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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.20g048800

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm20
Start:9483809
stop:9490167
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.20g048800
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT5G17680.1AT disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class), putative JGI N/AIEA
GO:0007165GO-bp signal transduction EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0007165GO-bp signal transduction JGI N/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
GO:0043531GO-mf ADP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0043531GO-mf ADP binding JGI N/AIEA
KOG4658 KOG Apoptotic ATPase JGI N/AIEA
PTHR11017Panther LEUCINE-RICH REPEAT-CONTAINING PROTEIN JGI N/AIEA
PTHR11017:SF20Panther DISEASE RESISTANCE PROTEIN RPS4-RELATED JGI N/AIEA
PF00560PFAM Leucine Rich Repeat JGI N/AIEA
PF00931PFAM NB-ARC domain JGI N/AIEA
PF01582PFAM TIR domain JGI N/AIEA
PF07725PFAM Leucine Rich Repeat JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.20g048800
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.20g048800 not represented in the dataset
Glyma.20g048800 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene model name correspondences to Glyma.20g048800 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma20g10833 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.20g048800
>Glyma.20g048800.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
CTGCATCATAGATAAACGCACATGACGTTTTGATATTTGCATCTCTTGTCTAATTTTTCTTTCACACTTAAAAAAGAGTGGAAACGTTTTGATCTCATATTTCCGTGCACTGTAAAATTGTTGTCTAGTTTTTCTCTGTTGAACCTGAGAAGCTCGTGTTGAAGTAAAGAATCTTTGTATTTGTCTCGGTTGCAAGAAGTTGGATTGGGTTTGTGGTTTTATTTCCAGGCTAGTCAATATAAGCAGTATATAAATTGGAGTGAATTCTAAGTGTGTTCTCTGTTTGAGGAGTACTCTTTGTTTTCAGGTGCAGTACTAGGAATTCATAATATGGTTGAACAACAAATCATCAGTGTTGTTGGTTCTTCCTCTAGCTCTTCTCTTATGGTGTCTTCTAAAAAATATGATGTTTTTCTAAGCTTTCGAGGTGAGGACACACGCATGAATTTCACAAGTCATCTTCATGAAGCTTTGAAGCAAAAGAAAGTCGAAACCTACATAGATTACCAACTTGAAAAGGGAGATGAAATCTCACCAGCACTAATCAAAGCAATTGAAGATTCTCATGTATCTATTGTCATCCTCTCAGAGAACTATGCTTCCTCAAAATGGTGCTTGGAAGAACTCAGCAAGATTCTAGAATGCAAGAAAAAGCAAGGACAAATTGTGATACCAGTGTTTCACAACATAGATCCTTCCCATGTGAGAAAGCAGAATGGAAGCTATGAGAAAGCGTTTGCAAAACATGAAGGAGAAGCCAAGTGCAACAAATGGAAAGCTACTCTTACCGAAGTAGCCAATTTAGCTGGGTGGGACTCTAGAAATAGGACTGAATCTGAACTTCTTAAGGACATTGTTGGAGATGTATTAAGAAAATTGACTCCTAGATATCCAAACCAACTTAAAGGACTGGTTGGAATTGAGGACAATTATGAAAAAGTAGAATCATTACTAAAGATTGGGTCAAGTGAAGTTATAACCCTTGGAATATGGGGCATGGGTGGCATAGGAAAGACTACTCTTGCTAGTGCTTTCTATGCCAAACTGTCTCATGAGTTTGAGGCTGATTGCTTCCTTGTAAATGTAAGGGAAAATGCAAAAAGGCATGGATTAGAAGCTCTAAGTCAGAAACTTTTTTCTGAGTTGTTAGAGAATGAAAATCATTGTTTTGATGCACCCTTTTTAGTGTCCCAATTTGTCATGCGTAGGCTTGGATGTAAAAAAGTTCTCATTGTTTTGGATGATGTTGCTACCTCAGAGCAGTTAGAATATCTAATTAAAGATTATGATTTGTTAGGACAAGGAAGTAGAGTCATTGTTACAACTAGAAATAAGCAAATATTTAGACAAGTTGATGAAGTATATGAGGTCAAGGAATTGAGTTTTCATAACTCTCTTCAGCTTTTCTGTTTGACTGTTTTTGAAGAAAAACAACCTACACATGGATATGAAGATCTATCAAGTCGTGCAATTTCATATTGCAAAGGGATTCCTTTGGCTTTAAAAGTTTTGGGTGCAGGTTTTCGTCGGAGAAGTAAAGAAACATGGGAAAGTGAATTGAGAAAACTCCAAAAGATCCCAAATACGGAAGTTCATGATGTATTAAAATTAAGTTATGATGCCTTAGATGATTCTCAACAGGACATCTTTTTGGACATTGCATGCTTCTTCAATGGAGAAGACAAAGAATGGGTAACAAGTCTTATGGAAGCTTGTGAATTCTTTGCAGTATCAGATATAGAAGTCCTTTTGGATAAAGCTTTCATAACAATATCCAATTTCAATAAGATAGAAATGCATGGCTTGATACAACAAATGGGTAGAGAAATTGTTCGTCATCAATCCATCAAAAGCCCTGGAAAACGAAGTCGGTTATGGAAACCTGAGGAAGTTCAAGAAGTATTGAAATATAAAAGAGGAACCGATGTTGTTGAAGGCATAAGTTTAGATTTGTGTAAATTAACCGGGGATCTAAATTTGAGCTCTAATTCCTTCGCAGAGATGATTAACTTGAGATTTCTTATAATTCATGATTCGTGCCGGACAAATCGATTTCATGTGTACTTTCCAAATGGTCTCGAATCATTATCTTCTAAATTGAGGTACCTTCGTTGGGATGAATTCCATGTTGAGTCTTTGCCATCTAGCTTTTGTGCTGAACAACTTGTAGAGCTTCGCATGCTTCGTAGCAAGGTTAAAAAGCTTTGGGATGGGGTTCAGAATCTTTTGAATTTGAAGACAATTGACCTTGATGACTCCCGAGACTTGATTGAGATCCCGGACTTATCAATGGCAGAAAATCTTGAAAAAGTGTCTCTTTTTGGTTGTGAAAGCTTGCATCAGCTCCATCCATCCATCTTATCTCTCCCCAAGCTTAGATATTTGATTTTAAGTGGCTGCAAAGAAATTGAAAGCCTTAATGTTCATTCAAAATCTCTCAATGTACTGAGACTCAGAGGTTGTTCATCTCTCAAGGAATTTTCAGTGACATCAGAGGAAATGACACATTTGGACTTATCTCAGACTGCTATACGTGCATTATTGTCGTCAATGTTATTTCTCCTGAAGCTTACATATTTGTATTTAAGTGGCTGTAGAGAGATTGAAAGCCTTAGTGTTCATATAAAATCTCTCCGTGTACTGACACTCATCGGTTGTTCATCTCTCAAGGAATTATCGGTGACATCAGAGAAATTGACAGTATTGGAGTTACCTGACACTGCTATATTTGCATTGCCAACATCAATTGGTCACTTATTATCTTTAAAAGAGTTAGACCTATGTGGAACTAATATTGAGCTTTTGCCTGCAAGCATCAAAATCCTTTCAATGCTGAAAGTGCTTTGGTTAAATGATTGTAGGAAATTGGTGTCTCTGCAGGAGCTTCCACCATCCCTGAGCGAGCTTTATTTAAATGATTGTTGTAAACTCGTGTCTCTGCCGGAGCTTCCACCATCGGTTAAAGAGGAGACCATGTCACCGACTTGTGTAGGTTTCGTACAGCAGAGAGTTCGATAACTATTCCGTCTCTTCCTAAGTCTCAATTGCGGGGTTATGTTTCTGTCATCATTCTTTCTAAGGGTCCAGTGTCAGATCATCAGTTTTCTTGTTCTATCCATCGAGATGACATATTGATAGGTGAAGTGTATGATCCTTTCAGTAACATGACATTTATATTTGCTGACATTAATGGTAATAAAGACACCATAAAAGGATGTGGGGTCTTTCCAGTATATGGGACAGAATCCGGGTTTAAGCTGGTGAGTAGTAGCAGCAACGAAATTTTTGACAATGAGTCAGAACCAAGAGCAAAAGAAGTTGGAGTTGAAAGCTGCAATAATGAAAATGAAGAAAACTGTGAACAACTTTTCAGAACCAAGAGGAGGAGAACTGCATGTGATAATCTTCCTGCCATTACTTCATCGAAAATCATGCATAACATTGTGCTGTAATTACATGTTGAGCAAGTTTTCTTTTGAAAAACTCATGAGAATATTGATGGGAAATGAGCACTACTTTGCTGGGAGAGTCAAAGCAGCACTCGTAAGTCATATCTAATTGTTTGGTCACTTCATTCAAAAATAAAAAGGGTCCATATTGTGGTATCTACTCCACAGTATGGAGATACATAAGTTATGACAAGTTGTTATTGGTAATGTATTGTTAATTCCATAGTTAGATGTTAAAGTTCAGTCACGTATGTAGCTTGGGACTTCTACTATTTTAGCTATCCAATTGTTGGAATTAATTTTGAGTTTTGTGTTATTTCATGGTAGTTCTTTACATCATGATGGTGCAACTAGCTGCAAATTTTGCTGCTACATTTCTTTCATATTAGTTATTAC

>Glyma.20g048800.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.20g048800
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>Glyma.20g048800.12 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g048800.12.p locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.16 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g048800.16.p locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.17 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g048800.17.p locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.17.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g048800.7.p locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g048800.8.p locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGTTGAACAACAAATCATCAGTGTTGTTGGTTCTTCCTCTAGCTCTTCTCTTATGGTGTCTTCTAAAAAATATGATGTTTTTCTAAGCTTTCGAGGTGAGGACACACGCATGAATTTCACAAGTCATCTTCATGAAGCTTTGAAGCAAAAGAAAGTCGAAACCTACATAGATTACCAACTTGAAAAGGGAGATGAAATCTCACCAGCACTAATCAAAGCAATTGAAGATTCTCATGTATCTATTGTCATCCTCTCAGAGAACTATGCTTCCTCAAAATGGTGCTTGGAAGAACTCAGCAAGATTCTAGAATGCAAGAAAAAGCAAGGACAAATTGTGATACCAGTGTTTCACAACATAGATCCTTCCCATGTGAGAAAGCAGAATGGAAGCTATGAGAAAGCGTTTGCAAAACATGAAGGAGAAGCCAAGTGCAACAAATGGAAAGCTACTCTTACCGAAGTAGCCAATTTAGCTGGGTGGGACTCTAGAAATAGGACTGAATCTGAACTTCTTAAGGACATTGTTGGAGATGTATTAAGAAAATTGACTCCTAGATATCCAAACCAACTTAAAGGACTGGTTGGAATTGAGGACAATTATGAAAAAGTAGAATCATTACTAAAGATTGGGTCAAGTGAAGTTATAACCCTTGGAATATGGGGCATGGGTGGCATAGGAAAGACTACTCTTGCTAGTGCTTTCTATGCCAAACTGTCTCATGAGTTTGAGGCTGATTGCTTCCTTGTAAATGTAAGGGAAAATGCAAAAAGGCATGGATTAGAAGCTCTAAGTCAGAAACTTTTTTCTGAGTTGTTAGAGAATGAAAATCATTGTTTTGATGCACCCTTTTTAGTGTCCCAATTTGTCATGCGTAGGCTTGGATGTAAAAAAGTTCTCATTGTTTTGGATGATGTTGCTACCTCAGAGCAGTTAGAATATCTAATTAAAGATTATGATTTGTTAGGACAAGGAAGTAGAGTCATTGTTACAACTAGAAATAAGCAAATATTTAGACAAGTTGATGAAGTATATGAGGTCAAGGAATTGAGTTTTCATAACTCTCTTCAGCTTTTCTGTTTGACTGTTTTTGAAGAAAAACAACCTACACATGGATATGAAGATCTATCAAGTCGTGCAATTTCATATTGCAAAGGGATTCCTTTGGCTTTAAAAGTTTTGGGTGCAGGTTTTCGTCGGAGAAGTAAAGAAACATGGGAAAGTGAATTGAGAAAACTCCAAAAGATCCCAAATACGGAAGTTCATGATGTATTAAAATTAAGTTATGATGCCTTAGATGATTCTCAACAGGACATCTTTTTGGACATTGCATGCTTCTTCAATGGAGAAGACAAAGAATGGGTAACAAGTCTTATGGAAGCTTGTGAATTCTTTGCAGTATCAGATATAGAAGTCCTTTTGGATAAAGCTTTCATAACAATATCCAATTTCAATAAGATAGAAATGCATGGCTTGATACAACAAATGGGTAGAGAAATTGTTCGTCATCAATCCATCAAAAGCCCTGGAAAACGAAGTCGGTTATGGAAACCTGAGGAAGTTCAAGAAGTATTGAAATATAAAAGAGGAACCGATGTTGTTGAAGGCATAAGTTTAGATTTGTGTAAATTAACCGGGGATCTAAATTTGAGCTCTAATTCCTTCGCAGAGATGATTAACTTGAGATTTCTTATAATTCATGATTCGTGCCGGACAAATCGATTTCATGTGTACTTTCCAAATGGTCTCGAATCATTATCTTCTAAATTGAGGTACCTTCGTTGGGATGAATTCCATGTTGAGTCTTTGCCATCTAGCTTTTGTGCTGAACAACTTGTAGAGCTTCGCATGCTTCGTAGCAAGGTTAAAAAGCTTTGGGATGGGGTTCAGAATCTTTTGAATTTGAAGACAATTGACCTTGATGACTCCCGAGACTTGATTGAGATCCCGGACTTATCAATGGCAGAAAATCTTGAAAAAGTGTCTCTTTTTGGTTGTGAAAGCTTGCATCAGCTCCATCCATCCATCTTATCTCTCCCCAAGCTTAGATATTTGATTTTAAGTGGCTGCAAAGAAATTGAAAGCCTTAATGTTCATTCAAAATCTCTCAATGTACTGAGACTCAGAGGTTGTTCATCTCTCAAGGAATTTTCAGTGACATCAGAGGAAATGACACATTTGGACTTATCTCAGACTGCTATACGTGCATTATTGTCGTCAATGTTATTTCTCCTGAAGCTTACATATTTGTATTTAAGTGGCTGTAGAGAGATTGAAAGCCTTAGTGTTCATATAAAATCTCTCCGTGTACTGACACTCATCGGTTGTTCATCTCTCAAGGAATTATCGGTGACATCAGAGAAATTGACAGTATTGGAGTTACCTGACACTGCTATATTTGCATTGCCAACATCAATTGGTCACTTATTATCTTTAAAAGAGTTAGACCTATGTGGAACTAATATTGAGCTTTTGCCTGCAAGCATCAAAATCCTTTCAATGCTGAAAGTGCTTTGGTTAAATGATTGTAGGAAATTGGTGTCTCTGCAGGAGCTTCCACCATCCCTGAGCGAGCTTTATTTAAATGATTGTTGTAAACTCGTGTCTCTGCCGGAGCTTCCACCATCGGTTAAAGAGGAGACCATGTCACCGACTTGTGTAGGTTTCGTACAGCAGAGAGTTCGATAA

>Glyma.20g048800.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.20g048800.9.p locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.20g048800
>Glyma.20g048800.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g048800.1 locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g048800.10 locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g048800.11 locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g048800.12 locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.20g048800.13.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.20g048800.13 locus=Glyma.20g048800 ID=Glyma.20g048800.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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