Report for Sequence Feature Glyma.19g001500
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm19
Start: 103399
stop: 128601
Source: JGI
Version: Wm82.a2.v1
High confidence: yes
A previous version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma.19g001500
Database ID Annotation Type Annotation Description Annotation Source Match Score Evidence Code
AT3G23590.1 AT
REF4-related 1
JGI N/A IEA
GO:0016020 GO-cc
membrane
EnsemblGenomes N/A IEA
GO:0016021 GO-cc
integral component of membrane
EnsemblGenomes N/A IEA
Proteins Associated with Glyma.19g001500
Locus Gene Symbol Protein Name
MED5-6 Mediator Complex 5 gene 6
Expression Patterns of Glyma.19g001500
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Gene families from PhyloGenes .
Paralogs of Glyma.19g001500
Paralog Evidence Comments
Glyma.05g001600 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.
Gene model name correspondences to Glyma.19g001500 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma19g00780 Wm82.a1.v1.1 IGC As supplied by JGI
Transcripts of Glyma.19g001500
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.19g001500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.19g001500 ID=Glyma.19g001500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.19g001500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.19g001500 ID=Glyma.19g001500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTGTTGCATCAGCATAAGGAAAGCGATGGGAGAAGTGTTTCAAAATATGAGCgaagaagaagaagaagaagaaggaagTGTGATGGATGGAGTTATGGAAGTAACCAAGTGGGCGCAGGAGAAGAAGACAGACCCTCTGATATGGTCGATCCAGGTCAGCTCCGCCCTGAACTCAGGCGGCGTCTCCCTCCCTTCCGTCGAGCTGGCACAGCGGCTGGTCTCCCACATCTGCTTCGAGAATCACGTGCCCATCACGTGGAAGTTCCTCGAGAAAGCCATGTCCGTCAGACTCCTCCCTCCTCTGCTCGTCCTCTCCCTCCTCTCCGCCCGCGTCGTCCCTCAGCGCCGCCTCCACCCTTCCGCCTACGCTCTCTACATGGACCTCCTCAGCCGCCACGCCTTCTCCCCTCACATCCACTTCCCCAATTACCTCAAAGTCATGGCCTCCATCCATCACTCCCTATCTCTTCCCCCCTCCAACCACCACCCTCATCCCGGCGTCGTTCTCGTTCACTTTCTCTTCTCTATCGTCTCGCAGCTTCTCCAATCTTCCTTGGACGACCAAGGATTTCTCCAACACAGCCCCGATCCCTACAACAACAACGATGCCTTGCACCGGAAAAACACTGCCATGGCCATTGAGATTATTGCGCGCTTTCTTCACCACAAACTCACTTCCAGAATCCTTGCATTGGTTCAACGAAACATGCCAGCGCATTGGGGACCTTTTCTACACCAGCTGCAGCAGCTTGCGGCAAACTCCACAGTGTTGAGGAGCTTGAAGCACGTCACTCCTGAGTCCCTTTTGCCTTTGGATTTCAATTCCACTACTGGAAATGGGATTAAGCTTCTGTCTTCTGACTGGAAAACAACACCTACGCTGGAACTCAATGCTGTCATGGCTGACTCTTGCGCAGTTCAGTCTCGTCACGATAGTTGGTCTTTGCTTTGGCTTCCTATTGATCTTATCCTTGAGGATGCAATGGATGGCAATCACGTCGCAGAAGCTAGTGCTGTTGAAGCACTCACTGGGTTGGTTAAGGCTTTGCAAGCAGTTAATGGTACTGCATGGCACAGTGCTTTTTTAGGCTTATGGATTGCAGCTCTACGGCTAGTTCAAAGGGAGAGGGATCCAGGAGAGGGGCCTGTACCTCGCCTTGATACCTGCTTGTCTATGTTATTGTGCATTACAACCCTTGTAGTTGCTAACCTTATTGAAGAAGAGGAAGGGAAACTTATTGAAGAAGCTGAACGTAGCCCTGCAAATCAAAGGATGGACAAGCAGGCTTTGGGAGAGCGTCATGGGGCATTGGTTACCAGCTTACAGCTATTGGGGGACTATGAGAATTTACTCACTCCTCCTCAATCTGTTATTTGGGGAGCCAATCAGGCTGCTGCCAAGGCTACCTTGTTTGTATCTGGACATAGTGGATACTTGGAACATACGAATGTGAATGACTTGCCCACAAACTGTTCTGGTAACTTAAGGCATCTCATTGTTGAGGCTTGTATTGCAAGACATCTGCTTGATACCTCAGCGTATTTCTGGCATGGTTATGTGAGCACACCTTTCAATCAGCTGCCTCATAGTATTCCTAACCATTTACCTAGCTGGTCATCATTGATGAAGGGATCACCACTAACTCCTCCATTGGTTAATGTCTTAGTTGCAACTCCTGCTTCTAGCTTAGCAGAGATTGAGAAAATATTTGAATTTGCAATCAATGGCTCGGATGAAGAAAAGATATCTGCTGCTACCATTCTTTGTGGGGCATCTTTAGTACGTGGTTGGAATGTGCAGGAACACATAGTTTTTTTCATCATAAATATGCTTTCACCTCCAGTTCCTCCTAAATATTCCGGGACAGAAAGTTATTTGATTAGCCATGCTCCTTTTTTGAATGTCTTTCTGGTGGGAATTTCATCTGTAGACAGTGTTCAGATATTCTCCCTACATGGCGTGGTTCCACTACTTGCAGCTGTCTTAATGCCAATATGCGAAGCTTTTGGATCATCTGTTCCTAATGTCTCATGGACTGCTGTAACTGGTGAAAAACTCACTTGTCATGCAGTGTTCTCTAATGCATTTATTCTCCTGCTGAGATTATGGCGGTTTGATCGTCCACCTGTTGAACATGTGATGGGGGGTGCAGCAACTCCAGCATTAGGATCACAATTAGGTCCTGAGTACCTTTTATTGGTTCGGAATTGTATGTTAGCAGCCTTTGGGAAATCACCAAGAGATCGAGTAAGGAGTAGAAGATTTTCAAAAATGATAAGATTTTCTCTCGAGCCTTTATTTATGGATTCCTTTCCTAAATTGAACATTTGGTATCGGCAACATCAAGAATGTATTGCATCCATCTGCAATACTCTTGCACCTGGAGGGCCAGTTTCTCAGATCGTTGAAGCACTACTTACCATGATGTGCAAGAAAATAAATCGAAGTGCTCAGTCATTGACACCTACAACTTCAGGAAGCAGCAATTCATCTCTTCCTTCATTGGATGATGCTTTGATGAAACTCAAAGTACCTGCATGGGACATCCTTGAAGCAACTCCATTTGTTCTTGATGCTGCTCTCACTGCTTGTGCTCATGGAAGTCTCTCTCCCCGTGAATTGGCTACAGATGGGAATGCTCCAGCTACACTTCCTTTGCCATTGGCGGCTCTTTTGAGTCTCACAATAACATATAAACTGGATAAATCTTGTGAGCGCTTTGTTATTTTGGCTGGCCCATCTTTGATTGCCCTTTCTTCTGGTTGCCCCTGGCCATGCATGCCCATTGTAGGTGCTTTGTGGGCTCAGAAGGTGAAGCGCTGGAGTGACTTTTTTGTATTCTCTGCTTCTGCAACTGTATTCCACCACAGCAGGGATGCCGTAGTTCAGCTTTTAAGAAGTTGCTTCGCCTCCACCCTTGGGCTTGGTTCTGCCTGCATTTATAACAATGGTGGTGTTGGCACCCTCCTTGGTCATGGCTTTGGTTCTCACTACTCTGGAGGGTTCACTCCGGTTGCTCCTGGGTTTCTCTACTTAAGAGTTTACAGGTCTATTAGAGATGTCATGTTCTTGACAGATGAAATTGTATCTCTTTTAATGCTTTCAGTTAGAGATATAGCAAATGGTGGGTTGCCCAAGGGTGAAGTGGAGAAGCTAAAGAAGACTAAGTATGGAATAAGATACGGACAGGTTTCTCTTGCTGCATCGATGACTCGCGTTAAGCACGCCGCTCTTCTTGGGGCTTCGATTCTTTGGATATCTGGTGGTTCAGGTTTGGTTCAATCTTTGATTACAGAAACTCTGCCTTCATGGTTTTTATCAGCCCAAGGGTTAGAGCAGGAAGGGGGAGAATCTGGAGTTGTGGTTGCTATGCTGAGAGGTTATGCACTTGCATGTTTTGCGGTACTTGGTGGGACTTTTGCCTGGGGTATCGACTCTTTGTCACCAGCATCAAAACGACGACCAAAGGTCCTTGAGATTCATTTAGAATTTCTTGCAAATGCACTAGATAGAAAAATATCTCTTCGCTGTGATTGTGCTACTTGGCGTGCATATGTGTCTGGGGTTATGAGCTTGATGGTGAGTTGCACGCCACTGTGGATTCAGGAACTTGATGTGGGTATATTGAAGAGAATGAGCAGCGGATTAAGACAGTTGAACGAAGAAGACTTGGCTCTGCGCCTATTAGAAATTAGAGGGACAAGCGTCATGGGTGAGGCAGCTGAAATGATCTGCCAAACTAGATTATAACCGAGCAGAACTTGGGAGCATGGTGCATATGTGATGATACCAAAGACCTTATGAAAAATGACATGACTTATTTTGCTACCTGCTACCATTTCTGTACATAGCAATGTAAATTTCATAATTTTGTATTACCCGTTGAATTCAGATCAGTTACGTTTAGGTAATAGTATAAACCTTTGATCATAATAAGTATTATAGCATTAGCAGATATTGTCTCCATGTGTACTTGTAGCGTTAACAGATTTCATCGTGGGTCATATGAGGATTTTGTTTTAATATTTTTTTCCTTC
