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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.17g128200): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1025

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.17g128200

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm17
Start:10251081
stop:10255733
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.17g128200
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G67580.1AT Protein kinase superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0006468GO-bp protein phosphorylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006468GO-bp protein phosphorylation JGI N/AIEA
GO:0007346GO-bp regulation of mitotic cell cycle EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0010468GO-bp regulation of gene expression EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005634GO-cc nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003824GO-mf catalytic activity JGI N/AIEA
GO:0004672GO-mf protein kinase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0004672GO-mf protein kinase activity JGI N/AIEA
GO:0004693GO-mf cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding JGI N/AIEA
KOG0663 KOG Protein kinase PITSLRE and related kinases JGI N/AIEA
PTHR24056Panther CELL DIVISION PROTEIN KINASE JGI N/AIEA
PTHR24056:SF86Panther JGI N/AIEA
PF00069PFAM Protein kinase domain JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.17g128200
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.17g128200 not represented in the dataset
Glyma.17g128200 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.17g128200
ParalogEvidenceComments
Glyma.05g046000 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.17g128200 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma17g13751 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.17g128200
>Glyma.17g128200.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g128200 ID=Glyma.17g128200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AATTGATAGGATCGCCGCCTCATGGTTTGAAAGGCGTTATTTTATTTAAGTCGGTAACAACTCAATCGAATCTCACACCAAACAAACGAACCAAACGCGTCAACGAAGGCGGCTTCTCTCTCTCGTCTCAGCTTTTCTCCTTTCGTTCGCTTTCGCTTTTCGTGTCGCCGGGCGAAAAAGTGTTTCTCTGAGAAGAGAATTTTGCAAATATGGTTCCACCATCGGGTTTGATCACCATAGCACTCGTTCTTTCGATGTGGAAGTGGGTGGTTCTCGCAACCACCACTTGTCTCGTTCGGGAGTGGAGCGGTTCCATGTTGAAAAAGAGGAAGGTGAGATCTATGTTGAACACGAGCTTGCCTCTGTGGTGCCACCGCCCGAGAAGAAGAGGAAGTTTTCTCCAATTATATGGGACCTAGCAGTGAAGGAAGAAAGAGTCTCTTCAAAGAGTAGGATCTCGCAGATTGCTGCTCTGTCTCCTCCTCGTCCATCTCTACCTAGCAGTCCTGGAGCCTATGTTGTTGATTGTGGGAATGTTATGGAGGAGTTTTTGCCAGATTCACGAAGCTACAAACAAGATGTGGAGGAAGAGAATGATGTGCAAGGTTGGACAATCAAAAAGTCAAGATGGGATTGTGATGATGTTCCGTCACCAAGGGGGGCTGATGAAAAACAGAAGCACGGTAAAGTGAGCTCCAGTCCTGAAATTGGTGGTGGATCGTCGGAGAGCACAATCACTAGATCATCAGGAAGCAATGGAAGAGATCATTATTCGGGTGCTTCGTCTGATGACACCGATTCTGAAAAGGACTTCCTTTTGGATTCCATGGTCGATGTTGAGGAACAAAGTGATGATGATTATTCTCTGTCAGATTCTGATGAGACTGGTGGACTGATGCATGGGCAGAGAAACATAAACATGCTTCAGAGTTGCAGAAGTGTGTGCGAGTTTGAGATGATTAAGAAGATAAACGAAGGAACTTATGGTGTTGTCTACAAGGCTAGGGATAAGAAGACTGGAGAACTAGTGGCATTGAAGAAGGTAAAGACGAACATAGAGAGGGATGGCTATCCGATGTCATCCTTGAGGGAAATAAACATTCTCTTGTCTTTTAATCATCCCTCCATTGTGAATGTTAAAGAAGTAGTTGTTGATGATTTTGATGGTACTTTTATGGTAATGGAGCACATGGAGTATGACCTTAAGGGGCTGATGGAGGTTAAGAAGCAGCCCTTTAGCATGAGTGAAATTAAATCGTTGATGCGACAACTTCTTGAAGGTGTCAAGTATCTCCATGATAATTGGGTTATCCATAGGGACTTGAAGTCATCAAACATCCTGCTTAACCATGATGGGGAGCTTAAAATATGTGACTTTGGGTTGTCAAGGCAGTATGGAAGTCCGCTGAAGCCATATACTCCTCTTGTGGTTACACTATGGTACAGAGCACCTGAACTTTTGCTGGGTGCTAAAGAATACTCAACATCAATTGACATGTGGTCAGTGGGTTGCATAATGGCTGAATTAATTGTCAAGGAGCCTCTGTTCAGGGGTAAAAGTGAACTTGAACAACTCGACAAGATTTTTCGAACCCTGGGTACACCCGACGAGAAAATTTGGCCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACCGATTAATACACTAAGAAAGAAGTTTCCAGCCGCGTCATTTACTGGTTTGCCAGTTTTATCTGAGCTGGGATTTGACTTGTTGAAGCGGCTGCTAACTTATGACCCTGAAAAGAGGATAACAGCCGAAGATGCTCTCCTTCATGATTGGTTCCATGAAGCCCCTCTTCCCAAATCTGATTTCAAGCCAATTTTTCCTTCTTGGCAGTGATGGGACAGGTACTCTTGCTGGATGCATGAAATACCAAGATCAATGCTATTTTTACTGTCATTATTTCCAACTTTGTCTTACCTTGTTAATGATCATATACAAAGAATGATATGATTGCAAGGGACAGGGTAATGGACTTCATTAGGCTCTTGTTTGTTATAAATTAGATTAGAAGCGGCAGATTGATGTATAGACCTGAGAAGGTATGGCATTACCTGATTTTTTTCCTTTACTGAAACAAAAATGTATCCTCTCTTGTGCTGGTGAAAATGATGTACATACATTTCAGGACAATTTAGTAATAGATGATGGATATTTGCTCTGGTATGTTCTTATCCTTCCTATACCATTTTCACAATGGTTTGTTCTTATCCTTATGGCTGCCCCATTTAATTTGGGACTATCAAATTTTGTTCTTTTTTCTTCTACATTTAATTTTTACATCAGGAAATGCTCTTAAAAAATTTGGGTGCATTGATGCACAAGCATTGGTAGCTGTTGGATATGTAGAAAAATAAACCGATTGCAAGGAATATTCATTTTGAACATGATCAACAGGTAACGAGGTTGGGTTTCTCACTTTGAAAGTTGCTTCCTGAAATAAAATGATGTGTTGTGGCTTATTAAAAACAGTGTGCAAGATTTTGGGGGCTATCGAGGTTTGTTCTTTTTCTCCTACGTTTGATTTTTACAGCAGGAAATGCTCCTGAAAATTTTGGGTGCATTGATGCACAAGCATTGAGCTGTTGGATTGTGGATATGTAGAAGAATAAATCAATTGCAAGGAATATTCATCTTGAGCATGATCAGCAGGTGATGATGTCGGGTTTCTCAATTTGAAAGTGGTTCCCGGAAAGAAAATGATATTGTGTTGTTGGCTTACTAAAAAAAAAAGGCTAAAATGCAATTTTCATTTTCTCAAATCTTTGATTTTAGTCTCCCCACTTTTTAATTGAGGCATTTCATCCCTTTAAAAAGTTTGTGATTTTAGTTTCATTTTTTAATCAAAGACATTTCGTCCTCCACTTTAATAAAAAATCTGTAATTCATTTTTTTTGGGAATAAAATAATAGTTTTGGGGGGCTATATAGTTTTGTTCCTCTTTTGCCTACGTTTAATTTTTACTCCAGGAAATGTTCTTAAAAATATTGGGTGCATTGATGTGCCAAGTATTGGTAGTTGTTGGATATGTAGAAAAATAGATCAATCGCAACTTGCAATATTCGTTTTCAACAGGTAAAAAGGTTTTTCAATTTGAAAGTTGGTCCCTGAAATAAAATGATGCATGCCCCTTTACCGAAATACGGGTTTTAAATTAAACGAGGTGGAAATGAGTTTAGGCAGTGAATTGCATGTTGAACTATGGTGAAGGCAGGGGCTTAGAATCTTGGTGGAGCTGCTGATGTCAGAGCTAGGTGGTAGTGAGAAAAGATGGCAAAGTCCACCAAGGGTGCTGAAGTGATATTAGCGCTCAATTTGTGCCCACACTGCAATTAAGTTCAAGGGAAGTATTGAAAATCCTTTGGTGATGGTAATTTATACCCCTTAATTACAGTGGGGTGGTGGGTCTTGTAGAGACTGGTGATAGACGTTTATCATTTGATTTGTGTATAATTCTAATAATTCAGAATCTAACTGAAATCTACCACCCCTTCCAAGGATTCACTATATAATGTATATAATGTTTTTTTTTATTCACTATAAAATGTATAAGATTTTAAGGGATTCATTGCTTACTTTTCAGAAGAGTAAAATCTTCAAATTAGTTTAGTTCACGAGATTGTACAGGATAGATATTATAGTCTGATATTTTAAACTCGTATATTTAGTGTCTTGTATAACGTCATTTGTAACGGATGTTCAACTTGCAACATTAGTCCGAAAACCTGCCAGTTGAACTCATTGTTAGGAAATCTAACAATTACAATTTTCAGGGTACATAGA

>Glyma.17g128200.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g128200 ID=Glyma.17g128200.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TCGAATCTCACACCAAACAAACGAACCAAACGCGTCAACGAAGGCGGCTTCTCTCTCTCGTCTCAGCTTTTCTCCTTTCGTTCGCTTTCGCTTTTCGTGTCGCCGGTAAGGCAATTCGATACCTCTGAACCCTAATCAGACGCAGCCACCGTTTAGGGTTTCCATCCTCCTCTCATACTTTGCCTGATTGCTTTCGTGTTTCGTTTCTCTCTTTTCATTTCAATTTTTGATACGGTCCGCTGTTGATTGTATTATATCCTGGAAAAAGTAAAGAACATTATAATTGGTTTTTGTCGTGTGGATTTTTGAATGATTGATTAGGGTTGTGTGAATCATTGAAAAAAAATTGAATCCTCCGTTCTGATTTTTCCGGAGGGTTAGGGTTTGGAAATTTGGGGATTTTTTTAGGGTTTGGGTTTGAAATACATTTCTCTTCGATTCTTAATTGCTTATTGAGAAGACTTGTGCTTGTGCTTGTCAATCACATGGAGGCAGGGCGAAAAAGTGTTTCTCTGAGAAGAGAATTTTGCAAATATGGTTCCACCATCGGGTTTGATCACCATAGCACTCGTTCTTTCGATGTGGAAGTGGGTGGTTCTCGCAACCACCACTTGTCTCGTTCGGGAGTGGAGCGGTTCCATGTTGAAAAAGAGGAAGGTGAGATCTATGTTGAACACGAGCTTGCCTCTGTGGTGCCACCGCCCGAGAAGAAGAGGAAGTTTTCTCCAATTATATGGGACCTAGCAGTGAAGGAAGAAAGAGTCTCTTCAAAGAGTAGGATCTCGCAGATTGCTGCTCTGTCTCCTCCTCGTCCATCTCTACCTAGCAGTCCTGGAGCCTATGTTGTTGATTGTGGGAATGTTATGGAGGAGTTTTTGCCAGATTCACGAAGCTACAAACAAGATGTGGAGGAAGAGAATGATGTGCAAGGTTGGACAATCAAAAAGTCAAGATGGGATTGTGATGATGTTCCGTCACCAAGGGGGGCTGATGAAAAACAGAAGCACGGTAAAGTGAGCTCCAGTCCTGAAATTGGTGGTGGATCGTCGGAGAGCACAATCACTAGATCATCAGGAAGCAATGGAAGAGATCATTATTCGGGTGCTTCGTCTGATGACACCGATTCTGAAAAGGACTTCCTTTTGGATTCCATGGTCGATGTTGAGGAACAAAGTGATGATGATTATTCTCTGTCAGATTCTGATGAGACTGGTGGACTGATGCATGGGCAGAGAAACATAAACATGCTTCAGAGTTGCAGAAGTGTGTGCGAGTTTGAGATGATTAAGAAGATAAACGAAGGAACTTATGGTGTTGTCTACAAGGCTAGGGATAAGAAGACTGGAGAACTAGTGGCATTGAAGAAGGTAAAGACGAACATAGAGAGGGATGGCTATCCGATGTCATCCTTGAGGGAAATAAACATTCTCTTGTCTTTTAATCATCCCTCCATTGTGAATGTTAAAGAAGTAGTTGTTGATGATTTTGATGGTACTTTTATGGTAATGGAGCACATGGAGTATGACCTTAAGGGGCTGATGGAGGTTAAGAAGCAGCCCTTTAGCATGAGTGAAATTAAATCGTTGATGCGACAACTTCTTGAAGGTGTCAAGTATCTCCATGATAATTGGGTTATCCATAGGGACTTGAAGTCATCAAACATCCTGCTTAACCATGATGGGGAGCTTAAAATATGTGACTTTGGGTTGTCAAGGCAGTATGGAAGTCCGCTGAAGCCATATACTCCTCTTGTGGTTACACTATGGTACAGAGCACCTGAACTTTTGCTGGGTGCTAAAGAATACTCAACATCAATTGACATGTGGTCAGTGGGTTGCATAATGGCTGAATTAATTGTCAAGGAGCCTCTGTTCAGGGGTAAAAGTGAACTTGAACAACTCGACAAGATTTTTCGAACCCTGGGTACACCCGACGAGAAAATTTGGCCAGGATTATCCAAATTACCTGGGGCTAAAGCAAATTTTGTTAAGCAACCGATTAATACACTAAGAAAGAAGTTTCCAGCCGCGTCATTTACTGGTTTGCCAGTTTTATCTGAGCTGGGATTTGACTTGTTGAAGCGGCTGCTAACTTATGACCCTGAAAAGAGGATAACAGCCGAAGATGCTCTCCTTCATGATTGGTTCCATGAAGCCCCTCTTCCCAAATCTGATTTCAAGCCAATTTTTCCTTCTTGGCAGTGATGGGACAGGTACTCTTGCTGGATGCATGAAATACCAAGATCAATGCTATTTTTACTGTCATTATTTCCAACTTTGTCTTACCTTGTTAATGATCATATACAAAGAATGATATGATTGCAAGGGACAGGGTAATGGACTTCATTAGGCTCTTGTTTGTTATAAATTAGATTAGAAGCGGCAGATTGATGTATAGACCTGAGAAGGACAATTTAGTAATAGATGATGGATATTTGCTCTGGAAATGCTCTTAAAAAATTTGGGTGCATTGATGCACAAGCATTGGTAGCTGTTGGATATGTAGAAAAATAAACCGATTGCAAGGAATATTCATTTTGAACATGATCAACAGGTAACGAGGTTGGGTTTCTCACTTTGAAAGTTGCTTCCTGAAATAAAATGATGTGTTGTGGCTTATTAAAAACAGTGTGCAAGATTTTGGGGGCTATCGAGGTTTGTTCTTTTTCTCCTACGTTTGATTTTTACAGCAGGAAATGCTCCTGAAAATTTTGGGTGCATTGATGCACAAGCATTGAGCTGTTGGATTGTGGATATGTAGAAGAATAAATCAATTGCAAGGAATATTCATCTTGAGCATGATCAGCAGGTGATGATGTCGGGTTTCTCAATTTGAAAGTGGTTCCCGGAAAGAAAATGATATTGTGTTGTTGGCTTACTAAAAAAAAAAGGCTAAAATGCAATTTTCATTTTCTCAAATCTTTGATTTTAGTCTCCCCACTTTTTAATTGAGGCATTTCATCCCTTTAAAAAGTTTGTGATTTTAGTTTCATTTTTTAATCAAAGACATTTCGTCCTCCACTTTAATAAAAAATCTGTAATTCATTTTTTTTGGGAATAAAATAATAGTTTTGGGGGGCTATATAGTTTTGTTCCTCTTTTGCCTACGTTTAATTTTTACTCCAGGAAATGTTCTTAAAAATATTGGGTGCATTGATGTGCCAAGTATTGGTAGTTGTTGGATATGTAGAAAAATAGATCAATCGCAACTTGCAATATTCGTTTTCAACAGGTAAAAAGGTTTTTCAATTTGAAAGTTGGTCCCTGAAATAAAATGATGCATGCCCCTTTACCGAAATACGGGTTTTAAATTAAACGAGGTGGAAATGAGTTTAGGCAGTGAATTGCATGTTGAACTATGGTGAAGGCAGGGGCTTAGAATCTTGGTGGAGCTGCTGATGTCAGAGCTAGGTGGTAGTGAGAAAAGATGGCAAAGTCCACCAAGGGTGCTGAAGTGATATTAGCGCTCAATTTGTGCCCACACTGCAATTAAGTTCAAGGGAAGTATTGAAAATCCTTTGGTGATGGTAATTTATACCCCTTAATTACAGTGGGGTGGTGGGTCTTGTAGAGACTGGTGATAGACGTTTATCATTTGATTTGTGTATAATTCTAATAATTCAGAATCTAACTGAAATCTACCACCCCTTCCAAGGATTCACTATATAATGTATATAATGTTTTTTTTTATTCACTATAAAATGTATAAGATTTTAAGGGATTCATTGCTTACTTTTCAGAAGAGTAAAATCTTCAAATTAGTTTAGTTCACGAGATTGTACAGGATAGATATTATAGTCTGATATTTTAAACTCGTATATTTAGTGTCTTGTATAACGTCATTTGTAACGGATGTTCAACTTGCAACATTAGTCCGAAAACCTGCCAGTTGAACTCATTGTTAGGAAATCTAACAATTACAATTTTCAGGGTACATAGA

>Glyma.17g128200.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g128200 ID=Glyma.17g128200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.17g128200.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.17g128200 ID=Glyma.17g128200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.17g128200
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Predicted protein sequences of Glyma.17g128200
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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