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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research



Report for Sequence Feature Glyma.18g235400

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm18
Start:52387220
stop:52397334
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT2G46060.1AT transmembrane protein-related JGI N/AIEA
GO:0005886GO-cc plasma membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
PTHR14319Panther FIVE-SPAN TRANSMEMBRANE PROTEIN M83 JGI N/AIEA
PTHR14319:SF3Panther SUBFAMILY NOT NAMED JGI N/AIEA
PF12036PFAM Protein of unknown function (DUF3522) JGI N/AIEA

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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ParalogEvidenceComments
Glyma.09g257000 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma18g47000 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


>Glyma.18g235400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g235400.1.p locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGGTTTCAATTTGATTCTGTGGTGTCATCATCCTAATCTGGTTCTCAGTGTTTTGGTGCTCTTTTCCTGTTCCTTTTGCCTTTTCTCTGCAAATGATGAAGTGGGCACTGGTGAAGGTGAAACCTTTACTGTTTCAAGCTTCAGATACCCTGCGACTAGGCTCAGGCCCTTTGATTTGCGCTATATCAGAGTTGACTTGCCGCCATGGTTTTCTGCACTGTCTATAGCATTGAACTCAGATGTAGACCTTGATGTCTCAAGAATTGAAAGGGTTCCAATGAGCACATTGCCAATAATATGCTTTAGAGATGGAAGTCCTCCACTGCCAGATGCCTTAAATACATCTCTGAAGGATTCAGCCACCTCTGGTATAAATGATCTAGATGTGGAGCGGTGCTTTCCTATGCAGAAAAATATCACTATGAAACTGACAAACAATCAGATATCTCCAGGTGTTTGGTACATTGGTCTTTTCAATGGCATTGGACCTACAAGGACGCAGTCAAAGATGATTATCCGTGGTCCATCATTTTCCTTCATTGCTAATATAAGTGTGGAAGCATGCACAAATTCAATGATGAGGGGGGATTTCTGTAACAGTTCAGTTTATCCACTTTCATGTGCAGAATCTGATGTCTCTAATGCTTTGGAAGCTAAAATGAACAAGTCAATGTTGGAAAGTTTGGTGACCTGCAAAAGTAATTTTGAAGCTTTTTGTGTTCATGAAGGCATGCCAAACTTCTTCTCCCTGGATATTATGAATGTGGCAGAAGAAATTATCATTACGGCAGCAAATATCAGATTCAATGTTAGTCGATCAAATGATATTAGTTTAATGTGTTTTGTCCGCCATGGTGCAATGCCTTCTGTGACTTCGAATGATTATAACATTAATATTGCTAAAGGCCCACTGGTTATTCATTCACCATTAATTGGCCGTTGGTACATTAGTATAGTGCCAGTCAATCTTACAAAGACTCAGGATAACAGTGTAAGAGTTTGCTATTCAGTGGAATCTCAAGTGCTTCAATGCCCACTTGGGAAAGCTGGACCAAATTGTACAATGGATAGCTACTTGCTTCAGACATTTGTAAGGAGAGGTTCAACCCCCTTTGAGTCATATTATTTACCAGTTGTTGGAGGAGCATCGTATGATTCTGCCAATTTCCCTCTCGAGCCACTTTTAGACGACTCATCATACAGTGGAGAACCTGATAACATTTGGACTTACTTTCTTCTGAACATTCCTCGTGGTGCAGCTGGAGGAAATATTCACATACAGCTATCCTCAGATATGAAGATCAGTTATGAAGTGTATGCTAGATTTGGTGGATTACCATCTCTTGATAGCTGGGACTATTATTATGCTAACAAGACAAGGAGGAGTGATCCATCTATGTTTTTCACACTATATGACTCAAGTGATAACAAAGTTAATTTTTATATTATGTATGCTAGAGAAGGAACTTGGGGTATTGGTCTAAGACATCTTAATACCAGCAGTGATTCCATGAAAGGGCTTACTATCATGTCTATTTCACTTGAGCGATGCCCAAAACGATGCTCCTCTCATGGAGAATGTAAATTTTCTTTTGATGCTAGTGGATTGACATCGTACAGCTTCTGCTCTTGTGATCGAAACCATGGAGGCTTCGACTGTAGCATTGAGATTGTAACACATCAAGGACATGTACGGCAATCAATTTTTCTCATTGTATCAAATGCTGCAGCCATACTTCCTGCCTACTGGGCCCTTCGGAAGAAGGCATTAGCAGAATGGGTTTTATACACATCCAGTGGGATTTCAAGTGGACTATATCATGCGTGTGATGTAGGAACCTGGTGTGCATTGAACTATAATGTCTTACAGTTCATGGACTTCTGGCTCTCTTTCATGGCTGTGATTAGCACTTTCCTTTATCTAGCTACCATTGATGAAGTACTTAAGAGAGCAATCCACACAGCTGTTGCTATCCTTACTGCCCTAATGGCTGCAACAAAAGCAACCAGGTCTTCCAATGTTATTCTTGTAATTGTGATTGGTGCTCTTGGTTTGTTTATTGGATGGTTGATAGAAATCTCAACAAAGTATAGGTCCCTTTCCTTTTCAATTGGAATCTCATTTAATTTCTCTCACTGTTTCCAAACTATAAAGCAGTGGCTCTATAATCTTGTCAAGACACTTTTGAGACGGTACCACTGGGCATTTGCCTTGGCTGGTTTTCTTGCATTGGCCATGGCAGCAATAAGCTGGACACTTGAAACCAGTGAAACCTACTGGTTTTGGCATAGCATTTGGCATATTACAATATACACATCTTCTTTCTTCTTCCTTTGTTCAAAAGCAAATATTGAGGATACTGAGAATCAGCTTCCTACAAATGGAAACTATGAATTGACTCATCAGGATTCACTTCCAAGAACTGGTTAG

>Glyma.18g235400.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g235400.2.p locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g235400.3.p locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g235400.4.p locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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