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Report for Sequence Feature Glyma.13g163500

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm13
Start:27876748
stop:27886905
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.13g163500
Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G15740.1AT Leucine-rich repeat family protein JGI N/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
KOG1947 KOG Leucine rich repeat proteins, some proteins contain F-box JGI N/AIEA
PTHR23125Panther F-BOX/LEUCINE RICH REPEAT PROTEIN JGI N/AIEA
PTHR23125:SF33Panther JGI N/AIEA

Expression Patterns of Glyma.13g163500
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.13g163500 not represented in the dataset
Glyma.13g163500 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection 		Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Gene families from PhyloGenes.


Paralogs of Glyma.13g163500
ParalogEvidenceComments
Glyma.17g107400 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Gene model name correspondences to Glyma.13g163500 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma13g23240 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


Transcripts of Glyma.13g163500
>Glyma.13g163500.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GTCTTCCTTCTTCTCAAATATCACATTCCCAATACCCTTTCTTCCTTTTTTCCTAATTACTTCTTCTCTCTCTCTCTCCAAACAAACCTGCGCGCTTCCACTTATCATCTCTTCCCACGCTTTCTGTTTCAAAGAGTTCAGTCCAACAGCACAAATTCTTTGAAATGGGAACTTGACTTTCTTTGGCACATTCCATGCGTATATGATCAAAAGGGTATCGACAAATTAAGCGATGGGGGGCGTTTGTTCTAGGAAGAGAGATCAGCATGTTGTTGAAGATGATTTACACAGAGGAGTCTCGGGGAGGTATTGTAGAAGTGGCAGCACAAAATGGTTGAGGGCCAGAAGTTTGCGTGCTAAGCCCAATCATTGTGCAGGAGGGGGAACATGCCCCTCTCTCATGGATCTGTGCATAAAGAAGATGCGTGAGGATTTTCATAAATACAATTCCTTTTCAATTCTTCCGAGAGACATAAGCCAGCAAATCTTCAATGAATTGGTTGATTCTCACTGCCTGACCGAAGTGTCTCTTGAAGCCTTCAGAGATTGTGCTCTTCAGGATATTGACCTGGGTGAATATGTTGGAGTTAACGATGATTGGATGGATGTCATCTCTTCCCAAGGGTTGTCCTTACTTTCAGTTGATGTTGCTGGTTCTCAGGTGACAGATGATGGATTGCGACTCCTAAAGGATTGCTCAAGTCTTCAAGCATTGACTCTCAGTTACTGTGACCAATTTTCAGAATATGGGCTTAAGCACATTAGTGGTCTTTCAAACTTGACTTCCTTGAGTATCAGGAAGAGCAGCTCTGTCAAACCCGATGGAATGCGTGCTTTCTCCAACTTATTTAATTTGGAGAAGTTGGACCTTGAGAGGTGTTCAGAGATTCATGGTGGATTTGTTCATCTTAAAGGTTTGAAAAAGCTCGAGTATCTTAATATTGGATGCTGTAAATGTGTTACGGATTCAGACATAAAGTCTATCTCAGAGCTTATAAATTTGAAGGAGTTACAAATTTCCAACAGCAGTATTACTGATATTGGGATTACCTATTTGAGAGGTTTGGAGAAGCTTACCACATTAAATGTTGAAGGATGCAATATTACTGCTGCATGTTTAGAGTTTATTCATGGTCTTAAAAACTTGAAGAGGTTAAGCCTGGCTTTTAACAGGATCACAGATGCATGCTTAGTTCATCTGAAAGATTTAACAAATTTGGAGTATTTGAATCTGGATTCTTGCAGGATAGGTGATGGCGGGCTAGCTAATTTGACAGGCCTCACACTCTTGAAAAGTCTGGTGTTGTCTGACACTGACATTGGGAACAGTGGGCTGCGTTATATATCAGGTTTAAAAAAACTGGAAGATTTAAATGTGTCATTCACCACAGTAACTGATAATGGCCTGAAAAGGCTGTCAGGATTGACACAACTTAAATCACTTAATCTGGATGCCCGACAGATTACCGATGCTGGACTAGCAAATCTTACCAGTCTGAGTGGATTGATAACATTGGATCTCTTTGGAGCACGCATTTCAGACAATGGAACTACATTTTTACGATCGTTCAAGAACTTGCAATCCCTTGAAATATGTGGCGGAGGATTAACTGATGCTGGTGTAAAAAATATAAGAGAAATTGTCTCCCTGACACAGCTAAACCTGTCCCAGAATTGTAATTTGACGGATAAAACTTTGGAATTGATATCTGGAATGACAGCACTGAGGTCGCTAAATGTTTCAAATTCTCGTATAACCAATGAAGGACTACGGCATTTGAAGCCTTTGAAGAATTTACGCACTCTTACCTTGGAGTCTTGCAAGGTTACTGCTTCTGGAATTAAGAAGCTTCAGTCAACTGATCTTCCAAATTTGATAAGCTTTCGGCCAGAATAGACCAGGAGAATGAGAGAATTCTGTTATGTGTCTGTTGAACAATTATCTGTACATATTTATGGCTACTGTCTGGATAGTTGAAAAATGTACATAAAATGACATGCAAGAATGTAATTATGCCTTTATTTTGCATGTTTGTATTTCCCCGTCTAAGAAAAATTGTACATAAATCTTTCTTTCCCCCTTTCTCCTCTGGGTAAATATGCCTGGTGTGGCTATCTAAAGTCTGCGCATAATGTAATGTGTAATAAAGATGTTTGGACCAGGGTGATGGTGCTCATTATTATGTTCGTATAGTAATGAATTGTATTTGACCGAGAAGAGAG

