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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research
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A previous version of this gene model can be found here:
| Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
|---|---|---|---|---|---|
| AT2G45540.1 | AT | WD-40 repeat family protein / beige-related | JGI | N/A | IEA |
| GO:0012505 | GO-cc | endomembrane system | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0005515 | GO-mf | protein binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0005515 | GO-mf | protein binding | JGI | N/A | IEA |
| KOG1787 | KOG | Kinase A-anchor protein Neurobeachin and related BEACH and WD40 repeat proteins | JGI | N/A | IEA |
| PTHR13743 | Panther | BEIGE/BEACH-RELATED | JGI | N/A | IEA |
| PTHR13743:SF19 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
| PTHR13743:SF59 | Panther | NEUROBEACHIN-LIKE PROTEIN 1 | JGI | N/A | IEA |
| PF00400 | PFAM | WD domain, G-beta repeat | JGI | N/A | IEA |
| PF02138 | PFAM | Beige/BEACH domain | JGI | N/A | IEA |
|
Glyma.18g223300 not represented in the dataset |
Glyma.18g223300 not represented in the dataset |
| Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
| Paralog | Evidence | Comments |
|---|---|---|
| Glyma.09g267100 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
| Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
|---|---|---|---|
| Glyma18g45582 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.18g223300.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g223300 ID=Glyma.18g223300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.18g223300.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g223300 ID=Glyma.18g223300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.18g223300.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g223300.1 locus=Glyma.18g223300 ID=Glyma.18g223300.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.18g223300.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g223300.3 locus=Glyma.18g223300 ID=Glyma.18g223300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.18g223300.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g223300.4 locus=Glyma.18g223300 ID=Glyma.18g223300.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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| Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||
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