Coding sequences of Glyma.19g001500
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.19g001500.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.19g001500.1.p locus=Glyma.19g001500 ID=Glyma.19g001500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGGAGAAGTGTTTCAAAATATGAGCGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAAGTGTGATGGATGGAGTTATGGAAGTAACCAAGTGGGCGCAGGAGAAGAAGACAGACCCTCTGATATGGTCGATCCAGGTCAGCTCCGCCCTGAACTCAGGCGGCGTCTCCCTCCCTTCCGTCGAGCTGGCACAGCGGCTGGTCTCCCACATCTGCTTCGAGAATCACGTGCCCATCACGTGGAAGTTCCTCGAGAAAGCCATGTCCGTCAGACTCCTCCCTCCTCTGCTCGTCCTCTCCCTCCTCTCCGCCCGCGTCGTCCCTCAGCGCCGCCTCCACCCTTCCGCCTACGCTCTCTACATGGACCTCCTCAGCCGCCACGCCTTCTCCCCTCACATCCACTTCCCCAATTACCTCAAAGTCATGGCCTCCATCCATCACTCCCTATCTCTTCCCCCCTCCAACCACCACCCTCATCCCGGCGTCGTTCTCGTTCACTTTCTCTTCTCTATCGTCTCGCAGCTTCTCCAATCTTCCTTGGACGACCAAGGATTTCTCCAACACAGCCCCGATCCCTACAACAACAACGATGCCTTGCACCGGAAAAACACTGCCATGGCCATTGAGATTATTGCGCGCTTTCTTCACCACAAACTCACTTCCAGAATCCTTGCATTGGTTCAACGAAACATGCCAGCGCATTGGGGACCTTTTCTACACCAGCTGCAGCAGCTTGCGGCAAACTCCACAGTGTTGAGGAGCTTGAAGCACGTCACTCCTGAGTCCCTTTTGCCTTTGGATTTCAATTCCACTACTGGAAATGGGATTAAGCTTCTGTCTTCTGACTGGAAAACAACACCTACGCTGGAACTCAATGCTGTCATGGCTGACTCTTGCGCAGTTCAGTCTCGTCACGATAGTTGGTCTTTGCTTTGGCTTCCTATTGATCTTATCCTTGAGGATGCAATGGATGGCAATCACGTCGCAGAAGCTAGTGCTGTTGAAGCACTCACTGGGTTGGTTAAGGCTTTGCAAGCAGTTAATGGTACTGCATGGCACAGTGCTTTTTTAGGCTTATGGATTGCAGCTCTACGGCTAGTTCAAAGGGAGAGGGATCCAGGAGAGGGGCCTGTACCTCGCCTTGATACCTGCTTGTCTATGTTATTGTGCATTACAACCCTTGTAGTTGCTAACCTTATTGAAGAAGAGGAAGGGAAACTTATTGAAGAAGCTGAACGTAGCCCTGCAAATCAAAGGATGGACAAGCAGGCTTTGGGAGAGCGTCATGGGGCATTGGTTACCAGCTTACAGCTATTGGGGGACTATGAGAATTTACTCACTCCTCCTCAATCTGTTATTTGGGGAGCCAATCAGGCTGCTGCCAAGGCTACCTTGTTTGTATCTGGACATAGTGGATACTTGGAACATACGAATGTGAATGACTTGCCCACAAACTGTTCTGGTAACTTAAGGCATCTCATTGTTGAGGCTTGTATTGCAAGACATCTGCTTGATACCTCAGCGTATTTCTGGCATGGTTATGTGAGCACACCTTTCAATCAGCTGCCTCATAGTATTCCTAACCATTTACCTAGCTGGTCATCATTGATGAAGGGATCACCACTAACTCCTCCATTGGTTAATGTCTTAGTTGCAACTCCTGCTTCTAGCTTAGCAGAGATTGAGAAAATATTTGAATTTGCAATCAATGGCTCGGATGAAGAAAAGATATCTGCTGCTACCATTCTTTGTGGGGCATCTTTAGTACGTGGTTGGAATGTGCAGGAACACATAGTTTTTTTCATCATAAATATGCTTTCACCTCCAGTTCCTCCTAAATATTCCGGGACAGAAAGTTATTTGATTAGCCATGCTCCTTTTTTGAATGTCTTTCTGGTGGGAATTTCATCTGTAGACAGTGTTCAGATATTCTCCCTACATGGCGTGGTTCCACTACTTGCAGCTGTCTTAATGCCAATATGCGAAGCTTTTGGATCATCTGTTCCTAATGTCTCATGGACTGCTGTAACTGGTGAAAAACTCACTTGTCATGCAGTGTTCTCTAATGCATTTATTCTCCTGCTGAGATTATGGCGGTTTGATCGTCCACCTGTTGAACATGTGATGGGGGGTGCAGCAACTCCAGCATTAGGATCACAATTAGGTCCTGAGTACCTTTTATTGGTTCGGAATTGTATGTTAGCAGCCTTTGGGAAATCACCAAGAGATCGAGTAAGGAGTAGAAGATTTTCAAAAATGATAAGATTTTCTCTCGAGCCTTTATTTATGGATTCCTTTCCTAAATTGAACATTTGGTATCGGCAACATCAAGAATGTATTGCATCCATCTGCAATACTCTTGCACCTGGAGGGCCAGTTTCTCAGATCGTTGAAGCACTACTTACCATGATGTGCAAGAAAATAAATCGAAGTGCTCAGTCATTGACACCTACAACTTCAGGAAGCAGCAATTCATCTCTTCCTTCATTGGATGATGCTTTGATGAAACTCAAAGTACCTGCATGGGACATCCTTGAAGCAACTCCATTTGTTCTTGATGCTGCTCTCACTGCTTGTGCTCATGGAAGTCTCTCTCCCCGTGAATTGGCTACAGGTCTCAAAGATCTTGCTGATTTTCTTCCGGCAACTTTGGGTACCATTGTAAGCTACTTATCATCTGAAGTAACACGTTGCATATGGAAGCCTGCTTTTATGAATGGAACTGATTGGCCTAGCCCTGCTGCAAATTTATCTATTGTTGAGCAACAAATCAAGAAAATTCTAGCGGCCACAGGTGTTGATGTTCCTAGCCTCGCTATAGATGGGAATGCTCCAGCTACACTTCCTTTGCCATTGGCGGCTCTTTTGAGTCTCACAATAACATATAAACTGGATAAATCTTGTGAGCGCTTTGTTATTTTGGCTGGCCCATCTTTGATTGCCCTTTCTTCTGGTTGCCCCTGGCCATGCATGCCCATTGTAGGTGCTTTGTGGGCTCAGAAGGTGAAGCGCTGGAGTGACTTTTTTGTATTCTCTGCTTCTGCAACTGTATTCCACCACAGCAGGGATGCCGTAGTTCAGCTTTTAAGAAGTTGCTTCGCCTCCACCCTTGGGCTTGGTTCTGCCTGCATTTATAACAATGGTGGTGTTGGCACCCTCCTTGGTCATGGCTTTGGTTCTCACTACTCTGGAGGGTTCACTCCGGTTGCTCCTGGGTTTCTCTACTTAAGAGTTTACAGGTCTATTAGAGATGTCATGTTCTTGACAGATGAAATTGTATCTCTTTTAATGCTTTCAGTTAGAGATATAGCAAATGGTGGGTTGCCCAAGGGTGAAGTGGAGAAGCTAAAGAAGACTAAGTATGGAATAAGATACGGACAGGTTTCTCTTGCTGCATCGATGACTCGCGTTAAGCACGCCGCTCTTCTTGGGGCTTCGATTCTTTGGATATCTGGTGGTTCAGGTTTGGTTCAATCTTTGATTACAGAAACTCTGCCTTCATGGTTTTTATCAGCCCAAGGGTTAGAGCAGGAAGGGGGAGAATCTGGAGTTGTGGTTGCTATGCTGAGAGGTTATGCACTTGCATGTTTTGCGGTACTTGGTGGGACTTTTGCCTGGGGTATCGACTCTTTGTCACCAGCATCAAAACGACGACCAAAGGTCCTTGAGATTCATTTAGAATTTCTTGCAAATGCACTAGATAGAAAAATATCTCTTCGCTGTGATTGTGCTACTTGGCGTGCATATGTGTCTGGGGTTATGAGCTTGATGGTGAGTTGCACGCCACTGTGGATTCAGGAACTTGATGTGGGTATATTGAAGAGAATGAGCAGCGGATTAAGACAGTTGAACGAAGAAGACTTGGCTCTGCGCCTATTAGAAATTAGAGGGACAAGCGTCATGGGTGAGGCAGCTGAAATGATCTGCCAAACTAGATTATAA
>Glyma.19g001500.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.19g001500.2.p locus=Glyma.19g001500 ID=Glyma.19g001500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.19g001500.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.19g001500.3.p locus=Glyma.19g001500 ID=Glyma.19g001500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.19g001500
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
>Glyma.19g001500.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.19g001500.1 locus=Glyma.19g001500 ID=Glyma.19g001500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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