>Glyma.13g163500.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GCGCGCTTCCACTTATCATCTCTTCCCACGCTTTCTGTTTCAAAGTCCAACAGCACAAATTCTTTGAAATGGGAACTTGACTTTCTTTGGCACATTCCATGCGTATATGATCAAAAGGGTATCGACAAATTAAGCGATGGGGGGCGTTTGTTCTAGGAAGAGAGATCAGCATGTTGTTGAAGATGATTTACACAGAGGAGTCTCGGGGAGGTATTGTAGAAGTGGCAGCACAAAATGGTTGAGGGCCAGAAGTTTGCGTGCTAAGCCCAATCATTGTGCAGGAGGGGGAACATGCCCCTCTCTCATGGATCTGTGCATAAAGAAGATGCGTGAGGTGCATGTTTTTTGCCAGCTTTGTTAGTTGTTTCGCTTTGGTTATTTTTGTCTTCACATGGTTATTTGCTCCACACATGTTTTGAGTTATAACAGGATTTTCATAAATACAATTCCTTTTCAATTCTTCCGAGAGACATAAGCCAGCAAATCTTCAATGAATTGGTTGATTCTCACTGCCTGACCGAAGTGTCTCTTGAAGCCTTCAGAGATTGTGCTCTTCAGGATATTGACCTGGGTGAATATGTTGGAGTTAACGATGATTGGATGGATGTCATCTCTTCCCAAGGGTTGTCCTTACTTTCAGTTGATGTTGCTGGTTCTCAGGTGACAGATGATGGATTGCGACTCCTAAAGGATTGCTCAAGTCTTCAAGCATTGACTCTCAGTTACTGTGACCAATTTTCAGAATATGGGCTTAAGCACATTAGTGGTCTTTCAAACTTGACTTCCTTGAGTATCAGGAAGAGCAGCTCTGTCAAACCCGATGGAATGCGTGCTTTCTCCAACTTATTTAATTTGGAGAAGTTGGACCTTGAGAGGTGTTCAGAGATTCATGGTGGATTTGTTCATCTTAAAGGTTTGAAAAAGCTCGAGTATCTTAATATTGGATGCTGTAAATGTGTTACGGATTCAGACATAAAGTCTATCTCAGAGCTTATAAATTTGAAGGAGTTACAAATTTCCAACAGCAGTATTACTGATATTGGGATTACCTATTTGAGAGGTTTGGAGAAGCTTACCACATTAAATGTTGAAGGATGCAATATTACTGCTGCATGTTTAGAGTTTATTCATGCCTTAACTTCCTTGGCATGCTTAAATCTCAACAGATGTGGTCTCTCTGATGATGGATTTGAGAAAATTTCTGGTCTTAAAAACTTGAAGAGGTTAAGCCTGGCTTTTAACAGGATCACAGATGCATGCTTAGTTCATCTGAAAGATTTAACAAATTTGGAGTATTTGAATCTGGATTCTTGCAGGATAGGTGATGGCGGGCTAGCTAATTTGACAGGCCTCACACTCTTGAAAAGTCTGGTGTTGTCTGACACTGACATTGGGAACAGTGGGCTGCGTTATATATCAGGTTTAAAAAAACTGGAAGATTTAAATGTGTCATTCACCACAGTAACTGATAATGGCCTGAAAAGGCTGTCAGGATTGACACAACTTAAATCACTTAATCTGGATGCCCGACAGATTACCGATGCTGGACTAGCAAATCTTACCAGTCTGAGTGGATTGATAACATTGGATCTCTTTGGAGCACGCATTTCAGACAATGGAACTACATTTTTACGATCGTTCAAGAACTTGCAATCCCTTGAAATATGTGGCGGAGGATTAACTGATGCTGGTGTAAAAAATATAAGAGAAATTGTCTCCCTGACACAGCTAAACCTGTCCCAGAATTGTAATTTGACGGATAAAACTTTGGAATTGATATCTGGAATGACAGCACTGAGGTCGCTAAATGTTTCAAATTCTCGTATAACCAATGAAGGACTACGGCATTTGAAGCCTTTGAAGAATTTACGCACTCTTACCTTGGAGTCTTGCAAGGTTACTGCTTCTGGAATTAAGAAGCTTCAGTCAACTGATCTTCCAAATTTGATAAGCTTTCGGCCAGAATAGACCAGGAGAATGAGAGAATTCTGTTATGTGTCTGTTGAACAATTATCTGTACATATTTATGGCTACTGTCTGGATAGTTGAAAAATGTACATAAAATGACATGCAAGAATGTAATTATGCCTTTATTTTGCATGTTTGTATTTCCCCGTCTAAGAAAAATTGTACATAAATCTTTCTTTCCCCCTTTCTCCTCTGGGTAAATATGCCTGGTGTGGCTATCTAAAGTCTGCGCATAATGTAATGTGTAATAAAGATGTTTGGACCAGGGTGATGGTGCTCATTATTATGTTCGTATAGTAATGAATTGTATTTGACCGAGAAGAGAG

