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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT1G17070.1 | AT | GC-rich sequence DNA-binding factor-like protein with Tuftelin interacting domain | JGI | N/A | IEA |
GO:0000390 | GO-bp | spliceosomal complex disassembly | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0006355 | GO-bp | regulation of transcription, DNA-templated | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0006355 | GO-bp | regulation of transcription, DNA-templated | JGI | N/A | IEA |
GO:0006397 | GO-bp | mRNA processing | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0008380 | GO-bp | RNA splicing | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | JGI | N/A | IEA |
GO:0005681 | GO-cc | spliceosomal complex | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0071008 | GO-cc | U2-type post-mRNA release spliceosomal complex | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003676 | GO-mf | nucleic acid binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003676 | GO-mf | nucleic acid binding | JGI | N/A | IEA |
GO:0003677 | GO-mf | DNA binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003677 | GO-mf | DNA binding | JGI | N/A | IEA |
KOG2184 | KOG | Tuftelin-interacting protein TIP39, contains G-patch domain | JGI | N/A | IEA |
PTHR23329 | Panther | TUFTELIN-INTERACTING PROTEIN 11-RELATED | JGI | N/A | IEA |
PTHR23329:SF1 | Panther | TUFTELIN-INTERACTING PROTEIN 11 | JGI | N/A | IEA |
PF01585 | PFAM | G-patch domain | JGI | N/A | IEA |
PF07842 | PFAM | GC-rich sequence DNA-binding factor-like protein | JGI | N/A | IEA |
PF12457 | PFAM | Tuftelin interacting protein N terminal | JGI | N/A | IEA |
Glyma.16g154400 not represented in the dataset |
Glyma.16g154400 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.02g073100 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma16g27071 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.16g154400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g154400 ID=Glyma.16g154400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.16g154400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g154400 ID=Glyma.16g154400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 