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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT3G45630.1 | AT | RNA binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0000288 | GO-bp | nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0016567 | GO-bp | protein ubiquitination | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0030014 | GO-cc | CCR4-NOT complex | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003676 | GO-mf | nucleic acid binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003676 | GO-mf | nucleic acid binding | JGI | N/A | IEA |
GO:0003723 | GO-mf | RNA binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0004842 | GO-mf | ubiquitin-protein transferase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
KOG2068 | KOG | MOT2 transcription factor | JGI | N/A | IEA |
PTHR12603 | Panther | CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX RELATED | JGI | N/A | IEA |
PF00076 | PFAM | RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) | JGI | N/A | IEA |
Glyma.15g044500 not represented in the dataset |
Glyma.15g044500 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.13g329600 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma15g04950 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.15g044500.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g044500 ID=Glyma.15g044500.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.15g044500.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g044500 ID=Glyma.15g044500.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 AACGACAACGACGCGTGAAGGAGAGAAGCAGCAGCCGAAAAGGCCCATCCAAACAAAGCCTTATtctctctctctctctctctctctTTTTAAAATACACCCTGTGGTTTTCTTTACACTTTGCTCGCTCTCTGCCTgtgcgtccgtcttccttatcgtgcgtgcgtgcgtgcgCTTCTTCTCGAGCAATCTCTTCCTCTTACCGACGATCTCATCACTGCAATCATGAGTGACGAAGGAGAAAGGACTTGTCCTCTCTGTGCTGAAGAGATGGATTTGACAGATCAGCAGTTGAAACCATGCAAATGTGGTTATGAGATATGTGTCTGGTGTTGGCATCACATACTGGAAATGGCTGAGAAGGATGACACAGAGGGACGATGTCCTGCATGTCGTTCTCCATATGATAAGGAAAAGATTGTTGGGATGGCTGCAAACTGTGAGAGATTGGTGGCTGAAGTTCATATGGAAAAAAAGATGAAGAACCAGAAAGCAAAGTCAAAATCTTCTGAAGCACGGAAGCAACTCAGTAGTGTGCGAGTAATTCAGCGGAACCTGGTTTACATAGTGGGATTGCCTCTCAATCTGGCAGACGAAGATCTCCTCCAGCAGCGAGAATATTTTGGTCAGTATGGGAAGGTCTTAAAAGTGTCAATGTCTCGAACCACAGCTGGTGTTGTTCAGCAGTTTCCAAACAATACATGTAGTGTATATATTACTTATTCAAAAGAAGAAGAAGCAATTCGATGCATTCAAAATGTGCATGGATTCGTTTTGGAGGGTAGACCTTTAAGGGCTTGTTTTGGAACCACTAAATATTGTCATGCATGGCTCAGAAACATGCCTTGCAGCAATCCAGATTGTCTATATCTGCATGGGATTGGCTCTCATGAGGATAGTTTCACAAAAGATGAAATAGTTTCAGCATACACTAGAAGTCGTGTTCAACAAATTACTGGTGCTGCATACAATATGCAACGGCAATCAGGGAATGTATTGCCTCCTCCATTGGATGATTGCACGGATAATTCATCAGGAAAATCAATTGTGAAAAATTCATCAAGTACCTCTGTTAGCATTGTAAGAGGTTCACCTCCTAATGGAACTTCTGGGAGACCTATAGCTCTTTCTGCAGCTGCAGCATGGGGTATACGGGCTACAAATTGTCAGCCAGCTGCTTGTGGTTTATTATGTCCAAATGGACTGTCCAAGCTTAAACCTGATACAATCAGCAGCACCCTACCCTTTTCCTCTGCTGTTGCATGCACTATTCAGGCTTCATTAAATAGTGATGTTACAAAGAGGCCACTGTCGAGTGATGGGAGTCATAGTATGACACCTCAAGTAAAAAATGAATTATTGAAACCTGTTAAACAAAATAGAAGCATGGATATCCTGGATAGTGCTGAAGAAAGAACTTTGGCTTCTGAAGTTTCTCTTTCACCCATGAAATTGAACAATCAGGTGTCTTCTCTACCATTAGCCGGATATAGTGATAGAGGCAGCTTTACTGCAACAAACACAACTAATTCTATTGACATCACTCGACAACCAAGCAGCATTGGTCCTGAGGAAGCAGTTATTTCTACCAGTGAAGAGATTGAGAATTTTTCCCAGGAGTTGTCTTCTGTTCACATTGATAGAAATTCCCAAAATAAACAACATTACAGCCTATCCAAAACTAGCAGATCACCTGATAATGTGTTGGTTAAATCTATGCAATCTCAAGAATCACAGTATAATACTGACAAATTTAAAGATGTACTAATTAAAAATGCAGACAGTAAAGCTGCTGCATTAGAAAATGAGGTTTGTAATTTAAAGCAACAATGTGATTTGTCATTGGATTCTCAATCTCAATCTCAAGTAGTATCAGCTAATATTGAAGTGGAAGATGATGTAACAACTTTTGATAATCAGATACTTAAGGATCCAGAAGTTGTTGGTTCTTATTTGCCCGAATCGGCCAGTTTCCTTAATGTCTCAAATCATTCTAGTCCTCATCTTCTGCATTGTGGTGAACCATGTAATGTTGTAAATGCTGGTTCTTTAGATGCCAATGATAAAATCAAGGATAACTCATTATTACATGCACATAACTTTTGCAATGAATATTCTGATAAATTGATCAGCACCAGCTCTTATGGGTTCCTCCATGATGCAAGAAATGAGCAACGCATTGGAAGATTAGTTAGTGATGCAGTTAATATTGGAAGTGACGCCGCTATGGACAAGGGTGAAAGCAGTATAATTTCAAATATATTATCCATGGAGTCTGATGCCTGGGATGACTCGCTAACATCACATGAGAGTTTGGCCAAGTTGTTGGGTGACAACACTGACAACCAGAATGGTCCTTTAAAAAAATCTAGTTCTTGGAAAGTTCAAAGTAACAATCAATCTAGATTTTCTTTTGCAAGACAGGAGGAATCCAAATTCCAAGCTAATGTACATCCATCTTCTGGTGCCAACCAGCAATTTCCAAAGAATGGCTCACTCATCCAGGATTTTGTGGAAAGAGACTTTTCTTTGGACAAGCTGGGTTTTGCAAATGGCATCCCCTCCAATAACCTCGAGGAATCTGGAAATCTTGGTAGTGGCCATTTTATTGCTTCAAACAATAAACTTTCAGCTGTTTCAAGAGCACAAATTTCAGCACCACCAGGATTTTCTGTTCCGAACAGGGCACCACCTCCTGGTTTTTCTTCCCTTGAGAGAATGGGGCAGGCTTTTGACTCCCTCTCTGGGAATTCATTGCTCGACCCTTCTTTCTTACTGAGAAATTCATATCAAACACCCTCAAATGGAAATATTGGTGATCCAGGAGACATTGAATTTATGGATCCTGCTATTTTGGCAGTTGTTAAAGGGAGAATTCAAGGTGCACAAAACAGCCCAGTGCTGGATATGCGATCCAATTACCCTGAACAGTTAAATTACTTTGAAAATGAGGCTAGAGTTCAATTATTGATGCAAAGATCTCTCTCACCACATCAAAACCTTCGATTTTCTGAAATTGGGAATTCCTTTTCTCAGTTTGGTGATTCTTATGGCATTTCTTCAAGGTTAAATCAATCACAAGTTAGTAATCTGGCTTCATTTCCTCAGTTGTCTCTGCAGCAGTCTAGAAATGCAATCTTGTCAAATGGCCAATTGGATGGGTGGAATGAAGTGCCGAGTGGAAATGGTCTGGGTGTGGCAGAGCTTTTGAGAAATGAAAGACTTGGATTTAACAAGTTTTATAGAGGATATGATGATTCAAAATATCGAATGCCGAATTCTATGGATCTGTTCAACAGGACATTTGGGATTTGAGATTGTTGGGTATATTGGCCATGGTAAAGCTAAGTCAGAAATATACAAACAGAATTTTTCTGCATTGTCGAAGGTGATGGGGCTGGCTCATGACATAACCTGTCTATTAGGCTATGAAATGATGAAACTCTCAAGAAGGGCTATAGCTGCAGCTGTTCTTGATTTGCGGAAGCAAACCGCGTTGAGATTTAAGAAATCAATCATGGATCTGAAAGTGGTCTATTTGGCAGGTAGATGTTAGTTGAGTGTTTTCTCTTTTTAGCACAGAGCATGGAAACCTGTTGATTGACTATCAAATAATTTCTCCTATTTAATGTAATTTTTTCTTTTACCATATTGTGGATATAGATAGAGGCTTGATTTGTGAAATAGATCGCTTTGTAAATGTTGGAAATCCCTTCTGATATGTGTAACTCTGTTGCTATCTTGGCAGATCTAGTCACTTTTTAAGAGATCTTTTACTAATGTTGGTTCTTTGTGCGTAATTTTTATAATCCCAGTTATTAGTTATacacacacacacacaacacaacaGAACAGTGTAATAGTTTGTTGTTGTAAGCTATATATTCATTCATGGTTTCTGCTAATTGTCCTGCTGCTCTGTTTATCTCCTTTGAATTGTCCTGTCTTGTGATCTTGCAACTGGTTATCAGGCAATATTTAACAGCATTACTGGAGTGTGACTCATGCCACTTAATGAATGACTTTTTACATGGCTTTGTTAATGCAAGTCAGtttttttttttttttttGTAATGTGCAACTGTACTTTTACGTAATGTTGAGTTTGGCGATAAATATTATTTGCCAAAGGATTGATTTCGGGTGGTTAATGTGTTAGGTTATATCAGTTTTTTACATTACGCATTGGGAACATTTTTTTGTCGGGTGGCACATAGAAGAGAAAAGAAGGGAAGTTGCCGTGGAAAACAACTATAACTACTGGATACAATGTAGATATATAATTACAATTATAAGAATACCATTGTTGAGTCGAAAACTTGTACAATGACTTACATAGTAAGTGCAGTATTATGCCGGTGAGAGTCCAAAATACAGTTTGATAAGTGCTAAAAGATTCCAGTCTAACAATTGCATAAGATTGGGCAGGTTATGTGCCTGTCAATCAAAATGCTTAAACTTTATTTGCACCAAATTTTCTGCAGTCCAAAATCAAGAAAGTCGGATGAGCATCCTCCCGGAAGTTGTTGTGCTTCAGTGTTTTGAAGGCTCAAGCTGTGCATAGTTGAATAACAGAAAGAACTTACACCTCAACAATAATAGGAACGGAGTTCTTTCATCAAATTGCCCTATCTATATTTAGCTTATCCCTTTAAATTTACCGAAATATACCCTAAAGACCCGAGGCATCAGCATAATGGTACTGCGATCCTTAGCACATTTCTTGTCTTCTAGTTTACTCTTAACACTACACTACgtaacatcctatttttcgtgattttttagtaaaataaataaagttttagaaaatgatgagttttttataattaaataaat >Glyma.15g044500.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g044500 ID=Glyma.15g044500.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||