Glyma.15g042000

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.15g042000): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Report for Sequence Feature Glyma.15g042000

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm15
Start:	3274841
stop:	3285425
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.15g042000

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT4G03090.1	AT	sequence-specific DNA binding;sequence-specific DNA binding transcription factors	JGI	N/A	IEA
GO:0009908	GO-bp	flower development	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005634	GO-cc	nucleus	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0003677	GO-mf	DNA binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0003697	GO-mf	single-stranded DNA binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
KOG0485	KOG	Transcription factor NKX-5.1/HMX1, contains HOX domain	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.15g042000

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.15g042000 not represented in the dataset	Glyma.15g042000 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Paralogs of Glyma.15g042000

Paralog	Evidence	Comments
Glyma.13g332300	IGC	Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.15g042000 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma15g04700	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.15g042000

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.15g042000.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.15g042000

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.15g042000.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g042000.2.p locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g042000.3.p locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g042000.4.p locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g042000.5.p locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g042000.6.p locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.15g042000.7.p locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.15g042000

Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.15g042000.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g042000.2 locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.7.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g042000.7 locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.15g042000.8.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.15g042000.8 locus=Glyma.15g042000 ID=Glyma.15g042000.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

U.S. Public Domain