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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

Report for Sequence Feature Glyma.15g097900

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm15
Start:7602687
stop:7605430
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.15g097900
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT2G39080.1AT NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein JGI N/AIEA
PTHR10366Panther NAD DEPENDENT EPIMERASE/DEHYDRATASE JGI N/AIEA
PTHR10366:SF69Panther JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.15g097900
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Paralogs of Glyma.15g097900
ParalogEvidenceComments
Glyma.13g215300 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.15g097900 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma15g10460 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.15g097900
>Glyma.15g097900.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GATTGGTCCCTTGTTTTTGTTGATTGGTTCATATTCCTATCTCCTATCTATCATCTCACAATGCCTTTGATGATGAATTGATGGAACTGGGAATCAGAAGCCCTGTCCATGCAACACTCTTTCACCATTTCTCCAATTCTCTTCTCTTCCCTGCACGTCTCACCCTCTTAAACACTACCTCTTCATCTTTCATGGCTACCCATTTGCACGTCTCCAGTGAAGAATTCGACCCTTCTCCTTCTCTTGCAATTGGACAACACGACCTCTTAATCGTTGGTCCTGGGATTCTTGGTCGTTTAGTGGCTCACAATTGGCGCCAGGAATATTCTGGTTGTCAAGTTTTTGGACAAACAGCAACCACTAATCATCACCGAGAGTTAACTGAAATCGGTATCAATCCGTCTTTGAAGTGGACCAAAGCCTCCCTCAAATTTCCCTATGTCATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAGGATAGTCCAGTGGTGCCAACAGGGAGGAGTCCCAGGACTGATGTCCTTCTAAAAGCTGAAAAAATAGTGCTGGAGTTTGGTGGTTCTGTTTTAAGACTGTCTGGACTTTATAAAGTAGATAAAGGTGCACATGCTTATTGGTTAGAGAAGGGGATAGTCGAATCTCGTCCTGATCACATTCTGAATCTTATACACTATGAGGTCAGAATTTAAGTGCATTTTATCATATTCTGTAAATTAACATGACAGTGGTTTTATCCATATTTGGCAATTAGCCTCTTTAAATTTGTTTGACATACATTGAGTCATCGAGGTATTGAGATTCATTCTATGTCAAAAGATGTTTCATTCATGTGCTTTCACTAATTATCTCTATTTCCATCACACTTACATATTTTGTTTCATATTTGACATTTCACCATGAGACTTGTTTGAGTCCCTTAACCAACTAAAAGTTGAATACATTGTTTAATGTGTTTAATGTGCTGCTTTAAAGGTTGAAAAGTTGAATACATTGTTTAATGTGTTTAATGTGCTGCTTTAAAACCAGGATGCAGCTTCACTCTCTGTCGCAATTTTAAAGAAACAATTTCGTGGGAGAATTTTCTTGGGATGTGATAATCATCCCTTATCCAGGTTACATGTTATATGTCCCTTGAGTTTACAACTATTTTCTTTCTTTGAGATTTGTTCCTCACTATTGCTTGCCATGTGTTAGGTAGTGATGCCAACATATGTTTCTTGCTCTCTCTGACCCTTTCTAAATGTTGTCAGGCAAGAAGTGATGGATCTAGTTTACAAAAGTGGGAAATTTAGTAAAAAGTTTGAGAAATTTACAGGAACCGATGATCCTCTAGGCAAGAGATTGAACAACTCCAGAACACGCCAGGAAGTAGGGTGGGAGCCCAAGTACTCTAGCTTTGCTCATTTCCTTGAGACCATCTGATTCACTCAGTATTTTGTTATCAATAATACTTTTTGCATGTAAATCCGTACTTGACATGATTTTTTAGCCTTGCTGTGGTGGGGTAATAAAAACATGATGGAGTGCATTTGCAGATTTAGGCTGTGTTTGGATAAAAAAATTGAGAACGTGCTTTTGAAAATTTCAATGCACCTAATTGTTGTGCTTGTTATCACGAA

