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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.15g100900

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm15
Start:7855960
stop:7860113
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.15g100900
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G06270.1AT Protein phosphatase 2C family protein JGI N/AIEA
GO:0006470GO-bp protein dephosphorylation EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003824GO-mf catalytic activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003824GO-mf catalytic activity JGI N/AIEA
GO:0004721GO-mf phosphoprotein phosphatase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016787GO-mf hydrolase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0043169GO-mf cation binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0046872GO-mf metal ion binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG0698 KOG Serine/threonine protein phosphatase JGI N/AIEA
PTHR13832Panther PROTEIN PHOSPHATASE 2C JGI N/AIEA
PTHR13832:SF160Panther JGI N/AIEA
PF00481PFAM Protein phosphatase 2C JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.15g100900
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Paralogs of Glyma.15g100900
ParalogEvidenceComments
Glyma.13g211800 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.15g100900 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma15g10770 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.15g100900
>Glyma.15g100900.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
AAACctgtccctgtgactgtgtctgcgtgtgcgtgtgtcactgtCATTCTCTCGGGAGAACAAACCACAAACCCATTCCCTTTGGACTCTTGCTTGCTACCACCATTTTCCTTCGATGCTCCCTCTCTGCTCCCAAACGAAAAGTACAATTCTTCCTTTCCTTTTCGCCAGCCCCACTTCACACGTTCTCAATGCCTAGCCACCCTTTTGATCAAAGGCCTAAAATGTCTCCATTTTTTGGTGGGGCCTTGTTTAGCTTCTCTTTTCAAACATGGGTTGTGTCCATGGCAAGTGCTGTACCCGTTACCCTTCACCCTCAGTGGGTGGCTCCAGAGACTTCAGAGAACTTGGCCCTTACTGTGCCCAAAGGAAGCACATTCTCACTCAGAGTTCACTGCAATTTGTTCCTGTCCCTTCCCATAACTTCACTTTGGAATACTCTGTGCTCACTCAGAGAGGGTACTATCCTGATTCACCTGATAAAGAGAACCAAGATAGTTTTGGCATTAGGACACAGTTTCAAGGCAACCCCAGTGTCCATTTCTTTGGTGTCTATGATGGGCATGGCGAATTTGGTGGCCAGTGTTCAAATTTTGTTAAGGATAGGTTGGTGGAAAATTTGTCAAGTGACATTGCATTGCTGGAGGACCCTGTTAAGGCCTACACTTCTGCATTCCTGACCACAAATGATGACTTGCATAAGAACGAGATTGATGATTCGTTGAGCGGCACCACTGCAATTACGGTGCTGGTTATTGGGAACACCCTTTATGTTGCTAATGTTGGTGATTCTAGAGCCGTGCTGGCTGTTAAGGATGGAAACCGCGTTGTTGCTGAGGACTTGTCCTCTGATCAGACACCATTTAGGAGAGATGAGTATGAGAGAGTGAAGCTTTGTGGGGCGAGGGTGTTAAGTGTTGATCAGGTGGAAGGGCACAAGGATCCAGATATTCAGACATGGGGTGATGAAGAGAATCAGGGTGATGATCCTCCTAGGTTGTGGGTTCAGAATGGAAAGCTTCCTGGAGCTGCTTTTACAAGGAGTGTAGGGGATAAGTTGGCTGAGACTATTGGTGTCATTGCTGTTCCTGAGGTGTCAACGGTTCAGCTTACACCTAACCATCTTTTCTTTGTTGTTGCAAGTGATGGTGTATTTGAGTTCCTATCAAGCCAAACTGTTGTTGATATGGCAGCAAGTTATTCAGATCCCCGCGATGCATGTGCTGCCATTGCTGGAGAGTCTTATAAACTATGGTTAGAACATGAGGGTCGAACAGATGATATAACAATTATCATTGTTCAGATCAAAGGCCTGTCTAATTCAGTTACATCTGGACTTGGAGCAGGTGAGATCAATGTCAGTACTGTAACAAGGACAAAGAGCAAGAGGGTAAAGGGAGCATCCGAAATATCTGCCACTACTGGGTTAGATGTGTGTCGTTCAGTCAGGAATGGTTTCTCTGATTTACAGTCCTGTCCACAGCATGTGGTCTCAACTAGAAGCCCAGCCATAGTGGTCCCCTCTCCGGCATGTCAAACACCAGTTGTATTGGTACAGTCACACTAGAATTGTTTCATATTAATCATTCAGGAGTGCTAGCAACACACTCCTTTAATCGGAGAGAGGCTTTGCGGAAACTTCACCATGTCTCATCATACTTTCTCCTAGGGGGCTGCTGAAGGTTGCGGGCTTAGGGTGCATTATCTGGGCAGCTGAAGGACCCTTTTCAGAATTTAGAAAGCAGAAATGATTAATGGTCATTTTTTCTTTTCTCAACCTTTTGCTAATTCAAGTTGCTTGTCATTTAACCTTATACAAGCACTTCAGGAGTACACTAAAACATATCCTTCCCGAATAGCGCTGCACTTCACTCTCCAATTTAAAATTTGGAAAGGGGTCTATAAATAACTTGAGAGAAAGGAGATCTGTGCAGGAGTTTGGTTGGTGACTAATTGACTACTACTACTTGCAATGAATTGTAGTCAATGGTCAACTTGTAAGACAAGCCACGTGCTATTAGAATGTAAATCCATTATCCTCGTTCTCATGCTGGATCCAGTGTATCTCTTAGAAACATGTCTGATTTTTTTTATTGCTTTTCAATATTAGTTTCATGTTTTTACTGCAAATTG
Coding sequences of Glyma.15g100900
>Glyma.15g100900.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.1.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.2.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.3.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.4.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.5.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.6.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.7.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.8.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g100900.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g100900.9.p locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.15g100900
>Glyma.15g100900.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g100900.1 locus=Glyma.15g100900 ID=Glyma.15g100900.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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