Report for Sequence Feature Glyma.15g140000
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm15
Start: 11435551
stop: 11442683
Source: JGI
Version: Wm82.a2.v1
High confidence: yes
A previous version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma.15g140000
Proteins Associated with Glyma.15g140000
Locus Gene Symbol Protein Name
PHYB2 Phytochrome B gene 2
PHYB2 Phytochrome B gene 2
Expression Patterns of Glyma.15g140000
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Related Legume Genes
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS .
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Related Plant Genes
Gene families from PhyloGenes .
Paralogs of Glyma.15g140000
Paralog Evidence Comments
Glyma.09g035500 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.
Gene model name correspondences to Glyma.15g140000 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma15g14980 Wm82.a1.v1.1 IGC As supplied by JGI
Transcripts of Glyma.15g140000
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.15g140000.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g140000.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g140000.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TCAGACCACATAGTCAGAAGAAGCCATCGAGCAATCGCGTCGCGTGCGAGAGAAACGCCAAACAACAAAAGCAGCAGCAGCGTTACTTTGCTGCACCTGCCATTGTCACTCTGTCTTTCTTCTCTTCTCTCCTTTTTTCACTTTTACCAATTTAGCTCTTCCCCCTCCCCTCTCCAAAATTTCACACAACAATAATCATAACTTCATGAAATAGTTTTAACAAAAAAGAGAAAGAGAAGAAGTGATAGAACCAACTTTTTCTCTTTTCTCTGCAGTGGTGGTGTTAATTAAATTCCAATGGCTTCAGCAAGCGGAGCGGAGAATTcctccgtcccgccgtcgccgttgccgcctccgccgccgccgcAAATCCACACCTCGCGGACGAAGCTGAGCCACCACCACCacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaTCGACTCCACGAGCAAGGCCATCGCGCAGTACACGGAGGACGCGCGGCTCCACGCCGTCTTTGAGCAGTCCGGCGAGTCCGGGAGGTCCTTTGACTACTCCCAATCAATCCGCGTCACATCGGAATCCGTCCCGGAGCAGCAGATAACGGCTTACCTTCTCAAAATTCAGCGCGGCGGCTTCATCCAGCCCTTCGGCTCCATGATCGCCGTCGACGAGCCCTCCTTCCGCATCCTTGCCTACTCCGACAACGCCCGTGACATGCTCGGCATTACTCCACAGTCCGTCCCTTCGCTCGACGACAAGAACGACGCCGCCTTCGCGCTCGGAACCGATATCCGAACCCTCTTCACTCACTCCAGCGCCGTTCTCCTCGAAAAGGCCTTCTCCGCGCGCGAAATTAGCCTCATGAACCCTATCTGGATTCACTCCAGAACCTCCGGGAAGCCTTTCTATGGAATCCTCCACCGAATTGACGTCGGAATTGTCATCGATTTGGAGCCTGCGCGGACGGAGGATCCTGCCCTCTCCATCGCCGGAGCTGTCCAGTCGCAGAAGCTCGCGGTTCGCGCGATTTCGCAGCTTCAATCTCTCCCCGGTGGCGATGTTAAGCTTCTTTGTGATACTGTTGTTGAGAGTGTCAGGGAATTGACAGGGTATGATAGGGTTATGGTTTATAGGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTTGTTGCTGAGACTAAGAGGCCTGATTTGGAGCCTTACATTGGATTGCATTATCCCGCTACTGATATTCCTCAGGCTTCTAGGTTTTTGTTTAAGCAGAATAGGGTTAGGATGATTGTGGATTGTCATGCTTCTGCTGTGAGGGTGGTGCAGGATGAGGCTCTTGTGCAGCCTCTGTGTTTGGTTGGGTCCACGCTCAGGGCGCCTCACGGTTGCCATGCTCAGTATATGGCTAACATGGGCTCGACTGCGTCGTTGGTGATGGCTGTTATTATCAATGGGAATGATGAGGAAGGTGTTGGTGGCCGCACTTCGATGAGGTTGTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACCTCTGCTAGGTGTATTCCTTTTCCCTTGAGGTATGCTTGTGAGTTTCTGATGCAGGCGTTTGGGCTGCAGTTGAACATGGAGCTTCAGTTGGCCGCACAGTCGTTGGAGAAGCGGGTTTTGAGGACACAGACTCTGTTGTGTGATATGCTTCTCAGGGACTCTCCTACTGGCATTGTAACTCAGAGTCCTAGTATTATGGACTTGGTGAAGTGTGACGGAGCTGCTCTTTATTACCAAGGGAACTATTATCCGTTGGGTGTGACTCCAACTGAGGCTCAGATAAGGGATATTATTGAGTGGTTGTTGGCCTTTCATAGAGATTCGACTGGTTTGAGTACTGATAGTCTGGCTGATGCTGGCTATCCTGGGGCTGCCTCGCTTGGGGATGCAGTTTGTGGGATGGCGGTTGCTTATATTACAGAGAAGGATTTTCTTTTCTGGTTCAGGTCGCACACGGCGAAAGAGATCAAATGGGGTGGTGCAAAGCATCATCCTGAGGACAAGGATGATGGGCAGAGAATGCATCCCCGTTCTTCCTTCAAGGCATTTTTAGAAGTGGTGAAAAGCCGTAGCTTGCCGTGGGAGAATGCGGAAATGGATGCAATTCACTCTTTGCAGCTTATTCTGCGTGACTCGTTTAAAGATGCTGAGCATAGCAATTCTAAGGCTGTTTTGGATCCCCGTATGTCGGAACTAGAGTTGCAAGGGGTCGATGAACTAAGTTCTGTAGCCAGAGAGATGGTTAGATTGATCGAAACAGCCACTGCTCCAATATTTGCTGTTGATGTTGATGGCCGCATAAATGGGTGGAATGCAAAGGTTTCAGAATTGACAGGACTCCCAGTTGAGGAGGCTATGGGGAAGTCCTTGGTTCGCGATCTTGTGTTTAAGGAGTCTGAAGAAACTGTGGACAAGCTTCTTTCTCGTGCTTTAAAAGTACAGGTGAAGAAGATAAGAATGTTGAGATAAAAATGAGGACGTTTGGCCCAGAACATCAAAATAAGGCAGTTTTTGTAGTGGTGAATGCTTGCTCCAGCAAGGATTATACAAATAATGTAGTTGGAGTGTGCTTTGTTGGTCAGGATGTTACTGGTCAAAAAATTGTGATGGACAAATTCATCAACATACAAGGCGACTACAAGGCTATTGTACATAATCCAAATCCTTTGATCCCTCCCATTTTTGCATCGGATGATAACACGTGTTGCTTAGAGTGGAACACTGCAATGGAAAAGCTTACTGGTTGGAGCCGCGCGGATGTCATTGGAAAAATGTTGGTGGGAGAGGTTTTCGgcagttgctgtcagttgaagggttcagattcaataacaaagttcatgattgtcttacacaatgcgcttggtggacatgatacagatagattccctttttcatttcttgatcggtatggcaagcatGTGCAAGCTTTCCTGACTGCAAATAAGAGGGTTAACATGGATGGTCAGATCATTGGGGCATTTTGCTTTTTGCAAATTGTGAGTCCGGAACTTCAACAGGCTCTGAAGGCACAGAGACAACAAGAGAAGAATTCATTTGCTAGGATGAAAGAGTTAGCTTATATTTGTCAAGGAGTTAAGAATCCTTTGAGTGGCATACGCTTTACAAACTCTCTTTTGGAGGCTACATGCTTGTCCAATGAGCAAAAACAGTTTCTTGAGACTAGTGCTGCTTGTGAGAAGCAAATGTTAAAGATAATACACGATGTTGATATTGAAAGCATTGAGGATGGGTCCCTGGAGCTTGAAAAGGGGGAATTCTTGCTTGGAAATGTCATAAATGCAGTTGTTAGCCAAGTAATGCTACTGTTAAGAGAAAGAAATTTACAGTTGATTCGTGATATTCCTGAAGAAATCAAGACATTGGCTGTTTATGGTGATCAATTGAGGATTCAACAAGTGTTGTCTGATTTCTTATTGAATATAGTGCGCTATGCACCATCTCCAGATGGCTGGGTAGAGATTCATGTACATCCAAGAATAAAACAAATCTCAGATGGGCTCACTCTTCTCCATGCTGAATTTAGAATGGTATGTCCTGGTGAAGGTCTTCCTCCTGAATTGATTCAAAACATGTTCAATAACAGTGGGTGGGGGACTCAAGAAGGTTTAGGGCTGAGCATGAGCAGGAAGATTCTAAAGCTAATGAACGGCGAAGTGCAGTATATCAGGGAGGCCCAACGGTGCTACTTCTATGTTCTTCTTGAACTACCTGTGACACGGAGAAGCTCTAAAAAGTGTTAAATATGTATTCTGTAGCTGTAAGATTAAGTTTAAAGGTGCTACTTCTATGTTCTTCTTGAACTACCTGTGACACGGAGAAGCTCTAAAAAGTGTTAAATATGTATTCTGTAGCTGTAAGATTAAGTTTAAAGCCCTGGCACTGCCCCTCATGCTGACCATTAGATAGTTTGTTGTCATAGATTATGCTCTCACCTAACAAGGCAACTTAAGGGACAAGCGTTTGAACAAGCTGATTTGGCAAGCTATCCCAGTCACATGTAATTCTACCAAATTGGACTGTTGTTTTGCACCTTGACAAAACTTGTTCGGTAAAGCAAGAGTGGCCATTTAATATGTAGCTAAATGTAACCTTAAATCTTACTGATAAAGTTATGGCTGAGTAGATGAAATGAAGTTTTGCCAATACGCACACAAGTGGAGTCTCCTGTGAAAATTTTCAAGCAAATGCTTACATCATTAGCAGCTGCAGTGAACTCCAATCTATAGTTGGATTGAACTGCATCCATCTCCTGCACTGTTGTCTGTTCTGATAGTAACTGCTTATACCAAATGCGTTCCCAAGTTGGCAAATAATTGTAAAATCCTAGTCTCCAACAAGGTTTGCCCTCTGCAATGTTGCTTTCCAACTCCACCCTTTTTTTTTTCATCATTGCCTGTAAATCCCTTCCTACTCTGTAATAAAAGCTGGGTTATTTATCCTGTAATTTTTTAAATTTCGTGAAAGCTAGCTTTTCTTCAATAAAAAAATGAAATGCACTTATCTTTCTGTATTATCTTTATTTTTGATTCTGTGTTTCTGAGATTTATCTTATTCCTCAACACATTAGGGAGCGAGTGAATGGTTTGATGAGCTTGAAAGC
>Glyma.15g140000.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TCAGACCACATAGTCAGAAGAAGCCATCGAGCAATCGCGTCGCGTGCGAGAGAAACGCCAAACAACAAAAGCAGCAGCAGCGTTACTTTGCTGCACCTGCCATTGTCACTCTGTCTTTCTTCTCTTCTCTCCTTTTTTCACTTTTACCAATTTAGCTCTTCCCCCTCCCCTCTCCAAAATTTCACACAACAATAATCATAACTTCATGAAATAGTTTTAACAAAAAAGAGAAAGAGAAGAAGTGATAGAACCAACTTTTTCTCTTTTCTCTGCAGTGGTGGTGTTAATTAAATTCCAATGGCTTCAGCAAGCGGAGCGGAGAATTcctccgtcccgccgtcgccgttgccgcctccgccgccgccgcAAATCCACACCTCGCGGACGAAGCTGAGCCACCACCACCacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaTCGACTCCACGAGCAAGGCCATCGCGCAGTACACGGAGGACGCGCGGCTCCACGCCGTCTTTGAGCAGTCCGGCGAGTCCGGGAGGTCCTTTGACTACTCCCAATCAATCCGCGTCACATCGGAATCCGTCCCGGAGCAGCAGATAACGGCTTACCTTCTCAAAATTCAGCGCGGCGGCTTCATCCAGCCCTTCGGCTCCATGATCGCCGTCGACGAGCCCTCCTTCCGCATCCTTGCCTACTCCGACAACGCCCGTGACATGCTCGGCATTACTCCACAGTCCGTCCCTTCGCTCGACGACAAGAACGACGCCGCCTTCGCGCTCGGAACCGATATCCGAACCCTCTTCACTCACTCCAGCGCCGTTCTCCTCGAAAAGGCCTTCTCCGCGCGCGAAATTAGCCTCATGAACCCTATCTGGATTCACTCCAGAACCTCCGGGAAGCCTTTCTATGGAATCCTCCACCGAATTGACGTCGGAATTGTCATCGATTTGGAGCCTGCGCGGACGGAGGATCCTGCCCTCTCCATCGCCGGAGCTGTCCAGTCGCAGAAGCTCGCGGTTCGCGCGATTTCGCAGCTTCAATCTCTCCCCGGTGGCGATGTTAAGCTTCTTTGTGATACTGTTGTTGAGAGTGTCAGGGAATTGACAGGGTATGATAGGGTTATGGTTTATAGGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTTGTTGCTGAGACTAAGAGGCCTGATTTGGAGCCTTACATTGGATTGCATTATCCCGCTACTGATATTCCTCAGGCTTCTAGGTTTTTGTTTAAGCAGAATAGGGTTAGGATGATTGTGGATTGTCATGCTTCTGCTGTGAGGGTGGTGCAGGATGAGGCTCTTGTGCAGCCTCTGTGTTTGGTTGGGTCCACGCTCAGGGCGCCTCACGGTTGCCATGCTCAGTATATGGCTAACATGGGCTCGACTGCGTCGTTGGTGATGGCTGTTATTATCAATGGGAATGATGAGGAAGGTGTTGGTGGCCGCACTTCGATGAGGTTGTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACCTCTGCTAGGTGTATTCCTTTTCCCTTGAGGTATGCTTGTGAGTTTCTGATGCAGGCGTTTGGGCTGCAGTTGAACATGGAGCTTCAGTTGGCCGCACAGTCGTTGGAGAAGCGGGTTTTGAGGACACAGACTCTGTTGTGTGATATGCTTCTCAGGGACTCTCCTACTGGCATTGTAACTCAGAGTCCTAGTATTATGGACTTGGTGAAGTGTGACGGAGCTGCTCTTTATTACCAAGGGAACTATTATCCGTTGGGTGTGACTCCAACTGAGGCTCAGATAAGGGATATTATTGAGTGGTTGTTGGCCTTTCATAGAGATTCGACTGGTTTGAGTACTGATAGTCTGGCTGATGCTGGCTATCCTGGGGCTGCCTCGCTTGGGGATGCAGTTTGTGGGATGGCGGTTGCTTATATTACAGAGAAGGATTTTCTTTTCTGGTTCAGGTCGCACACGGCGAAAGAGATCAAATGGGGTGGTGCAAAGCATCATCCTGAGGACAAGGATGATGGGCAGAGAATGCATCCCCGTTCTTCCTTCAAGGCATTTTTAGAAGTGGTGAAAAGCCGTAGCTTGCCGTGGGAGAATGCGGAAATGGATGCAATTCACTCTTTGCAGCTTATTCTGCGTGACTCGTTTAAAGATGCTGAGCATAGCAATTCTAAGGCTGTTTTGGATCCCCGTATGTCGGAACTAGAGTTGCAAGGGGTCGATGAACTAAGTTCTGTAGCCAGAGAGATGGTTAGATTGATCGAAACAGCCACTGCTCCAATATTTGCTGTTGATGTTGATGGCCGCATAAATGGGTGGAATGCAAAGGTTTCAGAATTGACAGGACTCCCAGTTGAGGAGGCTATGGGGAAGTCCTTGGTTCGCGATCTTGTGTTTAAGGAGTCTGAAGAAACTGTGGACAAGCTTCTTTCTCGTGCTTTAAAAGTACAGGTGAAGAAGATAAGAATGTTGAGATAAAAATGAGGACGTTTGGCCCAGAACATCAAAATAAGGCAGTTTTTGTAGTGGTGAATGCTTGCTCCAGCAAGGATTATACAAATAATGTAGTTGGAGTGTGCTTTGTTGGTCAGGATGTTACTGGTCAAAAAATTGTGATGGACAAATTCATCAACATACAAGGCGACTACAAGGCTATTGTACATAATCCAAATCCTTTGATCCCTCCCATTTTTGCATCGGATGATAACACGTGTTGCTTAGAGTGGAACACTGCAATGGAAAAGCTTACTGGTTGGAGCCGCGCGGATGTCATTGGAAAAATGTTGGTGGGAGAGGTTTTCGgcagttgctgtcagttgaagggttcagattcaataacaaagttcatgattgtcttacacaatgcgcttggtggacatgatacagatagattccctttttcatttcttgatcggtatggcaagcatGTGCAAGCTTTCCTGACTGCAAATAAGAGGGTTAACATGGATGGTCAGATCATTGGGGCATTTTGCTTTTTGCAAATTGTGAGTCCGGAACTTCAACAGGCTCTGAAGGCACAGAGACAACAAGAGAAGAATTCATTTGCTAGGATGAAAGAGTTAGCTTATATTTGTCAAGGAGTTAAGAATCCTTTGAGTGGCATACGCTTTACAAACTCTCTTTTGGAGGCTACATGCTTGTCCAATGAGCAAAAACAGTTTCTTGAGACTAGTGCTGCTTGTGAGAAGCAAATGTTAAAGATAATACACGATGTTGATATTGAAAGCATTGAGGATGGATAAGTCATAAGATAGTCCTGAATCCTGATACTGTTAGATACCGTTGACTGGTTGATGCTAAAGAATGAGAACATGAGACTTACTTAATATCTGGTATTGATGGAGTGGCCAAATATCTGGTACATGAGAACATG
Coding sequences of Glyma.15g140000
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.15g140000.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g140000.1.p locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g140000.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g140000.3.p locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.15g140000
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
>Glyma.15g140000.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g140000.1 locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g140000.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g140000.2 locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g140000.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g140000.3 locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g140000.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g140000.4 locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g140000.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g140000.5 locus=Glyma.15g140000 ID=Glyma.15g140000.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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