>Glyma.15g097900.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTTTTGTTGATTGGTTCATATTCCTATCTCCTATCTATCATCTCACAATGCCTTTGATGATGAATTGATGGAACTGGGAATCAGAAGCCCTGTCCATGCAACACTCTTTCACCATTTCTCCAATTCTCTTCTCTTCCCTGCACGTCTCACCCTCTTAAACACTACCTCTTCATCTTTCATGGCTACCCATTTGCACGTCTCCAGTGAAGAATTCGACCCTTCTCCTTCTCTTGCAATTGGACAACACGACCTCTTAATCGTTGGTCCTGGGATTCTTGGTCGTTTAGTGGCTCACAATTGGCGCCAGGAATATTCTGGTTGTCAAGTTTTTGGACAAACAGCAACCACTAATCATCACCGAGAGTTAACTGAAATCGGTATCAATCCGTCTTTGAAGTGGACCAAAGCCTCCCTCAAATTTCCCTATGTCATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAGGATAGTCCAGTGGTGCCAACAGGGAGGAGTCCCAGGACTGATGTCCTTCTAAAAGCTGAAAAAATAGTGCTGGAGTTTGGTGGTTCTGTTTTAAGACTGTCTGGACTTTATAAAGTAGATAAAGGTGCACATGCTTATTGGTTAGAGAAGGGGATAGTCGAATCTCGTCCTGATCACATTCTGAATCTTATACACTATGAGGATGCAGCTTCACTCTCTGTCGCAATTTTAAAGAAACAATTTCGTGGGAGAATTTTCTTGGGATGTGATAATCATCCCTTATCCAGGCAAGAAGTGATGGATCTAGTTTACAAAAGTGGGAAATTTAGTAAAAAGTTTGAGAAATTTACAGCAGGAACCGATGATCCTCTAGGCAAGAGATTGAACAACTCCAGAACACGCCAGGAAGTAGGGTGGGAGCCCAAGTACTCTAGCTTTGCTCATTTCCTTGAGACCATCTGATTCACTCAGTATTTTGTTATCAATAATACTTTTTGCATGTAAATCCGTACTTGACATGATTTTTTAGCCTTGCTGTGGTGGGGTAATAAAAACATGATGGAGTGCATTTGCAGATTTAGGCTGTGTTTGGATAAAAAAATTGAGAACGTGCTTTTGAAAATTTCAATGCACCTAATTGTTGTGCTTGTTATCACGAA

>Glyma.15g097900.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATATTCCTATCTCCTATCTATCATCTCACAATGCCTTTGATGATGAATTGATGGAACTGGGAATCAGAAGCCCTGTCCATGCAACACTCTTTCACCATTTCTCCAATTCTCTTCTCTTCCCTGCACGTCTCACCCTCTTAAACACTACCTCTTCATCTTTCATGGCTACCCATTTGCACGTCTCCAGTGAAGAATTCGACCCTTCTCCTTCTCTTGCAATTGGACAACACGACCTCTTAATCGTTGGTCCTGGGATTCTTGGTCGTTTAGTGGCTCACAATTGGCGCCAGTGGACCAAAGCCTCCCTCAAATTTCCCTATGTCATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAGGATAGTCCAGTGGTGCCAACAGGGAGGAGTCCCAGGACTGATGTCCTTCTAAAAGCTGAAAAAATAGTGCTGGAGTTTGGTGGTTCTGTTTTAAGACTGTCTGGACTTTATAAAGTAGATAAAGGTGCACATGCTTATTGGTTAGAGAAGGGGATAGTCGAATCTCGTCCTGATCACATTCTGAATCTTATACACTATGAGGATGCAGCTTCACTCTCTGTCGCAATTTTAAAGAAACAATTTCGTGGGAGAATTTTCTTGGGATGTGATAATCATCCCTTATCCAGGCAAGAAGTGATGGATCTAGTTTACAAAAGTGGGAAATTTAGTAAAAAGTTTGAGAAATTTACAGGAACCGATGATCCTCTAGGCAAGAGATTGAACAACTCCAGAACACGCCAGGAAGTAGGGTGGGAGCCCAAGTACTCTAGCTTTGCTCATTTCCTTGAGACCATCTGATTCACTCAGTATTTTGTTATCAATAATACTTTTTGCATGTAAATCCGTACTTGACATGATTTTTTAGCCTTGCTGTGGTGGGGTAATAAAAACATGATGGAGTGCATTTGCAGATTTAGGCTGTGTTTGGATAAAAAAATTGAGAACGTGCTTTTGAAAATTTCAATGCACCTAATTGTTGTGCTTGTTATCACGAA

