Report for Sequence Feature Glyma.12g170900
Feature Type: gene_model
Chromosome: Gm12
Start: 32628128
stop: 32640522
Source: JGI
Version: Wm82.a2.v1
High confidence: yes
A previous version of this gene model can be found here:
Annotations for Glyma.12g170900
Expression Patterns of Glyma.12g170900
Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology
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Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS .
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Related Plant Genes
Gene families from PhyloGenes .
Paralogs of Glyma.12g170900
Paralog Evidence Comments
Glyma.13g328100 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.
Gene model name correspondences to Glyma.12g170900 Gene Call Version Wm82.a2.v1
Corresponding Name Annotation Version Evidence Comments
Glyma12g29270 Wm82.a1.v1.1 IGC As supplied by JGI
Transcripts of Glyma.12g170900
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.12g170900.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g170900 ID=Glyma.12g170900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g170900.3 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g170900 ID=Glyma.12g170900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
TAAATTGTGGCAAAGAAGAGGAACTTGCAGAAACAAGGAAACGATTTGTGTCCATTGAACTTAGACGCGAGCGTACTGAAACCTAGCCCGGACGTGTTCCCGTTAAGAAAATCGGATTGAATATCGGCGACAGGTCCGAAGCTTAAAGTGTAGGTTTCGTTTTTGCTCAAACAGAAACGCACACCAACACGCAAATTGATCGCTGCTGGAGGTGGCATGCGCTAGCTTCCGGGGCCTTGCTTGCGGATTTCTCTTCGTTTTTGCTGAAGATTCTGTGCAAAATGGATTGGGTAGCCAGTTGCAAGGAAAAATTGCAATATTTCCGTTTAAAAGAGCTCAAAGATGTGCTCACTCATTTGGGACTTTCAAAACAGGGAAAGAAGCAGGATCTTGTTGATAGGATTTTAGCTATTCTCTCAGAGGACCAAGTTTCCAAATTGTGGACCAAGAAGAATGCTGTTGGAAAACAACAAGTGGCCAAATTAGTGGATGAGACGTATAGAAAGTTGCAGGTATCTGGGGCCATTGATCTATCATCAAAGGGACAGGGTGCCTCAGATAGCAGTAATGGGAAAATTAAAGGTGAAATTGACAATTCCTTTCAATCAGATACGAAGATTCGCTGTCTCTGTGGAAATGTATTAGATACAGAGCCATTGGTCAAGTGTGAAGATACAAAATGCCATGTGTCGCAGCACATCAACTGTGTTATTATTCCAGAGAAACCTATGGATGGAATCCCACCCGTTCCTGATAAATTCTACTGTGAAATATGTCGACTCGATCGGGCAGACCCGTTTTATGTTTCAGCAACACACCTATTGTTTCCAGTGAAGTTGACCACAACCAATATTCCCACCGATGGAACCAATCCGGTACAGAGTGTGGAAAGAACGTTTCAACTCACAAGAGCAAACAAGGAGCTGGTATCAAAATCAGAATATGATGTTCAGGTTTGGTGTATGCTTTTGAATGACAAGGTTTCATTCAGGATGCAATGGCCACAATTTGCAGATCTAAAGGTCAATGGTCTTCCTGTTCGTGCAATTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTAATGGTCGTGATACTGGTCCAGTTATCACGCCATATACAAAGGACGGAATTAACAAGATTTCCTTAACAGGGTGTGATGCTCGCATATTCTGTTTAGGGGTCCGTATTGTTAAAAGACTCAGCATGCCAGAGGTCCTAAGCATGATTCCAGAGGAGTCTGATGGTGAGCGTTTTGAAGATGCTCTTGCACGTGTCTGTTGTTGTGTTGGGGGTGGAAATGCAAATGATAATGCTGATAGTGATAGTGATTTGGAAGTTGTTTCAGATACTTTTAGCATCAATCTCCGTTGCCCAATGAGTGGTTCAAGAATGAAGATTGCAGGAAGATTCAAACCTTGTGTTCACATTGGTTGTTTTGATCTTGAAGTTTTTGTGGAAATGAATGAACGGTCAAGGAAGTGGCAGTGCCCCATATGCGTTAAAAATTATGCTTTGGAGAATATGATTATTGACCCTTACTTCAATCGCATCACTACTCTGATGAAAAATTGTGGTGAAGAGATTGCAGAGGTTGAGGTGAAGCCTGATGGTTGTTGGCGTGTCAAGGCTAAGAATGAAAGTGAACGCCAGGAGTTGGGGACTCTTGCTCAATGGCACCATCCTGATGGATCCCTCATTGTTTCGACTGATGAAGTCAAGAGCATGGAAAATTTAAAGCTCAAACAGGAAGGTCTTTCAGATAGTCCTATTGCTGGCTTAAAACTTGGCATCAGGAAGAATAGTAATGGTGTTTGGGAAGTCAGCAAACCTGAGAACACAAACACCTCTTCTGGTAATAATAGATTGAATGAGGATTTTGAAAATCATGAACATGTTATTATTCCAATGAGCAGCAGTGACACTGGAAGTGGCCGGGATGAAGATGATCCTAGCATAAATCAGGGTGGTGGTGAGCATATTGGTTATTCTACTACCAATGGGATTGAAATGAATTCTGTGTTTAACAATAATATAGATTCAGCTTATGGATATACTGTTAATAACGCATCTGCTACGATGGGTGATGCAAAAATTATTATTCTTAGTGATTCAGAAGAAGACAGTGATGTATTGATTTCTCATACTCCTATATCTGGGTACAGAAATAATCAAACTAGTGATGCAGTTGATGTTTACTCCGTGCTACAGCCTGGAATTATTGATCCATATACAGAAGATCACAATCCTGGTGGAAATCCGACCTTGGGAGTTTTTAATAATCCCAGTGAAGATGATTTTGGGATGCCCCCCCTCTGGCCATTGCAATCTGGAACTCCGGCAGTCTCAGGATTCCAATTATTCAGTTCTGAAGTGGAGGATGTTTCAGATGCATTGATTGATTTGCATCATGGCAATATTAATTGTTCCTCATCATTGAATGGTTATATGTTGGCTCCTGATACTGCTTTGGGATCTAGCACTCTGGTACCAGATTCCTCAGCAGGTCGACCTGATGATGATTTAAATGGTGGCTTGGTTGACAATCCACTGGCATTTCCAAGAGAAGATCCATCCCTTCAGATTTTTCTCCCTCCAAAACCAGCAGAATCATCTATGCAGCATGAACTGAGAGATCATGCAGACATGTCAAAAGGTGTCTTCATTGAGGATTGGATCTCTCTTCGTCTTGGAGGCAGTACCAGTGGCAGTAATGGTGACATTTCCACTGCAAATGGATTGAATTCCAGACAGCAAATTACACCCAGAGAAAATGCTGGAGATTCTTTGACAGATGCCGCTCCTTTGCTTCCTGGTATGAATGATGTTAGATCTGAAAAGGCAAGTAGGCAAAGATCAGATATCCCTTTCTCATTTCCCCGCCAAAAACGTTCAGTAAGGCCCCGCCCAAATCTTCCTTCAGATTCCGAGTAGAGGAAATGGAAGATGATGTGGTCTGAGGCACCTCTTGGTATTGTTTCCCCATTGATGGTGAGGGTGTTGGCAGCAAAGATTCCCAATTCTTTATGCTTGATATTCAAGTCATATGACATACTGAAAGGTCAGGTCAGGGGCATGCTATTATTCCCATTTTCAGCGAGGAACTGATGATACTGGTTATAGTGCTGTAAAGAAATATTATATCTGAAATTTTGTTTCTGCCGAGAGTAACTAACCTGTAAATGTTAAGCCATCAGATTTAATAGTAAAAGCTAAAATAGTTTAATCTTATTCATACCCAGGTAGACGCCCAATTTTGTAACATATGGTTGCCAATATTTGTAATATATTTAGGCATTAAGGTTGCCTCCTGGATTGTAATCCTGGTGAGTATAAATATTTTTACCGTCTTCCTGTGTATTTAGTATGCACAGCTGGAGTAAAATAGTTGAAATATGACCTTCAATATACCGAAAAAAATTTGTGCCCCTGGATAGATGCTGTTAGACAAATGTTAAAAGTAAATTGCAACTGTATGGGTAGATTATTTGCCTGTTTTGGAGCTGGGGAAGAAGCAGGAATTTTATGTTGTAAAGTCCCGGATTTATTTTAATTGATGTTCAAGTTTACTTAATTTTTCAAAATTT
Coding sequences of Glyma.12g170900
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NT Limit To All Plant Sequences
>Glyma.12g170900.1 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.12g170900.1.p locus=Glyma.12g170900 ID=Glyma.12g170900.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g170900.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.12g170900.2.p locus=Glyma.12g170900 ID=Glyma.12g170900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g170900.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.12g170900.3.p locus=Glyma.12g170900 ID=Glyma.12g170900.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
