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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT2G27990.1 | AT | BEL1-like homeodomain 8 | JGI | N/A | IEA |
GO:0006355 | GO-bp | regulation of transcription, DNA-templated | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0006355 | GO-bp | regulation of transcription, DNA-templated | JGI | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003677 | GO-mf | DNA binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0003677 | GO-mf | DNA binding | JGI | N/A | IEA |
GO:0003700 | GO-mf | sequence-specific DNA binding transcription factor activity | JGI | N/A | IEA |
GO:0043565 | GO-mf | sequence-specific DNA binding | JGI | N/A | IEA |
KOG0773 | KOG | Transcription factor MEIS1 and related HOX domain proteins | JGI | N/A | IEA |
PTHR11850 | Panther | HOMEOBOX PROTEIN TRANSCRIPTION FACTORS | JGI | N/A | IEA |
PTHR11850:SF51 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF00046 | PFAM | Homeobox domain | JGI | N/A | IEA |
PF07526 | PFAM | Associated with HOX | JGI | N/A | IEA |
Glyma.12g176400 not represented in the dataset |
Glyma.12g176400 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.13g324200 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma12g29991 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.12g176400.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g176400 ID=Glyma.12g176400.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.12g176400.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.12g176400.9.p locus=Glyma.12g176400 ID=Glyma.12g176400.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||