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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.14g223700): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1025

Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.14g223700

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm14
Start:48892728
stop:48908757
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.14g223700
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G20720.1AT RAD3-like DNA-binding helicase protein JGI N/AIEA
GO:0006139GO-bp nucleobase-containing compound metabolic process EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0006139GO-bp nucleobase-containing compound metabolic process JGI N/AIEA
GO:0032508GO-bp DNA duplex unwinding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0000166GO-mf nucleotide binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003676GO-mf nucleic acid binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003676GO-mf nucleic acid binding JGI N/AIEA
GO:0003677GO-mf DNA binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0003677GO-mf DNA binding JGI N/AIEA
GO:0004003GO-mf ATP-dependent DNA helicase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0004003GO-mf ATP-dependent DNA helicase activity JGI N/AIEA
GO:0004386GO-mf helicase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005524GO-mf ATP binding JGI N/AIEA
GO:0008026GO-mf ATP-dependent helicase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0008026GO-mf ATP-dependent helicase activity JGI N/AIEA
GO:0016787GO-mf hydrolase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016818GO-mf hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0016818GO-mf hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides JGI N/AIEA
KOG1132 KOG Helicase of the DEAD superfamily JGI N/AIEA
PTHR11472Panther DNA REPAIR DEAD HELICASE RAD3/XP-D SUBFAMILY MEMBER JGI N/AIEA
PTHR11472:SF6Panther FANCONI ANEMIA GROUP J PROTEIN JGI N/AIEA
PF06733PFAM DEAD_2 JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.14g223700
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.14g223700 not represented in the dataset
Glyma.14g223700 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.14g223700
ParalogEvidenceComments
Glyma.17g262000 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.14g223700 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma14g39783 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.14g223700
>Glyma.14g223700.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ACAGCATCTGCCATTGTGAAATCTGAAGTGAATGGAAAAGAAAAAAATGATCTCTGCATCAAACCCTAACCCTAAAAATGTGTACCACATCGGCGGTCTGCAAGTGGAGTTTCCCTATCAGCCATACGGGTCTCAATTTGCCTTTATGGGTAGAGTAATTTCCACCCTTAATCGAGCTCAGAAAGAAGGCCATTGTCACGCGTTGCTTGAGTCTCCAACCGGCACTGGCAAGTCCCTGTCGCTTCTCTGTTCCTCTCTCGCTTGGCAGCACCATTATAAATCTCAACACCACCACCTCAAGTCCGCACATGAGGCAACCGCCGATCCTCTGGCTTATGGCGGCGGTTTTGTTCCCGACGAAGTTCCACTTTCTTCTGAAAGTCTGGACCGTACGCAATCTGAGGGCAACAACAAGAAGCAGAAGAAAAAGGAAGCACCCACTATATATTATGCCTCAACACACTCACAAATTTCTCAAGTGGTTCGTGAATTGCGGAAAACTGCATACAGGGTTCCTATGGCTGTGTTGGCATCGCGGAAACATTACTGCACAAATAAAAATATAATGGGCAAAGAGAACATCAACGATGAATGTAAACTATTATTGAAAGATCAGGCAACGGGGTGTCCAGAATTCAAAAATGCTCATAAAGTCAAAGGTCATCCATCCCTTCATAAAGGAGGATGCAATGAGGTACATGACATAGAAGATCTTGTAAAAGTTGGACAATTGGTAAAAGGTTGTTCTTATTATGCTGCTCGTTCTATGTCAGATGATGCACAGTTGGTATTTTGTCCATATAACTACATCATTAATCCAGTCATTCGGGCAGCAATGGATGTGGATATTAAAGGAGCCATAGTGATTCTTGATGAAGCTCACAACATAGAGGACATTGCTCGTGATGCTGGCAGTGTGGATATTGAAGAGGATGTTGTGGATAAACTACAAATGGAGCTTCAACAACTTTGTTCTATTAAGGCTGAAATTTACCAACCGCTATATGAAATGACACAGGGCCTTACTAGTTGGATGGAACAGAAGAAGAACAAGCTAGAAAAACGTGATTTTCAGCACTATGTGTCTTGTTGGACTGGTGATAAGGCTTTAAGAGAGCTTGAAGAAGCAAATATTTCAAAACAGTGTTTCCCTATCTTGCTAGAATGTGCTACCAAGGCAATCAAAGTTGCTACAGACTTGGAGACAGATGCACCGCATATAAGTGCCATGTCAGTGATAACATTGGAAGGCTTATTCTCATCGCTAACTTATTTCTTCTCGAGAAATGGATCTCACATGTTGGATTACCAGCTTGCTCTTCAGCGATGTATCAGAGAAGATACTGGAAGAGCTTCTAGAAACTGGACATACACTTTAAGTTTATGGTGCTTAAATCCAGCAGTTGTGTTTAGAGATGTTGCTAATCTTTCTTTATCAGTCATCTTGACTTCAGGAACACTGTCACCAATGGCATCCTTTACCTCTGAGCTTGGAGTTCATTTTGAAACTAGTCTAGAAGCTCCTCATGTAATTGATGTTGACTCACAGGTGTGGCCCGCTATAATCTCCACTGGTCCTGGCAATTATCCTTTAAATGCAAGTTACAAAACAGCAGATGGATATGCATTCCAGGATGCAGTTGGAAAATCTTTAGAGGAAATCTTCAAGATTGTTCCAGGTGGATGCCTTGTGTTCTTTCCAAGTTATAAATTGATGGACAAATTATGCAAGCGTTGGTCTGAAACAGGTCAATGGTCTCGACTAAATGCAGAAAAGCCTCTTTTTGTTGAATCAAGAGGAGGAAGCCAAGAAGATTTTGAACTTGCATTAAAGGGGTATTATCATTCAATTCATGGCAAAATACCTGCACTGAAAAGGAAAAGAAGGATTAAGAAAATTGATCTAAATCATGCTCATGCAGTTGATTCCCTACAGAATTCTGAGAAAGGAGGAGCTGCTTTACTTGGTGTTTGTCGAGGAAAGGTTTCTGAAGGAATTGATTTCTCCGATGATAATGCCAGAGTAGTTATTATTGTTGGTATTCCATTTCCCAATATAAATGATATTCAAGTTGCACTGAAGAAGAAATATAATGACACCTACAAATCATCCAAAAATCTTTTGAGTGGAAGTGAGTGGTACTGCCACCAAGCATTCCGAGTTTTAAATCAAGCAGCAGGGCGCTGTATACGACATAAACTTGATTATGGAGCAATTGTCCTATTGGATGAACGTTTTCGGGATGAAAGAAATAGGGCATTCATTTCAAAGTGGCTAAGAAGACCGTTGAGAGTATATGACAGCTTTGATTTGTCATTGGAGGGACTAAAATCTTTCTTTGAGGATGCCAAGAAACATTATGGCATAAATACAGTACATGCCACACAGAGTTTGGGTTTAAATGGGGATGTCGTCCAAATCAAGGATCAGAATGCATGGTTCAAAAGAAAGAAAAATCAGAAGCTGAACAAGTCTGGTAATGGAGATGGGAGAGAAACATCAGTGATTGAGAATAACATGTCTTTTCCCACACTAACCCCTCAAGATCTTGTTGAGAGTCAGCCATCAGCTCAAAAGAGCAGTAACACATACAATTGTAAATATCTCCCACAATGCTGTAATCAGACAGAGCCAAGGTTCACTGGAGAATCATCTGTGGCAATCATACATGAGGAAACTTCCATTGTCATGGAAACCCCTTGTATAGATGTTGAAAATGATCCCACTAGTCCTGATTACTCCAAGGATGACAACTCTGGTTCCATCATAATTGAGGCCTCAGCTCAATTTGCAGATCACTTATCAAGTCTTTCAATAATGTCTTTAACTAAAGGAAGTAAAAACTCTTCAAGGGCCCAGTCTTCAATAACAATTACTCCTAAAAAGAATGTAATTACAAGTGATATTCCAGAAATGGAAAGTGTTAACTCTCATAATCAGAAAAGGAGAAATCCCATGGTCACTCCATTTATAAACCTCGTTGAAGAAGATAATTTTGTTGCACCTTGTGCCAGTCCTCTTACATGGTACACAAAAAGCTCCGTAGATGTTAGAGAGATAACTCATGGAAGTGAATATGGTTTCAAGAGAATTTTGAAGTCAAATTCTCCTCCATTACTGACAAGCACTATACCTGGTTCTTGTTCACCAACTGCCCCTCCACTAGACAAAAGGTTACAGATATTTTGTTCACTCTGCAAAAGTCCATTGGGCCGACCTGAGAATCATCTATATCTTACATGCTCATTGATTTCATCATCAAAAAATCATTTGAGATCCCTTTTGAAACAGAGGTTGAAAACTTACAATACTGATACTTTAAAGAGTGTTCCAGTTATAATTACCGATTCTTTATTTGTTGATCAACGAATTTGCAATGGAATACCCAAAAGTGCAATGGAACAGGGTATTTGGTGTCCAGAAGATGGGTGTGTCTTCAGCACTATTTTCTGTCCCTTCTGCAGTAATATCAACAATTTGCTAGGAGTTCAGATCATGGCTACTGACTCATCAAATGTTCAGTTACTTGACAAGATATTGTTTTACTTTGATTCATTGGAAGTGAAGAGCAGTGAGGAATCAGGGAACGTTGCCTCAGGGAAAGTGGATCTGTCGCCAGTTAAAGACTCTAGGGAGGATGAAATTGCTGTCTTAAATTCTATTGAGAAATATTCTTATTTTCCCCGACCAGGGAATTCAGAAGTCTAGAAGACTAGAAATTCTAAGATCTGCTGCCATCGCTCCCTTCCCTCAAAATACATGAATACCAAGTATGAAACCTATGTGTTGGTGGTACGAGAGTATCTCAAAGTTACCAAATGACCCGAATTGCAGAGGTGCTTCTGTACAGCAAGTTATAAAATTTTGCTTTCTTTTTGTACAGTTTGGAGGATGATTTCTTGTTACATATCCTGACTCATAGTTGAGCTTTTCTGTAAAGCATTTCCAATAGTACTATCTTGCATGTATCGAACTATATTCGAATAACTAATTGCAGTATGTTTTAGCACGGTCCCTCCAGGTGTTATGTCATTGTTACTCA

>Glyma.14g223700.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.14g223700
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>Glyma.14g223700.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.14g223700.3.p locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.14g223700.5.p locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.14g223700
>Glyma.14g223700.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.1 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.10 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.11 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.12 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.13.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.13 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.14.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.14 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.15.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.15 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.16.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.16 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.17.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.17 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.17.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.18.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.18 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.18.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.14g223700.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.14g223700.9 locus=Glyma.14g223700 ID=Glyma.14g223700.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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