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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research




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Warning: get_headers(https://bar.utoronto.ca/api/efp_image/efp_soybean/soybean_severin/Absolute/Glyma.12g228700): Failed to open stream: php_network_getaddresses: getaddrinfo for bar.utoronto.ca failed: Temporary failure in name resolution in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1020

Warning: Trying to access array offset on false in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1021

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Deprecated: preg_match(): Passing null to parameter #2 ($subject) of type string is deprecated in /var/www/html/include/SeqFeatClass.php on line 1031

Report for Sequence Feature Glyma.12g228700

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm12
Start:38866435
stop:38876361
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT3G14980.1AT Acyl-CoA N-acyltransferase with RING/FYVE/PHD-type zinc finger protein JGI N/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
GO:0008080GO-mf N-acetyltransferase activity EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0046872GO-mf metal ion binding EnsemblGenomesN/AIEA
PTHR24098Panther FAMILY NOT NAMED JGI N/AIEA
PTHR24098:SF48Panther JGI N/AIEA
PF00628PFAM PHD-finger JGI N/AIEA

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.12g228700 not represented in the dataset

Glyma.12g228700 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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View a gene family containing related genes from other legumes at LIS

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.


View gene and ortholog information at GlycineMine

Gene information in GlycineMine developed by LIS.



View a gene family containing related genes from other plant species at PhyloGenes

Gene families from PhyloGenes.


ParalogEvidenceComments
Glyma.13g271100 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma12g35760 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


