Report for Sequence Feature Glyma.18g235400
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm18
Start: 52387220
stop: 52397334
Source: JGI
Version: Wm82.a2.v1
High confidence: yes
A previous version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma.18g235400
Expression Patterns of Glyma.18g235400
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS .
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Related Plant Genes
Gene families from PhyloGenes .
Paralogs of Glyma.18g235400
Paralog Evidence Comments
Glyma.09g257000 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.
Gene model name correspondences to Glyma.18g235400 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma18g47000 Wm82.a1.v1.1 IGC As supplied by JGI
Transcripts of Glyma.18g235400
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.18g235400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.18g235400
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.18g235400.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g235400.1.p locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g235400.2.p locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g235400.3.p locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g235400.4.p locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGGTTTCAATTTGATTCTGTGGTGTCATCATCCTAATCTGGTTCTCAGTGTTTTGGTGCTCTTTTCCTGTTCCTTTTGCCTTTTCTCTGCAAATGATGAAGTGGGCACTGGTGAAGGTGAAACCTTTACTGTTTCAAGCTTCAGATACCCTGCGACTAGGCTCAGGCCCTTTGATTTGCGCTATATCAGAGTTGACTTGCCGCCATGGTTTTCTGCACTGTCTATAGCATTGAACTCAGATGTAGACCTTGATGTCTCAAGAATTGAAAGGGTTCCAATGAGCACATTGCCAATAATATGCTTTAGAGATGGAAGTCCTCCACTGCCAGATGCCTTAAATACATCTCTGAAGGATTCAGCCACCTCTGGTATAAATGATCTAGATGTGGAGCGGTGCTTTCCTATGCAGAAAAATATCACTATGAAACTGACAAACAATCAGATATCTCCAGGTGTTTGGTACATTGGTCTTTTCAATGGCATTGGACCTACAAGGACGCAGTCAAAGATGATTATCCGTGGTCCATCATTTTCCTTCATTGCTAATATAAGTGTGGAAGCATGCACAAATTCAATGATGAGGGGGGATTTCTGTAACAGTTCAGTTTATCCACTTTCATGTGCAGAATCTGATGTCTCTAATGCTTTGGAAGCTAAAATGAACAAGTCAATGTTGGAAAGTTTGGTGACCTGCAAAAGTAATTTTGAAGCTTTTTGTGTTCATGAAGGCATGCCAAACTTCTTCTCCCTGGATATTATGAATGTGGCAGAAGAAATTATCATTACGGCAGCAAATATCAGATTCAATGTTAGTCGATCAAATGATATTAGTTTAATGTGTTTTGTCCGCCATGGTGCAATGCCTTCTGTGACTTCGAATGATTATAACATTAATATTGCTAAAGGCCCACTGGTTATTCATTCACCATTAATTGGCCGTTGGTACATTAGTATAGTGCCAGTCAATCTTACAAAGACTCAGGATAACAGTGTAAGAGTTTGCTATTCAGTGGAATCTCAAGTGCTTCAATGCCCACTTGGGAAAGCTGGACCAAATTGTACAATGGATAGCTACTTGCTTCAGACATTTGTAAGGAGAGGTTCAACCCCCTTTGAGTCATATTATTTACCAGTTGTTGGAGGAGCATCGTATGATTCTGCCAATTTCCCTCTCGAGCCACTTTTAGACGACTCATCATACAGTGGAGAACCTGATAACATTTGGACTTACTTTCTTCTGAACATTCCTCGTGGTGCAGCTGGAGGAAATATTCACATACAGCTATCCTCAGATATGAAGATCAGTTATGAAGTGTATGCTAGATTTGGTGGATTACCATCTCTTGATAGCTGGGACTATTATTATGCTAACAAGACAAGGAGGAGTGATCCATCTATGTTTTTCACACTATATGACTCAAGTGATAACAAAGTTAATTTTTATATTATGTATGCTAGAGAAGGAACTTGGGGTATTGGTCTAAGACATCTTAATACCAGCAGTGATTCCATGAAAGGGCTTACTATCATGTCTATTTCACTTGAGCGATGCCCAAAACGATGCTCCTCTCATGGAGAATGTAAATTTTCTTTTGATGCTAGTGGATTGACATCGTACAGCTTCTGCTCTTGTGATCGAAACCATGGAGGCTTCGACTGTAGCATTGAGATTGTAACACATCAAGGACATGTACGGCAATCAATTTTTCTCATTGTATCAAATGCTGCAGCCATACTTCCTGCCTACTGGGCCCTTCGGAAGAAGGCATTAGCAGAATGGGTTTTATACACATCCAGTGGGATTTCAAGTGGACTATATCATGCGTGTGATGTAGGAACCTGGTGTGCATTGAACTATAATGTCTTACAGTTCATGGACTTCTGGCTCTCTTTCATGGCTGTGATTAGCACTTTCCTTTATCTAGCTACCATTGATGAAGTACTTAAGAGAGCAATCCACACAGCTGTTGCTATCCTTACTGCCCTAATGGCTGCAACAAAAGCAACCAGGTCTTCCAATGTTATTCTTGTAATTGTGATTGGTGCTCTTGGTTTGTTTATTGGATGGTTGATAGAAATCTCAACAAAGTATAGGTCCCTTTCCTTTTCAATTGGAATCTCATTTAATTTCTCTCACTGTAATGAACTTTAA
Predicted protein sequences of Glyma.18g235400
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
>Glyma.18g235400.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g235400.1 locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g235400.2 locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g235400.3 locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g235400.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g235400.4 locus=Glyma.18g235400 ID=Glyma.18g235400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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