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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT5G42220.1 | AT | Ubiquitin-like superfamily protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | JGI | N/A | IEA |
KOG0005 | KOG | Ubiquitin-like protein | JGI | N/A | IEA |
KOG4248 | KOG | Ubiquitin-like protein, regulator of apoptosis | JGI | N/A | IEA |
PTHR15204 | Panther | SCYTHE/BAT3 | JGI | N/A | IEA |
PF00240 | PFAM | Ubiquitin family | JGI | N/A | IEA |
Glyma.14g223100 not represented in the dataset |
Glyma.14g223100 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.17g261600 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma14g39850 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.14g223100.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.14g223100 ID=Glyma.14g223100.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.14g223100.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.14g223100.5.p locus=Glyma.14g223100 ID=Glyma.14g223100.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 ATGGCGGGTCAGTCCTCCAATGAAGGCTCCAGTACTGGAAACATTTCAGCAGAATGTTCCGATTCAACTGTTCAGCTCAATATCAAGACTCTAGATTCCCGCATCTACAGTTTTCAAGTGGACAAAAATATGCCTGTTTCATTGTTCAAAGAGAAAATTGCAAATGAAATTGGTGTTCCTGTTAATCAGCAACGGCTGATATTTAGAGGAAAAGTCTTAAAGGATGAGCATGTTCTTTCTGAGTATCATGTTGAGAATGGGCATACATTGCATTTAGTTGAAAGACAACCAAATCAGTCTCAGGCTTCTGGTATGAGTTCTGGTGAGTCAACTGGTACAAGTGGTAACCGAGGAAATGGTGTAGGCTCAGGGGCTCCTCGTAATCGTGTTGGGCAAATTTCACATAGTGTTGTTCTGGGAACATTTAATGTGGGTGAACAAGGTGAAGGAATTGTTCATGACCTCACTCGGGTTATTGGGCATGTTTTAAATTCTATTGGAAACAGTGGCCAGAGCACAATTAGTGGTCCTAATGCTACGCAAACTTCTTCAGTTCAGCCAAGGAATGAAACTGATGGAATGCATGCTGGAAATCAAAACCCAGCAGGAAATCAGGCACCATCTGGACAGACATTTCATGGCCCGACATTTCAATCTGTCTCTCATGTTGTTCAGATTCCTGTGGCGGCAGGGACCATACCCATTCCTTCTCTCAATGCACCAATTCCTGATTCACTGAACACACTGTCTGAGTTTATGAATCGCATGGAACAGATACTAACACAAAATGGTTATCAATCAAATCTTTCATCTGCTAACCCTAGAGATCAGCTAGTGGAATTGCCTTCTAATGTACAAGGGTTGCCGACACTTGAAGCATTAAGCACTGTCTTGCATCGTGCAGAACAGTTACTTGGTGGTCAAGCTGTTGCTGCACTATCTCATATTGCAGGGCGCTTGGAAAGAGAAGGTACTTCTGCTGATCTGCACATAAGGGGTCAAATACAATCAGAATCAGTGCAAATAGGACTTGCTATGCAGCATTTGGGTGCACTTCTACTTGAACTTGGCCGAACAATGTTGACACTGCGTATGGGACAGTCTTCTGCAGAATCTGTTGTTAACGCTGGACCAGCAGTTTACATCTCTCCATCAGGGCCAAATCCAATAATGGTGCAGCCTTTTCCACTTCAGACAAGCTCCCTCTTTGGTGGTCCAGTTCCCCCCTCAACTCCTGCAACTTTAGGCACCATTGGAATTGGAAATGCTCCTAGGAACGTAAACATTCATATACATGCTGGTACCTCTCTTGCACCAATTGTTTCAGCCATTGGTTCTAGGGAAAATAATGGCGAGGGGACAAGAAGTGAACACCATAATGAGCCTGGCTCTGGTGATTCAGGTTCAACACGGGTATTACCTGTTAGAAATGTCATAGCAGCAACTATCCCATCACACCCTCCTGGTGTTGGAGTCTCTAGTAGCACACAAACTGGGTTTGGTATTTCTACCTCACAGCCACCTTCTGATTCAGCTTCATTGTCATCTGTTTTAGCTGAAATCAATTCTCGCCTTAGAAACGTTGTTGGTAATATGCAAGGAGATAACACAGTTCCATCAGGTCAAATGGAATCAAACAGCAGGGACTTGTCTTCTGGATCTGAATCAAGACCTCCTACAGTAAACAAACAGCAAGATACCGTGGACGTGAATGGTTTTGGGGCTATCAGTGCTTCCTCAGTTGGCTGCACTTCTGAAAGTGAAGTACAGAAGGTCCAAACCGAGGCAGTCCAAACCTCAAGTAATGTTTTGGTTGACAAATTTGTTTCAAGTTCTTCCAACCAAGATTTACAAAGTTGTTCTAGTGGAGAAACAATAGTAAAACCAGAAATAGAACAAGATGTTCTGGCTGTAAGTGAAAGACAAAATGTAACTGAACCTGCCAAAGCTGCTCCACTAGGATTGGGTGTGGGTGGTTTAGAGCGCAAGAGGCGAACTAGACTTCAACCTCCTGTAAGTAAAGGTGCTGATGATGGATCATCCAGTTCTTCTGTCAATCAAAATCAGCAAACCAGAACAGATGGTCAACATATATTGCAAACTCTTGCAAGTCATGGATCCGGTTTGAATTCAAGAAATGCTAATGGGCCATCCCAGCGGCCCTTGCCCTCCAGTGATCGTCCAATTGATGTGGCTGGTTTAATGTCTCAGGCTTTACATAGTCCTGCCTTGAATGGTTTGTTGGAAGGAGTTTCACAGCAAACTGGAGTTGACTCACCTGATGGCCTGAGGAATATGTTGCATCAGTTCACCCAGAGCCCGCAGATGATGAACACGGTTAATCAAATTGTCCAACAGGTTGGCAGTCAGGATGTGGGGAATATGTTTGCTGGAACGGAAAGAGGGCAGGGTGGTGGTATTGACATTTCAAGGATGTTTCAACAGATGATGCCCATTGTATCTCGAGCCCTTGGTGGGGGAAATCCTTCCTCACTATTCTCTGCTGAAGAAGCTGAACCCCATGCACCCTACCGAGATGGAACAGTTGACAGAGATGAATATTCTGATAATCAAAGTTTACAGCTTTACCTTCAACCACTGGCTGAGAGGATTGAGCACCTGGGTCCTTCTACTGATATTTTCCGTGCTGTAGCTGAAATTGCTGTCCAGCTATCTGGCAGTGGAAGCACTTCTAATGATCTTCTGGATGAGTTGTGCAGCAATGAGAGTCTTGCCAGGGAATATGTAGATATGTTGCGATTTGATTGA >Glyma.14g223100.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.14g223100.6.p locus=Glyma.14g223100 ID=Glyma.14g223100.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.14g223100.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.14g223100.7.p locus=Glyma.14g223100 ID=Glyma.14g223100.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||