>Glyma.12g228700.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GTACAACTGTACATACATATTCCAAAGCCTTTACCACAAGATTTTATTCTATTAATTGGGGTCGGCAGTGATGAAGTTTGTCAACCAGTAATGTATGGCTGAAGAAATGCTTTCTTCATAAATTGGTTTACAATATGCCAAAGTAGCTTTTTGTAATGGTGCCAACATGTAGACCACCAATAGAAATTTTATAGTGAAACCACACTTGTCAGCAGGGATGTTGATCAGCAATGAAACAGAGGATTTATGTGATGATAACTTTGAAGGATCTAACGAAGAAAGACAGATTTTTTCAGAGGTATTTTCTGGTAATGGCATTTTTCAGTCTAATCAGAAGTGTCTTGTTCCTGTAGCTATCAGCTTTGAACATGAATCCGCTAAAAACACATTTAAATCATTCTGCTCTAGTAATGAAAACTCAGTTGTATTGCATCCATCATCTTCTAGACTTACACACCCTGAAGAAGAGGACTTTAATGTAATTCAGCATTCCAAAGAGGCTGCTCTGGGGTGTGTGCCAGAGAGTTTCATTTGTGAAGACCAGAATGACGAGGATGTGAATGTCAAACGTATGAAATTTTCTCTGCATGAACTTGCTTGTAGTAGATCTGATTCAGAAAAAAAATTGAGTTCATCACGACTTTCAAAAGTAGTAGTTTCTAACCTGTCTCGTGCTGCTACAAGCTGTGATAGTGAACCAATTGCATTTCATTTAGTTGAATCATCTAAACATGGTGTGATATCTAGCTGCTATCTATTGAACCATAACAAGGTAAATAAACAAGCTGCCAAGGATAAGGTAGATGTTACAAATTTTAACTCAACAACAGCAGATGGAAATATTGCAAAAGAGTTGTGTGTAAGTAAAGCAGCTGCTTCTCCTGTTTCCCAGGAAAGCTTTGCGAACAGGCGTGTAGTTACCAGTCCGTCAACCACTGTTGTGAAGAAGTCTGGGTCTCCTTTAAATCCCGAGGAAATGGTGGAATCTTCTAATGTAGGCATCTCAAATGCATCCTCAATGCTAGAGGAAGAGGACCCTCGTACTATACTGCAGTTTCATATTTTGCAGTTGCTAAAGATGGCAGGATGGTCTATTGAGAAGCGTCAACGGCCTAGTAGGCGTTACCCAGAGTCAGTTTATAGGACACCAGAGGGAAAGACTATTCGGGAGTTTACAAAGGCTTGGAGATTATGTGGTGAGCTATTGTCTGTTGAAAAATGCAATTTTATGTGCAGAGATTATAAGGAATGGACTGATATTAGTCAATTCTGGTCTGATCTATCCAGTACACTGATAAATGTTGAAAAAACAAAGATGCAGTCAGAAGACCCTGCTGCTGTATTGGCTTATCGATGGTGGCTTTTGGATCCTTTTGTAGTAGTTATATTTTTTGATAGAAAGATTGGTGTGCTGAAAAAGGGAGAGGCAGTGAAAGCAACTTGGAGTTTAGTTTCTAGCAAATATATGGTGGCATGTGCTCCCATTGGTTCAAGCTCTGGGAATTTGAATCAGGTACCTGGAGGGTCTAATGTAGGTGCTGTTCATCAAGCCAGAATTAGAAATTCCAAAAGTTTTGATAAACAGAGTTCAGAGAACTATCTGGAAACAAATAAAATTATTGATGGAGATCTGCCAATGGACATGTCAGAAGAAAATAATGCATCCAGTGTGAGCCATGGCCTGGTTCATTCTCATGACTCAAGGGATATGCAACAGTCTGAATGTAGTGAGGAAGAAGGTGGCAAAATCTCAGTAGATTCTGTATTTGGGAAAGATAACAAATATTCTGCTTCTGATGTTATTCTTAAAAAGAAAATGCGGAGGAAGTGCAAAAGGGTATCTGAAATCAAACTGAGTATGTTCTACCATAGTGACATGCTGGGTTCAACTGTTACTGACCAGGTGCAGTTACTAGATGGTGAAGCAAGTGGGTTGGAAGAGGTCCAGGATTATCTAGTTGACAATGCGGGAAAGAAAAGAAACTGCAGAAAGTTATCATCTGTTGGTGCAATTCAGAGAAATATTAGGAAAACAAACTGCCCCACAGCTGGAACAGATAAGTCTAACAGATGCCAGATTAAAGACGATGATTTATTGGTGTCTGCAATATTCAGGAATAAGGACTTCAGCCCAAAGGCAATCCGGGGTAATTCTAGTGCTAAATCCCGCAAATCAAGGGGTCAGAGAAAGCTTAAAAGCCAAAAGGGCCGTTGCAGGTTGCTACCAAGGAATCCCTGTAATGCAGGGAAGCACAATAAGGACTGCAATAGGTTTTATTTGGGTGCTAGGACAATATTGTCCTGGTTGATTGATAATGGGGTCATATCTTTAAATGATGTGATTCAATACCGAAATCCTAAGGATAATGTTGTCATTAAGGATGGTAGGATCACCAAAGATGGTATTATTTGTACATGTTGTGATAAGGTGCTCACATTATCAGAGTTCAAGTTTCATGCTGGGTTTACAGTGAATCGCCCCTGCTTGAATATTTTCATGGAGTCTGGTGAGCCCTTTACACTCTGCCTCCTTCAAGCTTGGTCAGCTGAATACAAAGCCAGGAGAAGCCAAAATCAAGCCGTACatgctgatgataatgataaaaatgatgatTCGTGCGGATTGTGTGGCGAGGGGGGTGAGCTGATATGTTGCGATAACTGTCCATCTACTTTTCACCTAGCTTGTTTGTCCACTCAGGAGATCCCAGATGGCGACTGGTACTGCACTAACTGCACTTGTAGGATATGTGGAAATTTGGTCATTGACAAAGACACTTCAGATGCGCATGATTCATTACAATGTTCACAGTGTGAACATAAATATCATGAGAAATGCCTTGAAGATAGAGATAAACAAGAAGTAGCAATTTCAGACACTTGGTTTTGTGGTCAGAGTTGTCAGGAGGTGTACTCTGGACTCCAGACTCAGGTGGGGTTAGTTAATCAAGTTGCTGATGGCATCTCATGGACCCTTCTTAGATGCATCCACGATGATCAAAAAGTTCATTCTGCACAGTGGTTTGCCCTAAAGGCAGTATGCAATACAAAATTAGCCGTTGCTCTTACTATAATGGAGGAGTGTTTTGTGTCAATGTTTGATCCTAGAACAGGCATCCACATGATACCCCAAGTTTTATACAACTGGGGGTCTGAGTTTGCTCGTTTAAACTTTCAAGGGTTTTACACCATTGTATTGGAGAAAAAGGATGTATTAATATCTGTAGCATCTATCAGGGTGCATGGAACTACAGTAGCAGAGATGCCTCTAATTGCTACTTGCAGTCAGTATCGTCGCCAGGGAATGTGCCGACTCCTTGTGAGTGCTATTGAACAGATGTTAATATCTTTCAAGGTGGAAAAGCTTGTGGTATCAGCCATTCCAGATTTGGTCGAGACATGGACAAAGGGCTTTGGATTTATAACTGTTGATGACATTGAAAGGCAAAGATTGAATAAAATTAACTTGATGGTTTTTCCTGGGACAGTGTTACTTGTGAAATCCTTACATGGGAAGGAGAAAATTGAAGGACTGTGTGATCTATCAATTCTAGCAACAGATGAATCAATCAAAGCAGGTATCTGTTCTGAAGGAATGGCCATTTCTGAATCATTTGCACAAGTTGTTGGAAACATAACTACCAACAAAGGTGGAGCAAAGTCAGAACATGAACCTGTGGATGGAAAAAATCAATCAGACTATGAAGCTGGCAGTGAAACAGGCAGAGATGATAAAATACAAGCTGTTGACACTGCAATAGAAGCCAAAGAATCAACAGAAATAAGTAGTTCTTCTAGAGAAGAGAAGGTCACCCAGTTGAAAGTGTCAGGTGACTCAGAGAAATCTATTGAAGAAAACAATGTGAATGAATTGAGAACAAGCAACAAAGCAGAAATGACAAGTGATTCAGTACAGCAATCTAGTGAGAATTGTTGTGCTGACAAAGATGGTGCTGAACCAGCTATTAGTATTGTTGAGGACAAGAATATCAAAATAGGTGAGTGTCAGGAAAATGCTTTGCAGGGTCATTTTTCAAATTTGTCCTGCAAAACATTTTTAGGCAGCAATTTTGACACGGATTCCAATATTGAATGCTCAGTGATGTATGATGAAACAGCTTTTTTTGGGACTTTTGCAAAGTCTGCAAGCTGAATCAGAAGTTGAAAGAAAGTAGATGTTTAGAGAGATGGTGTGATGATGCTCATAACAAACTTGTAGGGTATCTTAGGGAAACTAACTGCAAAATATGGAAAAATAACCGGTTAGGTAAGGTAAAATTGTGACACTATGTAACTAGGGACCAGTGCGGCATATAGGATGAAGGCAAACAAAAATGTTTATGGCCTTGCTTTGGTGGTAAGGAAGATAAGAGGTCAAAGGAGGTTGTGCTACAAATTAGGCATCGTTGGGATGTTCAAATCACTTTATTTATGCACCTACTTTTAAGAAAAATATTTTAAAAAATAAATTCTAGTCTTTTGAGGTTTCAACTATGACAAATTGATTGCACGATGATGTAAAACAACTTATTACGAGATGATGAAAATTA

