SoyBase
SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research
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A previous version of this gene model can be found here:
| Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
|---|---|---|---|---|---|
| AT1G58370.1 | AT | glycosyl hydrolase family 10 protein / carbohydrate-binding domain-containing protein | JGI | N/A | IEA |
| GO:0005975 | GO-bp | carbohydrate metabolic process | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0005975 | GO-bp | carbohydrate metabolic process | JGI | N/A | IEA |
| GO:0004553 | GO-mf | hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0004553 | GO-mf | hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds | JGI | N/A | IEA |
| GO:0016798 | GO-mf | hydrolase activity, acting on glycosyl bonds | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
| GO:0016798 | GO-mf | hydrolase activity, acting on glycosyl bonds | JGI | N/A | IEA |
| PF00331 | PFAM | Glycosyl hydrolase family 10 | JGI | N/A | IEA |
| PF02018 | PFAM | Carbohydrate binding domain | JGI | N/A | IEA |
| GN7V-67928 | SoyCyc9-rxn | endo-1,4-β-xylanase | Plant Metabolic Network | ISS |
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Glyma.17g232200 not represented in the dataset |
Glyma.17g232200 not represented in the dataset |
| Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
| Paralog | Evidence | Comments |
|---|---|---|
| Glyma.14g091300 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
| Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
|---|---|---|---|
| Glyma17g35060 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.17g232200.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g232200 ID=Glyma.17g232200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 cGAAAAAAAATGAAAAGTTCTATATTACAAAATAGGTGTTCAATTGTACATTGCCATATTTACAACTGGATTTCAGAATGTGTATTTCCATAAGTCTTAAAAATTCTCAAATGTGTCTCAGAGCACTATCATATGAACCTAACAGCATAGTAGATCAAAGCATTTTTAACCAAAAAAATGACCATGGCTAATCTTCATCGGTGTCGCACCAAGAAGGTGAGGCCGCAAACCAATTCGTTGGCGTTGTGCTTAGAGGATGAGGTCGCAAACCACTTTGCCAGTGTCCTGTGATTGAGGGTGAGTAACAATGCTGTCACGTGGGATTTTTCGACTGAGGGAAAGGGGTCGCTGACGATCGCATAGGGGTGAGACATTTGGGGGAAGGGAATGTTGAGATTCATCAAGAGTATTTTTGTTCACAAAATTAAAATGGGAAGTGCAAGTAGCAAGTTAGAAAGTGCATAAAATAAATTTTCTTCTCTCTTAGTCTGGTCAATGATCCTCTCAAAGAGGCTTAATTATACAACTAGTCTCATACTTATATATTAAAGTTGAATTTGGTCTCTGAATTATTAAAATTTTCAATTTAGGCCCTCAATTATTTAAAATGAAAGAAGTATATCCTTTCCATCACATTGGTTAATTATTTGAGGGAAATCGATTTTCTACATCGATTATTATCAAGAGGGTGGACTGATGTAAAATCTTTTTATTTTCTAAATCGGTTGTTTCACAATCGTATAATTAAGCGAAACAAAATCTCCTAAAACTGAAACCATGAAACGCCGTGTTTTGTACTCAATGGACCAATCTCATAGTCACAGTAGTACGATGCTGTGTCCTTCACAGTCAGTGCACCACCTTGTAATCGCACGAACCGCTGCTTTTCTTGTTGGACCGAACCGGAGACACACAAACAACAAATCATGGCAGGAAACATTTCTGGTCCAAGTGGGAGCAAGGGTGCTAATATTTTACTTAATCATGACTTCTCTAGTGGGCTGACCTCTTGGCATCTCAATAGCTGCACTGGCTATGTAATTTCATCCAAATCAGGTACTCAAGGAGGAATCCCAATGGATTTGGATGCTAATTATGCTGTTATCACCGACCGAAAAGAATGCTGGCAAGGTCTTGAGCAAGACATCACCAACAAAATTTCCATTGGTTCCACTTACACGGTTTCGGCTTGTGTGGGAGTTTCCGGGGTTTCTCAGGGATCTAGTGATGTTCTAGCTACTCTGAAACTAGAACATCATGATTCAGCTACTCGTTACTTATTCATTGGAAGAACTTCTGTTAATAATGATAGCTGGGAAAAGTTGGAAGGGACATTCTCATTGTCAACTATGCCTGATCGGGTTATAATTTATTTGGAAGGACCTGCTCCTGGAGTTGACCTGCTTATACGATCGGTAGTGATCAACTGTTCCACTCCTAATGATAATACCACAAGCACAGGATGTGTTTCAGCTGGAGATGACAACATCATAGTCAACCCCCAATTTGATGATGGCCTGAAAAACTGGTCTGGAAGAAGCTGCAAGATTATGTTGCATGATTCCATGAATGATGGGAAAATTGTTCCAAAGTCCGGGAAATTCTTCGCATCTGCAACAGAACGCACACAAAGCTGGAATGGAATTCAGCAAGAGATCACTGGACGCGTGCAGCGCAAGCTGGCCTATGAGGTCACTGCTTTAGTTAGAATATTTGGAAACAATGTCTCTACCGCTGATGTACGGGCTACTTTGTGGGTCCAAACGCCAGATCTTCGAGAGCAGTATATAGGCATTGCAAATGTGCAGGCAACAGATAAAGATTGGATAACAATGCAGGGAAAATTCCTTCTGAATGGTTCTCCATCGAAAGTGGTCCTTTATTTAGAGGGTCCCCCTCCAGGCACTGACATTCTTCTCAATAATTTGGTCTTAAAGCATGCGGCTAAAACACCTCCTTCAACCCCACCAGATGTAAAGAATGTTGCTTTTGGGGTTAATATAATTGAGAACAGCAATCTGGCTGATAGCACAAATGGATGGTTTCCCCTTGGCAATTGTACTTTAAGTGTTAAAACTGGTTCACCACATATAATTCCACCAATGGCACGAGATTCTCTTGGTCCTCATGAGCTCCTAAGCGGGCGCTACATCCTTGTAACTAATCGAATGCAAACATGGATGGGTCCTGCTCAGACCATCACTGATAAAGTGAAACTCTTTGTGACTTATCAAGTGTCTGCTTGGGTCCGGATTGGCTCAGCAGGATCATCAGGGCCTCAGAATGTGAATGTTGCCCTTGGTGTTGACAATCAGTGGGTCAATGGAGGACAAACTCAGGTTTCGGATGACATGTGGCATGAAATTGGAGGGTCCTTTAGAATTGAAAAGCAGCCATCAAAGGTTATGGTTTATGTGCAAGGTCCTGCTTCTGGTGTGGACTTAATGGTTGCTGGACTTCAAATTTTTCCTGTGGATAGACACACAAGATTTAGATATTTAAAGATCCAAACTGATAAGATTCGTAAACGTGATGTTATCCTGAAATTCTCTGGACTGGACTCTGGCAGCTATGCTAACACCTCGGTAAAAGTTATACAAACACATAATGATTTCCCAATTGGAACATGCATCAGCAGAACGAACATTGACAACGAGGACTTTGTTAACTTCATTGTGAAGCATTTTAACTGGGCTGTGTTTGGAAATGAGTTGAAGTGGTATTGGACGGAGCCACAGCAAGGCAATTTCAATTACAAGGATGCTGATGATATGTTAAGCTTGTGTCAGAAGCACAAGATACAAACTCGCGGCCATTGTATCTTCTGGGAAGTGGACGAAACCGTTCAGCAGTGGATCAAGTCACTGAACAAAAACGATCTGATGACGGCTGTCCAAAACCGCCTAAACGGCCTGCTGACTCGCTACAAGGGCAAGTTCAGTCACTATGATGTCAACAACGAAATGCTGCACGGTTCATTTTACCAAGATAGGCTAGGCAAGGATATAAGGGCAAACATGTTCAAGACTGCAAGCCAACTAGACCCTTCTGCCACACTCTTTGTGAATGATTATCATGTTGAAGATGGATGCGACACCAGATCATGTCCAGATAAGTACATCCATCACATTCTTGATTTGCAAGAGCAAGGTGCTCCGGTTGGGGGAATTGGAATTCAAGGCCACATAGACTGTCCAATAGGGCCTATTGTTAGTTCTTCCCTGGACAAGTTGGGTATTCTTGGCCTACCTATATGGTTCACCGAGCTTGACGTGTCTTCCGTCAACGAATACGTTAGAGCAGACGATCTCGAAGTTATGCTACGCGAAGCCATGGCTCATCCTACGGTGGAAGGCTTAATGCTGTGGGGATTTTGGGAGCTGTTTATGAGTAGGGACCATTCACATTTGGTCAATGCAGAAGGTGACATCAATGAGGCTGGGAAAAGGTTCTTAGCTCTAAAACAAGAGTGGCTCTCTCACAGCCGTGGCCATGTTGATGAACAAGGCCAATACAACTTCAGAGGCTTTCATGGAACATACAATGTGCAAGTTGTGACACCGTCAAAGAAAATTTCAAAGACATTTGTGCTTGACAAAGGTGACTCTCCACTAGTGGTATCCATTGATTTATAAGCATAATGCTTCACCCCAAGAATTAATATCATGTCTCTTTTATATTGGTGGTGTTATGTTATCTTAAAATAGTTGGGATTTGAGTTGTCTGGGCAACTGCACAAAATCTCAACACTTAAAAATTGTCTCACTCATTATGAATATATTTGTAAGAACTGAAAAATAAATGAAAATGGATACTTGTTTCAGTTGTTTGAACTTATAA >Glyma.17g232200.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g232200 ID=Glyma.17g232200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.17g232200.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g232200 ID=Glyma.17g232200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.17g232200.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g232200 ID=Glyma.17g232200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.17g232200.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g232200.1.p locus=Glyma.17g232200 ID=Glyma.17g232200.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.17g232200.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g232200.3.p locus=Glyma.17g232200 ID=Glyma.17g232200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.17g232200.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.17g232200.4.p locus=Glyma.17g232200 ID=Glyma.17g232200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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| Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||
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