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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT1G73400.1 | AT | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0009451 | GO-bp | RNA modification | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0090305 | GO-bp | nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0043231 | GO-cc | intracellular membrane-bounded organelle | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003723 | GO-mf | RNA binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0004519 | GO-mf | endonuclease activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
PTHR24015 | Panther | FAMILY NOT NAMED | JGI | N/A | IEA |
PF01535 | PFAM | PPR repeat | JGI | N/A | IEA |
Glyma.16g218600 not represented in the dataset |
Glyma.16g218600 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.09g169000 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma16g34460 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.16g218600.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g218600 ID=Glyma.16g218600.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.16g218600.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g218600 ID=Glyma.16g218600.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.16g218600.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g218600 ID=Glyma.16g218600.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.16g218600.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.16g218600.1.p locus=Glyma.16g218600 ID=Glyma.16g218600.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||