>Glyma.12g228700.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
GTCCGTCCCATGACATAGATACAACACTCACATGTAGATGCTCCTAGAGAGAGAAAGTTTTTTAGAGAGAGAAAGTTTTATGTTCCTTTGTGTTTGCCATCTGTTGCAGTGTGGTAGCATTGTTGGGTTTCCAATTCTATCTCTGGTGGGGTTGAAGGTGAGAAATGAAGCGAGGGAAGATTGCAATTCGTGCTCTCAGCTCAGAAAATGTTGAATTGCTTTTGGGATTTTGAGGAACCCTGATTCTGGGGATTCCAAAGCCTTTACCACAAGATTTTATTCTATTAATTGGGGTCGGCAGTGATGAAGTTTGTCAACCAGTAATGTATGGCTGAAGAAATGCTTTCTTCATAAATTGGTTTACAATATGCCAAAGTAGCTTTTTGTAATGGTGCCAACATGTAGACCACCAATAGAAATTTTATAGTGAAACCACACTTGTCAGCAGGGATGTTGATCAGCAATGAAACAGAGGATTTATGTGATGATAACTTTGAAGGATCTAACGAAGAAAGACAGATTTTTTCAGAGGTATTTTCTGACTTACACACCCTGAAGAAGAGGACTTTAATGTAATTCAGCATTCCAAAGAGGCTGCTCTGGGGTGTGTGCCAGAGAGTTTCATTTGTGAAGACCAGAATGACGAGGATGTGAATGTCAAACGTATGAAATTTTCTCTGCATGAACTTGCTTGTAGTAGATCTGATTCAGAAAAAAAATTGAGTTCATCACGACTTTCAAAAGTAGTAGTTTCTAACCTGTCTCGTGCTGCTACAAGCTGTGATAGTGAACCAATTGCATTTCATTTAGTTGAATCATCTAAACATGGTGTGATATCTAGCTGCTATCTATTGAACCATAACAAGGTAAATAAACAAGCTGCCAAGGATAAGGTAGATGTTACAAATTTTAACTCAACAACAGCAGATGGAAATATTGCAAAAGAGTTGTGTGTAAGTAAAGCAGCTGCTTCTCCTGTTTCCCAGGAAAGCTTTGCGAACAGGCGTGTAGTTACCAGTCCGTCAACCACTGTTGTGAAGAAGTCTGGGTCTCCTTTAAATCCCGAGGAAATGGTGGAATCTTCTAATGTAGGCATCTCAAATGCATCCTCAATGCTAGAGGAAGAGGACCCTCGTACTATACTGCAGTTTCATATTTTGCAGTTGCTAAAGATGGCAGGATGGTCTATTGAGAAGCGTCAACGGCCTAGTAGGCGTTACCCAGAGTCAGTTTATAGGACACCAGAGGGAAAGACTATTCGGGAGTTTACAAAGGCTTGGAGATTATGTGGTGAGCTATTGTCTGTTGAAAAATGCAATTTTATGTGCAGAGATTATAAGGAATGGACTGATATTAGTCAATTCTGGTCTGATCTATCCAGTACACTGATAAATGTTGAAAAAACAAAGATGCAGTCAGAAGACCCTGCTGCTGTATTGGCTTATCGATGGTGGCTTTTGGATCCTTTTGTAGTAGTTATATTTTTTGATAGAAAGATTGGTGTGCTGAAAAAGGGAGAGGCAGTGAAAGCAACTTGGAGTTTAGTTTCTAGCAAATATATGGTGGCATGTGCTCCCATTGGTTCAAGCTCTGGGAATTTGAATCAGGTACCTGGAGGGTCTAATGTAGGTGCTGTTCATCAAGCCAGAATTAGAAATTCCAAAAGTTTTGATAAACAGAGTTCAGAGAACTATCTGGAAACAAATAAAATTATTGATGGAGATCTGCCAATGGACATGTCAGAAGAAAATAATGCATCCAGTGTGAGCCATGGCCTGGTTCATTCTCATGACTCAAGGGATATGCAACAGTCTGAATGTAGTGAGGAAGAAGGTGGCAAAATCTCAGTAGATTCTGTATTTGGGAAAGATAACAAATATTCTGCTTCTGATGTTATTCTTAAAAAGAAAATGCGGAGGAAGTGCAAAAGGGTATCTGAAATCAAACTGAGTATGTTCTACCATAGTGACATGCTGGGTTCAACTGTTACTGACCAGGTGCAGTTACTAGATGGTGAAGCAAGTGGGTTGGAAGAGGTCCAGGATTATCTAGTTGACAATGCGGGAAAGAAAAGAAACTGCAGAAAGTTATCATCTGTTGGTGCAATTCAGAGAAATATTAGGAAAACAAACTGCCCCACAGCTGGAACAGATAAGTCTAACAGATGCCAGATTAAAGACGATGATTTATTGGTGTCTGCAATATTCAGGAATAAGGACTTCAGCCCAAAGGCAATCCGGGGTAATTCTAGTGCTAAATCCCGCAAATCAAGGGGTCAGAGAAAGCTTAAAAGCCAAAAGGGCCGTTGCAGGTTGCTACCAAGGAATCCCTGTAATGCAGGGAAGCACAATAAGGACTGCAATAGGTTTTATTTGGGTGCTAGGACAATATTGTCCTGGTTGATTGATAATGGGGTCATATCTTTAAATGATGTGATTCAATACCGAAATCCTAAGGATAATGTTGTCATTAAGGATGGTAGGATCACCAAAGATGGTATTATTTGTACATGTTGTGATAAGGTGCTCACATTATCAGAGTTCAAGTTTCATGCTGGGTTTACAGTGAATCGCCCCTGCTTGAATATTTTCATGGAGTCTGGTGAGCCCTTTACACTCTGCCTCCTTCAAGCTTGGTCAGCTGAATACAAAGCCAGGAGAAGCCAAAATCAAGCCGTACatgctgatgataatgataaaaatgatgatTCGTGCGGATTGTGTGGCGAGGGGGGTGAGCTGATATGTTGCGATAACTGTCCATCTACTTTTCACCTAGCTTGTTTGTCCACTCAGGAGATCCCAGATGGCGACTGGTACTGCACTAACTGCACTTGTAGGATATGTGGAAATTTGGTCATTGACAAAGACACTTCAGATGCGCATGATTCATTACAATGTTCACAGTGTGAACATAAATATCATGAGAAATGCCTTGAAGATAGAGATAAACAAGAAGTAGCAATTTCAGACACTTGGTTTTGTGGTCAGAGTTGTCAGGAGGTGTACTCTGGACTCCAGACTCAGGTGGGGTTAGTTAATCAAGTTGCTGATGGCATCTCATGGACCCTTCTTAGATGCATCCACGATGATCAAAAAGTTCATTCTGCACAGTGGTTTGCCCTAAAGGCAGTATGCAATACAAAATTAGCCGTTGCTCTTACTATAATGGAGGAGTGTTTTGTGTCAATGTTTGATCCTAGAACAGGCATCCACATGATACCCCAAGTTTTATACAACTGGGGGTCTGAGTTTGCTCGTTTAAACTTTCAAGGGTTTTACACCATTGTATTGGAGAAAAAGGATGTATTAATATCTGTAGCATCTATCAGGGTGCATGGAACTACAGTAGCAGAGATGCCTCTAATTGCTACTTGCAGTCAGTATCGTCGCCAGGGAATGTGCCGACTCCTTGTGAGTGCTATTGAACAGATGTTAATATCTTTCAAGGTGGAAAAGCTTGTGGTATCAGCCATTCCAGATTTGGTCGAGACATGGACAAAGGGCTTTGGATTTATAACTGTTGATGACATTGAAAGGCAAAGATTGAATAAAATTAACTTGATGGTTTTTCCTGGGACAGTGTTACTTGTGAAATCCTTACATGGGAAGGAGAAAATTGAAGGACTGTGTGATCTATCAATTCTAGCAACAGATGAATCAATCAAAGCAGGTATCTGTTCTGAAGGAATGGCCATTTCTGAATCATTTGCACAAGTTGTTGGAAACATAACTACCAACAAAGGTGGAGCAAAGTCAGAACATGAACCTGTGGATGGAAAAAATCAATCAGACTATGAAGCTGGCAGTGAAACAGGCAGAGATGATAAAATACAAGCTGTTGACACTGCAATAGAAGCCAAAGAATCAACAGAAATAAGTAGTTCTTCTAGAGAAGAGAAGGTCACCCAGTTGAAAGTGTCAGGTGACTCAGAGAAATCTATTGAAGAAAACAATGTGAATGAATTGAGAACAAGCAACAAAGCAGAAATGACAAGTGATTCAGTACAGCAATCTAGTGAGAATTGTTGTGCTGACAAAGATGGTGCTGAACCAGCTATTAGTATTGTTGAGGACAAGAATATCAAAATAGGTGAGTGTCAGGAAAATGCTTTGCAGGGTCATTTTTCAAATTTGTCCTGCAAAACATTTTTAGGCAGCAATTTTGACACGGATTCCAATATTGAATGCTCAGTGATGTATGATGAAACAGCTTTTTTTGGGACTTTTGCAAAGTCTGCAAGCTGAATCAGAAGTTGAAAGAAAGTAGATGTTTAGAGAGATGGTGTGATGATGCTCATAACAAACTTGTAGGGTATCTTAGGGAAACTAACTGCAAAATATGGAAAAATAACCGGTTAGGTAAGGTAAAATTGTGACACTATGTAACTAGGGACCAGTGCGGCATATAGGATGAAGGCAAACAAAAATGTTTATGGCCTTGCTTTGGTGGTAAGGAAGATAAGAGGTCAAAGGAGGTTGTGCTACAAATTAGGCATCGTTGGGATGTTCAAATCACTTTATTTATGCACCTACTTTTAAGAAAAATATTTTAAAAAATAAATTCTAGTCTTTTGAGGTTTCAACTATGACAAATTGATTGCACGATGATGTAAAACAACTTATTACGAGATGATGAAAATTA

>Glyma.12g228700.4 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g228700.5 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g228700.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g228700.2 locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g228700.3.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g228700.3 locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g228700.4.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g228700.4 locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.4.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g228700.5.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g228700.5 locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.5.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g228700.6.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g228700.6 locus=Glyma.12g228700 ID=Glyma.12g228700.6.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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