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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT5G40270.1 | AT | HD domain-containing metal-dependent phosphohydrolase family protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0006203 | GO-bp | dGTP catabolic process | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0008081 | GO-mf | phosphoric diester hydrolase activity | JGI | N/A | IEA |
GO:0008832 | GO-mf | dGTPase activity | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0046872 | GO-mf | metal ion binding | JGI | N/A | IEA |
KOG2681 | KOG | Metal-dependent phosphohydrolase | JGI | N/A | IEA |
PTHR11373 | Panther | SAM DOMAIN AND HD DOMAIN-CONTAINING PROTEIN-RELATED | JGI | N/A | IEA |
PTHR11373:SF10 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF01966 | PFAM | HD domain | JGI | N/A | IEA |
Glyma.13g169200 not represented in the dataset |
Glyma.13g169200 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.19g009400 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma13g23830 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.13g169200.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g169200.1.p locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g169200.4.p locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g169200.5.p locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g169200.6.p locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.7 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g169200.7.p locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.8 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g169200.8.p locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g169200.9.p locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.13g169200.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g169200.1 locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 MGAYCNGNVSLSPSYDVASAQDPRFCKHVHDNVHGNIYLDSLSLKFIDTEQFQRLRELKQLGAVLLPSLTLRDIIGKCGSCGCKCGSCGCNCGCGFTNMVYPGAVHSRFEHSLGVYWLASQCVEKLKTYQGLELGIDRFDIQTVKLAGLLHDVGHGPFSHLFEREFLPQVISGSDWSHEQMSVDMVDYIVDEHHIDVYPQMIRRVKEMILASSEYAPSMSSSEKSFLYDIVANGRNGIDVDKFDYLLRDCRACGLGCNFEFQRLLETMRVLDDEICYRAKDYLTIHKMFATRADLYRTVYTHPKVKAIELMVVDALVHANSYLGISSNIHDPSEYWKLDDTIIKTIETTPNQELKEARELILRIRRRNLYQFCNEYPVPKDMLDNYKKVTAQDIVCSQKSGGVTLKEEDVAVCNVKIDLTRGKHNPLESIHFFKDYESDEKFTIPDDRVSHLLPTSYQDMIVKVYAKKPELVEAISEAFENFQLKTYGIKTQAHSTPQKKRRYNSFI* >Glyma.13g169200.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g169200.2 locus=Glyma.13g169200 ID=Glyma.13g169200.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||