTCCCAGGTGCGGTACTCAATGGGAAAGCAAAAGCAACAAGTGATTTCCCGCTTCTTCGCTCCCAAACCCAAATCCcctcctcctcctcctcctcctcctcctAAAATCTCCGCCACCGTCACTTTCTCCCCCGCCAAACGCCGCCTTACTTCCAACTTCACCACCTCTCGCAAACACCCCAAACTCTCCCCCCACACCCAAAACCCCGTTCCCCCTTCACTCCACCAACGCTTCCTCCAGAAGCTTCTCGAACCTTCCACCCCTCAACAACACCCCGCTTCCTCTTCCAAACCCCCAACCTACACTCCCCTCGAACAGCAAGTCCTTGACCTCAAAGCCAAACACCCCGACGTCCTCCTCATGGTGGAGGTCGGTTACAAGTACCGTTTCTTCGGCCAAGACGCCGAACACGCCTCCAGAGTCTTGGGCATTTACGCACACATGGACCACAACTTCTTAACCGCTAGCATACCAACTTTTCGGCTAAATGTCCACGTCAGGAGGCTCGTCACTGCCGGCTACAAGGTCGGCGTTGTCAAGCAGACCGAGACCGCCGCCATCAAGGCTCACGGCTCCAACCGCTCCGCCCCCTTCGAGCGCGGCCTGTCCGCGCTCTACACCAAGGCCACGCTCGAGGCCGCGCCGGACTTGGGGGGAGCGGAGGATGGGTGCGGCGGAGAGAGCAATTACTTGCTCTGTGTTGTGGAGAAGAGTGTTTTGGATGAGAAGGGTGGTGTTGATGCGAGGATTGGGATTGTTGCTGTGGAGATTTCGACCGGGGATGTTGTTTTTGGGGAATTTTGTGATGGTTTTCTGAGGAGTGCGCTTGAGGCTGTTGTTCTGAACTTGTCTCCGGCTGAGTTGCTTCTCGGTGACCCTCTTTCGAAGCAAACGGAGAAGTTATTGCTGGATTTTGCTGGACCTGCCTCAAATGTTCGTGTGGAGCGTTTTTCACGAGATTGCTTCATTGATGGGGGTGCTCTTGCTGAAGTTATGACCTTGTACGAGAACATGCACATAGACAGTCCATCAGATTCAATACAAAGCAATGATTTGACTGAGAACAGAAGTCAGAAGTTAATAATCAAGGAGGTGATGAACATGCCAGATTTGGCTGTCCAAGCTTTGGCCTTAACTATTCGTCATTTAAAGGAATTTGGTTTTGAAAGAATTCTGTGTTCGGGAGCTTCTATTAGGCCTTTCTCAAGCAATACGGAAATGACCCTCTCAGCCAATGCACTTCAACAACTGGAGGTTTTAAAAAATAACAGTGATGGATCTGAAATCGGTTCTTTGCTGCAAATTATGAATCGTACTCTTACTATATTTGGCTCCAGGCTTCTTAGGCATTGGGTATCTCACCCATTGTGTGATCAAACCTTAATTTCTGCTCGTCTTCATGCTGTATCTGAAATTGCACAGTCCATGGGATCTTGTAATAGTGTGAAGAATCTTGTACGTGTTGAGGAAGATCCTGACGTAGCAATTGTGCAACCTGAGTTAGCATACACACTTTCACTGGTTTTGACAACTCTTGGCCGAGCACCTGATATACAACGTGGAATTACTAGAATTTTCCATTGCACTGCTACCCCATCTGAGTTTGTTGCAGTAATTCAAGCTATTTTGTCTGCTGGAAAACAGCTTCAACAACTTAACATAGGAGAGGGGAATAATAACACATTGCGCCCTAATCTGTTAAAAAAGTTAATTTTGACTGCTTCCTCTGACAGTGTTATTGGAAATGCTGCAAAAATGTTGTCATCTTTAAACATAGACTCTGCTGATCTAGGAGATCTAACAAAATTGATTATTGCATCTGAGGGACAATTCCCAGAGGTCATTAGAGCTCGGGAGGCTTTCAAGCTGGCAGTGGAACAACTAGATTCAATGATTGACTTCTATCGCAAACAGCTTGGAATGAAAAATTTGGAATTCATTAGTATTTCTGGAACAACCCATTTGATTGAGTTATCAACTGATGTAAAGGTTCCTTCAAACTGGGTCAAGGTAAATAGCACAAAGAAAACAATTCGGTATCACCCTCCTGAAGTATTGACAACATTAGACAAGTTATCATTAGCAAAAGAGGAGCTCACTGTTGCCTGCCGAGCTGCCTGGAATAACTTTCTTACGGACTTCAGTAAACACTATGCTGAGTTCCAAGCTGCTGTTCAAGCACTAGCTGCTTTAGATTGTCTGCATTCACTTGCCATTCTTTCAAGAAATAAGGGTTATGTTTGCCCAGTGTTTGTAGATGATCATGAGCCTGTTCAGATACAGATTTCTTCTGGTAGACATCCGGTTTTGGAGACTACCTTACAAGACAATTTTGTCCCAAATGATACAAACATGCATGCAGATGGAGAGTACTGTCAGATTGTTACTGGACCCAATATGGGGGGAAAAAGTTGTTATATTCGCCAGGTGGCTCTGATTGTTATAATGGCTCAGCATCATCAGCAAAATTGCATGTCCTGGATAGGATCTACACCCGGATGGGTGCATCTGACAGTATTCAGCTAGGGAGAAGCACCTTCCTAGAAGAACTAAGTGAGACTTCGCATATACTCAATAGTTGCACAGAACATTCACTGGTTATCATTGATGAGCTTGGGAGAGGTACAAGTACACATGATGGTATGGCCATTGCTCATGCGACATTGCATTATCTTCTGAAGCAAAAAAGAAGCATGGTCCTCTTTGTCACTCACTATCCCAAGATTGCCAGCCTGGCAACTGAATTTCCTGGCTCTGTGGCAGCATATCACGTGTCACATCTGATCTCACATGATGCAAGTAAAAATTCCAACTTGGATCATGATGTCACTTACCTATACAAGCTAGTACCTGGTGTTTCAGAGAGGAGTTTTGGATTTAAGGTTGCCCAGCTTGCACAGTTACCATCTCATTGCATCAGTCGAGCTATTGTCATGGCTTCTAAATTAGAAGCACTAGTAAACAGTAGAATACATGGTAGATCAACAAAGGAGCTATTATTGGACACGCTGGTGATTGGTCAAGAAAAAGAACAGCTTATGGCTCAATCACTTGATCGTCCACATAAAGAGTTTGATATGGCTTACAAAGATTTCTATTTAAACTTAAAAGCTGCAACAGAAGATGATGACTGGGCAAAAAGCTTTCATCTATTGGAACATGCCAGAAGCATTGCAAAGAAATTAATTGGCAGATCAATGCAGTATGTGTAAGTGAGGATTACATGCAGAAGCAGGGTTCGGGTCTTCTCCAGCGTTGTAGGATGTAGATAAATATTTTGCTTAAAAATTTTGCTGATTAGTTTAAGTTAAACCTTCCAATTTTTTGCTTTACCTGCTTCCTGCCTCGTTTATATTTTTTTAATTTCGGTTACGCTTGGGAATAGATTTTAATTTCCGCCATGTATGTTGATGTCCTAATTTGAGCCAACGGATGTAAAATCAATGTTGACACCATAAATTCTATGTTACATCCTTTGAAATGTTTATTTCAGCCGTTAACT

>Glyma.20g157600.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AGAAATCGTTGGGCGACGAAAGAGACAAGAAGATCGCGCGGAATTCCCAGGTGCGGTACTCAATGGGAAAGCAAAAGCAACAAGTGATTTCCCGCTTCTTCGCTCCCAAACCCAAATCCcctcctcctcctcctcctcctcctcctAAAATCTCCGCCACCGTCACTTTCTCCCCCGCCAAACGCCGCCTTACTTCCAACTTCACCACCTCTCGCAAACACCCCAAACTCTCCCCCCACACCCAAAACCCCGTTCCCCCTTCACTCCACCAACGCTTCCTCCAGAAGCTTCTCGAACCTTCCACCCCTCAACAACACCCCGCTTCCTCTTCCAAACCCCCAACCTACACTCCCCTCGAACAGCAAGTCCTTGACCTCAAAGCCAAACACCCCGACGTCCTCCTCATGGTGGAGGTCGGTTACAAGTACCGTTTCTTCGGCCAAGACGCCGAACACGCCTCCAGAGTCTTGGGCATTTACGCACACATGGACCACAACTTCTTAACCGCTAGCATACCAACTTTTCGGCTAAATGTCCACGTCAGGAGGCTCGTCACTGCCGGCTACAAGGTCGGCGTTGTCAAGCAGACCGAGACCGCCGCCATCAAGGCTCACGGCTCCAACCGCTCCGCCCCCTTCGAGCGCGGCCTGTCCGCGCTCTACACCAAGGCCACGCTCGAGGCCGCGCCGGACTTGGGGGGAGCGGAGGATGGGTGCGGCGGAGAGAGCAATTACTTGCTCTGTGTTGTGGAGAAGAGTGTTTTGGATGAGAAGGGTGGTGTTGATGCGAGGATTGGGATTGTTGCTGTGGAGATTTCGACCGGGGATGTTGTTTTTGGGGAATTTTGTGATGGTTTTCTGAGGAGTGCGCTTGAGGCTGTTGTTCTGAACTTGTCTCCGGCTGAGTTGCTTCTCGGTGACCCTCTTTCGAAGCAAACGGAGAAGTTATTGCTGGATTTTGCTGGACCTGCCTCAAATGTTCGTGTGGAGCGTTTTTCACGAGATTGCTTCATTGATGGGGGTGCTCTTGCTGAAGTTATGACCTTGTACGAGAACATGCACATAGACAGTCCATCAGATTCAATACAAAGCAATGATTTGACTGAGAACAGAAGTCAGAAGTTAATAATCAAGGAGGTGATGAACATGCCAGATTTGGCTGTCCAAGCTTTGGCCTTAACTATTCGTCATTTAAAGGAATTTGGTTTTGAAAGAATTCTGTGTTCGGGAGCTTCTATTAGGCCTTTCTCAAGCAATACGGAAATGACCCTCTCAGCCAATGCACTTCAACAACTGGAGGTTTTAAAAAATAACAGTGATGGATCTGAAATCGGTTCTTTGCTGCAAATTATGAATCGTACTCTTACTATATTTGGCTCCAGGCTTCTTAGGCATTGGGTATCTCACCCATTGTGTGATCAAACCTTAATTTCTGCTCGTCTTCATGCTGTATCTGAAATTGCACAGTCCATGGGATCTTGTAATAGTGTGAAGAATCTTGTACGTGTTGAGGAAGATCCTGACGTAGCAATTGTGCAACCTGAGTTAGCATACACACTTTCACTGGTTTTGACAACTCTTGGCCGAGCACCTGATATACAACGTGGAATTACTAGAATTTTCCATTGCACTGCTACCCCATCTGAGTTTGTTGCAGTAATTCAAGCTATTTTGTCTGCTGGAAAACAGCTTCAACAACTTAACATAGGAGAGGGGAATAATAACACATTGCGCCCTAATCTGTTAAAAAAGTTAATTTTGACTGCTTCCTCTGACAGTGTTATTGGAAATGCTGCAAAAATGTTGTCATCTTTAAACATAGACTCTGCTGATCTAGGAGATCTAACAAAATTGATTATTGCATCTGAGGGACAATTCCCAGAGGTCATTAGAGCTCGGGAGGCTTTCAAGCTGGCAGTGGAACAACTAGATTCAATGATTGACTTCTATCGCAAACAGCTTGGAATGAAAAATTTGGAATTCATTAGTATTTCTGGAACAACCCATTTGATTGAGTTATCAACTGATGTAAAGGTTCCTTCAAACTGGGTCAAGGTAAATAGCACAAAGAAAACAATTCGGTATCACCCTCCTGAAGTATTGACAACATTAGACAAGTTATCATTAGCAAAAGAGGAGCTCACTGTTGCCTGCCGAGCTGCCTGGAATAACTTTCTTACGGACTTCAGTAAACACTATGCTGAGTTCCAAGCTGCTGTTCAAGCACTAGCTGCTTTAGATTGTCTGCATTCACTTGCCATTCTTTCAAGAAATAAGGGTTATGTTTGCCCAGTGTTTGTAGATGATCATGAGCCTGTTCAGATACAGATTTCTTCTGGTAGACATCCGGTTTTGGAGACTACCTTACAAGACAATTTTGTCCCAAATGATACAAACATGCATGCAGATGGAGAGTACTGTCAGATTGTTACTGGACCCAATATGGGGGGAAAAAGTTGTTATATTCGCCAGGTGGCTCTGATTGTTATAATGGCTCAGCATCATCAGCAAAATTGCATGTCCTGGATAGGATCTACACCCGGATGGGTGCATCTGACAGTATTCAGCTAGGGAGAAGCACCTTCCTAGAAGAACTAAGTGAGACTTCGCATATACTCAATAGTTGCACAGAACATTCACTGGTTATCATTGATGAGCTTGGGAGAGGTACAAGTACACATGATGGTATGGCCATTGCTCATGCGACATTGCATTATCTTCTGAAGCAAAAAAGAAGCATGGTCCTCTTTGTCACTCACTATCCCAAGATTGCCAGCCTGGCAACTGAATTTCCTGGCTCTGTGGCAGCATATCACGTGTCACATCTGATCTCACATGATGCAAGTAAAAATTCCAACTTGGATCATGATGTCACTTACCTATACAAGCTAGTACCTGGTGTTTCAGAGAGGAGTTTTGGATTTAAGGTTGCCCAGCTTGCACAGTAGAGCTAGTTCATTCATTCCAGACTAACATTAGGGCTTGGAATTGGAAATTTGGGGATTGCCTTAGCATCTGAGCTTGACAGCTGAGTTCTCTATTGATTATATTGTTGAAATTTCTTATATTGAATTTCACTTAAGACAGTTGTAAACATCATGCTTTTCAGTTACCATCTCATTGCATCAGTCGAGCTATTGTCATGGCTTCTAAATTAGAAGCACTAGTAAACAGTAGAATACATGGTAGATCAACAAAGGAGCTATTATTGGACACGCTGGTGATTGGTCAAGAAAAAGAACAGCTTATGGCTCAATCACTTGATCGTCCACATAAAGAGTTTGATATGGCTTACAAAGATTTCTATTTAAACTTAAAAGCTGCAACAGAAGATGATGACTGGGCAAAAAGCTTTCATCTATTGGAACATGCCAGAAGCATTGCAAAGAAATTAATTGGCAGATCAATGCAGTATGTGTAAGTGAGGATTACATGCAGAAGCAGGGTTCGGGTCTTCTCCAGCGTTGTAGGATGTAGATAAATATTTTGCTTAAAAATTTTGCTGATTAGTTTAAGTTAAACCTTCCAATTTTTTGCTTTACCTGCTTCCTGCCTCGTTTATATTTTTTTAATTTCGGTTACGCTTGGGAATAGATTTTAATTTCCGCCATGTATGTTGATGTCCTAATTTGAGCCAACGGATGTAAAATCAATGTTGACACCATAAATTCTATGTTACATCCTTTGAAATGTTTATTTCAGCCGTTAACT

>Glyma.20g157600.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g157600.2.p locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g157600.3.p locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.10 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.11 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.12 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.2 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.3 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.4 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.5 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.7.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.7 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g157600.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g157600.9 locus=Glyma.20g157600 ID=Glyma.20g157600.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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