>Glyma.15g097900.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATATTCCTATCTCCTATCTATCATCTCACAATGCCTTTGATGATGAATTGATGGAACTGGGAATCAGAAGCCCTGTCCATGCAACACTCTTTCACCATTTCTCCAATTCTCTTCTCTTCCCTGCACGTCTCACCCTCTTAAACACTACCTCTTCATCTTTCATGGCTACCCATTTGCACGTCTCCAGTGAAGAATTCGACCCTTCTCCTTCTCTTGCAATTGGACAACACGACCTCTTAATCGTTGGTCCTGGGATTCTTGGTCGTTTAGTGGCTCACAATTGGCGCCAGGAATATTCTGGTTGTCAAGTTTTTGGACAAACAGCAACCACTAATCATCACCGAGAGTTAACTGAAATCGGTATCAATCCGTCTTTGAAGTGGACCAAAGCCTCCCTCAAATTTCCCTATGTCATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAGGATGCAGCTTCACTCTCTGTCGCAATTTTAAAGAAACAATTTCGTGGGAGAATTTTCTTGGGATGTGATAATCATCCCTTATCCAGGCAAGAAGTGATGGATCTAGTTTACAAAAGTGGGAAATTTAGTAAAAAGTTTGAGAAATTTACAGCAGGAACCGATGATCCTCTAGGCAAGAGATTGAACAACTCCAGAACACGCCAGGAAGTAGGGTGGGAGCCCAAGTACTCTAGCTTTGCTCATTTCCTTGAGACCATCTGATTCACTCAGTATTTTGTTATCAATAATACTTTTTGCATGTAAATCCGTACTTGACATGATTTTTTAGCCTTGCTGTGGTGGGGTAATAAAAACATGATGGAGTGCATTTGCAGATTTAGGCTGTGTTTGGATAAAAAAATTGAGAACGTGCTTTTGAAAATTTCAATGCACCTAATTGTTGTGCTTGTTATCACGAA