ATGGATTGGGTAGCCAGTTGCAAGGAAAAATTGCAATATTTCCGTTTAAAAGAGCTCAAAGATGTGCTCACTCATTTGGGACTTTCAAAACAGGGAAAGAAGCAGGATCTTGTTGATAGGATTTTAGCTATTCTCTCAGAGGACCAAGTTTCCAAATTGTGGACCAAGAAGAATGCTGTTGGAAAACAACAAGTGGCCAAATTAGTGGATGAGACGTATAGAAAGTTGCAGGTATCTGGGGCCATTGATCTATCATCAAAGGGACAGGGTGCCTCAGATAGCAGTAATGGGAAAATTAAAGGTGAAATTGACAATTCCTTTCAATCAGATACGAAGATTCGCTGTCTCTGTGGAAATGTATTAGATACAGAGCCATTGGTCAAGTGTGAAGATACAAAATGCCATGTGTCGCAGCACATCAACTGTGTTATTATTCCAGAGAAACCTATGGATGGAATCCCACCCGTTCCTGATAAATTCTACTGTGAAATATGTCGACTCGATCGGGCAGACCCGTTTTATGTTTCAGCAACACACCTATTGTTTCCAGTGAAGTTGACCACAACCAATATTCCCACCGATGGAACCAATCCGGTACAGAGTGTGGAAAGAACGTTTCAACTCACAAGAGCAAACAAGGAGCTGGTATCAAAATCAGAATATGATGTTCAGGTTTGGTGTATGCTTTTGAATGACAAGGTTTCATTCAGGATGCAATGGCCACAATTTGCAGATCTAAAGGTCAATGGTCTTCCTGTTCGTGCAATTAACAGACCTGGTTCACAGTTGCTTGGGGCTAATGGTCGTGATACTGGTCCAGTTATCACGCCATATACAAAGGACGGAATTAACAAGATTTCCTTAACAGGGTGTGATGCTCGCATATTCTGTTTAGGGGTCCGTATTGTTAAAAGACTCAGCATGCCAGAGGTCCTAAGCATGATTCCAGAGGAGTCTGATGGTGAGCGTTTTGAAGATGCTCTTGCACGTGTCTGTTGTTGTGTTGGGGGTGGAAATGCAAATGATAATGCTGATAGTGATAGTGATTTGGAAGTTGTTTCAGATACTTTTAGCATCAATCTCCGTTGCCCAATGAGTGGTTCAAGAATGAAGATTGCAGGAAGATTCAAACCTTGTGTTCACATTGGTTGTTTTGATCTTGAAGTTTTTGTGGAAATGAATGAACGGTCAAGGAAGTGGCAGTGCCCCATATGCGTTAAAAATTATGCTTTGGAGAATATGATTATTGACCCTTACTTCAATCGCATCACTACTCTGATGAAAAATTGTGGTGAAGAGATTGCAGAGGTTGAGGTGAAGCCTGATGGTTGTTGGCGTGTCAAGGCTAAGAATGAAAGTGAACGCCAGGAGTTGGGGACTCTTGCTCAATGGCACCATCCTGATGGATCCCTCATTGTTTCGACTGATGAAGTCAAGAGCATGGAAAATTTAAAGCTCAAACAGGAAGGTCTTTCAGATAGTCCTATTGCTGGCTTAAAACTTGGCATCAGGAAGAATAGTAATGGTGTTTGGGAAGTCAGCAAACCTGAGAACACAAACACCTCTTCTGGTAATAATAGATTGAATGAGGATTTTGAAAATCATGAACATGTTATTATTCCAATGAGCAGCAGTGACACTGGAAGTGGCCGGGATGAAGATGATCCTAGCATAAATCAGGGTGGTGGTGAGCATATTGGTTATTCTACTACCAATGGGATTGAAATGAATTCTGTGTTTAACAATAATATAGATTCAGCTTATGGATATACTGTTAATAACGCATCTGCTACGATGGGTGATGCAAAAATTATTATTCTTAGTGATTCAGAAGAAGACAGTGATGTATTGATTTCTCATACTCCTATATCTGGGTACAGAAATAATCAAACTAGTGATGCAGTTGATGTTTACTCCGTGCTACAGCCTGGAATTATTGATCCATATACAGAAGATCACAATCCTGGTGGAAATCCGACCTTGGGAGTTTTTAATAATCCCAGTGAAGATGATTTTGGGATGCCCCCCCTCTGGCCATTGCAATCTGGAACTCCGGCAGTCTCAGGATTCCAATTATTCAGTTCTGAAGTGGAGGATGTTTCAGATGCATTGATTGATTTGCATCATGGCAATATTAATTGTTCCTCATCATTGAATGGTTATATGTTGGCTCCTGATACTGCTTTGGGATCTAGCACTCTGGTACCAGATTCCTCAGCAGGTCGACCTGATGATGATTTAAATGGTGGCTTGGTTGACAATCCACTGGCATTTCCAAGAGAAGATCCATCCCTTCAGATTTTTCTCCCTCCAAAACCAGCAGAATCATCTATGCAGCATGAACTGAGAGATCATGCAGACATGTCAAAAGGTGTCTTCATTGAGGATTGGATCTCTCTTCGTCTTGGAGGCAGTACCAGTGGCAGTAATGGTGACATTTCCACTGCAAATGGATTGAATTCCAGACAGCAAATTACACCCAGAGAAAATGCTGGAGATTCTTTGACAGATGCCGCTCCTTTGCTTCCTGGTATGAATGATGTTAGATCTGAAAAGGCAAGTAGGCAAAGATCAGATATCCCTTTCTCATTTCCCCGCCAAAAACGTTCAGTAAGGCCCCGCCCAAATCTTCCTTCAGATTCCGAGTAG
Predicted protein sequences of Glyma.12g170900
Show Sequence BLAST Sequence at SoyBase BLAST Sequence against GenBank NR Limit To All Plant Sequences
>Glyma.12g170900.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g170900.1 locus=Glyma.12g170900 ID=Glyma.12g170900.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g170900.2.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g170900.2 locus=Glyma.12g170900 ID=Glyma.12g170900.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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