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Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT5G38510.1 | AT | Rhomboid-related intramembrane serine protease family protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0006508 | GO-bp | proteolysis | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016020 | GO-cc | membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016021 | GO-cc | integral component of membrane | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016021 | GO-cc | integral component of membrane | JGI | N/A | IEA |
GO:0004252 | GO-mf | serine-type endopeptidase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0004252 | GO-mf | serine-type endopeptidase activity | JGI | N/A | IEA |
KOG2289 | KOG | Rhomboid family proteins | JGI | N/A | IEA |
KOG2632 | KOG | Rhomboid family proteins | JGI | N/A | IEA |
PTHR22936 | Panther | RHOMBOID-RELATED | JGI | N/A | IEA |
PF01694 | PFAM | Rhomboid family | JGI | N/A | IEA |
Glyma.19g045800 not represented in the dataset |
Glyma.19g045800 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.13g046700 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma19g06130 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.19g045800.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.19g045800 ID=Glyma.19g045800.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.19g045800.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.19g045800 ID=Glyma.19g045800.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.19g045800.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.19g045800.1 locus=Glyma.19g045800 ID=Glyma.19g045800.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MAAFPMFYKTPYKDQNLPTQNVMRQNEKRFMYECDNMKRFISSTPGQICRSSQPWNKVNNVLTKSNTKERNVPRSILHGRCSLHKNVTKLCGSDSHLSLIKECYSKTENLSRVWCSAGSSSTEKQLRSLDSYFGKLQDNAKLRTFDSSHKVIQLHHIDRQARSKTGLESLEEYLGKLNHEANQEPCVPSYVENHSEENLAPKRSLSKDIERSNFRKQNAFVDIRRLKRLHDPRSAIDSQQQVETSSLYLIGILASVNIAVFLFEIASPIRTSDLELFSIPLLYGAKINHLIMVGEWWRLVTPMFLHAGIFHMAVSCWALLTFGPQVCKGYGSFTFFLIYILGGVACNFTSFLHTSDPTVGGTGPVFAIIGAWLMYQIQNKHVIASDASENLFQKAVIMTALIFILSHFGPIDEWSHFGAAFSGMAYGFLTSPILQLNDSSSGTGQEEGLKLVRKYGDSCKSLLIFTMFIIVLSSFLFFMEPPPNALASVNAAAVDALEYMLIFG* >Glyma.19g045800.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.19g045800.10 locus=Glyma.19g045800 ID=Glyma.19g045800.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||