>Glyma.13g163500.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ttttatttccttctttCATGGATAAACCTTATAATTACATTAGCTTAAAAACGTGTGTATTAAACTTTAAATAATAAAATCTCAATGGAGGAAGAAATCATCTTGATCGTACGGAAGTTAGTTGTTCTATCTCCTGTAAAGTTCAGTCCAACAGCACAAATTCTTTGAAATGGGAACTTGACTTTCTTTGGCACATTCCATGCGTATATGATCAAAAGGGTATCGACAAATTAAGCGATGGGGGGCGTTTGTTCTAGGAAGAGAGATCAGCATGTTGTTGAAGATGATTTACACAGAGGAGTCTCGGGGAGGTATTGTAGAAGTGGCAGCACAAAATGGTTGAGGGCCAGAAGTTTGCGTGCTAAGCCCAATCATTGTGCAGGAGGGGGAACATGCCCCTCTCTCATGGATCTGTGCATAAAGAAGATGCGTGAGGATTTTCATAAATACAATTCCTTTTCAATTCTTCCGAGAGACATAAGCCAGCAAATCTTCAATGAATTGGTTGATTCTCACTGCCTGACCGAAGTGTCTCTTGAAGCCTTCAGAGATTGTGCTCTTCAGGATATTGACCTGGGTGAATATGTTGGAGTTAACGATGATTGGATGGATGTCATCTCTTCCCAAGGGTTGTCCTTACTTTCAGTTGATGTTGCTGGTTCTCAGGTGACAGATGATGGATTGCGACTCCTAAAGGATTGCTCAAGTCTTCAAGCATTGACTCTCAGTTACTGTGACCAATTTTCAGAATATGGGCTTAAGCACATTAGTGGTCTTTCAAACTTGACTTCCTTGAGTATCAGGAAGAGCAGCTCTGTCAAACCCGATGGAATGCGTGCTTTCTCCAACTTATTTAATTTGGAGAAGTTGGACCTTGAGAGGTGTTCAGAGATTCATGGTGGATTTGTTCATCTTAAAGGTTTGAAAAAGCTCGAGTATCTTAATATTGGATGCTGTAAATGTGTTACGGATTCAGACATAAAGTCTATCTCAGAGCTTATAAATTTGAAGGAGTTACAAATTTCCAACAGCAGTATTACTGATATTGGGATTACCTATTTGAGAGGTTTGGAGAAGCTTACCACATTAAATGTTGAAGGATGCAATATTACTGCTGCATGTTTAGAGTTTATTCATGCCTTAACTTCCTTGGCATGCTTAAATCTCAACAGATGTGGTCTCTCTGATGATGGATTTGAGAAAATTTCTGGTCTTAAAAACTTGAAGAGGTTAAGCCTGGCTTTTAACAGGATCACAGATGCATGCTTAGTTCATCTGAAAGATTTAACAAATTTGGAGTATTTGAATCTGGATTCTTGCAGGATAGGTGATGGCGGGCTAGCTAATTTGACAGGCCTCACACTCTTGAAAAGTCTGGTGTTGTCTGACACTGACATTGGGAACAGTGGGCTGCGTTATATATCAGGTTTAAAAAAACTGGAAGATTTAAATGTGTCATTCACCACAGTAACTGATAATGGCCTGAAAAGGCTGTCAGGATTGACACAACTTAAATCACTTAATCTGGATGCCCGACAGATTACCGATGCTGGACTAGCAAATCTTACCAGTCTGAGTGGATTGATAACATTGGATCTCTTTGGAGCACGCATTTCAGACAATGGAACTACATTTTTACGATCGTTCAAGAACTTGCAATCCCTTGAAATATGTGGCGGAGGATTAACTGATGCTGGTGTAAAAAATATAAGAGAAATTGTCTCCCTGACACAGCTAAACCTGTCCCAGAATTGTAATTTGACGGATAAAACTTTGGAATTGATATCTGGAATGACAGCACTGAGGTCGCTAAATGTTTCAAATTCTCGTATAACCAATGAAGGACTACGGCATTTGAAGCCTTTGAAGAATTTACGCACTCTTACCTTGGAGTCTTGCAAGGTTACTGCTTCTGGAATTAAGAAGCTTCAGTCAACTGATCTTCCAAATTTGATAAGCTTTCGGCCAGAATAGACCAGGAGAATGAGAGAATTCTGTTATGTGTCTGTTGAACAATTATCTGTACATATTTATGGCTACTGTCTGGATAGTTGAAAAATGTACATAAAATGACATGCAAGAATGTAATTATGCCTTTATTTTGCATGTTTGTATTTCCCCGTCTAAGAAAAATTGTACATAAATCTTTCTTTCCCCCTTTCTCCTCTGGGTAAATATGCCTGGTGTGGCTATCTAAAGTCTGCGCATAATGTAATGTGTAATAAAGATGTTTGGACCAGGGTGATGGTGCTCATTATTATGTTCGTATAGTAATGAATTGTATTTGACCGAGAAGAGAG

>Glyma.13g163500.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.7 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.7.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Coding sequences of Glyma.13g163500
>Glyma.13g163500.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g163500.1.p locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g163500.2.p locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g163500.3.p locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g163500.4.p locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.5 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g163500.5.p locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.6 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g163500.6.p locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.13g163500
>Glyma.13g163500.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g163500.1 locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g163500.2 locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g163500.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g163500.3 locus=Glyma.13g163500 ID=Glyma.13g163500.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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