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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT4G00800.1 | AT | transducin family protein / WD-40 repeat family protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0006886 | GO-bp | intracellular protein transport | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0006886 | GO-bp | intracellular protein transport | JGI | N/A | IEA |
GO:0016192 | GO-bp | vesicle-mediated transport | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016192 | GO-bp | vesicle-mediated transport | JGI | N/A | IEA |
GO:0005622 | GO-cc | intracellular | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
KOG2992 | KOG | Nucleolar GTPase/ATPase p130 | JGI | N/A | IEA |
PTHR12616 | Panther | VACUOLAR PROTEIN SORTING VPS41 | JGI | N/A | IEA |
PTHR12816 | Panther | RETINOBLASTOMA BINDING PROTEIN 5 | JGI | N/A | IEA |
PTHR12816:SF15 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF00637 | PFAM | Region in Clathrin and VPS | JGI | N/A | IEA |
Glyma.16g018400 not represented in the dataset |
Glyma.16g018400 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.07g049700 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma16g02100 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.16g018400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g018400 ID=Glyma.16g018400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.16g018400.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.16g018400 ID=Glyma.16g018400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 AAAAATAAAAAAAAGAACTTAGAGTTAGTACGGACCACCGTTGAGCACACCATGGAGCTCGACCTCCGTTCGTTCCTTCACTCTCCCACCTCCTCCGACGACGCTCCTCACCGCACCATCGATGATATTCTCAACGACTGTGACActtcctcttcctcaccctcccctccttcttctccctctCACTCACTCTCCAACAATTCCCATCCTCAAAACTCCACACTCCAACCCGCACCCGATTCGTTTTCTCGGTTCAAACCCACTGAATTCTCCGACCGTGCACGCGTTTCGCGCCCGTTCTCCTCTCTACTCCACAGCGTCAGGTCCAATGCCAAGCCcggcgcggcgctcgccgcggcggcggcggcATCTCGATCCGTTCCTACGCCGCACGCGGCGGCGATCATCTCCCGGAGGAAATCCGCGGCCGCGATCAGCGTCGAATCGAGTTTAATCGCTGCCAACGGCGATGATTCTTCCGCTGTTTCTGCCAAAGGCGAATTGGGCGAGCCTAGCGAGAAATTCGATCCAGTGCCGCCGATGATTCCTCCGCCTAGTGAAAGTGCTTCTGCTATTGGTGAACGTTTTGAGAGTGATGTGGAAATTGCCACTGATTTGAAGGCTGGCAGTGATGACATTCAGGTGCACAGTGATAATAATATTAATGCTAATGTTAATGATGATGATGATGATGAAAATGATAATGATTCTTCTATCGTGAGTGAGGAGAAGAGGGACTTAGATAAAGTTGACTGTGATCATGAGAAGGATATGAATTCTGCACCGTTTGATGAAGATGATGATCGTGGGTTTGATGGAAATGATGATGATGATGAGAGAATCACAGCTACGTATGCAGCTGTGGAAACagaagaagaagaagaagaagaagaagTAGTGAATAATGGTAGTAGTTCTATGGAAGATGTTAGGAATGAggtgagtgttggtggtggtgatgatgatggtagtTCATTAGGTGATGTTGCTGAGCTAGTGGAAGAGAGGCTCGAGGAATTGGAAAACAGAAGGGCTGCTAAGAGAGCCGAGAAGAAACGAGAGTCTTTGATGAAGCCTCTTGAATTGGCTGAGGAACTGGAGAAGAAGCGTGCTTCAACTGGTTTGCATTTGGAAGAGGGTGCTGCTGCCCAGCCCATGAGGCTTGAGGACGTTCGGAGAGGGTCCATGACGTTGGGATACTTTGATGTTGATGCCGATAATGCGTTCACGAGGGCAATTTCGTCCCAAACATTCAGGCGTGAGCAAGGTTCCGCCCGAACCTTGGCAGTTCATGCTAATTACATTGCAGTGGGAATGTCAAAAGGGCTCATTGTTGTGTTTCCCAGTAAATATTCCATTCACCATGCTGACAACTCTGATGGAAAGATGATGATGCTTGCTATACAAGGTGATCGGTTGCACGCTCCAGTGACATCCATGTCTTTCAATCAACAAGGAGACCTTCTTTTAGCTGGTTATGGTGATGGTCATCTTACCCTGTGGGATGTACAGAAAGGGGTAGTGGTTAAAGTTATTAGTGGTGAGCATACAGCACCAGTAGTACATACATTGTTTCTAGGACAGGATCCTCAGAATACTCGTCAGTTCAAAGCAGTTACTGGTGACTGTAAGGTGTCTTCTTGATGGGCAAAGTACGGGCTTGGTGCTTTCAGCTTCACCACTCCTTTTTGATGACTTCAGTGGAAGTGCTTCACCTTTTACCAGGGGAAACACCTCTGCCCCAGCCAGCAGTATAAGCAGCATGATGGGAGGTGTTGTTGGCGGAGATGCAGGTTGGAAACTCTTCAATGAAGCCCCTTCTTTGGTTGAAGAAGGTGTGGTTGTATTTGTCACCCATCAAACTGCTTTGGTGGTACGGCTGAGCCCTACGTTGCAAGTCTATGCTCAGCTCTCTAGGCCAGATGGAGTTCGGGAGGGTTCCATGCCATATACTGCATGGAAATACATGACACAAACTTGTAGTTCTACTGAAAATATGTCTGCAGAAGCTGTTGAAAGAGTTTCATTGCTTGCAATTGCTTGGGAACGGAAGGTTCTGGTTGCAAAGTTGGTCAAATCAGAATTAAAAGTATATGGAAGATGGTCTCTTGACGGTGCGGCTTTAGGTCTAGCATGGTTGGATGATCAGATGCTGGTAGTTCTCACTTCAAATGGACAACTGTATTTATTTTCCAAGGATGGAACTGTGATTCACCAAACAAGTTTTTCCATAGATGGTATTGGAGGAGATGATCTAGTCTCTTATCATACTCACTTCATCAATATATTTGGAAATCCTGAGAAAGCTTATCATAACTCTGTTGCTGTAAGAGGAGCTTCTATTTATATACTGGGCCCAACACATCTTCTTGTTTCTCGTCTTCTCCCTTGGAAAGAGCGTATTTCTGTTTTGCGGAAAGCAGGTGACTGGATGGGTGCCTTGAACATGGCAATGATTCTTTATGATGGCCATGCTCATGGAGTTGTTGACCTTCCTAGAACCTTGGATGCTGTACATGAAGCCATAATGCCCTTCTTGATGGAGTTGCTTACATCATATGTTGATGAAGTGTTCTCATATATTTCGGTGGCATTCTGCAATCAAATTGGAAAACTGGACCAATCCAATGATTCAAATAGTAGAAGCAATTCAGTGCATTCTGAGATAAAGGAACAATACGCCCGCGTTGGTGGAGTTGCCGTTGAATTTTGTTGTCATATCAAACGGACAGACATTCTTTTTGATGAAATTTTCAACAAATTTGTGGATGTTCAACAGAGAGAAACGTTTTTGGAGCTTCTGGAGCCATATATTTTGAAGGACATGCTTGGATCTCTACCTCCTGAGATTATGCAAGAACTAGTAGAGTATTATAGCACCAAAGGGTGGTTACAGCGGGTTGAGCAATGTGTACTTCACATGGATATATCATCCTTGGATTTTAATCAGGTTGTCAGGTTATGCCGGGAGCATGGACTATATAGTGCGCTGGTGTATGTCTTCAATAAAGGATTAGATGATTTTACGGCACCTCTGGAGGAGTTGTTTGCTGTCTTACAAAATAGCCAAAAGGAAAGTGCTACTGTGCTTGGGTATCGAATGCTGGTTTATCTCAAGTACTGCTTTACAGGTCTTCCCTTTCCACCAGGCCGCGGAAGTATTCCTCCCACACGCTTACCATCTCTTAGAAGAGAACTTGTAGAGTTTTTGTTAAAGGACTCCTGTACTCCGAAATCACAGACAGTTTCAGACTTTGTGTCCAGACGACCCTGCCTGAATCTTTATCTTCTCTTAAAGTTAGACACTGAAGCTACATTAGACGTCCTCAGATGTGCTTTCATGGAAGATGGAATTTCAAATGCCAGCTCATCTTCACCAGATTCAGCCAATAAACCTATAGAGGAAGCAAAAAAGGAAAATGATATTACTGAAACTCAAAATGCTTTGGTTCAGAACACAGTTGATGCTCTCATTCAAATAATTGATGTGAATATTGTTCCCACAGATACAACCTCTGGTAGTGGTGATGATGGATTGATAAAAGAGTGTCCTTCCAAGGACATAGGTTATGTGTTTGAGTTCATTGCGTATTATGTTGCTCTCCAAAGGGCTAAGATTTCAAAGGGTGTGCTTTGTCAAATATTGGAATATTTGACATCAGATAGTCAGTTTTCAACTAATGTTTCTGTTCAAGGGTCAACTCCAAAAAATAGAGAGAAGCAAGTGCTTGCACTTTTGGAAGTACTTCCTGAGCCAGACTGGGATGCATCATTTGTGCTAGATCTATGTGAGAGAGCAAAATATCATAAGGTTTGCGGATTGATCCATAGTATCAGACATGAATATGTGGCTGCATTGGATAGTTATATGAAAGATGTAGATGAGCCTGTTCATGCTTTCTCCTTTATTAACAGAGCATTCTCACAGTTGACTGACAATAACCATGCAGCTTTTCGGTCAGCAATCATATTGCGAATTCCTGAGTTGGTTGAACTAAGCAGGGAGGGCGCGTTCCATATGGTTATCAGTCATTTTAGGGATGAAAGTTCTCGTATCATAACTGAACTTCACTCTCATCCAAGAAGTCTTTTCCTTTATTTAAAGACACTCATTGAGCTTCATTTATTTGGCACCCTAGACCTGTCTAATTTGAGAAAGGATGATACTATGAATCCCCTTAATAGAAAGCAGGTCAAGGATCACCCACAAGGAGTCAAAGATTACTTAGAGAATATATCTAATTTCCCCAAGTACATATGTGAAAATCCTATTCAAGTGCCAGATGATCTTATTGAGCTTTACCTTGAGTTATTATGCAAGTACGAAGGTGGTTCAGTTCTCAAGTTTCTGGAAATGTTTGATAGCTATCGAGTTGAACATTGTTTACGCCTGTGCCAAGAATATGGCATTATAGATGCATCGGCGTTCTTATTAGAAAGGGTTGGTGATGTTGGTAGTGCTCTTTCACTTACACTTTCTGATCTAAATGATAAGTTTGTTGATCTTGATGCCTCTGTGGAAGCTGTAGTTTTAAACCATCGCAGAGATGGTTCTTCACATATGGAAATATTCAACAGTGTTTTAAAAACAAAGGAGGTAAATGACATCCACAATTTATTGCGTGCCTGTATTGGTCTGTGTCAGCGGAACACCCCTCGTCTAAATCCTGAGGAGTCAGAGGCCCCCGGGTTTTGTGACCCACTGATGGATTCAAATGTTGAAGAGAGAGCACATGAAAGTAAAAATTATTTTGGAGTGCTAGCTGGATCAGCAGATTCACAACAGGACAAAGACACCCATGAAAACAGTTGGAAAATTTTAAAGTCTCAGAATGGTCATATCTTGAAAAAATTGCTATCCCAGTTCATTAAAGAGATTGTTGAGGGAATGATTGGTTTTGTTCACCTTCCAACTATCATGTCTAAACTCCTGTCTGATAATGGTAGTCAAGAATTTGGTGATTTTAAACATACCATATTGGGAATGCTGGGAACATACGGCTTTGAAAGAAGAATTCTGGATGCTGCCAAATCGTTAATAGAGGATGATTCTTTTTATACTATGAGTTTACTCAAAAAAGGGGCCTCCCATGGATACGCTCTCAGGAGTCTCGTGTGCTGTGTTTGTAATTGCCCCCTTACAAAGAACTCTGTTAGCTCTGGAATTCGGATTTTCAACTGTGGCCATGCAATTCATCTCCAATGTGAAGTTTCGGAAATTGAGGAATCGAGTAAAACATCTTCATCTGGATGCCCTGTATGCATGCCTAACCAGAAATCCCAGCAGTCTAGAAACAAATCAATCATTGCAGCAAATGGCTTGGTCAATAAATTCTCATCAAGGCACCAATACCCCCATGGAAGTTCCATTCATCCTCATGACAGTGATTTGTCAGATAATATGTATGGACAACAACAGATATCACGGTTCCAGATCTTGAGCAGCTTGCAGAAGAATCAGAGATTTATGCAAATAGAAAACTTGCCTCCATTGAAGCTTGCCCCCCCTGCTGTGTACCATGAAAAGGTAAGTAAAGTGGCAAACTTTCTGACCGGAGAAACTAGCAATAGTTCCAGTGCTATTGAGAAACAAAATAGAAACAAGCATAATCGGGAGCTGAGATTTAAGGGTTCATCAATTCGATTTCCTTTAAAATCAACTATATTTGGCAAGGAGAAGACCAATAAACGGTGACTAACTGGTTTTTTTTAAAAGAACAAGCGACTGTGTAGGCGAGAGAGATCAGGCACTAACAAATGTACAGACTAACAATAGATATCTTCCCCCGTTAGTTTTTATGTTGGGGGTGAATGTAACATAGGTTGATGATTATTCGGCCTGGGATTTACTTGAAAAAAAATGTCCTAAAATGCTCGAGTTGTTTGTAACATTTTGATGAAAAGTTGTGCGTAATATTATCTTGTAAGAATATATATATTTCACAAAAATTGTAGGATATAATGGAGCAAAATTATGGGAAACTTATAGTTCGAACTTGTGTCTAACTAAAGTATTGTTTATTTAAATAATTGAAAATGAGACACTTCATGCTTCTATCTTTATTTTAAAAAA 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>Glyma.16g018400.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.16g018400.1.p locus=Glyma.16g018400 ID=Glyma.16g018400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.16g018400.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.16g018400.2.p locus=Glyma.16g018400 ID=Glyma.16g018400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||