Report for Sequence Feature Glyma.19g175600
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm19
Start: 43561808
stop: 43569019
Source: JGI
Version: Wm82.a2.v1
High confidence: yes
A previous version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma.19g175600
Expression Patterns of Glyma.19g175600
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS .
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Gene families from PhyloGenes .
Paralogs of Glyma.19g175600
Paralog Evidence Comments
Glyma.03g174900 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.
Gene model name correspondences to Glyma.19g175600 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma19g35930 Wm82.a1.v1.1 IGC As supplied by JGI
Transcripts of Glyma.19g175600
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.19g175600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.19g175600 ID=Glyma.19g175600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.19g175600.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.19g175600 ID=Glyma.19g175600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.19g175600.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.19g175600 ID=Glyma.19g175600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.19g175600
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.19g175600.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.19g175600.1.p locus=Glyma.19g175600 ID=Glyma.19g175600.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.19g175600.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.19g175600.2.p locus=Glyma.19g175600 ID=Glyma.19g175600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.19g175600
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
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