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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.18g195200

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm18
Start:46928352
stop:46940065
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.18g195200
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G74170.1AT receptor like protein 13 JGI N/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
KOG0472 KOG Leucine-rich repeat protein JGI N/AIEA
PTHR24420Panther LEUCINE-RICH REPEAT RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE JGI N/AIEA
PTHR24420:SF473Panther JGI N/AIEA
PF00560PFAM Leucine Rich Repeat JGI N/AIEA
PF08263PFAM Leucine rich repeat N-terminal domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.18g195200
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.18g195200 not represented in the dataset
Glyma.18g195200 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.18g195200
ParalogEvidenceComments
Glyma.07g143500 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.18g195200 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma18g42204 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.18g195200
>Glyma.18g195200.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.18g195200
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>Glyma.18g195200.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.18g195200.2.p locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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ATGATTATGAATAGGAAAATGAAGAGTACTGTAGGCGTGTGTTTGTTGTTTTTGGTTTTGTTGGAGGCGATGTGCTGTGAAGGGTGTTGGAAGGAAGAGAGAGATGCTCTTTTGGTCCTAAATTCCCGTTTTGACTTCCCTCTCTCTTGGGACGGCCCAGACTGTTGTCAATGGGAAGGAGTGGAGTGCAACTCCACCACTGGGAGAGTGGCCGGACTCGATTTGCAGTTGCGGTGGTCGTTTCCGCCTTCCAATGGCAACAAACTATATATTAATTACTCAGATTTTGTTGTCTTCAAAGATTTGAAGAAGCTGGACTTGTCATTGAATGGCATATCCGGTTGTGTAGGGAATGAAGCGCGGCTGGAAAGTCTGGAAGTCCTTGACATAAGTAGAAACTATTTGGATGATGCTGGCATTCTATCTTGTTTGGATGGGCTTTCATCTCTTAAGTCTCTATATTTAAGAGATATCGGGTTGAATACATCTTCATTCCACGTTTTTGAAACTCTATCTTCAAAGTTGCGTTATCTGGAAGTCCTTGACGTAAGTGGCAACTATTTGGATGATGCTGGCATTCTATCTTGTTTGGATGGGCTTTCATCTCTTAAGTCTCTATATTTAGCAGATAACAAGTTGAATACATCTTCATTCCACGTTTTTGAAACTCTATCTTCAAAGTTGCGTAATCTGGAGGTCCTTGACATAAGTTTCAACTATTTGACTAATGACATCCTGCCATCCCTCGGGGGATTTACATCTTTGAAAAGGCTGTATTTGGCTGGAATTCATTTGGACTCAGATCTTCATTTCCAAGAGAACGGTGGATTTACGTGGCCAACCGGTTTACAAGAACTTGATCTGCGGGAAAACAGATTAAATAACAAGTTTCTTCCATCATTAAATGGGTTAGAATGTCTCAAATATCTTGGTTTAAGATGGAATCAGTTAGAAGGATCGCTGAATATAAGCGGGAACGGTGGATTTACGTGGCCAACCGGTTTACAAGCCCTTGATCTGCGGGAAAACAGATTAAATAACAAGTTTCTTCCATCATTAAATGGGTTAGAATGTCTCAAATATCTTGGTTTAAGCAGCAATCAGTTAGAAGGATCGCTGAATATAAGCGGATTATCCGGTTTGACTAGCTTGGAGATTCTTAATCTAAGTTATAATAATATTAGTGATTTTGTGGTCCATCAAGGCTTAAAAAGTCTACGCAGATTGGATGCTCTTCATTTATATGGGAATATGATAGATGGAAGCAAGCTAAGAAAGTCGTTGCGAGCTTTTTCATCTGTTAGGATGCTTTCAATGGGAGAAAATGAATTTAAAGGAACAATTGTTGCTGGAGATTTTCAGGATTTAAGTAACCTAGAAGAGTTGACAATGGACCTCAGTAATAACATGGAGAATGAGTTTTTCAAAAGTATTGGGAAATTGACATCTTTAAAAGTTCTGTCTCTTTATCATTGTAATATAAATGGCACCCTTCCTCATGCGGATTGGTCTAAGCTAAAGAAGTTAGAGTTGTTAGATCTATCCGGCAACAAATTTGAGGGACCACTTCCTTCGTCTTTTGTTAACATGACGTCTCTCCAGAAGTTGGAAATTTCTTATAATCACTTCATTGGAAATTTCGATTCTAACATTGCAAGCCTTACATCACTTGAATATTTTGGTTTTATAGAAAACCAATTTGAAGTTCCTGTTTCTTTCACACCATTTGCCAATCATTCAAAGATCAAGTTCATCCATGGTGAAGGAAACAAAGTCTCATTGGACTCACAACATAGTTTTCCAACTTGGATTCCAAAATTTCAGTTACAAGAGCTTATTGTGTCTTCGACAACTAAAACTATGTTTCTTCCACTCCCAAATTTTCTCCTTTACCAAAATAGTTTAATCACACTAGATTTCAGTAGTTGGAAGTTGGAAGGAGACTTTCCTCATTGGTTGTTGGAAAACAACACAAAAATGACCCATGTTCTGTTTAGAAATTGCTCTTTCACTGGTACTTTCCAGCTACCCATGCGTCCCCTTCCTAACATATGGGAAATTGATGTTTCTGACAATATCATAGTTGGCCAAATCCCTAGCAACAATTTCAGTTCAATTTATCCAAATTTGCATTTTCTTAACTTGTCTAGAAACAACATCCAAGGTTCAATCCCTCATGAGTTAGGCCAAATGAACTCATTATATTCATTGGATCTTTCTGGCAATCAATTGTCTGGAGAGATACCAAAGGACATATTTGGAGTTGGTCACCAACTCAGGTTCTTGAAACTATCAAACAATAAGCTTGAGGGACCTATTTTGAATATCCCTAATGGTTTGGAGACCTTGTTATTGAACCATAATAGATTTACCGGTAGACTCCCAAGCAACATTTTTAACGCATCCATCATTTCATTGGATGTAAAGAATAATCATTTGGTGGGAAAGATTCCAAGCCTTATAAAAAACTTGTCAGGATTGTACGAAATTTGTTTGTCTAATAACCATTTTGAAGGATCCATTCCATTAGAACTTGGAGAACTTGAAGATTTAACTTCTGTAGATCTCTCCCAAAATAATTTTATTGGTCTTGTTCCATCATTTGCAAATTCTTCCGTGGCATTTATCCATTTGAACAACAATCGTTTAAGTGGATTGCCCAAAAGAATGTTCCATGGAAAATCTTCTTTAGTGATGTTAGACCTTAGCTACAATGAAATATCTAACAACCTTCAAGATCTGATACATAACCTTAGTTATAAAAGGTTAAATTTTCTCCTTTTAAAAGGTAATCACTTTATGGGGGATATACCAAAGCAGATATGCCAGTTGATAGATTTAAACATGCTAGACCTTTCTCATAACAATTTTTCTGGTGTTATCCCCAAATGCTTAGGTAAAATGCCTTTTGAGAATAAGTACCTGAAGAGCTTGTTAGCAAGATTTTCTACCTTTGATCCAGATCCCAATAACCTTGCCCAATCTCCGGACCTTGCCCAATCTCCAACACCGGTATCGGGACCAACTCTAAATTTGCAAGAGAAAGCAAATTTCACTACAAAGGAAAGAACTGACACTTACATCGGGAGAGTCCTTTTTTATATGTCTGGAATTGACTTATCTCACAATAAACTGAAGGGAAATATCCCATTTGAGCTTGGATACTTGACAAAAATTCGAGCATTGAACTTATCCCACAATGATTTAACTGGGAAAATTCCAGTTACATTCTCCTTGTTGGCACAAACAGAGAGTTTGGATCTTTCTTTTAACATGTTAAACAGTCAAATTCCTCCTCAACTGAGCATGTTAACATCACTTGAAGTATTTAGTGTGGCACACAATAACTTATCAGGTCCAACACCTGATTTTAAAGGACAATTTTCCACATTTGATGAAAGCAGCTATGAGGGTAATCCGTTCCTTTGTGGTCCTCCACTGCCAAAGAGTTGCAATCCTCCACCTACTATTATACCAAATGACTCAAACACTGATGGAGACAATGATAGTTTGTTGGATATGTATGTTTTCTGTGTGAGCTTTGCCGTGTCATACATATCAACATTGTTGGTAACTGCAGCAGCTTTATACATCAATCCTTACTGGAGGCAGGCATGGTTTTACTACATGGAATTGGTGAGCATGAATTGCTACTACTTTATCAAGGATAATCTGAGCAAGGTTTTCAAAATTGGAAATATGTAA
Predicted protein sequences of Glyma.18g195200
>Glyma.18g195200.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.1 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.10 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.2 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.3 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.4 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.5 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.6 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.7.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.7 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.8.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.8 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.18g195200.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.18g195200.9 locus=Glyma.18g195200 ID=Glyma.18g195200.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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