Glyma.13g104300

SoyBase SoyBase transitions to NEW site on 10/1/2024
Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research

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Warning: get_headers(): php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.13g104300): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.13g104300

Feature Type:	gene_model
Chromosome:	Gm13
Start:	21891991
stop:	21901598
Source:	JGI
Version:	Wm82.a2.v1
High confidence:	yes

A previous version of this gene model can be found here:

Annotations for Glyma.13g104300

Database ID	Annotation Type	Annotation Description	Annotation Source	Match Score	Evidence Code
AT5G56890.1	AT	Protein kinase superfamily protein	JGI	N/A	IEA
GO:0006468	GO-bp	protein phosphorylation	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0006468	GO-bp	protein phosphorylation	JGI	N/A	IEA
GO:0007166	GO-bp	cell surface receptor signaling pathway	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0007178	GO-bp	transmembrane receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005886	GO-cc	plasma membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016020	GO-cc	membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0016021	GO-cc	integral component of membrane	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0004672	GO-mf	protein kinase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0004672	GO-mf	protein kinase activity	JGI	N/A	IEA
GO:0004675	GO-mf	transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005524	GO-mf	ATP binding	EnsemblGenomes	N/A	IEA
GO:0005524	GO-mf	ATP binding	JGI	N/A	IEA
KOG1187	KOG	Serine/threonine protein kinase	JGI	N/A	IEA
PTHR24420	Panther	LEUCINE-RICH REPEAT RECEPTOR-LIKE PROTEIN KINASE	JGI	N/A	IEA
PTHR24420:SF801	Panther		JGI	N/A	IEA
PF07714	PFAM	Protein tyrosine kinase	JGI	N/A	IEA

Expression Patterns of Glyma.13g104300

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.13g104300 not represented in the dataset	Glyma.13g104300 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection	Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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Related Legume Genes

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.

Gene information in GlycineMine developed by LIS.

Related Plant Genes

Gene families from PhyloGenes.

Gene model name correspondences to Glyma.13g104300 Gene Call Version Wm82.a2.v1

Corresponding Name	Annotation Version	Evidence	Comments
Glyma13g16280	Wm82.a1.v1.1	IGC	As supplied by JGI

Transcripts of Glyma.13g104300

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.13g104300.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.6 sequence-type=transcript locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Limit To All Plant Sequences

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>Glyma.13g104300.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g104300.2.p locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g104300.3.p locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.4 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.13g104300.4.p locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Predicted protein sequences of Glyma.13g104300

Limit To All Plant Sequences

>Glyma.13g104300.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.1 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.10.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.10 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.11.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.11 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.12.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.12 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.13.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.13 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.14.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.14 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.15.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.15 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.15.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.16.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.16 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.16.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.3 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.4 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.5 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.13g104300.9.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.13g104300.9 locus=Glyma.13g104300 ID=Glyma.13g104300.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA

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