AAAAAAACAACAAAAAAATATAGAAAGTTGAAACAATAACCTAACCTTTTTCGCTTCAATTCCACCGCTAACGCAGCCTCTTATTACCCGCAAAACAAATTTTAATTTTATTCTTTCTTTTCTTCATCCAACAACAGCAGAGTCACCGATTACGTTCTCTAAAATTCACTCCCAAAAAATTCTATTTGATTCCACCGAAACCCTAACCCCCTTTCGACGAACGAACCGCAATCACTTGCTCGCTCCTTTGATCCATTGTTGAAATTCTCGTTATCGCTCTTCGAACTCAAGCTCTCTCGCTAGCGATTTCTACTTCTGCACCAATTTCTGCGTTTTCTCAAGGCTTATCTGCCCTAAGATATGGATGAAGATCAAGAGATGGAGAGATTTGGAATGGAGAATGATTATGAGGGTGGCCAATGGATTGGCGGCGAGTTTTACTATAAGAATCGTAAAGAAAAACGCACTCAGACCAAGGATGATGTTCTTTATGGAGTTTTTGCAGATTCTGATGACAATGACGACGATGATTATCCGAGTAGAAAACGGAGGAAAGATTTTTCGAAGAAGCCAGACCTCACCAAGCCTGTGAATTTTGTGTCTACAGGCACTTTTATGCCTAATCAGGAAATTGATAACAAGTCCAAAGAGCAGGATGAGAAAGACggttatgttagtgaggataggccagggttaggtttaggttttggtatggggtctggtttaggtttTAATTCTGGTAATGCTGCGAATGGTTCTAATAGAAatgatgattctgatgagaatgatgataatAGTTTCTTGCCTACAGCGTTTGGGAAGAAGATTAAGGAGGGGGCGATGAGAAGGGAAAGGGAACGGGAGAGGGAGAGGTTGGAGAAGAAGAGGGGGAAGCATCAGAGTGCAGGTCAAGATGTGTCTGGTGATGTTGGAAAATTCGAGAAGCATACGAAAGGGATAGGATTGAAGCTGTTGGAAAAGATGGGTTATAAAGGAGGCGGGCTTGGAAAGAATGAGCAAGGTATTCTGGCTCCTATTGAGGCGAAATTGAGGGCCAAGAATTCTGGCATTGGGTTTAATGAGTCTAAGGAGACTATGCCGCTGCCTGTTTTGCAGCAAGAGAAAAAGAATGTGCCGGAAATCACCCAACCTGTGGTTGGCAGAATGAAGGAGAGGTTATGGTCAAAGCAAGCAAGGTCGAAGAAGAAAAAGGAGGAACAATATATAACTGCAGAGGAGTTGTTGGCCAGCAAGCAAGAACAAGAGTTGGAGGTTGTTCAGAAGGTTTATGATATGAGGGGGCCACAGGTTCGAGTATTAACAAATTTGTCTGATTTAAATGCCGAGGAGAAAGCAAAAGAAAATGATGTCCCGATGCCAGAACTTCAGCATAATGTTGCGTTAATAGTTCGGTTGGCTGAGGCTGACATCCAAGAGATTGATAGAGATTTGAGGAGAGAGAGGGAGACAGCACTTAGCTTGAAAAATGAAAAAGAGAAGTTAGAAACAGAGACAGTGTTTCAAAAGAAGCAGCTGGATAATATGGAGGAAATAATGAGTGTGTTGGACCGTGTTGGAGAAGAAAACACTTTGGGAACATTAACATTGGATTCTCTGGCTCAATACTTTAGGGACTTACTCAAAAGATCTGCTGATAACTACAAGTTGTGTAACTTGTCATGCATTGCTTGCTCATATGCTCTACCTCTATTTATCAGAGTGTTCCAAGGATGGGATCCTCTTCGAAATCCTTCTCATGGGTTGGAGTTGGTGTCACAGTGGAAGGCATTGCTTGAAGGAGAAGATTATTTTGATATATGGGATGTATCATCACCTTATACTCAATTGGTTTCAGAGGTTGTATTGCCAGCTGTCAGAATATCTGGTATTAATACCTGGCAGGCACGGGATCCTGAGCCAATGTTATGGTTTCTGGAATCGTGGGAAAAGTTACTTCCTTCTTCAGTCCTTGCTACCATATTAGACAATATAGTCATGCCAAAATTATCTAGTGCTGTAGATACTTGGGAACCACACCGTGAGACCATTCCTATTCACACTTGGGTGCATCCATGGCTACCTTTGCTGGGGAACAAGTTGGAGGGTATTTACCAGGTGATTCGTTTTAAATTGAGTACTGTTCTTGGTGCCTGGCACCCAAGTGATGGTTCTGCTTATGCTATATTGTCTCCTTGGAAGACTGTATTTGATTCTGCAAGTTGGGAACAACTTATGCTTCGTTTTATTGTACCGAAGCTGCAGCTTGTCTTGCAAGAGTTCCAGGTGAACCCGGCAAGTCAGAATATTGATCAGTTTTATTGGGTTATGAACTGGGCTTCTGCTATTCCTATTCACCTGATGGTTGATATGATGGATAAATTCTTCTTTGCCAAATGGCTTCAGGTTTTGTATCATTGGTTGTGCTCAAATCCTAATTTCGAAGAAGTTACAAAATGGTATTTGGGATGGAAAGAACTCATTCCAAAAGAACTGTTGGCAAATGAAAGTATCAGATACCAGCTTAATCGCGGTCTTGATATGATGAACCAGGCTGTTGAAGGTATGGAGGTGGTCCAACCTGGTTTAAAAGAGAATATAAGCTATCTTAGGGTACTTGAGCAAAGGCAATTTGAGGCTCAACAGAAAGCAGCAGCCTATACTCAACAGCAAGCTGCTGCTAGCTTGGGTGGTGCGGTCAACGCAGATGGTGCTCATGAATTGAGCTTGAAAGAAGTCATTGAGGCTCATGCTCAGCAACATGGTTTGCTATTCAAGATTAAACCTGGTAGAATGCACAATGGTCATCAAATATATGGGTTTGGTAATGTCAGCATAATAATAGATTCCCTAAATCAAAAGGTATATGCCCAAAATGAAGAAATGTGGTCTTTGGAATCTCTTCATGGTTTGCTAGAGTTGCATAATAAATCCCTTAGTAAAAGACGCTGAATTCTGCATTTGCCAAATGTGAAGTATCTCAATTCTCAGGTGTTTATAAACCATGGTACTTCAGCTGCTGCATAAATGAGTCATTCTCACAGTCAGATGATGGCCCTGCCAATTATTCCAAGCAGTTGAACTTGGAGGTTTGTTGAAAATAATGCTCAGGAAGATGTCTTTGCAGTTGAACAATCAACCATTCAATTTTATGATTCACACTAGTCCAATTCAAGACAACGGGTCATAGTTAGCATACACTCATTGGTTTATACAGATAATACCTCAATTGGGATTGCGGGTTTTGAGCTGGGAACCGGGAGCTGCATAAATACTTAGTTCCCCGAGGATGCTGCAAAGGTTCTAAGGGAAGTGAATGTTCCATGGTCAGAATAAAGGGTGTAGAAACATGTTGGTAACCTAATCTCAAACTTCTAAGGTAATAATTTTTTTTATTCCCATGTATGAGGGTCAAGCTTTTCTGTTACAAATTTTATACCCTGAGCTTCCTGGTGGAAGGAGTTGTGGCTCTCATGTGTCATTGATATTTGTCCTGAATCCATGAGGTATTTGAAATTCGAAATAATGTATTCATTGTGTATTGGATTCATTGAGCAAACGATTATGCCAAAAGAGGAAAGGCAACTGCATTTTTGATAATTTTGATGTCCTTTTGGGGATATGGTGAGGGACTGAGGGTATCTATTTACCCTGCTTATGCTTCAATAGACCAAGTGTGTGTTTGGACGCTGAGCAAAAAAAAAGTGTGTTTGGACAAACGCAGGTACAGTAACAAAATCGTCATATCTGTTCAGTTACGTGGAAGGTTTTATTTTTATAGCTTCAGGGGAGATAAAGTAGGTATCAACCCAGAAACAAACATGCTGTAAGTGTGTATAAAGTTTAATCATTCGGATCAG >Glyma.16g154400.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g154400 ID=Glyma.16g154400.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 ATTTTGAGCACAACTTGTTTGTCATATTTATACATAAGGCTAGATAGATACCAGCATGTTTGATTGAGCTTCACAGCCATCGGTTATCACTTGCTTATCTGCCCTAAGATATGGATGAAGATCAAGAGATGGAGAGATTTGGAATGGAGAATGATTATGAGGGTGGCCAATGGATTGGCGGCGAGTTTTACTATAAGAATCGTAAAGAAAAACGCACTCAGACCAAGGATGATGTTCTTTATGGAGTTTTTGCAGATTCTGATGACAATGACGACGATGATTATCCGAGTAGAAAACGGAGGAAAGATTTTTCGAAGAAGCCAGACCTCACCAAGCCTGTGAATTTTGTGTCTACAGGCACTTTTATGCCTAATCAGGAAATTGATAACAAGTCCAAAGAGCAGGATGAGAAAGACggttatgttagtgaggataggccagggttaggtttaggttttggtatggggtctggtttaggtttTAATTCTGGTAATGCTGCGAATGGTTCTAATAGAAatgatgattctgatgagaatgatgataatAGTTTCTTGCCTACAGCGTTTGGGAAGAAGATTAAGGAGGGGGCGATGAGAAGGGAAAGGGAACGGGAGAGGGAGAGGTTGGAGAAGAAGAGGGGGAAGCATCAGAGTGCAGGTCAAGATGTGTCTGGTGATGTTGGAAAATTCGAGAAGCATACGAAAGGGATAGGATTGAAGCTGTTGGAAAAGATGGGTTATAAAGGAGGCGGGCTTGGAAAGAATGAGCAAGGTATTCTGGCTCCTATTGAGGCGAAATTGAGGGCCAAGAATTCTGGCATTGGGTTTAATGAGTCTAAGGAGACTATGCCGCTGCCTGTTTTGCAGCAAGAGAAAAAGAATGTGCCGGAAATCACCCAACCTGTGGTTGGCAGAATGAAGGAGAGGTTATGGTCAAAGCAAGCAAGGTCGAAGAAGAAAAAGGAGGAACAATATATAACTGCAGAGGAGTTGTTGGCCAGCAAGCAAGAACAAGAGTTGGAGGTTGTTCAGAAGGTTTATGATATGAGGGGGCCACAGGTTCGAGTATTAACAAATTTGTCTGATTTAAATGCCGAGGAGAAAGCAAAAGAAAATGATGTCCCGATGCCAGAACTTCAGCATAATGTTGCGTTAATAGTTCGGTTGGCTGAGGCTGACATCCAAGAGATTGATAGAGATTTGAGGAGAGAGAGGGAGACAGCACTTAGCTTGAAAAATGAAAAAGAGAAGTTAGAAACAGAGACAGTGTTTCAAAAGAAGCAGCTGGATAATATGGAGGAAATAATGAGTGTGTTGGACCGTGTTGGAGAAGAAAACACTTTGGGAACATTAACATTGGATTCTCTGGCTCAATACTTTAGGGACTTACTCAAAAGATCTGCTGATAACTACAAGTTGTGTAACTTGTCATGCATTGCTTGCTCATATGCTCTACCTCTATTTATCAGAGTGTTCCAAGGATGGGATCCTCTTCGAAATCCTTCTCATGGGTTGGAGTTGGTGTCACAGTGGAAGGCATTGCTTGAAGGAGAAGATTATTTTGATATATGGGATGTATCATCACCTTATACTCAATTGGTTTCAGAGGTTGTATTGCCAGCTGTCAGAATATCTGGTATTAATACCTGGCAGGCACGGGATCCTGAGCCAATGTTATGGTTTCTGGAATCGTGGGAAAAGTTACTTCCTTCTTCAGTCCTTGCTACCATATTAGACAATATAGTCATGCCAAAATTATCTAGTGCTGTAGATACTTGGGAACCACACCGTGAGACCATTCCTATTCACACTTGGGTGCATCCATGGCTACCTTTGCTGGGGAACAAGTTGGAGGGTATTTACCAGGTGATTCGTTTTAAATTGAGTACTGTTCTTGGTGCCTGGCACCCAAGTGATGGTTCTGCTTATGCTATATTGTCTCCTTGGAAGACTGTATTTGATTCTGCAAGTTGGGAACAACTTATGCTTCGTTTTATTGTACCGAAGCTGCAGCTTGTCTTGCAAGAGTTCCAGGTGAACCCGGCAAGTCAGAATATTGATCAGTTTTATTGGGTTATGAACTGGGCTTCTGCTATTCCTATTCACCTGATGGTTGATATGATGGATAAATTCTTCTTTGCCAAATGGCTTCAGGTTTTGTATCATTGGTTGTGCTCAAATCCTAATTTCGAAGAAGTTACAAAATGGTATTTGGGATGGAAAGAACTCATTCCAAAAGAACTGTTGGCAAATGAAAGTATCAGATACCAGCTTAATCGCGGTCTTGATATGATGAACCAGGCTGTTGAAGGTATGGAGGTGGTCCAACCTGGTTTAAAAGAGAATATAAGCTATCTTAGGGTACTTGAGCAAAGGCAATTTGAGGCTCAACAGAAAGCAGCAGCCTATACTCAACAGCAAGCTGCTGCTAGCTTGGGTGGTGCGGTCAACGCAGATGGTGCTCATGAATTGAGCTTGAAAGAAGTCATTGAGGCTCATGCTCAGCAACATGGTTTGCTATTCAAGATTAAACCTGGTAGAATGCACAATGGTCATCAAATATATGGGTTTGGTAATGTCAGCATAATAATAGATTCCCTAAATCAAAAGGTATATGCCCAAAATGAAGAAATGTGGTCTTTGGAATCTCTTCATGGTTTGCTAGAGTTGCATAATAAATCCCTTAGTAAAAGACGCTGAATTCTGCATTTGCCAAATGTGAAGTATCTCAATTCTCAGGCAGTTGAACTTGGAGGTTTGTTGAAAATAATGCTCAGGAAGATGTCTTTGCAGTTGAACAATCAACCATTCAATTTTATGATTCACACTAGTCCAATTCAAGACAACGGGTCATAGTTAGCATACACTCATTGGTTTATACAGATAATACCTCAATTGGGATTGCGGGTTTTGAGCTGGGAACCGGGAGCTGCATAAATACTTAGTTCCCCGAGGATGCTGCAAAGGTTCTAAGGGAAGTGAATGTTCCATGGTCAGAATAAAGGGTGTAGAAACATGTTGGTAACCTAATCTCAAACTTCTAAGGTAATAATTTTTTTTATTCCCATGTATGAGGGTCAAGCTTTTCTGTTACAAATTTTATACCCTGAGCTTCCTGGTGGAAGGAGTTGTGGCTCTCATGTGTCATTGATATTTGTCCTGAATCCATGAGGTATTTGAAATTCGAAATAATGTATTCATTGTGTATTGGATTCATTGAGCAAACGATTATGCCAAAAGAGGAAAGGCAACTGCATTTTTGATAATTTTGATGTCCTTTTGGGGATATGGTGAGGGACTGAGGGTATCTATTTACCCTGCTTATGCTTCAATAGACCAAGTGTGTGTTTGGACGCTGAGCAAAAAAAAAGTGTGTTTGGACAAACGCAGGTACAGTAACAAAATCGTCATATCTGTTCAGTTACGTGGAAGGTTTTATTTTTATAGCTTCAGGGGAGATAAAGTAGGTATCAACCCAGAAACAAACATGCTGTAAGTGTGTATAAA >Glyma.16g154400.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g154400 ID=Glyma.16g154400.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.16g154400.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.16g154400.1.p locus=Glyma.16g154400 ID=Glyma.16g154400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||