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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.17g244600

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm17
Start:39989830
stop:40000873
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.17g244600
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT4G11800.1AT Calcineurin-like metallo-phosphoesterase superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0016020GO-cc membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016021GO-cc integral component of membrane EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016787GO-mf hydrolase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016787GO-mf hydrolase activity JGI N/AIEA
PF00149PFAM Calcineurin-like phosphoesterase JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.17g244600
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.17g244600
ParalogEvidenceComments
Glyma.14g080800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.17g244600 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma17g36310 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.17g244600
>Glyma.17g244600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GAAGGTGCAATAAACGGTTTTTATAAAGAAAGAATATGCCGTTGTTATGTTCCTCGCAGACATTCTGAGATGGAAAGTGGGTCTGAGTGTTAAGTTTCCTTCTCTTCCTCTTCTTTATATCGCACGCACTTCTCATGTGAGTGATATTTTTTCTTTCTCTCACGATACCAGGATTCTGCTAGTGCTGCTCTCTATGGTTTTCTGGAGCTCCTAAAGTGAACTTCATTGCCAGAAATTTGATACATTATATTAGATTTTTTTTAATTGGAATGGGCTCTAGTAAGCAGTCTGCTGGTATTCTTGATACGCTGAAAATGGAGAGGGTTAGAACTATTCTAACCCACACTTATCCTTACCCTCACGAACATTCCCGCCATGCTGTAATTGCTGTTGTTGTGGGTTGCCTCTTTTTCATCTCATCTGACAATATACATACCCTTGTAGAAAAATTAGACAAAAATGTTAAATGGTGGTCTATGTATGCCTGCTTGTTTGGGTTCTTTTATTTCTTTTCATCACCATTTATAGGAAAGACTTTCAAACCAAGCTATTCAAATTTCAGTCGATGGTACATAGCTTGGATTTTAGTGGCAGCTGTGTATCATCTTCCTAGCTTTCAGTCAATGGGAGTGGATATGAGGATGAatctatctttatttttgactatatatctatcttccatcttgtttcttctTGTTTTTCACATCATATTTCTTGGTCTCTGGTATATCGGCTTTGTTTCACGTGTGGCGGGAAAGAGACCAGAAATCTTGACCATTCTTCAAAACTGTGCGGTACTTAGCGTGGCATGCTGTGTATTTTATAGTCATTGTGGTAACCGTGCCATGTTAAGAGAGAGACCACTTGACCGAAGAAATTCTAACTGGTTTTCTTTCTGGAAAAAAGAGGAGAGGAACACATGGCTTGCAAAGTTTCTTCGGATGAACGAATTGAAAGACCAGGTTTGCTCATCTTGGTTTGCACCAGTTGGATCTGCAAGTGATTATCCTCTCTTGTCGAAGTGGGTTATTTATGGCGAGATAGCTTGCAATGGATCATGTCCTGGTTCATCAGATGAAATTTCTCCCATCTACTCACTTTGGGCTACATTTATTGGGCTTTACATTGCAAATTATGTGGTGGAGAGGTCAACAGGATGGGCTCTCACTCACCCATTATCTGTTAAAGAATATGAGAAGTTGAAGAAGAAACAAATGAAGCCTGATTTTTTAGACATGGTTCCTTGGTACTCTGGAACATCTGCTGATTTATTCAAAACAGTTTTTGACCTCCTGGTATCAGTGACTGTCTTCGTTGGGCGTTTTGACATGCGTATGATGCAGGCTGCAATGAGTAGGGTTAGTGATGGAAATCATCAAGATGATCTTCTATATGATCATTTTAGTGAGAAGGATGATTTTTGGTTTGACTTTATGGCTGATACCGGTGATGGTGGGAACTCATCTTATGCTGTTGCACGGCTACTTGCTAAGCCTTTTATTCGGACACTGAAAGATGATTCTGAGCTTACCTTGCCACGTGGAAACTTGCTAATTATTGGGGGTGATCTTGCGTATCCAAATCCATCAGCATTCACATATGAAAGGCGTCTTTTTGTTCCTTTTGAATATGCTCTTCAACCTCCTCCTTGGTATAAAGCAGAGCAGATTGCTGTGAACAAGCCGGAGGTACCCTTTGGGGCTCAATTAAAACAGTACAATGGACCTCAATGTTTTGTTATTCCTGGAAACCATGACTGGTTTGATGGACTCCAGACCTTTATGAGGTATATATGTCATAGAAGCTGGTTAGGTGGATGGCTCATGCCCCAGAAGAAGAGTTATTTTGCTTTGCAACTCCCAAAACGGTGGTGGGTTTTTGGGCTTGATCTAGCTCTTCATGGTGATATTGATGTGTACCAATTCAAGTTCTTTTCGGAACTGATAACAGAGAAAGTTCAAGACGATGACTCTGTGATCATTATTACTCATGAACCTAATTGGCTCACTGACTGGTATTGGAATGATGTTACTGGAAAGAATATTTCACACCTTATTTCTGATTATTTAAGAGGAAGATGTAAGCTTCGAATGGCTGGGGACTTGCATCATTACATGCGTCACTCTCATGTAAAGTCAGATGGGCCTGTACATATTCACCATCTTCTTGTTAATGGTTGTGGTGGTGCATTTCTACATCCTACCCATGTTTTCAGTAAATTCAACAAACTTGATGAAGTTTCCTATGAATGCAAAGCTGCATATCCTTCCTTTGAGGATTCGAGCAGGTGTGAGCTGAATCACATCCTCCAAGATGATACATTTTCTGGTCACATAAAGAGTTTCCTTGGTACTGTGTGGAATGGATTTATATATATTCTGCAGCACTCTTGTGTGTCACTAGCGGGAGCTATACTATTACTAATTGCGGCATATTCTTTTGTTCCACCCAAATTGTCACGGAAGAAACGAGCAATAATTGGAGTTCTTCATGTTTCTGCTCACCTTGCAGCAGCACTGATACTTATGTTGCTTCTTGAAATAGGTGTTGAAATATGCATCCAGCATAAGTTGCTAGCAACTTCAGGGTATCACACTTTATATCAGTGGTATAGATCAGTGGAAAGTGAGCACTTTCCTGATCCAACTGGACTCAGAGCTCGTATCGAACAATGGACATTTGGACTTTATCCGGCATGTATCAAGTATTTAATGTCTGCTTTTGATGTGCCAGAGGTCATGGCAGTCTCCCGGAACAATATTTGCCAGAATGGATTAGAATCTATTTCCCGAGGGGGTGCTGTAATATATTATGCTTCTGTCTTCCTTTATTTTTGGGTCTTCTCGACCCCTGTTGTTTCCTTGGTGTTTGGGAGCTACTTATACATTTGCATCAACTGGCTTCACTTACACTTTGATGAAGCCTTTTCGTCTCTTCGAATAGCTAATTACAAATCATTCACACGGTTTCACATCAATTCGGATGGTGATCTTGAAGTTTATACTTTGGCTGTTGATAAGGTTCCAAAGGAGTGGAAGCTTGATCCTGATTGGGATGGAGAGACAAAACATCCACATGAGTTGAGTCATTTAAGAAGGTTTCCCAGCAAATGGAGGGCAGCCATTGCCCACCTGGATCCAGTTCATACGGTTAAAATTGTTGACCATTTCGTTATTGGACGCACAGATAAGAATGACTGTGCTACTACTGCACCTAACGGGCCAGTTCAATGATTTGTTGATTTGGTTTGGTTATCCTGTTTGTAACATTATTTAGGAAGCAATTTGAAGAAAAAAAAAATAGTAGTTTCCACATATTTTTGTTTCTTTTTTCTATTTCTGCAAGGTGAGATAGTTGGACTAGTGCGAATTCCATGGTCTTTAATGCAAGTCCCTGACAAGTCAAACCTCGGTTGAATTTAATGGTGAATCCGAAAATGGCTAATTTAATTCAATCAATATCTGAGTTGGTGAATTAAACGCATTGTTTGTCTAAATTGGAAAAAAAAAATCAGTAAAATTAGAAAAAGCTGAATTAATGTTAAAATGATAGTATAGTATAATTCATAGGATTGTTGTAGTGATGTAAAATTTTGTTGTATTTATAAGTGAGAGAATGATTATTTAATGAAAAATTTATGTTTGAT

>Glyma.17g244600.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.17g244600
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>Glyma.17g244600.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g244600.2.p locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g244600.3.p locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g244600.4.p locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g244600.5.p locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g244600.6.p locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g244600.7.p locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.17g244600
>Glyma.17g244600.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.17g244600.1 locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.17g244600.3 locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g244600.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.17g244600.4 locus=Glyma.17g244600 ID=Glyma.17g244600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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