>Glyma.15g097900.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TTAATTATTGTTAGACATATCATATCAGtatatatatatatatatatatatatatatatGTTATTGTAtatgtatgtatgtatgtatgtTTACTCAAGCTGCAGGAATATTCTGGTTGTCAAGTTTTTGGACAAACAGCAACCACTAATCATCACCGAGAGTTAACTGAAATCGGTATCAATCCGTCTTTGAAGTGGACCAAAGCCTCCCTCAAATTTCCCTATGTCATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAGGATAGTCCAGTGGTGCCAACAGGGAGGAGTCCCAGGACTGATGTCCTTCTAAAAGCTGAAAAAATAGTGCTGGAGTTTGGTGGTTCTGTTTTAAGACTGTCTGGACTTTATAAAGTAGATAAAGGTGCACATGCTTATTGGTTAGAGAAGGGGATAGTCGAATCTCGTCCTGATCACATTCTGAATCTTATACACTATGAGGATGCAGCTTCACTCTCTGTCGCAATTTTAAAGAAACAATTTCGTGGGAGAATTTTCTTGGGATGTGATAATCATCCCTTATCCAGGCAAGAAGTGATGGATCTAGTTTACAAAAGTGGGAAATTTAGTAAAAAGTTTGAGAAATTTACAGCAGGAACCGATGATCCTCTAGGCAAGAGATTGAACAACTCCAGAACACGCCAGGAAGTAGGGTGGGAGCCCAAGTACTCTAGCTTTGCTCATTTCCTTGAGACCATCTGATTCACTCAGTATTTTGTTATCAATAATACTTTTTGCATGTAAATCCGTACTTGACATGATTTTTTAGCCTTGCTGTGGTGGGGTAATAAAAACATGATGGAGTGCATTTGCAGATTTAGGCTGTGTTTGGATAAAAAAATTGAGAACGTGCTTTTGAAAATTTCAATGCACCTAATTGTTGTGCTTGTTATCACGAA
Coding sequences of Glyma.15g097900
>Glyma.15g097900.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g097900.1.p locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGAACTGGGAATCAGAAGCCCTGTCCATGCAACACTCTTTCACCATTTCTCCAATTCTCTTCTCTTCCCTGCACGTCTCACCCTCTTAAACACTACCTCTTCATCTTTCATGGCTACCCATTTGCACGTCTCCAGTGAAGAATTCGACCCTTCTCCTTCTCTTGCAATTGGACAACACGACCTCTTAATCGTTGGTCCTGGGATTCTTGGTCGTTTAGTGGCTCACAATTGGCGCCAGCTGCAGGAATATTCTGGTTGTCAAGTTTTTGGACAAACAGCAACCACTAATCATCACCGAGAGTTAACTGAAATCGGTATCAATCCGTCTTTGAAGTGGACCAAAGCCTCCCTCAAATTTCCCTATGTCATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAGGATAGTCCAGTGGTGCCAACAGGGAGGAGTCCCAGGACTGATGTCCTTCTAAAAGCTGAAAAAATAGTGCTGGAGTTTGGTGGTTCTGTTTTAAGACTGTCTGGACTTTATAAAGTAGATAAAGGTGCACATGCTTATTGGTTAGAGAAGGGGATAGTCGAATCTCGTCCTGATCACATTCTGAATCTTATACACTATGAGGATGCAGCTTCACTCTCTGTCGCAATTTTAAAGAAACAATTTCGTGGGAGAATTTTCTTGGGATGTGATAATCATCCCTTATCCAGGCAAGAAGTGATGGATCTAGTTTACAAAAGTGGGAAATTTAGTAAAAAGTTTGAGAAATTTACAGCAGGAACCGATGATCCTCTAGGCAAGAGATTGAACAACTCCAGAACACGCCAGGAAGTAGGGTGGGAGCCCAAGTACTCTAGCTTTGCTCATTTCCTTGAGACCATCTGA

>Glyma.15g097900.10 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g097900.10.p locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGTATGTATGTTTACTCAAGCTGCAGGAATATTCTGGTTGTCAAGTTTTTGGACAAACAGCAACCACTAATCATCACCGAGAGTTAACTGAAATCGGTATCAATCCGTCTTTGAAGTGGACCAAAGCCTCCCTCAAATTTCCCTATGTCATTTTCTGTGCTCCCCCTTACCAATCCTCAGACTACCTTGGTGATCTTAGGCTGGCTGCATCATGCTGGAATGGTGAAGGTGCTTTGCTGTTTACATCAAGCTCTGCTCCTTATGATTGTAATGATAATGGATTGTGTCACGAGGATAGTCCAGTGGTGCCAACAGGGAGGAGTCCCAGGACTGATGTCCTTCTAAAAGCTGAAAAAATAGTGCTGGAGTTTGGTGGTTCTGTTTTAAGACTGTCTGGACTTTATAAAGTAGATAAAGGTGCACATGCTTATTGGTTAGAGAAGGGGATAGTCGAATCTCGTCCTGATCACATTCTGAATCTTATACACTATGAGGATGCAGCTTCACTCTCTGTCGCAATTTTAAAGAAACAATTTCGTGGGAGAATTTTCTTGGGATGTGATAATCATCCCTTATCCAGGCAAGAAGTGATGGATCTAGTTTACAAAAGTGGGAAATTTAGTAAAAAGTTTGAGAAATTTACAGGAACCGATGATCCTCTAGGCAAGAGATTGAACAACTCCAGAACACGCCAGGAAGTAGGGTGGGAGCCCAAGTACTCTAGCTTTGCTCATTTCCTTGAGACCATCTGA

>Glyma.15g097900.11 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g097900.11.p locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g097900.2.p locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g097900.3.p locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.15g097900
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>Glyma.15g097900.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g097900.10 locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g097900.11 locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g097900.3 locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g097900.5 locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.7.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g097900.7 locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g097900.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g097900.9 locus=Glyma.15g097900 ID=Glyma.15g097900.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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