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Integrating Genetics and Genomics to Advance Soybean Research




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Report for Sequence Feature Glyma.12g040400

Feature Type:gene_model
Chromosome:Gm12
Start:2903924
stop:2907559
Source:JGI
Version:Wm82.a2.v1
High confidence:yes



A previous version of this gene model can be found here:

Database IDAnnotation TypeAnnotation DescriptionAnnotation SourceMatch ScoreEvidence Code
AT1G20780.1AT senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1 JGI N/AIEA
AT1G76390.1AT ARM repeat superfamily protein JGI N/AIEA
GO:0005634GO-cc nucleus EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005737GO-cc cytoplasm EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005488GO-mf binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding EnsemblGenomesN/AIEA
GO:0005515GO-mf protein binding JGI N/AIEA
KOG4224 KOG Armadillo repeat protein VAC8 required for vacuole fusion, inheritance and cytosol-to-vacuole protein targeting JGI N/AIEA
PTHR23315Panther BETA CATENIN-RELATED ARMADILLO REPEAT-CONTAINING JGI N/AIEA
PTHR23315:SF36Panther JGI N/AIEA
PF05804PFAM Kinesin-associated protein (KAP) JGI N/AIEA

Gene expression representations made with eFP at the University of Toronto.
Waese et al. 2017, Plant Cell 29(8):1806-1821 ePlant: Visualizing and Exploring Multiple Levels of Data for Hypothesis Generation in Plant Biology

Glyma.12g040400 not represented in the dataset

Glyma.12g040400 not represented in the dataset
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552.
Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160
RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome

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View a gene family containing related genes from other legumes at LIS

Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.


View gene and ortholog information at GlycineMine

Gene information in GlycineMine developed by LIS.



View a gene family containing related genes from other plant species at PhyloGenes

Gene families from PhyloGenes.


ParalogEvidenceComments
Glyma.11g114500 IGC Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35.

Corresponding NameAnnotation VersionEvidenceComments
Glyma12g04420 Wm82.a1.v1.1IGC As supplied by JGI


>Glyma.12g040400.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.14 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.14.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.2 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.8 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.8.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.9 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.2 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.12g040400.2.p locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.2.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.3 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.12g040400.3.p locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.3.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.9 sequence-type=CDS polypeptide=Glyma.12g040400.9.p locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.9.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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>Glyma.12g040400.1.p sequence-type=predicted peptide transcript=Glyma.12g040400.1 locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.1.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1
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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA
 
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