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A previous version of this gene model can be found here:
Database ID | Annotation Type | Annotation Description | Annotation Source | Match Score | Evidence Code |
---|---|---|---|---|---|
AT1G20780.1 | AT | senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1 | JGI | N/A | IEA |
AT1G76390.1 | AT | ARM repeat superfamily protein | JGI | N/A | IEA |
GO:0005634 | GO-cc | nucleus | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005737 | GO-cc | cytoplasm | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005488 | GO-mf | binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | EnsemblGenomes | N/A | IEA |
GO:0005515 | GO-mf | protein binding | JGI | N/A | IEA |
KOG4224 | KOG | Armadillo repeat protein VAC8 required for vacuole fusion, inheritance and cytosol-to-vacuole protein targeting | JGI | N/A | IEA |
PTHR23315 | Panther | BETA CATENIN-RELATED ARMADILLO REPEAT-CONTAINING | JGI | N/A | IEA |
PTHR23315:SF36 | Panther | JGI | N/A | IEA | |
PF05804 | PFAM | Kinesin-associated protein (KAP) | JGI | N/A | IEA |
Glyma.12g040400 not represented in the dataset |
Glyma.12g040400 not represented in the dataset |
Libault et al. 2010, Plant Phys 152(2):541-552. Complete Transcriptome of the Soybean Root Hair Cell, a Single-Cell Model, and Its Alteration in Response to Bradyrhizobium japonicum Infection |
Severin et al. 2010, BMC Plant Biology 10:160 RNA-Seq Atlas of Glycine max: A guide to the soybean transcriptome |
Gene families from Phytozome are displayed using the PhyloTree viewer developed by LIS.
Gene information in GlycineMine developed by LIS.
Gene families from PhyloGenes.
Paralog | Evidence | Comments |
---|---|---|
Glyma.11g114500 | IGC | Paralogs in soybean determined by Steven Cannon using BLAST, DAGChainer, PAML, and selection of gene pairs from synteny blocks with median Ks values of less than 0.35. |
Corresponding Name | Annotation Version | Evidence | Comments |
---|---|---|---|
Glyma12g04420 | Wm82.a1.v1.1 | IGC | As supplied by JGI |
>Glyma.12g040400.10 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.10.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.12g040400.11 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.11.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.12g040400.12 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.12.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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>Glyma.12g040400.13 sequence-type=transcript locus=Glyma.12g040400 ID=Glyma.12g040400.13.Wm82.a2.v1 annot-version=Wm82.a2.v1 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Funded by the USDA-ARS. Developed by the USDA-ARS SoyBase and Legume Clade Database group at the Iowa State University, Ames, IA | ||